噬菌体FD,FL和OX174是已知的最小病毒之一。它们属于具有单链圆形DNA作为其遗传物质(1-4)的一组良好特征的副觉。他们的DNA的分子量约为2 x 106,仅包含有限数量的基因。fd和fl是丝状噬菌体,在血清学和遗传上相关。ox174是一个显然与丝状噬菌体无关的球形噬菌体。dev> deNhardt和Marvin(5)通过DNA-DNA杂交进行了表明,尽管这两种类型的噬菌体(即丝状和球形)在每种类型的DNA之间没有检测可检测的同源性,尽管在每种类型内部都有很高的同源性。最近,已经推出了一种相对较快的分馏和序列大嘧啶寡核苷酸的技术。已经确定了9-20个基碱残基的FD DNA中长嘧啶裂纹的序列(6)。在本报告中,提出了来自FL和OX174 DNA的大嘧啶产物的序列。将这些序列与先前从FD DNA获得的序列进行了比较。
它。因此,如果像mtDNA这样的圆形DNA具有m识别(限制)位点,则该酶在消化后将其分散成M段。限制位点的数量和位置随核苷酸序列而变化。相比,两个DNA序列的相似性越高,裂解模式越接近。因此,可以通过比较限制位点的位置来估计两个同源DNA之间的核苷酸取代的数量。同样,可以从两个或分类的DNA片段的比例中估算核苷酸取代的数量。Upholt(8)研究了这两个问题,但他的锻炼并不一般,似乎涉及一些错误。fur-hoverore,upholt不关注种群中DNA序列的异质性明显高度(5)。当研究紧密相关的物种之间的遗传差异时,有必要消除这种异质性的作用。本文的目的是开发一个更严格的DNA遗传差异数学模型,并提出了一种统计方法,用于分析限制酶研究的数据。在前四个部分中,我们要么假设人群中没有多态性,要么仅考虑一对生物(个体)之间的遗传差异。在第五部分中将删除无多态性的假设。
基因表达的调节对应于基因组中编码的信息转化为表型的过程中的关键步骤。尽管已经对转录水平变化的遗传起源进行了广泛的分析,但我们的知识仍然非常有限,因为人群水平上蛋白质丰度变异的遗传起源。在这里,我们生成了近一千个天然酵母菌株的定量蛋白质组。通过与其转录组相比,我们的分析共同表明,转录组和蛋白质组显然是两种不同的调节水平,受自然种群中不同遗传基础的控制。在一起,我们的结果突出了访问这两个级别的基因表达以更好地理解基因型 - 表型关系的相关性。
摘要 人类疟原虫恶性疟原虫利用 PfEMP1 编码 var 基因家族的互斥表达来逃避宿主免疫系统。尽管在分子层面上对默认沉默机制的理解取得了进展,但独特表达的 var 成员的激活机制仍然难以捉摸。富含 GC 的非编码 RNA (ncRNA) 基因家族与表达 var 基因的疟原虫物种共同进化。在这里,我们表明这个 ncRNA 家族以克隆变异的方式转录,当 ncRNA 位于活性 var 基因相邻和上游时,单个成员的主要转录发生。我们开发了一种特定的 CRISPR 干扰 (CRISPRi) 策略,可以抑制所有富含 GC 的成员的转录。缺乏富含 GC 的 ncRNA 转录导致环状期寄生虫中整个 var 基因家族的下调。令人惊讶的是,在成熟的血液阶段寄生虫中,富含 GC 的 ncRNA CRISPRi 影响了其他克隆变异基因家族的转录模式,包括所有 Pfmc-2TM 成员的下调。我们为富含 GC 的 ncRNA 转录在 var 基因激活中的关键作用提供了证据,并发现了与寄生虫毒力有关的各种克隆变异多基因家族的转录控制之间的分子联系。这项工作为阐明控制恶性疟原虫免疫逃避和发病机制的分子过程开辟了新途径。
此预印本版的版权持有人于2025年2月23日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.19.639065 doi:Biorxiv Preprint
