摘要背景:随着动物生产的扩大,寄生蠕虫的经济重要性日益增加。然而,由于几种已建立的驱虫剂的特异性较低,它们的应用可能会损害受治疗的宿主和环境。此外,表现出抗性的寄生虫菌株数量正在增加,而几乎没有开发出新的驱虫药。在这里,我们提出了一种生物信息学工作流程,旨在减少开发新的抗寄生虫策略的时间和成本。该工作流程包括定量转录组学和蛋白质组学、3D 结构建模、结合位点预测和虚拟配体筛选。它被证明可用于鱼类养殖中一种新兴害虫——棘头虫 (Acanthocephala)。我们从四种鱼类 (普通鲃鱼、欧洲鳗鱼、薄唇鲻鱼、大头鲻鱼) 中选取了三种棘头虫 (Pomphorhynchus laevis、Neoechinorhynchus agilis、Neoechinorhynchus buttnerae)。结果:该工作流程在棘头鱼中产生了 11 个高度特异性的候选靶标。候选靶标在确定宿主和偶然宿主中表现出恒定且升高的转录丰度,表明其具有组成性表达和功能重要性。因此,相应蛋白质的损伤应该能够特异性和有效地杀死棘头鱼。候选靶标在棘头鱼体壁中也非常丰富,这些无肠寄生虫通过体壁吸收营养。因此,这些候选靶标很可能与口服给鱼的化合物接触。虚拟配体筛选产生了十种化合物,其中五种根据 ADMET、GHS 和 RO5 标准似乎特别有希望:他达拉非、普拉那匹特、吡酮洛芬、海利霉素和杀线虫剂德奎特尔。结论:基因组学、转录组学和蛋白质组学的结合产生了一种广泛适用的程序,可以节省成本和时间地识别寄生虫中的候选靶蛋白。现在可以进一步评估预测结合的配体是否适合控制棘头虫。工作流程已存放在 Galaxy 工作流程服务器中,URL 为 tinyurl.com/yx72rda7 。关键词:寄生虫、驱虫药、靶分子、虚拟配体筛选、活性成分、医学基因组学
药物研发是发现新候选药物的过程,最初是从植物、动物和天然矿物中随机寻找治疗剂。为此,他们依赖当时的巫医和牧师建立的药物学。随后,经典药理学诞生,在完整细胞或整个生物体上测试小分子的治疗效果。后来,人类基因组测序的出现彻底改变了药物研发过程,发展成为基于靶标的药物研发,也称为逆向药理学[1]。这依赖于这样一种假设,即调节特定蛋白质的活性将产生治疗效果。药物结合或相互作用的蛋白质也称为“靶标”。在这种还原论方法中,从化学库中筛选小分子,以确定它们对靶标的已知或预测功能的影响。一旦为特定靶标选择了小分子,就会在原子水平上进行进一步的修改,以改善锁与钥匙的相互作用。在过去的几十年里,这种单一药物/单一靶点/单一治疗方法一直沿用至今。20 世纪末的信息技术革命也改变了药物发现过程。在此期间,组学技术的进步被用于制定药物研究不同阶段的策略。在发现过程中,计算能力被用于预测新设计或发现的化合物的药物相似性,配体蛋白对接则用于预测小分子与蛋白质三维结构的结合亲和力。开发了计算机工具来预测药物分子的其他药理特性,如吸收、分布、代谢、排泄和毒性——统称为 ADMET。技术进步引发了发现努力,以发现更具体的灵丹妙药,这些灵丹妙药完全违背了传统医学的整体方法。这种灵丹妙药方法目前正处于衰落阶段。这种药物发现方法的主要局限性是副作用和无法治疗多因素疾病。这主要是由于这种方法的线性。在药物发现和开发的历史高峰时期,天然产物药物发挥了重要作用,因为它们比合成化合物库具有更好的化学多样性和安全性。目前,估计有一百多种新的天然产物先导药物正在临床开发中。许多来自传统药物来源的活性化合物(生物活性物质)可以作为合理药物设计的良好起始化合物和支架。天然产物通常通过调节多个靶点而不是单个高度特异性的靶点来发挥作用。但在药物研发中,技术被用于合成高度特异性的单靶分子,以模仿天然药物中的生物活性物质
