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除了上面的物理参数外，还收集了每月一次或每月两次的粪便指标细菌的抓取样品。此抽样时间表允许在一年中的娱乐月份更定期测试细菌的存在。大肠杆菌和肠球菌的存在和浓度（两种类型的粪便指示剂）表明水体是否并在多大程度上被粪便污染。在当地水体（来自雨水径流，非法下水道连接和法律CSO）中存在粪便污染，对人类和生态社区构成了严重威胁。尽管Merrimack中的条件在大多数情况下都是安全的，但高细菌水平的发生表明，娱乐活动（例如游泳或划船）在某些时候可能不安全。
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