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CoV-2：分子对接
发现针对 SARS- CoV-2 3CL pro 蛋白靶点的新型羟乙胺类似物：分子对接、分子动力学模拟和构效关系研究 Sumit Kumar 1,2、Prem Prakash Sharma 2、Uma Shankar 3、Dhruv Kumar 4、Sanjeev K Joshi 5、Lindomar Pena 6、Ravi Durvasula 7、Amit Kumar 3、Prakasha Kempaiah 7、Poonam 1、和 Brijesh Rathi 2,* 1 德里大学米兰达楼化学系，德里 - 110007。 2 德里大学汉斯拉吉学院转化化学与药物研发实验室，德里 - 110007 印度 3 印度理工学院生物科学与生物医学工程系，印多尔，西姆罗尔，印多尔 - 453552，印度 4 阿米蒂大学北方邦阿米蒂分子医学与干细胞研究所 (AIMMSCR)，Sec-125，诺伊达 - 201313，印度 5 国防研究与发展组织技术部，总部，Rajaji Marg，新德里 - 110011 6 奥斯瓦尔多·克鲁兹基金会 (Fiocruz) Aggeu Magalhaes 研究所 (IAM) 病毒学系，50670-420，累西腓，伯南布哥州，巴西。 7 洛约拉大学斯特里奇医学院医学系，2160 South First Avenue，芝加哥，伊利诺伊州 60153，美国
分子对接的艺术和科学
分子对接已成为结构性生物学和药物化学家工具包的重要组成部分。给定分子靶标的化合物和三维结构（例如，蛋白质）将化合物固定在靶标中，预测化合物的结合结构和结合能。对接可以通过筛选大型虚拟复合库来发现目标的新型配体。对接还可以为基于结构的配体优化或研究配体的作用机理提供有用的起点。计算方法的进步，包括基于物理学的和机器学习方法以及互补的实验技术，使对接成为更强大的工具。我们回顾了扩展坞的工作原理以及如何推动药物发现和生物学研究。我们还描述了其当前的局限性和克服它们的持续努力。
移动海底停靠站与AUV之间的自主对接
摘要 - 自动摩托水车（AUV）的发射和恢复是这些船只运行的关键阶段，也是最可能的故障点之一。主要风险因素之一是天气状况，甚至可能完全阻止该过程。我们通过一个新颖的发射和恢复系统（LARS）解决了这个问题，该系统由一个高度可操作的Auv型停靠站组成，该站束缚在供应船上。虽然这可以缓解不利的天气条件，但需要更高的自主功能。在本文中，我们提出了一种新颖的方法，用于促进两种自动水下车辆之间的物理对接水下，而它们俩都在运动且具有紧密的公差。这是通过基于自定义距离度量的控制法之间融合来实现的。我们的方法在模拟和物理试验中得到了验证。
奎宁、氯喹和……的分子对接
用于治疗 COVID-19 的药物研究仍然具有挑战性。SARS-CoV-2 通过血管紧张素转换酶 (ACE2) 受体进入人体。SARS-CoV-2 的 S（刺突）蛋白结构与 ACE2 受体的活性位点相互作用，该活性位点定义为肽酶结构域，由 Gln24、Asp30、His34、Tyr41、Gln42、Met82、Lys353、Arg357 组成。这项工作研究了三种喹啉类抗疟药物与 ACE2 受体肽酶结构域的相互作用。从蛋白质数据库下载了人 ACE2 受体的 X 射线晶体结构。使用 MarvinSketch 构建配体，并使用 LigandScout 中的 MMFF94 进行几何优化。能量最小化的配体对接至 ACE2 受体的肽酶结构域。结果表明，氯喹、羟氯喹和奎宁可以与 ACE2 受体肽酶结构域中的氨基酸残基相互作用。在这三种化合物中，奎宁对 ACE2 受体的亲和力最强（-4.89 kcal/mol），其次是羟氯喹（-3.87 kcal/mol）和氯喹（-3.17 kcal/mol）。总之，奎宁、氯喹和羟氯喹可以通过与 ACE2 受体肽酶结构域中的 Lys353 残基相互作用来阻断 SARS-CoV-2 病毒的感染，因此有可能用作 COVID-19 解毒剂。这项研究将为喹啉类抗疟药物抑制 SARS-CoV-2 病毒感染的机制提供更多见解。关键词：ACE2 受体，COVID-19，氯喹，羟氯喹，奎宁，SARS-CoV-2