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摘要背景:本文回顾了当代猪和牛参考基因组中已发表的潜在致病变异的定位及其因果关系的证据。尽管从基因图谱和全基因组关联研究中鉴定致病变异本身就很困难,但动物遗传学研究人员已经针对几种与牲畜育种相关的性状提出了推定的致病变异。结果:为了进行这篇综述,我们阅读了支持牛和猪的 13 个基因(ABCG2、DGAT1、GHR、IGF2、MC4R、MSTN、NR6A1、PHGK1、PRKAG3、PLRL、RYR1、SYNGR2 和 VRTN)存在潜在致病变异的文献,并将它们定位在当代参考基因组中。我们审查了它们之间的因果关系的证据,旨在将基因座、拟议的致病基因和拟议的致病变异的证据区分开来,并报告在牛或猪基因组中定位序列变异所需的生物信息学搜索和策略。结论:总而言之,通常有很好的证据表明基因座水平存在关联,八个基因座存在特定致病基因的证据,六个基因座存在特定致病变异的一些实验证据。我们建议报告新的潜在致病变异的研究人员使用参考坐标系统,显示本地序列上下文,并将变异提交到存储库。
1 巴黎萨克雷大学,古斯塔夫鲁西,INSERM U981,维尔瑞夫; 2 药物开发部(DITEP),Gustave Roussy,维尔瑞夫; 3 维尔瑞夫古斯塔夫鲁西肿瘤医学系; 4 PRISM 研究所,Gustave Roussy,维尔瑞夫; 5 巴黎萨克雷大学 INSERM 生物统计学和流行病学办公室,Gustave Roussy,Oncostat U1018,标记为 Ligue Contre le Cancer,Villejuif; 6 实验和转化病理学平台(PETRA)、基因组平台 - 分子生物病理学单位(BMO)和生物资源中心、AMMICA、INSERM US23/CNRS UMS3655、Gustave Roussy、巴黎萨克雷大学、维尔瑞夫; 7 维尔瑞夫古斯塔夫鲁西医学生物学和病理学系; 8 介入放射学系,Gustave Roussy,维尔瑞夫; 9 法国马赛艾克斯马赛大学、法国国立科学研究院、法国国家健康与医学研究院、法国马赛临床医学研究中心
目前,多腺苷二磷酸核糖聚合酶抑制剂用于治疗与同源重组修复缺乏有关的基因中的体细胞或种系致病变异的转移性前列腺癌(MPC)患者。因此,建议对这些变体进行测试,因为测试结果可能对系统治疗具有影响。,在临床实践中最相关的是乳腺癌基因(BRCA)1和2。尽管没有公布有关MPC葡萄牙患者种系和体细胞变异率流行的数据,但长期以来,从业人员认为这些患者的体细胞BRCA1/2变体的患病率远低于先前研究的人群。为了估计致病性BRCA1/2变体的流行率,我们拟合了贝叶斯分层模型,该模型与经过普遍测试的转移患者的数据和来自国际同伙的数据。所有42例测试的患者均为体细胞BRCA1/2病原变异。此后期估计值为3.1%(95%的可信度间隔为0.3-10.3%),我们发现不同人群的患病率之间存在很大的分散体。此估计值远低于其他已发表的队列中的估计值。我们认为,测试建议应针对特定国家特定的流行量。因此,我们将继续在研究环境中进行普遍测试,以减少估计值的不确定性,并更好地确定普遍体细胞测试在葡萄牙人群中的作用。
简介:自由放养的白尾鹿(Odocoileus virginianus)是位于密歇根州东北部(美国)的牛结核病(BTB)的自我维持的水库,(美国)不断使该地区的牛业陷入困境。自由娱乐鹿的收获,诱饵禁令和农场的缓解措施减少了但没有消除鹿的BTB,也没有消除向牛的传播。鹿的明显患病率很低(1-2%),但恒定,疫苗接种可能是帮助解决该问题和值得研究的附加工具。结核分枝杆菌Calmette-guérin(BCG)疫苗是一种广泛使用的人类疫苗用于结核病,在家庭牲畜和野生动植物中也接受了很好的研究。它是主要的疫苗候选者,口服输送是将其交付给自由放养鹿的逻辑手段,尽管以前从未尝试过。