机构名称：
¥ 1.0
动机：成对序列比对仍然是计算生物学和生物启发性的基本问题。基因组学和测序技术的最新进展要求更快，可扩展的算法可以应对不断增加的序列长度。基于动态程序的经典成对比对算法受到时间和记忆的二次需求的强烈限制。最近提出的波前比对算法（WFA）引入了一种有效的算法，以在OðNS的时间内执行精确的差距 - 额度对齐，其中s是最佳分数，n是序列长度。尽管有这些界限，但WFA的OðS2Þ对于基因组尺度比对在计算上是不切实际的，导致需要进一步改进。结果：在本文中，我们介绍了双向WFA算法，即能够计算Oðsmemory中最佳比对的第一个GAP-AFFINE算法，同时保留WFA的时间复杂性OðNSS。结果，这项工作改善了最低的已知内存结合OðnÞ以计算间隙 - 额定对准。实际上，我们的实施不需要超过几百MB的嘈杂的牛津纳米孔技术来读取多达1 MBP，同时保持有竞争力的执行时间。可用性和实施：所有代码均可在https://github.com/smarco/biwfa-paper上公开获取。联系人：santiagomsola@gmail.com补充信息：补充数据可从BioInformatics Online获得。
O（s）空间中的最佳间隙式对齐
主要关键词
相关文件推荐
