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摘要背景：随着动物生产的扩大，寄生蠕虫的经济重要性日益增加。然而，由于几种已建立的驱虫剂的特异性较低，它们的应用可能会损害受治疗的宿主和环境。此外，表现出抗性的寄生虫菌株数量正在增加，而几乎没有开发出新的驱虫药。在这里，我们提出了一种生物信息学工作流程，旨在减少开发新的抗寄生虫策略的时间和成本。该工作流程包括定量转录组学和蛋白质组学、3D 结构建模、结合位点预测和虚拟配体筛选。它被证明可用于鱼类养殖中一种新兴害虫——棘头虫 (Acanthocephala)。我们从四种鱼类 (普通鲃鱼、欧洲鳗鱼、薄唇鲻鱼、大头鲻鱼) 中选取了三种棘头虫 (Pomphorhynchus laevis、Neoechinorhynchus agilis、Neoechinorhynchus buttnerae)。结果：该工作流程在棘头鱼中产生了 11 个高度特异性的候选靶标。候选靶标在确定宿主和偶然宿主中表现出恒定且升高的转录丰度，表明其具有组成性表达和功能重要性。因此，相应蛋白质的损伤应该能够特异性和有效地杀死棘头鱼。候选靶标在棘头鱼体壁中也非常丰富，这些无肠寄生虫通过体壁吸收营养。因此，这些候选靶标很可能与口服给鱼的化合物接触。虚拟配体筛选产生了十种化合物，其中五种根据 ADMET、GHS 和 RO5 标准似乎特别有希望：他达拉非、普拉那匹特、吡酮洛芬、海利霉素和杀线虫剂德奎特尔。结论：基因组学、转录组学和蛋白质组学的结合产生了一种广泛适用的程序，可以节省成本和时间地识别寄生虫中的候选靶蛋白。现在可以进一步评估预测结合的配体是否适合控制棘头虫。工作流程已存放在 Galaxy 工作流程服务器中，URL 为 tinyurl.com/yx72rda7 。关键词：寄生虫、驱虫药、靶分子、虚拟配体筛选、活性成分、医学基因组学
使用多种方法识别抗寄生虫药物靶点...
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