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铜（II）肽螺旋在哺乳动物细胞中选择性切割DNA复制灶
体外和在哺乳动物细胞中的DNA复制灶。这是实现此类城市的第一次。3WJ是最简单的分支DNA结构，14由由三个收敛的dsDNA单元形成的对称组件组成，它们在一个称为分支点的中心点相遇，该单位形成了直径约为12Å的直径约为12Å，由三个B-DNA Arm臂的终端底座对de de de ned。15属金属分子螺旋螺旋物是选择性识别这些非规范性DNA结构的最合理的药物。6 - 12其选择性的关键因素之一是它们的形状与3WJ的分支点的三角对称性之间的高互补性。的确，这是其他3WJ粘合剂的关键结构特征，例如三联烯衍生物，16 C 3-对称阳离子azacryptands，17个自组装超分子超分子Fe II四面体金属金属18和3倍对称三倍的三肽。19
![开发选择性吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(8H)-酮类哺乳动物 STE20 样 (MST3/4) 激酶抑制剂](/simg/9/97f6c3d8ec8c23a5cf14c9f46d4dc886b28e8fa2.webp)
开发选择性吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(8H)-酮类哺乳动物 STE20 样 (MST3/4) 激酶抑制剂
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证永久有效。它是在预印本（未经同行评审认证）下提供的，作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权持有者于 2023 年 11 月 25 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2023.11.24.568596 doi：bioRxiv 预印本
哺乳动物发育障碍的单细胞，全孔表型
Xingfan Huang 1：2,21，Henck 3：4,21，，Wing-Lee Chan 8.9，Alexandra Despang 4.9，4.9，冰雹4.8,9，炒4，弗里德睡眠4，库珀·马歇尔，萨斯查·乌尔夫斯8,9，萨斯萨尔8,9，威特勒·拉尔斯4，维特勒·拉尔斯4，wittler lars 4，wittler lars 4，wittler lars yiwen zhu 7，yiwen zhu khu 7，yiwen zhu kire kur 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4. Ingn in. Ingnel in. Ingnel in. 1,13.17，Junyue Cao
作者校正：跨哺乳动物组织的通用DNA甲基化年龄
A. Lu，A。A。Hahani，R。Robeck A. Zoller，C。Z。Z. N. C. Blumstein。 Clarke，L。N. Cooper，M。L. Cossette，J。 Day，J。Derocco，C。Dold，E。Ehmke，C。C. Emmons，St.Erbay，C。Farery，Erbay，C。Faulkes，St.H。L. Gerber，V。N. N. Gladyshev，V。Glob，R。G. Goya，M。J. Grant，C。B. 绿色，呃。 N. A. A. A. Mattison，M。McClure，J.M.Meudt，G.A。Montano，K。Mozhui，J。Munshi-South，A。Naderi，M。Nagy，P。Odom，D。T。T. T. T. T. T. T. T. T. G. Ophir，A。G。Ophir，St。Osborn，EA。 A. Odder，K。M。Parsons，K。Paul，M。Pellegrini，K。JPeters，A。 B.A. Lu，A。A。Hahani，R。RobeckA. Zoller，C。Z。Z. N. C. Blumstein。 Clarke，L。N. Cooper，M。L. Cossette，J。Day，J。Derocco，C。Dold，E。Ehmke，C。C. Emmons，St.Erbay，C。Farery，Erbay，C。Faulkes，St.H。L. Gerber，V。N. N. Gladyshev，V。Glob，R。G. Goya，M。J.Grant，C。B.绿色，呃。 N.A. A. A. Mattison，M。McClure，J.M.Meudt，G.A。Montano，K。Mozhui，J。