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对千人基因组计划样本进行高覆盖率纳米孔测序，建立人类遗传变异的综合目录
1 华盛顿大学儿科系遗传医学分部，美国华盛顿州西雅图 98195；2 华盛顿大学分子与细胞生物学项目，美国华盛顿州西雅图 98195；3 华盛顿大学基因组科学系、4 实验室医学与病理学系，美国华盛顿州西雅图 98195；5 华盛顿大学公共卫生遗传学研究所，美国华盛顿州西雅图 98195；6 南非约翰内斯堡 2193 威特沃特斯兰德大学健康科学学院悉尼布伦纳分子生物科学研究所；7 太平洋西北研究所，美国华盛顿州西雅图 98122；8 纽约大学生物系，美国纽约州纽约 10003；9 Alamya Health，美国路易斯安那州巴吞鲁日 70806； 10 应用和转化神经基因组学组，VIB 分子神经病学中心，VIB，安特卫普 2650，比利时；11 安特卫普大学生物医学科学系，安特卫普 2000，比利时；12 美国国家标准与技术研究所材料测量实验室，马里兰州盖瑟斯堡 20899，美国；13 田纳西大学健康科学中心遗传学、基因组学和信息学系，田纳西州孟菲斯 38163，美国；14 人类科技城，意大利米兰 20157；15 约翰霍普金斯大学计算机科学系，马里兰州巴尔的摩 21218，美国；16 墨西哥国立自治大学国际人类基因组研究实验室，人类基因组国际研究实验室，墨西哥城 76230，墨西哥； 17 纽约基因组中心，纽约，纽约州 10013，美国；18 Outlier Informatics Inc.，萨斯喀彻温省萨斯卡通 S7H 1L4，加拿大；19 西雅图儿童医院实验室部，华盛顿州西雅图 98195，美国；20 冷泉港实验室，纽约冷泉港 11724，美国；21 斯坦福大学遗传学系，22 计算机科学系，加利福尼亚州斯坦福 94305，美国；23 贝勒医学院人类基因组测序中心，德克萨斯州休斯顿 77030，美国；24 贝勒医学院分子和人类遗传学系，德克萨斯州休斯顿 77030，美国；25 莱斯大学计算机科学系，德克萨斯州休斯顿 77251，美国； 26 美国国立卫生研究院国家癌症研究所癌症数据科学实验室，马里兰州贝塞斯达 20892，美国；
血糖变异的个人和生活方式决定因素...
背景和目标：本研究旨在确定与非糖尿病健康成人血糖变异相关的个人和生活方式因素。方法：48 名参与者完成了 14 天的连续血糖监测，其中 6 名还接受了额外的生活方式监测。通过进行 Pearson 相关性和回归分析，评估临床、行为和饮食因素与血糖变异之间的关联。结果：参与者的平均年龄为 39.9 岁。血糖变异指数与年龄、体重指数、血红蛋白 A 1c 、口服葡萄糖负荷反应和体力活动等因素之间存在显著相关性。此外，膳食纤维摄入量和早餐的营养成分也与血糖变异相关。吃早餐的参与者平均每日血糖水平较高，但变异系数较低，血糖水平 <90 mg/dL 的时间间隔较短。食用高蛋白早餐与全天血糖水平在 70–180 mg/dL 和 90–126 mg/dL 范围内的改善有显著相关性。在调整潜在混杂因素后，这些相关性仍然具有统计学意义。结论：本研究证明了个人和生活方式因素（尤其是早餐摄入量）与健康成人（无糖尿病）血糖波动之间的关联。了解血糖波动的生活方式决定因素可能为制定个性化的日常血糖控制干预和治疗提供重要信息。
有毒重金属污染的微生物生物修复和纳米变异的系统综述
摘要：土壤，水和环境中的重金属污染对人类健康和福祉构成了巨大的风险。通常，它们是不可生物降解的，导致积累并进入生态系统和食物链，影响水，植被和水性系统。传统的生理化学方法不环保，并且遭受了几次挫折。或者，使用天然来源对有毒重金属进行生物修复是更安全，高效，快速和环保的。微生物生物修复（MBR）机制，例如氧化/还原，生物吸收，生物矿化，生物过渡，生物蓄积，生物蓄积，生物重新定位，生物晶体化，生物启动，生物启动或生物启动或生物化，生物启动，生物生物效应，生物生物生物效应，生物生物效应，生物生物效应范围较重，繁殖量，繁殖量，使其对生物培养化的效应效应，并促进繁殖量，以实现较大的生物效应，以实现较大的生物效应，使生物培养化量金属的污染。本评论重点介绍了通过生物降解方法对重金属的生物修复（BR），微生物Bionano修复（MBNR）过程的最新更新，以及筛选BR和MBNR涉及新颖基因的微生物的元基因组学方法的范围。还讨论了BR和MNBR过程的未来方面，以有效降解，去除和管理土壤和水中重金属污染。
