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分子对接单元5：QSAR统计方法Dr.D....
许多配体的灵活性使得这些计算变得困难，需要开发和使用特殊方法。以下两个例子说明了对此类工具的需求：蛋白酶抑制剂的设计和与特定 MHC 受体结合的肽抗原的分析和设计。我们回顾了从刚体对接扩展到柔性对接的计算概念，以及以下重要的柔性对接和设计策略：(a) 蒙特卡洛/分子动力学对接，(b) 现场组合搜索，(c) 配体构建，以及 (d) 位点映射和片段组装。讨论了使用经验自由能作为目标函数。由于方法学的快速发展，大多数新方法仅在有限数量的应用上进行了测试，并且可能会改进更传统的计算或图形工具获得的结果。
药物发现中的分子对接：技术、应用和进展
目的：本研究的主要目的是全面回顾分子对接在药物发现领域的意义。这包括研究分子对接中使用的各种方法和方法，以及探索用于解释和验证对接结果的技术。方法：为了收集相关数据，使用 Web of Science、PubMed 和 Google Scholar 进行了系统搜索。搜索重点关注与分子对接方法及其在药物发现中的应用相关的文章。此外，还考虑了可用于更精确模拟配体-蛋白质相互作用的替代技术。结果：分子对接已被证明是药物发现领域中一个非常丰富和有价值的过程。它的灵活性允许结合先进的计算技术，从而提高药物发现过程的可靠性和效率。研究结果强调了分子对接领域取得的重大进展，展示了其彻底改变药物发现的潜力。结论：分子对接不断发展，定期取得新的进展。尽管面临挑战，这些进步极大地促进了分子对接的增强，巩固了其作为药物发现领域重要工具的地位。
洞察与葡萄糖酶的茉莉花分子对接相互作用
iabetes mellitus（DM）是印度尼西亚的非传染性疾病。这项研究探讨了茉莉香肠植物化学成分对处理DM的潜力。使用多个数据库和计算机辅助药物发现工具在计算机分析中证明了茉莉花Sambac作为DM治疗候选者的潜力。本研究利用PubChem数据获得了分析的生物活性化合物，同时使用的受体是从RSCB获得的（PDB ID：4LC9）。使用swissadme测试了化合物的ADME特性。此外，还采用了瑞士目标预测和DB弦来分别分析靶蛋白和代谢途径，生物活性和相关疾病。通过使用PYRX版本0.8的分子对接进行了进一步的分析，使用Biovia Discovery Studio Visualizer版本4.5进行可视化。从jasminum sambac中包含的化合物的搜索结果中发现其中包含几种活性化合物。Some of these compounds passed the ADME criteria, compounds (Z, Z,Z)-3,6,9-Dodecatrien -1-ol,( Z)- Jasmone, linalool, Nerolidol, (-)-alpha-Cadinol, Benzenemethanol, Benzaldehyde, Linalyl benzoate, and 2,2,3,4-Tetramethylpentane.此外，对发生的分子相互作用，这些化合物的结合与人类中发现的葡萄糖激酶酶的结合以及它们的潜力如何成为糖尿病的抑制剂，进行了深入的分析。这增加了开发新药物化合物以抑制糖尿病的可能性。在植物茉莉香肠中发现的化合物，特别是苯基苯甲酸甲醇和苯甲酰甲醇，与葡萄糖酶蛋白具有强大的键合能力。关键字：茉莉花sambac |糖尿病| GCK | Linalyl苯甲酸酯|在硅中，这种称为糖尿病（DM）的疾病的特征是血糖（血糖）水平高于正常水平，尤其是当空腹血糖水平高于或等于126 mg/dl时，血糖水平等于或大于200 mg/dl。由于当今儿童不受管制的生活方式，这种疾病现在影响了许多年轻人。这种情况也是由几个环境变量引起的，由于其生活环境，许多人患有糖尿病。除了其他变量外，糖尿病患者的产生更有可能患上糖尿病1糖尿病，糖尿病是一种具有高血糖水平的异质疾病。呈现了糖尿病的当前分类，并比较了1型和2型糖尿病的主要特征。此外，在禁食和口服葡萄糖中使用准确的生化诊断标准和血红蛋白A1C（HBA1C）
选择性有机化合物与目标蛋白质的分子对接性能