Munshi-South，A。Naderi，M。Nagy，P。Odom，D。T。T. T. T. T. T. T. T. T. G. Ophir，A。G。Ophir，St。Osborn，EA。 A. Odder，K。M。Parsons，K。Paul，M。Pellegrini，K。JPeters，A。B.B. Pedersen，J。L. Petersen，D。W. Pieters，G。M. Pinho，J。Plassais，J。R. Pogank，N。A. Prado，P。Reddy，B。R. R. R. R. R. Ribbins，J。Ryguez，A。A.B. Salman，A。Sanghavi，K。M. Schtschneider，D。Schmiter，T。Schmitt，L。Schomacher，L。B. Schook，K。E. Sears，A。W. Seifert，A。SeluanovA. Shanmugatayam，A。V。Shindyapina，M。Singh，K。Singh，I。Sinha，J。Slone，R。G。Slonell，E。Soltanmaohahammadi，M。C。Sp。 T. Stewart，V。J. Sugrue，B。Szladovits，J。S. Takahashi，M。Takasugi，E。C. Teeling，M。J. Thompson，B。van Bonn，S。C. Vernes，D。Villar，H。V. Venters，M。C. Wallingford，N。Wang，R。K. Wayne，G。S. Wilkinson，C。K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. Williams，R。W. Yang，B。Zhao，B。
哺乳动物大脑中的分布式强化学习
分布式强化学习 (dRL) —— 学习预测的不仅是平均回报，还有回报的整个概率分布 —— 在广泛的基准机器学习任务中取得了令人印象深刻的表现。在脊椎动物中，基底神经节强烈编码平均值，长期以来被认为是实现 RL 的，但对于该回路中的神经元群是否、在何处以及如何编码有关奖励分布高阶矩的信息知之甚少。为了填补这一空白，我们使用 Neuropixels 探针来敏锐地记录执行经典条件反射任务的训练有素、缺水的小鼠的纹状体活动。在几个表征距离测量中，与相同奖励分布相关的气味彼此之间的编码相似度要高于与相同平均奖励但不同奖励方差相关的气味，这与 dRL 的预测一致，但不是传统 RL。光遗传学操作和计算建模表明，遗传上不同的神经元群编码了这些分布的左尾和右尾。总的来说，这些结果揭示了 dRL 与哺乳动物大脑之间显著的融合程度，并暗示了同一总体算法的进一步生物学专业化。
Transformer 碱基编辑器在哺乳动物细胞和小鼠中的设计与应用
将载脂蛋白 B mRNA 编辑酶、催化性多肽样胞苷脱氨酶与催化功能受损的 Cas 蛋白（例如 nCas9 或 dCas9）融合，提供了一种新型基因编辑技术，即碱基编辑，可高效地实现靶向碱基替换。然而，在碱基编辑中观察到全基因组和全转录组脱靶突变，这引发了对治疗应用的安全性担忧。之前，我们开发了一种新的碱基编辑系统，即 transformer 碱基编辑器 (tBE)，可在哺乳动物细胞和小鼠中诱导高效编辑，且不会观察到全基因组或全转录组脱靶突变。这里我们描述了设计和应用 tBE 的详细方案。本方案包括设计单向导 RNA (sgRNA) 和辅助 sgRNA 对、构建构建体、确定全基因组和转录组范围的脱靶突变、生产含有 tBE 的腺相关病毒、将腺相关病毒递送到小鼠体内以及检查体内编辑效果的步骤。使用 sgRNA-辅助 sgRNA 对，tBE 的高精度碱基编辑可以在 2-3 周内（在哺乳动物细胞中）或 6-8 周内（在小鼠中）完成。整个过程可以由研究人员使用分子生物学、生物信息学和小鼠饲养的标准技术共同完成。
跨哺乳动物组织的通用DNA甲基化年龄
衰老通常被认为是随机细胞损伤的结果，可以使用DNA甲基化轮廓准确地估计，这是泛组织表观遗传钟的基础。在这里，我们使用了来自哺乳动物甲基化财团的11,754个甲基化阵列，证明了普遍的泛哺乳动物时钟的发展，该甲基化阵列包括185种哺乳动物物种的59种组织类型。这些预测模型以高精度估算哺乳动物组织年龄（r> 0.96）。年龄偏差与人类死亡率风险，小鼠体形轴突变和热量限制相关。我们鉴定出具有甲基化水平的特定细胞，这些甲基化水平随着许多物种而随着年龄的增长而变化。这些位点高度富含多孔抑制性复合物2结合位置，几乎与哺乳动物发育，癌症，肥胖和寿命有关。我们的发现提供了新的证据，表明衰老在进化上是保守的，并与所有哺乳动物的发育过程交织在一起。
来自各种哺乳动物的多能干细胞的生殖细胞...
