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1底物残基和底物结合位点的命名法是根据Schechter和Berger（1967）的说法。底物残基是从裂解位点指定为P1，P2，P3等的N末端，以及带有P1'，p2'，p3'等的C-末端。适当的底物绑定位点用S1，S2，S3等指定。或S1'，s2'，s3'等。
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