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碳覆盖金属氧化物纳米粒子与标准药物在癌症和细菌感染中的分子对接和毒性比较
摘要 引言：纳米粒子 (NPs) 具有独特的物理化学性质，因而具有较高的表面积与体积比，在各种药物设计中备受关注。由于检查新设计的粒子与不同靶标之间的相互作用对于治疗各种疾病非常重要，因此检查这些粒子与不同靶标（其中许多是蛋白质）之间相互作用的技术现在非常普遍。方法：本研究使用 AutoDock 4.2.6 软件工具的分子对接技术研究了覆盖碳层的金属氧化物纳米粒子 (MONPs)（Ag 2 O 3 、CdO、CuO、Fe 2 O 3 、FeO、MgO、MnO 和 ZnO NPs）与与癌症和细菌感染靶标相关的标准药物之间的相互作用。最后，使用 PRO TOX-II 在线工具比较这些 MONPs 与标准药物的毒性（LD 50 ）和分子量。结果：根据半柔性分子对接过程中获得的数据，MgO 和 Fe 2 O 3 NPs 在许多情况下的表现优于标准药物。MONPs 通常具有比标准药物更低的 50% 致死剂量 (LD 50 ) 和更高的分子量。MONPs 在三种疾病中对不同靶标的结合能差异很小，这可能归因于 MONPs 特定的物理化学和药效团性质。结论：MONPs 的毒性是基于它们的药物开发的主要挑战之一。根据这些分子对接研究的结果，在所研究的 MONPs 中，MgO 和 Fe 2 O 3 NPs 的效率最高。
利用分子对接和分子动力学研究重新利用已获批准的药物来靶向 CDK4/6 和芳香酶蛋白
乳腺癌是全球癌症发病率和死亡率的主要原因，在女性中发病率最高。在乳腺癌的各种亚型中，雌激素受体阳性（ER+）是最常见的。雌激素上调细胞周期蛋白D1，进而促进CDK4/6的活性并促进细胞周期进程。为了解决这个问题，ER+乳腺癌的一线治疗重点是通过靶向芳香化酶来抑制雌激素的产生，芳香化酶是负责雌激素合成限速步骤的酶。因此，将CDK4/6抑制剂与芳香化酶抑制剂结合起来已经成为这种类型乳腺癌的重要治疗策略。这种方法可以有效地抑制雌激素的生物合成并控制不受控制的细胞增殖，显著提高总体生存率并延缓疾病进展。本研究旨在利用基于结构的药物设计策略来识别可能同时抑制CDK4/6和芳香化酶的化合物。制备了12,432种已批准和在研药物，并使用Glide的HTVS和XP对接模式将其对接至CDK6的活性位点，得到277种对接得分为-7 kcal/mol的化合物。使用XP模式将这些化合物对接至芳香化酶，得到七种对接得分为-6.001 kcal/mol的药物。此外，将入围药物与CDK4对接，对接得分范围从-3.254至-8.254 kcal/mol。此外，计算了前七种药物的MM-GBSA。鞣花酸、卡拉洛尔、丹多龙和阿扑吗啡四种药物对这三种蛋白质靶标CDK4/6和芳香化酶均表现出良好的结合亲和力。具体而言，它们与CDK6表现出有利的结合自由能，分别为-51.92、-53.90、-50.22和-60.97 kcal/mol。在这些药物中，阿扑吗啡与所有三个蛋白质靶标表现出最有利的结合自由能。为了进一步评估相互作用的稳定性，对阿扑吗啡与 CDK6 进行了 100 ns 分子动力学模拟。结果表明形成了稳定的配体-蛋白质复合物。而从 MM-GBSA 计算阿扑吗啡的 MD 构象的结合自由能的结果显示，与
揭示土曲霉中潜在的葡萄糖苷酶抑制剂的分子方面：分子对接耦合动力学模拟和药代动力学分析的计算之旅
1 阿卜杜勒阿齐兹国王大学药学院天然产物系，吉达 21589，沙特阿拉伯；nhamadaelshoubaki@stu.kau.edu.sa（NMA）；melfaky@kau.edu.sa（MAE）；aekoshak@kau.edu.sa（AEK）2 阿卜杜勒阿齐兹国王大学精准医学人工智能中心，吉达 21589，沙特阿拉伯 3 阿卜杜勒阿齐兹国王大学药学院药物化学系，吉达 21589，沙特阿拉伯；maaalharbi1@kau.edu.sa 4 加拉拉大学药学院生药学系，新加拉拉 43713，埃及； reda.fouad@gu.edu.eg 5 苏伊士运河大学药学院生药学系，埃及伊斯梅利亚 41522 6 苏伊士运河大学药学院药物化学系，埃及伊斯梅利亚 41522 * 通讯地址：ssahmed@kau.edu.sa (SSE)；khaled_darwish@pharm.suez.edu.eg (KMD)；电话：+966-544-512-552 (SSE)；+20-100-5330-114 (KMD)
Phcogj.com 山茶花中 Thaflavine 的分子对接...
