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对尼古丁成瘾的遗传敏感性：我们对CHRNA5/A3/B4基因簇的理解的进步和缺点
Romain Icick，Benoît忘记，IsabelleCloëz-Tayarani，StéphaniePons，Uwe Maskos等。遗传对尼古丁成瘾的易感性：我们对ChrNA5/A3/B4基因群集的理解的进步和缺点。Neuropharmacology，2020，177，pp.108234。10.1016/j.neuropharm.2020.108234。Pasteur-02936148
探索生物活性化合物起源：分析基因簇标记与埃塞俄比亚sof umer洞穴中的生物合成有关
EBI2受体的内源配体，氧化酚7α，25OHC，至关重要的免疫反应，受CH25H，CYP7B1和HSD3B7酶的细节调节。淋巴样细胞和T细胞卵泡中的卵泡树突状细胞保持7α，25OHC的梯度，基质细胞增加，树突状细胞降低了其浓度。该梯度对于淋巴组织中适当的B细胞定位至关重要。在多发性硬化症的动物模型中，实验性自身免疫性脑脊髓炎，7α的水平，25OHC迅速增加了中枢神经系统的迅速增加，驱动EBI2通过血脑屏障（BBB）表达免疫细胞的迁移。要探索脑中的血管细胞是否表达这些酶，我们检查了正常的小鼠脑微孔塞尔，并研究了它们在炎症过程中表达的变化。EBI2在内皮细胞，周细胞/平滑肌细胞和星形胶质细胞端层中大量表达。CH25H，CYP7B1和HSD3B7在每种细胞类型中都被多样检测，这表明它们在氧化酚7α，25OHC合成和在不同条件下的梯度维持和梯度维持。在EBI2中出现了明显的物种特异性差异以及小鼠和人类BBB形成细胞之间的酶水平。在急性炎症条件下，EBI2和合成酶调节下发生在大脑中，基于酶的大小和方向。最后，在体外星形胶质细胞迁移模型中，CYP7B1抑制剂氯吡唑以及EBI2拮抗剂NIBR189抑制了脂多糖诱导的细胞迁移，表明EBI2及其在炎症下脑细胞迁移的脑细胞迁移中的配体受到了侵略。
Synteruptor：非经典专用代谢物基因簇的采矿基因组岛
*应向谁解决。电话：+33 1 69 82 62 48;电子邮件：sylvie.lautru@i2bc.paris-saclay.fr也可以发送给Olivier Lespinet。电话：+33 1 69 82 62 21;电子邮件：olivier.lespinet@i2bc.paris-saclay.fr†前两位作者应被视为联合第一作者。当前的地址：Drago Haas，Biose Industrie，Aurillac 15000，法国。Matthieu Barba，欧洲生物信息学研究所，欣克斯顿CB10 1SD，英国。CláudiaM。Vicente，Genphyse，Toulouse Univer，Inrae，Envt，Castanet-Tolosan，法国。 AmélieGarénaux，Applied Medical，Rancho Santa Margarita，CA 92688，美国。 Jean-NoëlLorenzi，CNRS，法国巴黎F-75013研究所。 Luisa Laureti，DNA损伤和基因组不稳定性，Marseille癌症研究中心（CRCM）； CNR，AIX Marseille大学，Inserm，Paoli-Calmettes，法国马赛。CláudiaM。Vicente，Genphyse，Toulouse Univer，Inrae，Envt，Castanet-Tolosan，法国。AmélieGarénaux，Applied Medical，Rancho Santa Margarita，CA 92688，美国。 Jean-NoëlLorenzi，CNRS，法国巴黎F-75013研究所。 Luisa Laureti，DNA损伤和基因组不稳定性，Marseille癌症研究中心（CRCM）； CNR，AIX Marseille大学，Inserm，Paoli-Calmettes，法国马赛。AmélieGarénaux，Applied Medical，Rancho Santa Margarita，CA 92688，美国。Jean-NoëlLorenzi，CNRS，法国巴黎F-75013研究所。Luisa Laureti，DNA损伤和基因组不稳定性，Marseille癌症研究中心（CRCM）； CNR，AIX Marseille大学，Inserm，Paoli-Calmettes，法国马赛。
