XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemDocking
在使用分子对接方法靶向SMDCD的植物化学物质筛查中
在使用分子对接链球菌突变的植物化学物质筛选中，使用分子对接方法hemlata pundir 1，Ramanand Pathak 2，Tanuja Pant 3，Manish Pant 4，Manish Pant 4，Subhash Chandra Chandra 3，Chandra 3，*和Sushma Tamta 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 S. botany，d.s.ss.b。校园，库马恩大学，北阿坎德邦263002，印度2植物学系，M.L.K。 北方邦西德斯大学272202，印度 北方邦272202电子邮件：scjnu@yahoo.co.in）收到：2022年9月21日，修订：2022年11月4日，接受：2022年11月11日，发布：2023年3月17日摘要校园，库马恩大学，北阿坎德邦263002，印度2植物学系，M.L.K。北方邦西德斯大学272202，印度 北方邦272202电子邮件：scjnu@yahoo.co.in）收到：2022年9月21日，修订：2022年11月4日，接受：2022年11月11日，发布：2023年3月17日摘要北方邦西德斯大学272202，印度 北方邦272202电子邮件：scjnu@yahoo.co.in）收到：2022年9月21日，修订：2022年11月4日，接受：2022年11月11日，发布：2023年3月17日摘要北方邦272202电子邮件：scjnu@yahoo.co.in）收到：2022年9月21日，修订：2022年11月4日，接受：2022年11月11日，发布：2023年3月17日摘要北方邦272202电子邮件：scjnu@yahoo.co.in）收到：2022年9月21日，修订：2022年11月4日，接受：2022年11月11日，发布：2023年3月17日摘要北方邦272202电子邮件：scjnu@yahoo.co.in）收到：2022年9月21日，修订：2022年11月4日，接受：2022年11月11日，发布：2023年3月17日摘要北方邦272202电子邮件：scjnu@yahoo.co.in）收到：2022年9月21日，修订：2022年11月4日，接受：2022年11月11日，发布：2023年3月17日摘要北方邦272202电子邮件：scjnu@yahoo.co.in）收到：2022年9月21日，修订：2022年11月4日，接受：2022年11月11日，发布：2023年3月17日摘要北方邦272202电子邮件：scjnu@yahoo.co.in）收到：2022年9月21日，修订：2022年11月4日，接受：2022年11月11日，发布：2023年3月17日摘要
研究了来自Centella Asitica作为肾素抑制剂的三萜皂苷化合物，具有药效团建模，分子对接和体外评估
高血压是一个沉默的杀手，印尼人口的患病率为34.11％，女性为36.85％，男性为31.34％。1高血压会导致肾脏损伤，心脏，中风，即使无法正确治疗。非药物治疗用于高血压是通过改变更健康的生活方式，避免低盐饮食的压力并从小就定期运动来完成高血压。高血压的药理治疗包括一类利尿药，血管紧张素转化酶（ACE抑制剂），血管紧张素受体阻滞剂（ARBS），β受体阻滞剂，钙通道阻滞剂（CCBS）和肾素抑制剂。肾素血管紧张素 - 醛固酮系统（RAAS）在高血压发展中具有重要作用。对SRAA作用的两种药物是ACEI和ARB。2都在抑制RAA和副作用方面都有缺点。肾素是RAA的重要组成部分，具有血管紧张素原的特异性。肾素抑制剂可以在最高水平上阻止SRAA。印度尼西亚以动植物的形式拥有多种自然财富。3然而，仍然有许多植物被科学地使用或测试。肾素抑制剂源自天然成分通常来自皂苷化合物或多酚化合物的类别。4
在人类癌症中靶向过表达的细胞周期蛋白依赖性激酶1（CDK1）：kamalachalcone A在硅docking研究中作为CDK1激酶的潜在抑制剂出现为潜在的抑制剂