分子对接和动力学模拟
基质金属蛋白酶9（MMP-9）是锌，依赖钙的蛋白水解酶，参与细胞外基质降解。MMP-9的过度表达已在几种疾病中得到证实，包括癌症，阿尔茨海默氏病，自身免疫性疾病，有氧运动血管疾病和龋齿。因此，建议将MMP-9抑制作作为对抗各种疾病的治疗策略。肉桂酸衍生物在不同的癌症，阿尔茨海默氏病，心血管疾病和龋齿中表现出治疗作用。进行了一种计算药物发现方法，以评估选定的肉桂酸衍生物与MMP-9活性位点的结合亲和力。还检查了对顶级化合物的停靠姿势的稳定姿势。使用Autodock 4.0工具测试了12种草药肉桂酸衍生物可能抑制MMP-9。通过10纳秒模拟中，通过分子动力学（MD）评估了最有效的MMP-9抑制剂的停靠姿势的稳定性。在MMP-9活性位点中，在MD模拟之前和之后研究了本研究中最佳的MMP-9抑制剂与在MMP-9活性位点中掺入的残基之间的相互作用。cynarin，绿原酸和马链酸与MMP-9催化结构域具有相当大的结合亲和力（δg结合<–10 kcal/ mol）。在皮摩尔尺度上计算了cynarin和绿原酸的抑制恒定值，并将其分配为肉桂酸衍生物中最有效的MMP-9抑制剂。在10 NS模拟中，cynarin和绿原酸的根平方偏差低于2Å。cynarin，绿原酸和红氨酸酸可能是MMP-9抑制作用的候选药物。
朝基于事件的卫星对接
摘要 - 自动化卫星对接是大多数未来轨内服务任务的先决条件。大多数基于视觉的解决方案建议使用常规摄像机。但是，由于极端的照明条件，官能相机面临挑战。事件摄像机已用于各种应用中，因为它们的优势比常规摄像机（例如高时间分辨率，更高的动态范围，低功耗和更高的像素带宽）。本文提出了一个硬件设置，以模拟低地轨道（LEO）条件。该设置旨在展示基于事件的相机对卫星对接应用程序的适用性。开发的测试环境具有类似于狮子座的照明条件，Leo是洛克希德·马丁（Lockheed Martin）的任务增强端口标准后的模拟卫星对接端口，以及一个可以将模拟卫星移动以复制太空运动的机器人臂。本文显示了在狮子座条件下（例如像素饱和度）中传统摄像机所面临的缺点，从而导致功能丧失。为了克服这些局限性，本文使用基于事件的相机介绍了端口检测管道。所提出的管道在图像空间中以平均误差为8.58像素来检测对接端口。与图像宽度和高度相比，此错误分别为2.48％和3.30％。因此，所提出的方法为卫星对接提供了有希望的结果，该卫星在狮子座环境中使用照明条件具有挑战性的情况。
阿司匹林的比较分子对接研究
校园，卡拉奇，巴基斯坦。Shazia.dawood@iqra.edu.pk 摘要背景：抵抗素是一种与肥胖、慢性炎症和胰岛素抵抗有关的激素，在代谢和炎症途径中起着至关重要的作用。非甾体抗炎药 (NSAID) 如阿司匹林和布洛芬因其抗炎特性而广泛使用，并且可能与抵抗素相互作用来调节炎症和胰岛素抵抗。目的：本研究旨在比较阿司匹林和布洛芬与抵抗素的分子对接相互作用，以确定它们的结合亲和力、相互作用模式以及对抵抗素结构和功能的潜在影响。该研究还试图评估这些相互作用对管理肥胖相关炎症和胰岛素抵抗的意义。方法：使用 Molegro Virtual Docker (MVD) 和 UCSF Chimera 进行分子对接模拟。抵抗素的晶体结构 (PDB ID：1IRF) 是从蛋白质数据库中获得的。制备并优化了阿司匹林和布洛芬作为配体，并确定了抵抗素的活性位点。进行对接模拟以评估结合亲和力和相互作用模式，并对结果进行可视化和分析，以了解氢键和活性位点相互作用。结果：阿司匹林和布洛芬都表现出对抵抗素的强结合亲和力，布洛芬的亲和力（MolDock评分为-81.6732）略高于阿司匹林（MolDock评分为-81.2585）。阿司匹林与Thr37形成一个氢键，而布洛芬与Ser65和Cys56形成两个氢键，表明相互作用更稳定。每种配体的不同相互作用残基组表明不同的结合机制以及对抵抗素构象和功能的潜在影响。结论：研究表明阿司匹林和布洛芬可以与抵抗素强结合，布洛芬表现出稍强和更稳定的相互作用。这些不同的相互作用可能影响抵抗素在炎症和胰岛素抵抗中的作用，为控制这些疾病提供了潜在的治疗途径。需要进一步的实验验证来确认这些相互作用在体内的功能后果，这可以为开发针对慢性炎症疾病和代谢紊乱的靶向疗法提供参考。
对...
