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本文档旨在说明使用 DECIPHER 在 R 中进行多序列比对的艺术。尽管多序列比对的美常常被人忽视，但它在很多方面都是一种艺术。请看图 1，它说明了多序列比对的幕后情况。序列比对需要一定的技巧，而本文想要传达的正是这种技巧。仅仅将序列“插入”多序列比对器并盲目地相信结果是不够的。我们需要欣赏这种技巧，并仔细考虑结果。多序列比对到底是什么？是否存在单一正确的比对？一般来说，比对旨在执行将多个相同“类型”的不同生物序列拟合成反映某些共同特性的形式的操作。这种特性可能是它们的结构外观、它们如何从共同祖先进化而来，或者数学构造的优化。与大多数多序列比对器一样，DECIPHER 经过“训练”以最大限度地提高得分
R 中的多序列比对艺术
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