B 细胞淋巴瘤是一种源自免疫系统 B 细胞的癌症。开发有效的创新型 B 细胞淋巴瘤疗法一直是研究的重点。1,2 在此背景下，绿茶 (Camellia sinensis) 中发现的天然化合物（如 Thaflavine）通过与 BCl2 凋亡调节剂相互作用，显示出作为 B 细胞淋巴瘤抑制剂的潜力。3,4 计算机模拟方法已用于研究 Thaflavine 和 BCl2 之间的分子相互作用，从而深入了解抑制癌细胞生长的潜在机制。更深入地了解 Thaflavine 作为 B 细胞淋巴瘤治疗剂的潜力，可以为开发更有效、更有针对性的新疗法铺平道路，从而改善治疗结果和患者预后。5,6
用于筛选环氧合酶的分子对接分析...
炎症反应在肿瘤发生和癌变中都起着重要作用。在这项研究中，乳酸乳球菌亚乳球菌的继发代谢产物化合物。乳酸（LAC3），并通过分子对接和分子动力学（MD）分析筛选对COX-2受体的潜在抑制活性。抗炎剂Mofezolac和布洛芬用作阳性对照配体。结果表明5--（（4-氨基-6-氨基-4-甲氧蛋白-4-基-1,3,5-三嗪-2-基）氨基）氨基] -2-甲基苯甲磺酸盐的甲基苯甲酸酯，该氢键在活性位点的Cox-2的Cox-2具有–9.0 kcal/mol/mol/mol/mol的亲和力的活性位点Tyr385。是COX-2抑制剂的另一个候选者，被指定为3-吲哚丙酸，在COX-2的重要残基Ser530上结合氢，亲和能量为–6.9 kcal/mol。确认结合特异性，还针对COX-1进行了分子对接分析。使用MD模拟确认结合稳定性和灵活性。此外，根据Lipinski的规则和煮熟的蛋型建模预测了潜在配体的毒性和溶解度。5- [（（4-氨基-6-甲酚-4-基-1,3,5-三嗪-2-基）氨基] -2-甲基苯甲磺酸盐磺酸盐表明，通过胃肠道无源吸收的倾向倾向，而三3- indolopropropropropropionic Acid a intolointestinal tract均表现出较高的血液中脑溶液的概率。总而言之，这项研究通过分子对接分析确定了潜在化合物，该分析可以作为COX-2抑制剂开发。
设计一个基于跨对接的人道主义供应链
摘要在本研究中，考虑了一个用于设计人道主义供应链网络和车辆路由问题的数学模型，考虑了跨dock的情况，其中使用了非主导的排序遗传算法（NSGAIII），用于在大规模问题中实现所提出的模型。由于在大规模的情况下实现了模型，因此进行了各种灵敏度分析以提取结果。因此，结果表明，成本对第一个目标功能（与总受伤相比）和第二个（短缺）具有更大的影响。与其他两个目标函数相比，对成本函数的影响可以忽略不计。第一个目标功能从供应商到仓库的救济商品/物资的运输成本的影响高于其他目标；但是，与以前的成本相比，这一成本的效果远远超过供应商到分销商的成本，输出对此成本的反应更大。与从供应商到仓库的运输成本不同，从分销商到仓库的运输成本对成本功能的影响较小。然而，结果表明，成本的增加可能导致患者与总受伤和短缺的比率相当大。换句话说，当此参数倾向于增加时，目标函数将恶化。关键字：供应链网络，人道主义救济，车辆路线问题，交叉对接，NSGA（III）
洞察与葡萄糖酶的茉莉花分子对接相互作用
iabetes mellitus（DM）是印度尼西亚的非传染性疾病。这项研究探讨了茉莉香肠植物化学成分对处理DM的潜力。使用多个数据库和计算机辅助药物发现工具在计算机分析中证明了茉莉花Sambac作为DM治疗候选者的潜力。本研究利用PubChem数据获得了分析的生物活性化合物，同时使用的受体是从RSCB获得的（PDB ID：4LC9）。使用swissadme测试了化合物的ADME特性。此外，还采用了瑞士目标预测和DB弦来分别分析靶蛋白和代谢途径，生物活性和相关疾病。通过使用PYRX版本0.8的分子对接进行了进一步的分析，使用Biovia Discovery Studio Visualizer版本4.5进行可视化。从jasminum sambac中包含的化合物的搜索结果中发现其中包含几种活性化合物。