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在多重PCR中，多个目标序列在单个反应中得到扩增。在实时PCR中，通常使用具有不同染料标签的探针检测到这些目标序列。多重测定很有吸引力，因为它们可以帮助您节省时间，成本，最重要的是样本。但是，多路复用有其缺点。引物设计在多重成功中起着至关重要的作用，通常需要多轮优化来确定适当的底漆浓度。底漆和意外的PCR产品或工件可能会在放大方面竞争，从而导致不同靶标的不均匀放大。实际上，执行单个复合PCR是为了放大多路复用未能放大的基因座是普遍的做法。
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