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World File Search System线虫
基因组组装和人膜线虫的注释Mermis nigrescens
线虫的遗传研究已由秀丽隐杆线虫作为模型物种主导。缺乏基因组资源使遗传研究扩展到其他线虫群体。在这里，我们报告了Mermithid线虫Mermis Nigrescens的基因组组装草案。Mermithidae是昆虫寄生的线虫，带有宿主，包括各种陆地节肢动物。我们使用纳米长读数和10倍铬链路读取了nigrescens M. nigrescens的整个基因组。组件的尺寸为524 MB，由867个脚手架组成。N50值为2.42 MB，一半的组装中的一半在30个最长的脚手架中。来自真核生物数据库（Eukaryota_odb10）的组装BUSCO分数表明基因组为86.7％，而5.1％的基因组为5.1％。基因组具有高水平的杂合性（6.6％），重复含量为83.98％。mRNA-seq从不同尺寸的NEMA TOD（≤2cm，3.5–7 cm和> 7 cm的身体长度）中读取，代表不同的发育阶段，并用于基因组注释。使用AB的初始和基于证据的基因模型预测，注释了12,313个蛋白质编码基因和24,186个mRNA。这些基因组资源将有助于研究人员调查生物学和宿主 - 寄生虫的各个方面。
线虫秀丽隐杆线虫：研究免疫学和微生物学的方便模型
Caenorhabditis秀丽隐杆线虫是一种线虫，在世界各地的各种环境中自然存活。该线虫已被用作发展，癌症和衰老的模型系统，因为它与人类的关键基因和疾病中涉及的信号通路共享。此外，该线虫在实验室中易于维持，并且在遗传上是可探讨的。与秀丽隐杆线虫有关的与人类癌，先天免疫和寿命相关的主要发现，但该线虫尚未用于研究与口腔健康相关的基因或微生物群。世界上几个实验室开始研究肠道菌群对秀丽隐杆线虫健康的影响。我们建议通过喂养从人类唾液中分离出的线虫细菌来研究口腔菌群对秀丽隐杆线虫的影响。能够通过秀丽隐杆线虫分析的数据来表征人口腔菌群，可以提供一种方便的方法来筛查不同口腔细菌的快速影响，并可以为几种口腔疾病提供新的前景。
将药物目标发现管道塑造线虫parasi
线虫寄生虫破坏了人类健康和全球粮食安全。用于治疗寄生线虫的前线驱虫投资组合受到驱虫阻力升级的威胁，从而导致对寄生虫控制的新药物目标的需求。线虫神经肽信号通路代表了当前尚未开发的新型药物靶标的有吸引力的来源。线虫神经肽系统的复杂性挑战了寄生虫控制的新目标，但是寄生虫“ OMICS”的最新进展为硅酸盐识别和优先级的靶标准鉴定提供了机会，以供种子驱动驱虫虫发现的发现管道。在这项研究中，我们采用了隐藏的基于马尔可夫模型的搜索来识别〜1059 Caenorhabditis elegans神经肽神经肽G蛋白偶联受体（CE-NP-GPCR）编码基因同源物中的编码10个键盘蛋白质数据集中的10个钥匙parasitic蛋白质数据集，这些蛋白质数据集跨越了几种跨性别的寄生虫，这些蛋白质数据涵盖了多个生物基因进化群和生物的生物群和生活方式。我们表明，尽管寄生线虫具有降低的CE-NP-GPCR补体，但在线虫物种中，几种受体是广泛保守的。为了确定最具吸引力的寄生虫线虫NP-GPCR驱虫目标，我们开发了一部小说中的硅藻线虫寄生虫寄生虫药物靶标的优先级管，该小说结合了泛素NP-GPCR保存，C. exleans衍生的反向反向遗传型表型，帕拉西斯表型，生命阶段的表达数据。几个NP-GPCR成为广谱线虫寄生虫控制的最具吸引力的驱虫目标。我们的分析还确定了物种和生命阶段定向化疗的最合适靶标。在这种情况下，我们已经确定了几个具有宏观潜力的NP-GPCR。这些数据将功能验证工作集中在最具吸引力的NP-GPCR目标上，此外，此处采用的优先级策略为寄生虫线虫目标选择超出了NP-GPCR，为NP-GPCR提供了蓝图。
平原和格雷维的斑马的胃肠道线虫
均衡性被长期感染了寄生虫线虫。有关于马势力的丰富文献，但是它们很难在形态学上识别出关于感染其他等均等物种的强叶的遗传研究很少，这阻碍了对宿主特异性的研究。，我们对肯尼亚中部两个同胞斑马种的蠕虫进行了排序，以扩大强烈的系统发育，并使用对粪便样品上的DNA metabarcodode进行了遗传表征斑马nemabiomes的遗传表征。我们生成了新的与公共遗传参考数据库的几种物种的序列，所有这些物种都是野生斑马中的典型强人（即，三种cylopharynx和Cyathostomum montgomeryi），并确定了其最亲密的亲戚。我们还发现了一种明显的真菌感染了四分之一的被驱逐的crossocepephalus viviparus蠕虫，这是Atractidae家族中的过度生物线虫物种，暗示了Zebra宿主 - 寄生虫动力学可能涉及Zebra-parasite动力学的可能性。这两个斑马物种具有类似的五个斑马生物。我们在它们所携带的线虫物种列表中发现了一个完全重叠的重叠，并且针对不同线虫物种非常相似的患病率（即受感染的宿主的比例）。我们的研究表明，斑马强的宿主特异性有限，并且在平原斑马和濒危的格雷维（Grevy）的斑马之间进行跨跨任务的高潜力。