Some of these compounds passed the ADME criteria, compounds (Z, Z,Z)-3,6,9-Dodecatrien -1-ol,( Z)- Jasmone, linalool, Nerolidol, (-)-alpha-Cadinol, Benzenemethanol, Benzaldehyde, Linalyl benzoate, and 2,2,3,4-Tetramethylpentane.此外，对发生的分子相互作用，这些化合物的结合与人类中发现的葡萄糖激酶酶的结合以及它们的潜力如何成为糖尿病的抑制剂，进行了深入的分析。这增加了开发新药物化合物以抑制糖尿病的可能性。在植物茉莉香肠中发现的化合物，特别是苯基苯甲酸甲醇和苯甲酰甲醇，与葡萄糖酶蛋白具有强大的键合能力。关键字：茉莉花sambac |糖尿病| GCK | Linalyl苯甲酸酯|在硅中，这种称为糖尿病（DM）的疾病的特征是血糖（血糖）水平高于正常水平，尤其是当空腹血糖水平高于或等于126 mg/dl时，血糖水平等于或大于200 mg/dl。由于当今儿童不受管制的生活方式，这种疾病现在影响了许多年轻人。这种情况也是由几个环境变量引起的，由于其生活环境，许多人患有糖尿病。除了其他变量外，糖尿病患者的产生更有可能患上糖尿病1糖尿病，糖尿病是一种具有高血糖水平的异质疾病。呈现了糖尿病的当前分类，并比较了1型和2型糖尿病的主要特征。此外，在禁食和口服葡萄糖中使用准确的生化诊断标准和血红蛋白A1C（HBA1C）
分子对接，ADMET，DFT研究和新苯甲酰唑酮衍生物作为HIV-1逆转录酶（RT）抑制剂的曲折策略
背景：血友病-A是一种与性别有关的遗传性出血疾病，例如普通人群，心血管疾病的死亡率目前是血友病患者死亡的三分之一。方法：对五十名儿童进行了一项案例对照研究；与二十五名健康男性儿童相比，有25名男性血友病-A。12铅表面ECG，24小时的Holleter监测和基本的超声心动图评估均已为所有参与的儿童进行。结果：ECG记录表明，血友病儿童与对照组中的心率（B/分钟），QTC/MSEC，最大和QT分散体在血友病儿童中增加了24小时holter。将血友病儿童中HRV（MS）的时间域参数降低与健康对照组进行了比较。在受试者的数量和频率中，患病组和健康组之间观察到显着差异，而QTC分散剂的增加超过了ECG检测到的70 ms，但没有被Holter检测到。结论：血友病儿童的QT分散量增加，这使他们有患心律失常，通过抑郁率HRV检测到的同情迷神经失衡，并使他们暴露于心脏病发病和心脏突然死亡。
文章基于视觉的飞机周转中入/出站和对接/解除对接节点的自动收集
摘要：飞机周转过程中关键里程碑节点的自动采集是机场协同决策发展需求中的重要内容。本文提出一种基于计算机视觉的框架，自动识别航班进出站、停靠/脱离站活动并记录相应的关键里程碑节点。该框架无缝集成了计算机视觉领域的最新算法和技术，包括预处理和关键里程碑采集两个模块。预处理模块从机场地面复杂背景中提取关键里程碑节点执行者的时空信息。第二个模块针对两类关键里程碑节点，即以路内和路外为代表的基于单目标的节点和以对接和解除对接楼梯为代表的基于双目标交互的节点，分别设计了两种关键里程碑的收集方法。构建了两个数据集用于所提框架的训练、测试和评估。现场实验结果表明，所提框架可以替代目前常规的手动记录方法，有助于自动收集这些关键里程碑节点。
文章 基于视觉的飞机周转中进/出站和对接/解除对接节点的自动收集
摘要：飞机周转过程中关键里程碑节点的自动采集是机场协同决策发展需求中的重要内容。本文提出一种基于计算机视觉的框架，自动识别航班进出站、停靠/脱离站活动并记录相应的关键里程碑节点。该框架无缝集成了计算机视觉领域的最新算法和技术，包括预处理和关键里程碑采集两个模块。预处理模块从机场地面复杂背景中提取关键里程碑节点执行者的时空信息。第二个模块针对两类关键里程碑节点，即以路内和路外为代表的基于单目标的节点和以对接和解除对接楼梯为代表的基于双目标交互的节点，分别设计了两种关键里程碑的收集方法。构建了两个数据集用于所提框架的训练、测试和评估。现场实验结果表明，所提框架可以替代目前常规的手动记录方法，有助于自动收集这些关键里程碑节点。