附录 2 药物化学术语表 血管紧张素转换酶 (ACE) 抑制剂 一种抗高血压药物,通过抑制血管紧张素转换酶发挥作用,阻止强效血管收缩剂的合成。 乙酰胆碱 (ACh) 神经系统中的一种信使分子。在中枢神经系统中,乙酰胆碱和相关神经元形成胆碱能系统,该系统往往引起抗兴奋作用(另见胆碱能)。 ADMET 指候选药物的吸收、分布、代谢、排泄和毒理学。 激动剂 一种在受体上产生与天然信使相同反应的药物。 变构 指正常配体使用的蛋白质结合位点以外的其他蛋白质结合位点,会影响蛋白质的活性。变构抑制剂与变构结合位点结合会诱导蛋白质形状的改变,从而将正常结合位点与正常配体区分开来。拮抗剂 一种与受体结合但不激活受体的药物,从而抑制天然信使或激动剂的结合。 抗菌剂 一种可以杀死细菌细胞或抑制细菌细胞生长的天然或合成分子。 抗体 一种由人体免疫系统产生的 Y 形糖蛋白,可与外来分子上的抗原相互作用。标记要摧毁的外来分子。 抗体-药物偶联物 一种抗体,其结构与药物共价结合。 抗原 被免疫系统“识别”并与针对它的抗体相互作用的分子区域。 抗代谢物 一种对细胞正常代谢至关重要的酶的抑制剂。用于抗菌和抗癌。 β 受体阻滞剂 一种阻断或拮抗 β 肾上腺素受体的药物。用于心血管方面。 生物测定 一种测量物质对生物体影响的测定方法。生物利用度 给药后,在血浆或靶组织中可利用的药物或其他物质的比例或百分比。 生物标志物 一种生物状态指标,可以可靠地测量和评估,作为生物过程或治疗干预反应的指标。 黑框警告 药品标签上必须出现的最严重的安全警告,表示药物可能出现严重甚至危及生命的不良反应。 血脑屏障 脑血管比周围血管的孔隙率低,且有一层脂肪涂层。针对脑部的药物必须是亲脂性的才能穿过血脑屏障。 化学介导毒性 由于某种化学物质或整个化学物质类别的物理和化学性质而导致的毒性。 胆碱能受体 由乙酰胆碱激活的受体。 慢性粒细胞白血病 一种以髓系细胞过度增殖为特征的血液系统癌症。临床试验第 1 阶段 首先在 50-200 名健康志愿者中测试药物,以确定合适的剂量水平、评估其药代动力学并确定副作用。 临床试验第 2 阶段 在此阶段,在患有目标疾病的患者组(100-500 人)中测试药物,以验证其治疗效果。不同的组接受不同的剂量,通常在双盲条件下进行。 临床试验第 3 阶段 与第 II 阶段类似,但患者人数较多(1000-5000 人)。在此阶段,将证明和充分评估药物的有益效果或其他效果。 临床试验第 4 阶段 在药物获批和上市后,监测其性能是一个永无止境的过程,现在称为第 IV 阶段研究。可能会观察到新的副作用,或者通过长期统计数据揭示对特定群体(例如儿童或孕妇)的影响。如有必要,可以撤回药物。 CNS 中枢神经系统