12 M.Pharm。，博士，印度泰米尔纳德邦Senghundhar药学院校长。 摘要Monkeypox病毒（MPXV）已作为严重的公共卫生威胁重新浮出水面，需要快速发展有效的治疗方法。 分子对接一直是发现可能的MPXV抑制剂的重要方法。 本综述的目的是使用不同的配体对MPXV蛋白进行分子对接实验进行详尽的分析和比较。 我们检查了15个对接研究中15个配体的结合亲和力，相互作用和结构要求。 根据我们的研究，表明配体具有鼓励对MPXV蛋白的抑制潜力。 此外，我们发现临界残基和化学连接对于有效的配体结合至关重要。 我们对从这些研究获得的结果进行了详细的检查，包括分子相互作用，结合亲和力以及从对接模拟获得的结构见解。 关键词：蒙基蛋白病毒，分子对接，猴子痘病毒蛋白，基于配体设计，基于结构的设计，抗病毒疗法。 引言是一种高度严重的人畜共患感染，影响了全世界的人（MONKEY POX病毒（MPXV））。 有了很少的有效药物，分子对接已成为识别潜在治疗的关键方法。 本文提供了对MPXV进行的分子对接研究的全面概述，重点是已研究为潜在抑制剂的各种配体。12 M.Pharm。，博士，印度泰米尔纳德邦Senghundhar药学院校长。摘要Monkeypox病毒（MPXV）已作为严重的公共卫生威胁重新浮出水面，需要快速发展有效的治疗方法。分子对接一直是发现可能的MPXV抑制剂的重要方法。本综述的目的是使用不同的配体对MPXV蛋白进行分子对接实验进行详尽的分析和比较。我们检查了15个对接研究中15个配体的结合亲和力，相互作用和结构要求。根据我们的研究，表明配体具有鼓励对MPXV蛋白的抑制潜力。此外，我们发现临界残基和化学连接对于有效的配体结合至关重要。我们对从这些研究获得的结果进行了详细的检查，包括分子相互作用，结合亲和力以及从对接模拟获得的结构见解。关键词：蒙基蛋白病毒，分子对接，猴子痘病毒蛋白，基于配体设计，基于结构的设计，抗病毒疗法。引言是一种高度严重的人畜共患感染，影响了全世界的人（MONKEY POX病毒（MPXV））。有了很少的有效药物，分子对接已成为识别潜在治疗的关键方法。本文提供了对MPXV进行的分子对接研究的全面概述，重点是已研究为潜在抑制剂的各种配体。人类可以通过与病人或动物密切接触，并与被病毒污染的物体接触，从而收缩猴子痘。发烧，皮疹和淋巴结肿大只是人类猴子痘的感染可能引起的一些问题。猴子痘可以导致肺炎，脑炎，威胁性角膜炎和随后的细菌感染[1]。
评论耦合分子对接研究
摘要自2020年2月底以来，由于病毒SARS-COV-2（严重的急性呼吸综合症冠状病毒2），世界已经停滞不前。从那时起，全球科学界探索了针对该病毒的各种疗程和治疗方法，包括由于其许多好处而一直是一种选择的天然产品。各种已知的植物化学物质的抗病毒特性已充分记录。正在进行研究以发现新的天然植物产品或现有产品作为该疾病的治疗方法。这方面的三个重要目标是 - 像蛋白酶（PLPRO），尖峰蛋白和3种胰凝乳蛋白酶（例如蛋白酶）（3Clpro）。还阐明了各种对接研究，以鉴定调节病毒关键蛋白质的植物化学物质。本文同时进行了全面的综述，涵盖了各种植物衍生的天然产物的影响的最新进展，作为针对冠状病毒病2019（Covid-19）的替代治疗方法。此外，对接分析表明，鲁丁蛋白（SARS-COV-2的主要蛋白酶的抑制剂），Gallocatechin（例如，与03氢键与尖峰样蛋白质相互作用），氨基酯，表现出与氨基酸GLN498，Thrn498，Thr500和gln446的最佳结合亲和力（显示出最佳的结合亲和力）在其残基ASP216，PHE219和ILE259中）是SARS-COV-2的有前途的抑制剂。