受体分子的位点，然后生成对接参数文件（DPF）。这些文件用作网格映射和对接的输入文件。使用受体和配体的PDB文件用于生成PDBQT文件，以使用AutoDdock Tools 1.5.7执行对接研究。对每个配体进行了独立的运行，每个表观构象体以随机顺序对接到CDK1激酶的结合袋中。在扩展坞研究中，分配了遗传算法和lamarckian通用算法进行配体构象搜索。分析了从每个对接受体配体配合物的Autodock4对数文件（DLG）获得的数据[26]。随后，使用Ligplot+ V.4.5.3软件来计算结合位点中配体和CDK1激酶之间疏水和氢键的数量。通过Ligplot + 4.5.3软件鉴定了结合位点中存在的氨基酸的类型和数量[27]。
GH49家族葡萄糖酶的分子对接和位于位置的诱变，用于制备高度聚合异藻糖
摘要：异藻醇（IMO）的高度聚合不仅有效地促进了人体中双杆菌的生长和繁殖，而且还使其抗胃酸的快速降解具有抗性，并可以刺激胰岛素分泌。在这项研究中，我们选择了表达的右旋酶（PSDEX1711）作为研究模型，并使用自动库克Vina分子对接技术来对接IMO4，IMO5和IMO6与其使用该突变位点，然后通过其定型型氨基酸的构图和水合构图的构图进行了启用，并研究了该突变的潜在作用。发现突变酶H373A的IMO4产量显着增加至62.32％。饱和突变表明，突变酶H373R的IMO4产量升至69.81％，其相邻位点S374R IMO4产量增加到64.31％。对突变酶的酶特性的分析表明，H373R的最佳温度从30℃降低到20℃，并且在碱性条件下维持了超过70％的酶活性。双点饱和突变结果表明，突变酶H373R/N445Y IMO4产量增加到68.57％。结果表明，具有基本非极性氨基酸的373个位点（例如精氨酸和组氨酸）会影响酶的催化特性。发现为IMO4的未来销售生产和右旋酶结构的分析提供了重要的理论基础。
合成、分子对接、动力学、量子...
摘要：本研究设计并合成了一些新的抗菌化合物，它们是通过苯基桥连接到苯并咪唑环的 2 位上的 2-氨基噻二唑衍生物。通过 1 H 和 13 C NMR 光谱、高分辨率质谱和元素分析鉴定了化合物的结构。测试了合成化合物对白色念珠菌、克柔念珠菌、光滑念珠菌和近平滑念珠菌的抗真菌活性。化合物 5f 对白色念珠菌和光滑念珠菌的活性比标准氟康唑和伐康唑更高。还评估了化合物对革兰氏阳性菌大肠杆菌、粘质沙雷氏菌、肺炎克雷伯氏菌、铜绿假单胞菌以及革兰氏阴性菌粪肠球菌、枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌的拮抗活性。化合物 5c 和 5h 对粪肠球菌的最低抑菌浓度接近标准阿奇霉素。对念珠菌的 14-α 脱甲基酶进行了分子对接研究。5f 是对念珠菌活性最强的化合物，其对接相互作用能最高。采用 100 ns 分子动力学模拟测试了化合物 5c 和 5f 与 CYP51 的稳定性。根据理论 ADME 计算，化合物的曲线在限制规则方面是合适的。 HOMO−LUMO分析表明，5h的化学反应性比其他分子更强（用较低的ΔE=3.432eV表示），这与最高的抗菌活性结果相符。
基于 DFT、分子对接和药代动力学研究的鹰嘴豆素 A 作为潜在乳腺癌药物的计算机辅助分析
摘要：乳腺癌是全球最常见、最致命的癌症类型。鹰嘴豆素A是一种天然异黄酮，具有多种生物学和药理学特性。本研究利用密度函数理论（DFT）的量子化学研究探索鹰嘴豆素A的结构特征，并通过分子对接模拟揭示其抑制乳腺癌的特性。首先使用DFT/B3LYP方法以6-311++（d，p）基组对先导分子进行优化。进行模拟静电势以评估先导分子的反应性，并通过基于能隙、化学势（μ）、电负性（χ）、硬度（η）和软度（S）值的HOMO-LUMO分析评估分子反应性和稳定性。进行Mulliken原子电荷分布以确定分子的反应位点，并进行自然布居分析以计算电子分布。随后通过分子对接研究评估鹰嘴豆素A与乳腺癌靶蛋白的相互作用，并通过药代动力学评价评价先导分子的类药性，结果表明该先导分子没有违反Lipinski规则，对HER-2（PDB ID：2IOK）具有最高的结合亲和力，对接评分为-9.2Kcal/mol。