Pathofact 2.0：一种用于预测宏基因组中抗菌抗性基因，毒力因子，毒素和生物合成基因簇的综合管道
摘要摘要：抗菌抗性基因（ARGS）和毒力因子（VFS）是围绕药物抗药性感染的全球健康危机的核心因素。Pathofact是2021年引入的生物信息学管道，从元基因组数据中提供了对ARGS，VFS和细菌毒素的见解。但是，生物信息学的最新进展突出了对Pathofact的更新版本的需求。我们引入了Pathofact 2.0，这是改进的ARG，VF和毒素预测的增强管道。关键更新包括用于VF识别的更新机器学习（ML）模型，用于毒素识别的新ML模型，扩展了隐藏的Markov模型配置文件以及用于预测生物合成基因簇的Antismash 7.0集成。这些升级使Pathofact 2.0成为预测基于微生物组的致病性和抵抗力的更强大，用户友好的平台，提供了一种至关重要的工具，以更好地理解和应对抗菌素抵抗和感染性疾病所带来的挑战。
mibig 4.0：通过全球协作推进生物合成基因簇策划
M. M. Zedouc 1，†，Caire Blin 2， *，†，Nico L.L.louwen 1，豪尔赫（Jorge）的名字，1，卢雷罗（Loureiro）1，Chantal D. Bader 3，Constance B。女人3、6，何塞D.D。节日7，猜测14，我不知道Hanif 15，Eric J.N.由55、70、75，Rile和S59、60，拉奎尔hag AS 67，力量Charri 25，77，77，Hyukjae Choi Chroy 83，Melinda S31，夏洛特和OW，32岁， Robin T以弗39， Al-Sumukh A. Alharthi 52，Mariela Rojo 53，Amr A. Arishi Avalon 56，J。Abr和Av Elar-Rivas 57，Kyle K. AXT 34，Hellen B克里斯汀·比梅尔曼斯（Christine Beemelmanns）3，24， Ricardo M. Borges 67，Rainer Bordes 68，69，Milena Breit 16，17， Cano-Prieto 2，Joy 74，Victor J.31，夏洛特和OW，32岁， Robin T以弗39， Al-Sumukh A. Alharthi 52，Mariela Rojo 53，Amr A. Arishi Avalon 56，J。Abr和Av Elar-Rivas 57，Kyle K. AXT 34，Hellen B克里斯汀·比梅尔曼斯（Christine Beemelmanns）3，24， Ricardo M. Borges 67，Rainer Bordes 68，69，Milena Breit 16，17， Cano-Prieto 2，Joy 74，Victor J.JéromeCollemare 82，JAC。路易斯·卡莱布·达马斯·拉莫斯（Luis Caleb Damas-Ramos 2），达米亚尼（Damiani）87的泰特斯（Titus of Damiani 87在1 95，Erin A. Garza 96，Athina Gavriilidou 23，Andrea Gentiles 97，98，Jennif，hans Gerstmans 100，101，102， Greco 52，Juan E. Green 46，Sebastian War 7，9，Shaday Flores 104， 107，Kristina Haslinger 108，Beibel He 109 109 109 87，Jethro L. Hemmann 110，Hindr和Hindr和1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 113 h 2，当耶和华AB 1，114，115，Thanh-Hau Huynh 116和手2，Eunah Jeong 81，Jiayi Jing 1，Jung Jng 116，Yong Kang 116， 121，金122，罗伯特·A。
系统基因组学和代谢工程揭示了用于静脉生物合成的溶酶科中保守的基因簇