进化和基因变异的驱动力。
突变是生物体基因组 DNA 序列的变化。这些改变可能是自然发生的，也可能是由于环境因素造成的，它们在进化和遗传多样性过程中起着至关重要的作用。本文探讨了突变的类型、原因和后果，以及它们在医学、农业和进化生物学等各个领域的意义。突变可以根据其性质和涉及的遗传物质的程度进行分类。这些涉及 DNA 序列中单个核苷酸碱基对的变化。点突变可以更进一步。一个碱基被另一个碱基取代。这可能导致沉默突变（蛋白质没有变化）、错义突变（产生不同的氨基酸）或无义突变（产生过早的终止密码子）。增加或丢失一个或多个核苷酸碱基对，如果它们发生在蛋白质编码区，则可能导致移码突变，通常导致无功能蛋白质 [1,2]。
携带神经发育疾病相关 GluN2B(L825V) 变异的小鼠的表征
N-甲基-D-天冬氨酸受体 (NMDAR) 由 GRIN 基因编码，是一种离子型谷氨酸受体，在突触传递、可塑性和突触发育中起着关键作用。基因组序列分析已确定神经发育障碍患者的 GRIN 基因存在变异，但其潜在发病机制尚不明确。在此，我们创建并评估了一种携带错义变体 Grin2b L825V 的转基因小鼠系，该小鼠系对应于在智力障碍 (ID) 和自闭症谱系障碍 (ASD) 患者中发现的编码 GluN2B(L825V) 的新生 GRIN2B 变体。我们使用表达重组受体的 HEK293T 细胞和由杂合 Grin2b L825V/+ (L825V/+) 和野生型 (WT) Grin2b +/+ (+/+) 雄性和雌性小鼠制备的原代海马神经元来评估该变异的功能影响。与 +/+ 小鼠相比，L825V/+ 神经元的全细胞 NMDAR 电流降低。NMDAR 介导的诱发兴奋性突触后电流 (NMDAR-eEPSC) 的峰值幅度保持不变，但 L825V/+ 神经元中的 NMDAR-eEPSC 与 +/+ 神经元相比失活速度更快，并且对 GluN2B 选择性拮抗剂艾芬地尔的敏感性较低。总之，这些结果表明 GluN2B 亚基对 L825V/+ 小鼠海马神经元突触 NMDAR 电流的功能贡献降低。对 GluN2B(L825V) 亚基表面表达和突触定位的分析表明，与 WT GluN2B 相比，没有差异。对两种性别小鼠的行为测试表明，L825V/+ 品系小鼠表现出活动减少、焦虑和感觉运动门控受损，尤其是雄性小鼠，以及认知症状。杂合 L825V/+ 小鼠提供了 GRIN2B 相关 ID/ASD 的临床相关模型，我们的结果表明突触水平的功能变化可能导致神经发育病理学。
小鼠人类遗传变异的计算建模
摘要：大脑细胞网络的信息处理能力取决于神经元及其分子和功能特征之间的物理布线模式。映射神经元并解决其单个突触连接可以通过在纳米级分辨率下以密集的细胞标记在纳米级分辨率下实现。光学显微镜独特地定位于可视化特定的分子，但是由于分辨率，对比度和体积成像能力的限制，光学显微镜的密集，突触级的电路重建已经无法触及。在这里，我们开发了基于光微镜的连接组学（LICONN）。我们将专门设计的水凝胶嵌入和扩展与基于深度学习的分割和连通性分析进行了整合，从而将分子信息直接纳入突触级脑组织重建中。liconn将允许以易于采用的方式在生物学实验中进行突触级的脑组织表型。
通过编辑缺乏自然变异的 AhKCS 基因来提高花生的营养品质
花生 ( Arachis hypogaea L.) 是全球主要油料作物，广泛种植于热带和亚热带地区。由于花生含油量高 (约 46% – 58%) 和蛋白质含量高 (约 22% – 32%)，在解决营养不良和确保许多地区的粮食安全方面发挥着关键作用。由于对人类健康的潜在影响，植物油和食品的脂肪酸谱最近引起了越来越多的关注。极长链脂肪酸 (VLCFA) 被定义为碳链长度超过 18 个原子的脂肪酸 (Guyomarc'h et al ., 2021 )。花生仁含有各种 VLCFA，例如花生酸 (C20:0)、二十碳烯酸 (C20:1)、二十二烷酸 (C22:0) 和二十四碳烯酸 (C24:0)，但大多数是饱和脂肪酸 (SFA)。众所周知，高水平的极长链饱和脂肪酸 (VLCSFA) 与动脉粥样硬化和心血管疾病的患病率有关 (Bloise 等人，2022 年)。