1，Hyashi K，Ohta H，Kurimoto K，Saitou M（2011111111 11通过多能干细胞在培养中对小鼠生殖细胞指定途径的重构。单元格，146，519 -2, Gafni O, Weinberger L, Mansour AA, Manor YS, Chom- sky E, Ben-Yosef D, Kalma Y, Viukov S, Maza I, Zviran A, Rais Y, Shipony Z, Mukamel Z, Krupalnik V, Zerbib M, Geula S, Caspi I, Schneir D, Shwartz T, Gilad S, Amann-Zalcenstein D，Benjamin S，Amit I，Tanay A，More-S-RWA R，Novershtern N，Hanna JH（2013年，新型人类基态幼稚的多能干细胞的脱颖而出。 自然，504，282 - 3，Irie N，Weinberger L，Tang WWC，Kobayashi T，Viukov S，Manor YS，Dietmann S，Hanna JH，Surani MA（2015 17是人类原始LOM LOM细胞脂肪的关键特征。 单元格，160，253 - 4, Sasaki k, yokayashi s, namurara t, okamoto i, yabot y, kurimoto k, ohta H, moritoki y, iwatani C, tsuciya h, nakura s, sekiguchi k, sakuma t, yamomomomomoto t, t, yamamoto s, yamamoto m, yamamoto m。 M（（2015年）在体外耐心诱导人类生殖细胞脂肪中的人类生殖细胞脂肪。 细胞干细胞，17，178 - 5，Kobayashi T，Zhang H，Tang WWC，Irie N，Withey S，Klipsch D，Syrirna，Dietmann S，Contreras，Webb R，Erlelegio R，Ellelegio R，Soup MA （2 自然，546，416 - 6，Tang WWC，Castillo-Venzor A，Gruhn WH，Kobayashi T，Penfold CA，Morgan MD，Sun D，Irie N，Surani MA （20222222222222222，Sequeential Enlancer State reamoulines Remoulines remoulines hu-man enferine hu-man enterline能力和指定。 nat Cell Biol，24，448 -2, Gafni O, Weinberger L, Mansour AA, Manor YS, Chom- sky E, Ben-Yosef D, Kalma Y, Viukov S, Maza I, Zviran A, Rais Y, Shipony Z, Mukamel Z, Krupalnik V, Zerbib M, Geula S, Caspi I, Schneir D, Shwartz T, Gilad S, Amann-Zalcenstein D，Benjamin S，Amit I，Tanay A，More-S-RWA R，Novershtern N，Hanna JH（2013年，新型人类基态幼稚的多能干细胞的脱颖而出。自然，504，282 -3，Irie N，Weinberger L，Tang WWC，Kobayashi T，Viukov S，Manor YS，Dietmann S，Hanna JH，Surani MA（2015 17是人类原始LOM LOM细胞脂肪的关键特征。 单元格，160，253 - 4, Sasaki k, yokayashi s, namurara t, okamoto i, yabot y, kurimoto k, ohta H, moritoki y, iwatani C, tsuciya h, nakura s, sekiguchi k, sakuma t, yamomomomomoto t, t, yamamoto s, yamamoto m, yamamoto m。 M（（2015年）在体外耐心诱导人类生殖细胞脂肪中的人类生殖细胞脂肪。 细胞干细胞，17，178 - 5，Kobayashi T，Zhang H，Tang WWC，Irie N，Withey S，Klipsch D，Syrirna，Dietmann S，Contreras，Webb R，Erlelegio R，Ellelegio R，Soup MA （2 自然，546，416 - 6，Tang WWC，Castillo-Venzor A，Gruhn WH，Kobayashi T，Penfold CA，Morgan MD，Sun D，Irie N，Surani MA （20222222222222222，Sequeential Enlancer State reamoulines Remoulines remoulines hu-man enferine hu-man enterline能力和指定。 nat Cell Biol，24，448 -3，Irie N，Weinberger L，Tang WWC，Kobayashi T，Viukov S，Manor YS，Dietmann S，Hanna JH，Surani MA（2015 17是人类原始LOM LOM细胞脂肪的关键特征。单元格，160，253 -4, Sasaki k, yokayashi s, namurara t, okamoto i, yabot y, kurimoto k, ohta H, moritoki y, iwatani C, tsuciya h, nakura s, sekiguchi k, sakuma t, yamomomomomoto t, t, yamamoto s, yamamoto m, yamamoto m。 