。CC-BY 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经Peer Review的认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2024年9月28日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2024.09.27.27.614867 doi：Biorxiv Preprint
枯草芽孢杆菌作为生物合成基因簇的自然产品发现和工程的宿主
枯草芽孢杆菌是一种革兰氏阳性细菌，属于多功能枯草芽孢杆菌基团，以及pumilus芽孢杆菌，扁豆芽孢杆菌和阿甘洛氏芽孢杆菌。1,2它表现出一种出色的遗传多样性，使其能够适应各种生态壁ni，范围从深海热液通风口到土壤和人类胃肠道。3,4其形成对恶劣条件有抵触的孢子的能力进一步有助于枯草芽孢杆菌在这些具有挑战性的环境中的生存。5为了在其特定栖息地中获得选择性优势，枯草芽孢杆菌还产生了广泛的生物活性代谢物库，包括聚酮化合物（PKS），非尖型体肽（NRPS），核糖体合成和后变性型eDi peptides（ripps）和terpials ant portials and terpent ant potport potport potpotirimicrip portimirimicrip。6,7该物种还用作农业中的生物防治药物，用于打击植物病原体并促进植物生长。6,8
Aquincola agrisoli sp. nov.，从茄子根际土壤中分离，并通过计算机基因组挖掘预测生物合成基因簇
作者隶属关系：1 韩国京畿道安城市中央大学生物技术与自然资源学院食品与营养系，邮编 17546；2 孟加拉国贾肖尔科技大学遗传工程与生物技术系，邮编 7408；3 孟加拉国库什蒂亚-7003 伊斯兰大学生物科学学院生物技术与遗传工程系。 *通讯作者：Md. Amdadul Huq，amdadbge100@cau.ac.kr；amdadbge@gmail.com 关键词：Aquincola agrisoli；数字 DNA-DNA 杂交；基因组序列；计算机基因组挖掘；次级代谢产物。缩写：ANI，平均核苷酸同一性；BGC，生物合成基因簇；dDDH，数字 DNA-DNA 杂交；GBDP，基因组爆炸距离系统发育； ML，最大似然法；MLSA，多位点序列分析；MP，最大简约法；NJ，邻接法；RAST，使用子系统技术进行快速注释。菌株 MAHUQ-54 T 的 16S rRNA 基因和草图基因组序列的 NCBI GenBank 登录号分别为 MT514502 和 JAZIBG000000000。本文的在线版本提供了六个补充图和四个补充表。006355 © 2024 作者
并行基因簇编辑照明环氧基酮蛋白酶体抑制剂生物合成的机制
DNA测序技术和生物毒素格式的进步揭示了微生物在医学和农业中产生具有不同用途的结构复杂的特殊代谢物的巨大潜力。然而，这些分子通常会重新检查结构修饰以优化它们以供应用，这可能是使用合成化学很难的。生物工程提供了一种互补的结构修饰方法，但通常会因遗传性棘手性而受到影响，并且需要对生物合成基因功能的理解。异源宿主中专门的代谢产物生物合成基因簇（BGC）可以解决这些问题。然而，当前的BGC克隆和操作方法是不具体的，缺乏实现的，并且可能非常昂贵。在这里，我们报告了一个基于酵母的平台，该平台利用了与转换相关的重组（TAR）进行高效率捕获和对BGC的并行操作。作为概念证明，我们克隆，杂酚表达和遗传分析了与结构相关的非核糖体肽epone-epone-epone- mycin和tmc-86a的BGC，阐明了这些重要蛋白质的生物合成中的模棱两可。我们的结果表明，epone- mycin BGC还指导TMC-86A的产生，并揭示了启动这两种代谢产物组装的对比机制。此外，我们的
丝状真菌中生物合成基因簇的转录激活
丝状真菌是高产的细胞工厂，其中许多是酶、有机酸和次级代谢物的工业生产者。越来越多的真菌基因组测序揭示了转录沉默的次级代谢物生物合成基因簇 (BGC) 形式的巨大且未开发的生物合成潜力。人们已经采取了各种策略来探索和挖掘这种尚未开发的生物活性分子来源，随着合成生物学的出现，已经为丝状真菌开发了新的应用和工具。在这里，我们总结了旨在表达内源或外源天然产物 BGC 的方法，包括合成转录因子、人工转录单元的组装、基因簇重构、真菌穿梭载体和平台菌株。