土壤生物多样性和线虫作为土壤健康的生物指导者（C003954）
本课程的总体目的是提供洞察陆地生态系统的结构和功能，特别着重于线虫多样性及其用作健康土壤的生物指导者。因此，本课程应启动可持续的土壤管理。在第一部分中，学生将获得对土壤生态学对土壤结构，土壤生育能力，养分平衡，碳固存和植物生产的重要性的见解。第二部分包括对“社区”和“功能”指数的详尽讨论及其与土壤监测的相关性。在第三部分中，学生将获得技能，以识别生态相关的分类学水平，以识别自由生活的陆地线虫。理论部分中介绍的理论知识将通过案例研究来说明，并在现场进行采样和实验室分析以及通过练习来说明。非常强调为学生提供有关数据集分析和结果解释的相关方法，目的是使学生能够自主对使用线虫作为模型的陆地土壤问题进行自主进行研究。
美国弗朗西斯坎圆线虫
摘要：在美国南加州至阿拉斯加的 18 个地点研究了红海胆 Strongylocentrotus franciscanus 的生长和存活率。生长率通过四环素标记确定，并使用 Tanaka 生长方程建模。存活率通过大小频率分布和生长参数估算。使用对数线性分析，确定生长转变在各个地点有所不同（p G 0.001），但南北没有差异（p > 0.80）。Tanaka 生长函数的参数是针对所有数据组合（N = 2714）估算的。地点残差没有显示纬度趋势，因此结果与对数线性分析一致。相对颌骨（半金字塔）大小，以颌骨长度与测试直径的函数的异体生长指数 β 来衡量，已被证明对可用食物有反应。对于红海胆，β 与生长呈负相关，但相对颌骨大小与纬度无相关性，这表明食物供应不存在纬度差异。与年增长率相反，年存活率与纬度相关，且在北部更高。从北加州到阿拉斯加，平均年存活概率为 0.93 年 - '，在南加州为 0.77 年 - '。存活率随纬度变化的可能原因是疾病和与温度相关的压力。本文为制定有关红海胆南北种群大小和存活率差异的假设提供了基础，并可能为其他具有浮游幼虫的海洋物种提供假设。
线虫秀丽隐杆线虫可以从其共存的真菌微生物组成员Barnettozyma Californica
线虫秀丽隐杆线虫在其环境中以细菌为食，并已成为微生物组研究的模型生物。然而，尽管在其自然栖息地中存在许多真菌物种，但秀丽隐杆线虫是否以及如何与同时发生的真菌相互作用仍然很大。在这里，我们将酵母Barnettozyma californica与秀丽隐杆线虫的中cosm隔离，并表征其基因组和与线虫的相互作用。我们发现B. californica被秀丽隐杆线虫摄入，可以用作食物来源的唯一，尽管很差。然而，当与大肠杆菌OP50一起使用时，真菌会导致人口增长和觅食行为改变，这表明这种真菌 - 细菌混合物比单独的细菌提供了更好的食物来源。这种效果在不同的天然秀丽隐杆线虫菌株之间有所不同，这表明线虫与加利福尼亚州的相互作用是基因组基础。分离的加州菌菌株的完全组装和注释的基因组并未表明其与秀丽隐杆线虫和/或大肠杆菌OP50相互作用的任何明显的候选基因。总的来说，我们的结果提供了一个有趣的例子，说明了自然相互作用的真菌，细菌和动物之间的复杂性和多层关系。
litomosoides sigmodontis的基因组照亮了丝状线虫中Y染色体的起源
异态性别染色体起源于一对获得性别确定基因座的自动染色体，随后停止重组，导致性别受限的染色体变性。大多数线虫物种缺乏异态性别染色体，并使用X染色体计数机制来确定性别，其中一个或多个X染色体（XX/X0）的雄性为半合子。一些丝状线虫物种，包括人类的重要寄生虫，具有异晶XX/ XY核型。已经假定性别是由这些特殊的Y连锁基因座确定的。然而，核型分析表明，丝状Y染色体源自参与X型体融合事件的常染色体的未连接同源物。在这里，我们生成了一个染色体水平的参考基因组，用于litomosoides sigmodontis，这是一种具有祖先丝状核型和性别确定机制（xx/x0）的丝状线虫。通过将组装的染色体映射到透性线虫祖先连锁（或Nigon）元素中，我们推断出，祖先的丝状X染色体是Nigonx（祖先X-inked Element）和Nigond（Ancestryally Autoso-autoso-mal）之间融合的产物。在带有XY系统的两个丝状谱系中，已经有两个独立的X-Auto-一些涉及不同常染色体黑色NIGON元素的染色体融合事件。在这两个谱系中，Neo-X和Neo-Y染色体共享的区域都在X的祖先常染色体部分内，证实了丝状Y染色体是源自自动体的未使用的同源物。XY丝状线虫中的性别确定可能会继续通过祖先的X染色体计数机制进行操作，而不是通过y连接的性别决定的基因座进行。