大多数脑膜瘤被归类为1级,通常遵循良性课程。但是,当形态学上1级脑膜瘤侵入相邻的脑组织时,它们被重新分类为世界卫生组织(WHO)2级肿瘤,这会使预后恶化。肿瘤细胞入侵相邻结构需要细胞外基质(ECM)降解并减少细胞间粘附。基质金属蛋白酶9(MMP9)是参与ECM降解的关键蛋白,而E-钙粘着蛋白在维持细胞间粘附方面起着至关重要的作用。这项研究旨在比较MMP9和E-钙粘着蛋白在形态学上的1级脑膜瘤中的免疫组织化学(IHC)表达,并没有脑部入侵,并评估其表达与脑侵入之间的相关性。使用Soetomo General Academic Hospital诊断出患有1级脑膜瘤的患者的福尔马林固定的,石蜡包裹的组织样品进行了一项横截面设计的分析观察性研究。这项研究包括43名受试者,分为两组:脑膜侵袭(n = 20)和无脑部入侵的脑膜瘤(n = 23)。对MMP9和E-钙粘着蛋白进行 IHC染色,并使用H得分系统评估表达水平。 使用Mann-Whitney检验进行统计分析。 两组之间的MMP9表达没有显着差异(p = 0.08),尽管在脑膜瘤中有脑浸润的脑膜瘤中较高表达的趋势。 相比之下,与没有脑浸润的脑膜瘤相比,E-钙粘蛋白的表达显着降低(p <0.001)。IHC染色,并使用H得分系统评估表达水平。使用Mann-Whitney检验进行统计分析。 两组之间的MMP9表达没有显着差异(p = 0.08),尽管在脑膜瘤中有脑浸润的脑膜瘤中较高表达的趋势。 相比之下,与没有脑浸润的脑膜瘤相比,E-钙粘蛋白的表达显着降低(p <0.001)。使用Mann-Whitney检验进行统计分析。两组之间的MMP9表达没有显着差异(p = 0.08),尽管在脑膜瘤中有脑浸润的脑膜瘤中较高表达的趋势。相比之下,与没有脑浸润的脑膜瘤相比,E-钙粘蛋白的表达显着降低(p <0.001)。降低的E-钙粘蛋白表达与1级脑膜瘤中的脑浸润密切相关,并且可以作为这种攻击行为的预测指标。MMP9表达未达到统计学意义,但观察到的趋势需要进一步研究。这些发现突出了e-钙粘着蛋白在脑膜瘤进展中的潜在作用及其作为预后标记的效用。
摘要:尽管执行了最佳药物治疗(OMT),但晚期心力衰竭(ZS)的特征是耐火症状和频繁再住院。 div>由于患有心血管疾病的危险因素和人口衰老的患者数量增加,末端ZS的div>越来越大,这是卫生保健系统的巨大临床挑战和负担。 div>预测是一种不良疾病,其死亡率为25%至75%。 div>鉴于OMT是一种有限的效果,在治疗此类患者时,考虑了涉及心脏移植和机械循环支持的先进治疗方法。 div>心脏移植是末端ZS的黄金标准,但是由于供体器官数量有限,并且存在某些禁忌症,因此将无法使用这种方法对患者进行治疗。 div>短期机械循环装置可用于治疗心源性休克和急性加剧,以恢复决策,恢复,孔孔或心脏移植的升级,恢复,升级。 div>长期左心室支撑装置被安装为倒带到心脏移植或作为永久意识到心脏移植的患者的目的地治疗。 div>充分使用心脏移植的主要挑战是捐助者的需求和外观之间的不成比例,这需要候选人的最佳排练以及资源的更好合理化。 div>对于成功的结果至关重要。 div>为时已晚,无法将这些患者转到移植中心进一步限制治疗选择。 div>尽管机械循环支持设备的技术取得了进步,但它们的全部潜力仍然有限,对右心室,欠发达的完整体内系统,平民或可及性以及安装后可能不需要的事件的足够长期支撑,例如通道,长号,长号,长号或出血。 div>在这项检查中,对终末Z患者的治疗挑战进行了综述,对疾病本身,药物治疗和使用晚期治疗方法的使用。 div>