该地区的生物多样性也是一项重要资源。该地区拥有全球三分之一的红树林和三个全球生物多样性丰富的国家,其陆地和海洋自然地形不仅为东南亚的丰富多彩增添了色彩,而且是生命线,提供超越边界的生态系统服务。在东南亚,有一些自然资源的景观和海景管理是跨境的,面积大。珊瑚三角区是世界上生物多样性最丰富的地区之一,拥有 500 多种珊瑚,横跨菲律宾、马来西亚、印度尼西亚、巴布亚新几内亚、所罗门群岛和东帝汶。婆罗洲之心是最大的完整跨境雨林之一,由文莱、马来西亚和印度尼西亚管理。湄公河下游流域横跨缅甸、老挝、泰国、柬埔寨和越南。它是亚洲的“粮仓”,也是世界上生物多样性最丰富的地区之一。