Machine learning prediction of enzyme optimum pH Japheth E. Gado, 1,2,3,4 Matthew Knotts, 4 Ada Y. Shaw, 4 Debora Marks, 4,5 Nicholas P. Gauthier, 4,6 Chris Sander, 4,5 Gregg T. Beckham 1,2,3* 1 Renewable Resources and Enabling Sciences Center, National Renewable Energy Laboratory, Golden, CO,美国2瓶财团,美国加利福尼亚州埃默里维尔的敏捷生物基础,美国4个系统生物学系,美国马萨诸塞州波士顿,哈佛医学院。5哈佛大学和麻省理工学院,美国马萨诸塞州剑桥市6数据科学系,达纳 - 法伯癌症研究所,美国马萨诸塞州波士顿 *通信:gregg.beckham@nrel.gov摘要pH和酶催化活性之间的关系,尤其是最佳pH(phopt),eNzyme ph(phopt)的关系至关重要。因此,预测PHOPT的计算方法将通过促进准确鉴定在特定pH水平上最佳起作用的酶,并阐明序列 - 功能功能关系,从而增强酶的发现和设计。在这项研究中,我们提出并评估了预测PHOPT,进行广泛的超参数优化以及培训11,000多个模型实例的各种机器学习方法。我们的结果表明,利用语言模型嵌入的模型在预测PHOPT时明显超过其他方法。我们提出了预测PHOPT的表现最好的模型Ephod,这使研究人员公开使用。从序列数据中,以ephod直接学习与PHOPT相关的结构和生物物理特征,包括残基与催化中心的接近度以及溶剂分子的可及性。总体而言,Ephod提出了PHOPT预测的有希望的进步,并有可能加快酶技术的发展。引言酶活性受反应环境的pH值的显着影响,通常由于催化失活和结构不稳定而超出特定pH范围的活性下降。1,2虽然大多数特征性的酶具有最佳的活性pH值(PHOPT)接近7.0的中性值,但某些酶在极度酸性或碱性条件下最佳起作用,酸性或碱性PHOPT值分别低至1.0或高达1.0或高至12.5。3–5在工业生物化学过程中,酶经常被使用或希望使用,远离其PHOPT,从而大大减少了活性。结果,人们对发现和工程酶具有增强的pH耐受性,以克服这些限制。
我们对 Hiroki Teragawa 等人进行的研究很感兴趣。他们进行了一项回顾性研究,研究人员调查了 VSA 患者是否因糖尿病的存在而有所不同。他们纳入了 272 名经冠状动脉造影 (CAG) 和痉挛激发试验 (SPT) 诊断为 VSA 的日本患者。他们的研究发现,各组之间的尿白蛋白水平和外周血管功能没有显著差异。在 CAG 上,糖尿病组的动脉粥样硬化病变明显更常见(63% vs 46%;P = 0.028)。SPT 的结果显示,糖尿病组的局部痉挛呈减少趋势(24% vs 39%;P = 0.072)。在糖尿病的主要分析中,各组之间的 MACE 没有显著差异,而局部痉挛的子分析显示糖尿病组的无 MACE 生存率较低(P = 0.042)。
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•在过去的几年中,针对年轻患者(≤60岁)患有复发性疾病的标准疗法和没有治疗限制性合并症的老年患者是常规的救助疗法,然后进行ASCT高剂量治疗。但是,只有在对常规剂量诱导疗法有反应时,才能预期令人满意的结果,如果主要诊断和复发之间的少于12个月,这是很少见的。•对于诱导疗法,3个循环R-DHAP或R-ECE被认为是相等的。•或者,R-GDP被认为是等于(但可以更好地容忍)R-DHAP的R-GDP提供了一种选项。•对于高剂量治疗,通常使用梁方案。•未指示用利妥昔单抗进行维护治疗。•对于年轻的高剂量符合原发性难治性疾病或早期复发的患者(在完成一线治疗后的12个月内),3个随机高剂量治疗的随机3阶段3试验,然后将ASCT与随机抗CD19 CAR T细胞治疗直接进行比较。Zuma-7试验显示,芳二烯 - 曲甲基臂中患者的无事件生存率显着提高。同样,在转变试验患者的Lisocabtagene-Maraleucel组中,无事件生存率显着提高。相反,在贝琳达试验患者中,使用Tisagenlecleucel与标准疗法的CAR T细胞治疗之间没有显着差异。患有化学难治性疾病的患者,高剂量治疗后主要诊断与复发或复发之间的短时间是同种异体移植的候选者。尽管贝琳达试验的负面结果,但在批准和报销后,可以将Axabtagene-cololeucel或Lisocabtagene-Maraleucel进行苯甲酸苯甲酸酯或Lisocabtagene-Maraleucel进行治疗,为原发性难治性疾病或早期复发的患者的新标准。•目前,Axabtagene-ciloleucel和Tisagenlecleucel均由EMA批准至少2种先前疗法的患者(根据批准研究),分别复发/难治性DLBCL患者,原发性纵隔B-cell淋巴瘤和转化的Follicullicular淋巴瘤。目前,尚不清楚CAR-T细胞疗法是否优于同种异体移植。针对不符合高剂量治疗的患者的治疗建议:
1血液学和干细胞移植系,埃森大学医院,西德癌症中心,德国癌症联盟伙伴埃斯森,分子生物技术中心,杜伊斯堡大学,德国杜伊斯堡大学,德国埃森大学,科罗格尼大学2系在德国科隆的科隆,4科隆卓越的卓越集群在衰老相关疾病中的细胞压力反应(CECAD)(CECAD)(CECAD),科隆大学,科隆,德国,德国,5米尔德雷德·谢尔·施而学院,米尔德雷德·谢尔(Mildred Scheel)肿瘤学学院衰老,德国科隆
许多DLBCL患者通过化学免疫疗法实现缓解(即癌症消失或不再需要治疗时)。但是,有时癌症在治疗后可能会恢复(复发)或继续恶化(难治性),并且会给予不同的治疗方法。一些DLBCL患者可能能够进行干细胞移植(造血细胞移植),其中干细胞从患者或供体的血液中去除,然后在高剂量的化学疗法后放入患者的身体。这有助于恢复骨髓并重建免疫系统。
简单总结:弥漫性大 B 细胞淋巴瘤是最常见的 B 细胞肿瘤类型,60-70% 的病例可通过传统化学免疫疗法治愈。复发/难治性患者的预后通常很差,大多数患者最终死于淋巴瘤。在过去十年中,已有几种针对 DLBCL 的新型创新疗法获得批准,这些疗法针对的是肿瘤性 B 细胞的表面抗原和细胞内通路。与标准化疗相比,新型单克隆抗体和工程化 T 细胞显示出更高的反应率、无进展生存期和总生存期,但另一方面,患者正在经历以前未知的新型毒性,临床医生一直在学习如何应对。在这里,我们回顾了已获批或正在研究的用于 DLBCL 的新药以及淋巴瘤细胞的相应分子靶点。
弥漫性固有的庞然神经胶质瘤(DIPG)是一种增殖性脑肿瘤,在性质上是侵略性和快速生长的。DIPG主要影响PON,PON是脑干的一部分,负责调节重要的生理功能,例如呼吸,心率和血液动力学稳定性。在美国,每年大约有300名儿童被诊断出患有DIPG,影响5至10岁的儿童,但可能发生在年轻人口,在某些情况下是青少年人口。dipgs通常由于无法安全地切除肿瘤而具有致命的预后,并且当前的药物和放射疗法最终是无效的。儿童期高级脑干肿瘤的存活率仍然非常差,其中一个估计值为诊断后的十名年轻儿科患者中只有四个年轻的小儿患者将生活一年。该案例研究暴露了一名在农村健康诊所的19岁男性中的罕见病例。
简单的摘要:弥漫性中线神经胶质瘤(DMG),尤其是弥漫性内在的蓬托胶质瘤(DIPG),是一种致命的小儿脑肿瘤,难以诊断并且缺乏任何实际治疗方法。这些肿瘤通常会影响幼儿的深层中线大脑结构,这表明与早期大脑发育和分化有联系。H3K27M突变会触发DIPG,影响基因表达和脑发育。尽管有针对性的基因突变药物干预措施,但该疾病的严峻预后仍未改变。DIPG患者通常在诊断后12至18个月内屈服于疾病。我们的审查发现,超过85%的DIPG肿瘤在组蛋白基因中具有K27M突变,促进异常生长。该突变影响至关重要的大脑过程,包括上皮 - 间质转变途径,有可能解释有和没有K27M的神经胶质瘤之间的差异。这些突变的时机尚不清楚。一个想法是,这些突变可能是在出生前大脑早期发育过程中开始的。
疗法。Loncastuximab tesirine (loncastuximab tesirine-lpyl [Lonca]), an anti-CD19 antibody conjugated to a potent pyrrolobenzodiazepine dimer, demonstrated single-agent antitumor activity in the pivotal phase II LOTIS-2 study in heavily pretreated patients with R/R DLBCL.在这里,我们提出了对所有患者和完全反应的患者(CR)的lotis-2进行更新的EFFI CACY和安全性分析,包括无事件(无疾病或死亡)≥1岁的CR的患者,距离周期1年,治疗第1天,≥2岁。lonca每3周一次服用每3周(2个周期为0.15 mg/kg;随后的周期为0.075 mg/kg)。截至最终数据截止(2022年9月15日;中值随访:7.8个月[范围,0.3-42.6]),145(48.3%)中的70名患者达到了总体反应。36例(24.8%)患者获得了CR,其中16(44%)和11(31%)分别为≥1岁和≥2岁。在全面治疗的人群中,中位总生存期为9.5个月;无进展的中位生存期为4.9个月。未达到CR,中值总生存期和无进展生存期的患者,总体24个月,无进展的生存率为68.2%(95%CI:50.0-81.0)和72.5%(95%CI:48.2-86.8),重新分配。未检测到新的安全问题。标识符:NCT03589469)。随着额外的随访,Lonca继续证明CR患者具有可管理的安全性和耐受性的持久,长期的反应(临床审判政府。