M（（2015年）在体外耐心诱导人类生殖细胞脂肪中的人类生殖细胞脂肪。 细胞干细胞，17，178 - 5，Kobayashi T，Zhang H，Tang WWC，Irie N，Withey S，Klipsch D，Syrirna，Dietmann S，Contreras，Webb R，Erlelegio R，Ellelegio R，Soup MA （2 自然，546，416 - 6，Tang WWC，Castillo-Venzor A，Gruhn WH，Kobayashi T，Penfold CA，Morgan MD，Sun D，Irie N，Surani MA （20222222222222222，Sequeential Enlancer State reamoulines Remoulines remoulines hu-man enferine hu-man enterline能力和指定。 nat Cell Biol，24，448 -4, Sasaki k, yokayashi s, namurara t, okamoto i, yabot y, kurimoto k, ohta H, moritoki y, iwatani C, tsuciya h, nakura s, sekiguchi k, sakuma t, yamomomomomoto t, t, yamamoto s, yamamoto m, yamamoto m。 M（（2015年）在体外耐心诱导人类生殖细胞脂肪中的人类生殖细胞脂肪。细胞干细胞，17，178 -5，Kobayashi T，Zhang H，Tang WWC，Irie N，Withey S，Klipsch D，Syrirna，Dietmann S，Contreras，Webb R，Erlelegio R，Ellelegio R，Soup MA （2自然，546，416 -6，Tang WWC，Castillo-Venzor A，Gruhn WH，Kobayashi T，Penfold CA，Morgan MD，Sun D，Irie N，Surani MA （20222222222222222，Sequeential Enlancer State reamoulines Remoulines remoulines hu-man enferine hu-man enterline能力和指定。nat Cell Biol，24，448 -7，Yamashiro C，Sasaki K，Yabuta Y，Kojima Y，成熟T，Okamoto I，Yokayashi S，Murase Y，Shirara Y，Shirane K，Sasaki K，Sasaki H，Sasaki H，Yamamoto T，Yamamoto T，Saitou M（ 201818年）Pluripot pluripot pluripot pluripot celped pluripot pluripot cel celed pluripot pluripot celed pluripot celed细胞的pluripot卷成pluripot。科学，362，356 -8，Hwang YS，Suzuki S，Seita Y，ITTO J，Sa Sato Y，Dog Y，Sato K，Sato K，Hermann BP，Sasaki K （2020020020重建了繁荣症状的spefiification in Verrom，该spefiification in Verrom a Verrom受到了诱发的PACECACE PAMAPOPOTENT SPOS SPOS细胞。nat commun，11，Kobayashi T，Kobayashi H，Goto T，Takashima T，Oakawa M，Ikeda H，Terada R，Yoshida F，Sanbo M，Ukida H，Kurrimoto K，Hirabayashi M （2020 U 2020 U型生殖器开发Kobayashi T，Kobayashi H，Goto T，Takashima T，Oakawa M，Ikeda H，Terada R，Yoshida F，Sanbo M，Ukida H，Kurrimoto K，Hirabayashi M （2020 U 2020 U型生殖器开发
定量分析和优化哺乳动物细胞中位点特异性蛋白生物结合
摘要：尽管有多种共价蛋白质修饰，但很少有用于定量细胞中蛋白质生物结合的技术。在这里，我们描述了一种通过与Halotag共价键形成在纤维素蛋白生物偶联中量化的新方法。这种方法利用不自然的氨基酸（UAA）诱变选择性地在蛋白质表面上安装小而生物串管的反应性手柄。我们利用了反电子二极管的快速动力学和高选择性 - 评估四嗪苯丙氨酸（TETF）与紧张的反甲环烯 - 氯酸酯（STCO-CA）（STCO-CA）和跨循环链烯（TETR-caclecten）（TETR-CATRE）的反应（TETF）与TETRECANE（TETRE）（TETER-CARORE（TETRE）。生物缀合后，叶绿素配体暴露于释放酶标记，以通过简单的蛋白质印迹分析直接定量生物缀合。我们证明了该工具的多功能性，以快速，准确地确定不同UAA/氯烷烃对的生物缀合效率以及对不同蛋白质的不同位点（包括EGFP和雌激素相关的受体ERR）的不同位点。■简介
核糖体DNA拷贝数与人类和其他哺乳动物的体重有关
。cc-by 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本发布于2023年8月6日。 https://doi.org/10.1101/2023.08.03.551775 doi：Biorxiv Preprint