Loading...
机构名称:
¥ 1.0

动机:最小化概念是序列草图的数据结构。标准规范最小化器通过根据预定义的选择方案同时比较窗口中的前向和反向k -mers从给定的DNA序列中选择K -MER的子集。它通过序列分析(例如读取映射和组装)广泛使用。k -mer密度,k- mer重复性(例如k -mer偏差)和计算效率是最小化选择方案的三个关键测量值。尽管最小化变体之间存在权衡。通用,有效和高效始终是高性能最小化算法的要求。结果:我们提出了一个简单的最小化操作员,作为标准规范最小化器的改进。只需要几个操作即可计算。但是,它可以提高K -Mer重复性,尤其是对于词典秩序。它适用于总订单的其他选择方案(例如随机订单)。它在计算上是有效的,密度接近标准最小化器的密度。精制的最小化器可能会受益于高性能应用程序,例如binning和读取映射。可用性和实施​​:本工作中基准的源代码可在GitHub存储库中获得https://github.com/xp3i4/mini_benchmark联系人联系:

一个简单的精制DNA最小化操作员启用了两个快速计算

一个简单的精制DNA最小化操作员启用了两个快速计算PDF文件第1页

一个简单的精制DNA最小化操作员启用了两个快速计算PDF文件第2页

一个简单的精制DNA最小化操作员启用了两个快速计算PDF文件第3页

一个简单的精制DNA最小化操作员启用了两个快速计算PDF文件第4页

一个简单的精制DNA最小化操作员启用了两个快速计算PDF文件第5页

相关文件推荐

2024 年
¥1.0
1900 年
¥1.0
2022 年
¥1.0
2014 年
¥1.0