因此，降低花生中的 VLCFA 含量变得越来越重要，因为它对提高营养品质和健康价值有积极影响。已知植物中 VLCFA 的生物合成受关键酶 b-酮脂酰辅酶 A 合酶 (KCS) 调控 (Wang 等人，2017 年)。在我们之前的研究中，在花生基因组中共鉴定出 30 个 AhKCS 基因。经过基因表达谱和功能分析，一对同源基因 AhKCS1 和 AhKCS28 被鉴定为花生仁中 VLCFA 含量的假定调节因子。现有花生种质资源中 VLCFA 含量范围为 4.3% 至 9.8%，但在 AhKCS1 和 AhKCS28 基因内部或周围未观察到序列变异，这表明
杂种化石中形态计量学和突发性变异的定量分析
在本研究中，通过使用U.P. Gorakhpur的Sarua Lake Campiorganj的多线性尺寸，揭示了化石的形态特征。印度。 在2023年9月至2024年3月之间，在当地渔夫的帮助下，在当地渔夫的帮助下，共收集了42个异源化石。。印度。在2023年9月至2024年3月之间，在当地渔夫的帮助下，在当地渔夫的帮助下，共收集了42个异源化石。对于每个人，借助放大镜，对鳍射线的总数进行计数。通过使用数字平衡来测量体重，并分别使用幻灯片卡尺达到最接近的0.01 gm和0.01 cm的精度来测量各种长度。体重在7.5至86.7 gm之间，总长度在109.0至130.1毫米之间。杂型化石的鳍配方是：背，d.6-7;胸部，PC，1/7；骨盆，PV。6-7;肛门，A.64-65;和Caudal，C。14-17。当前研究的发现对于印度美国美国戈拉赫布尔的萨鲁阿湖，坎卢阿湖，坎卢亚湖，萨鲁亚湖的识别和库存管理非常有效。
根据上下文特定的分子信息从 DNA 序列中从头预测遗传变异的功能效应
解读非编码遗传变异的功能效应是人类遗传学的一项基本挑战。传统方法，如全基因组关联研究 (GWAS)、全转录组关联研究 (TWAS) 和数量性状位点 (QTL) 研究，受到隐藏的分子水平机制的限制，因此很难揭示复杂性状的遗传基础。下一代测序 (NGS) 技术的出现使得人们能够在各种细胞类型和组织中获得特定环境的全基因组测量，包括基因表达、染色质可及性、表观遗传标记和转录因子结合位点，为直接从 DNA 序列解码遗传变异效应铺平了道路。从头预测功能效应对于增强我们对转录调控及其破坏的理解至关重要，而这些破坏是由与人类疾病和特征相关的大量非编码遗传变异引起的。本综述系统概述了遗传变异效应预测的最新模型和算法，包括传统的基于序列的模型、深度学习模型和尖端的基础模型。它深入探讨了持续的挑战和未来方向，并深入介绍了该领域的当代发展。
建立统一肿瘤突变负担（TMB）的准则：在跨诊断平台TMB量化的变异的计算机评估中
抽象的免疫检查点抑制剂（ICI）彻底改变了不匹配修复缺陷（DMMR）/微卫星不稳定性 - 不稳定性高（MSI-H）胃肠道（GI）癌症的管理。基于在转移性环境中观察到的显着结果，一些临床试验将ICIS作为新辅助治疗（NAT）进行了局部DMMR/ MSI-H GI癌症，在临床和病理反应方面取得了惊人的结果，并为新辅助化学疗法和/或辐射疗法和Surgialtical Paiment and Surggialical和Surggialical section提供了备用的机会。尽管如此，这些令人印象深刻的发现主要来自概念第二阶段研究的小规模证明，并且仍然有几个开放的问题需要解决。此外，DMMR/MSI-H代表一个有限的亚组，占GI癌的10％。因此，考虑到将免疫靶向药物与化学疗法和/或放射治疗等标准疗法相结合的潜在协同作用，已经采取了许多努力来研究新辅助ICIS的新辅助ICI（MSS）癌症（MSS）癌症。然而，将ICI与未选择人群相结合的ICIS的结果仍然不令人满意，而没有改善食道糖疗法腺癌中无事件的生存率，以将pembrolizumab添加到化学疗法中，有时在局部肝癌患者中受益，有时有限。因此，一个主要的挑战将是在该疾病的异质谱中确定那些可以利用新辅助免疫疗法并提供最有效治疗的患者。在这篇综述中，我们讨论了胃肠道恶性肿瘤中NAT的基本原理，总结了有关在MSI-H和MSS肿瘤中评估该治疗策略的完整试验的可用证据。最后，我们讨论了正在进行的研究和未来的观点，以使新辅助免疫疗法在箭袋中的另一个箭头进行治疗，以治疗局部晚期的胃肠道肿瘤。