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甲氧苄啶是一个弱碱，其水溶性低。甲氧苄啶约为65％的蛋白质结合，但脂溶性很容易穿透细胞屏障，以广泛分布。它部分被氧化并在肝脏和代谢物中结合，加上未改变的甲氧苄啶在尿液中排出。代谢程度有所不同：狗的80％，牛几乎为100％。半衰期也是可变的：在马中4小时，2小时的猪和1小时的牛。鉴于两种活性物质的半衰期的种间变异性较大，因此无法获得两种化合物的药代动力学匹配，但有证据表明协同作用发生在较大的剂量比率上。1：5甲氧苄啶的组合：磺胺氨基有充分的文献记载供兽医使用。
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