在计算机分析中，用于重新利用SARS-COV-2的多个靶标的广谱抗病毒药物：一种分子对接和ADMET方法
背景：在严重的急性呼吸综合症冠状病毒-2（SARS-COV-2）引起的第二波COVID-19引起的大流行中，世界遭受了破坏，并导致数百万具有致命毒力潜力的人死亡。与类似的病毒暴发相比，例如严重的急性呼吸综合征冠状病毒（SARS COV）和中东呼吸综合征冠状病毒（MERS COV），Covid-19导致严重的发病率和死亡率。对抗SARS-COV-2感染的各种治疗性干预措施已积极研究，但尚无针对SARS-COV-2病毒具有高抗病毒疗效的特定药物。目前的工作是代表52种广谱抗病毒药物作为抑制SARS-COV-2感染的潜在铅分子的有希望的治疗功效。这些药物已经对几种病毒感染显示了潜在的功效。本文通过使用分子对接方法评估受体 - 配体相互作用来讨论可用广谱抗病毒药物的治疗功效的比较分析。
通过分子对接靶向SARS-COV-2主要蛋白酶的重新利用药物的计算筛选
摘要背景：Covid-19（2019年冠状病毒病）是由严重的急性呼吸综合症2型（SARS-COV-2）引起的，这构成了明显的全球健康和经济危机，该危机敦促有效治疗。方法：总共11个分子（Baricitinib，Danoprevir，Dexamethasone，Hydrox- Ychloroquine，Ivermectin，lopinavir，甲基甲基甲虫，Remdesivir，Remdesivir，Ritononavir，Ritonavir，Ritonavir和Saridegib和Saridegib，saridegib，saridegib，saridegib，condina contine conto ander cons of tosect in select ins seption condine condine contine condine sout solect solect通过靶向SARS-COV的主要蛋白酶（MPRO）的抗病毒活性，这是一种半胱氨酸蛋白酶，介导病毒复制过程中多蛋白的成熟裂解。结果：三种药物与N3（活性MPRO抑制剂作为对照）表现出更强的结合功能：Danoprevir（–7.7 kcal/mol），remdesivir（–8.1 kcal/mol）和saridegib（–7.8 kcal/mol）。在Glya的Danoprevir-Mpro复合物中鉴定出两个主要的常规氢键：143和GLNA：189，而残基GLUA：166形成了碳 - 氢键。在Asna：142，血清：144，CYSA：145，HISA：163，GLUA：166和GLNA：189的Remdesivir中鉴定出七个主要的常规氢键。与抗坏血酸（–5.4 kcal/mol）相比，头孢氨思显示出对MPRO（–7.9 kcal/mol）的结合性更好（–5.4 kcal/mol）。在HISA：164，POA； 168，GLNA; 189和THRA：190的头孢氨思-Mpro复合物中形成了四个碳 - 氢键。结论：这项研究的发现表明，这些药物可能通过靶向MPRO蛋白来抑制SAR-COV-2病毒。
用有机硫和类黄酮化合物的虚拟筛查和分子对接研究，靶向雌激素受体蛋白的大蒜
摘要：乳腺癌正在成为死亡的主要危险因素，影响数百万妇女。这种癌症会发展出几种理想的特性，这些特性会损害女性中常规乳腺的维持。ER-α蛋白的过度膨胀可以通过刺激生物体中的雌激素基因表达来驱动，这可能导致各种乳腺癌的改善和进步。结果，它涵盖了临床研究中的广泛的生化治疗靶标。在当前研究中评估了几种植物蛋白L.（大蒜）的几种植物化学成分（有机硫化合物和类黄酮）的能力和结合能力。这项研究中研究的化学物质与3ERT分子具有显着关联。yriin与3ERT（-4.8 kcal/mol）具有最好的脂溶性化合物接触，而S-酰胺级别的半胱氨酸具有与3ERT（-4.6 kcal/mol）的最佳水溶性化合物相互作用。在测试的所有类黄酮中，黄酮植物化合物Kaempferol具有最大结合能（-8.0 kcal/mol）。已经发现类黄酮类似物对蛋白3ert的亲和力比所检查的有机硫化合物具有更高的亲和力，从而导致广泛的体外研究。