近年来，将小分子“对接”到大分子靶标的内腔和结构中，并“评分”其与结合位点的预期互补性的计算方法通常用于命中识别和先导化合物优化。可以肯定的是，目前有多种药物的开发受到基于结构的设计和筛选技术的强烈影响或依赖该技术，例如 HIV 蛋白酶抑制剂 [1-6]。总而言之，根据当前的评分方案，这些方法的应用存在相当大的困难。从根本上讲，对接过程涉及预测靶向结合位点内的配体构象和方向（或姿势）。一般来说，对接研究有两个重要目标。第一个是准确的结构建模，另一个是准确预测活性。然而，识别负责特定生物识别及其应用的分子特征，或预测可用于增强能力的化合物的修饰/改变，通常会产生复杂的问题，这些问题通常非常棘手，难以轻松且频繁地理解 [7]。
比较抗癌的活性和基于伊萨替汀支架的分子对接
摘要。背景/目标：从抗癌活性方面确定三个基于伊萨蛋白的支架的最佳。材料和方法：基于伊萨蛋白的支架的合成是通过反应形成席夫碱的。由瑞士目标预测工具和Autodock Vina进行分子对接组成。使用WST1生存力测定法确定抗癌活性和细胞毒性。结果：合成了三个支架（IA，IB和IC），并以良好的反应产率确认。瑞士目标预测工具显示了激酶的趋势。分子对接测定法证明IC对CDK2的亲和力更高。抗癌活性测定法被认为是针对癌细胞系的最活跃的。细胞毒性导致非癌细胞的细胞毒性表明缺乏选择性。结论：在抗癌活性方面，支架IC被确定为最好的，这些作用可能是由于CDK2的抑制作用所致，如分子对接所证明的那样。
来自Tridax Procumbens的生物活性化合物的分子对接分析
Tridax Procumbens Linn是Asteraceae家族的成员。土著医学利用了几种Tridax Procumbens提取物来治疗人类和动物的一系列疾病和状况。它已在印度传统医学中广泛使用了多年，用于各种目的，包括免疫调节，抗凝剂，真菌感染，腹泻和痢疾。在民间医学中，叶提取物用于治疗感染性皮肤问题。此外，它被规定为“ Bhringraj”，这是一种众所周知的肝脏条件的阿育吠陀治疗。酚类或其氧取代的衍生物（主要是次级代谢产物）在植物中发现。至少有12,000人被排除在外。这些化合物充当植物对草食动物，昆虫和细菌的防御机制（2,3）。
FlowDock：生成蛋白质配体对接和亲和力预测的几何流量匹配
最近已经提出了动机的强大生成模型，但这些方法中很少有支持柔性蛋白质配体对接和亲和力估计。没有人可以直接对多种结合配体进行同时建模，也可以根据药理学相关的药物靶标进行严格的标准，从而阻碍了它们在药物发现工作中的广泛采用。 导致这项工作，我们提出了FlowDock，这是一种基于条件流量匹配的深几何生成模型，该模型学会了将其直接映射到其绑定的（Holo）对应物中，以将其映射到任意数量的结合配体中。 此外，Flowdock与其每种生成的蛋白质配体复杂结构中提供了预测的结构置信度评分和结合亲和力值，从而实现了新（多配体）药物目标的快速虚拟筛选。 对于常用的PoseBusters基准数据集，Flotdock使用Unbound（APO）蛋白质输入结构实现了51％的盲区对接成功率，而没有任何来自多个序列比对的信息，并且对于具有挑战性的新Dockgen-E数据集，FlotDock与单次序列Chai-1的性能相匹配。 此外，在第16个社区范围内的结构预测技术批判性评估（CASP16）的配体类别中，Flowdock在140种蛋白质配体复合物中的药理学结合亲和力估计的前5位方法中排名，证明了其在虚拟筛选中的学位表达的功效。没有人可以直接对多种结合配体进行同时建模，也可以根据药理学相关的药物靶标进行严格的标准，从而阻碍了它们在药物发现工作中的广泛采用。导致这项工作，我们提出了FlowDock，这是一种基于条件流量匹配的深几何生成模型，该模型学会了将其直接映射到其绑定的（Holo）对应物中，以将其映射到任意数量的结合配体中。此外，Flowdock与其每种生成的蛋白质配体复杂结构中提供了预测的结构置信度评分和结合亲和力值，从而实现了新（多配体）药物目标的快速虚拟筛选。对于常用的PoseBusters基准数据集，Flotdock使用Unbound（APO）蛋白质输入结构实现了51％的盲区对接成功率，而没有任何来自多个序列比对的信息，并且对于具有挑战性的新Dockgen-E数据集，FlotDock与单次序列Chai-1的性能相匹配。此外，在第16个社区范围内的结构预测技术批判性评估（CASP16）的配体类别中，Flowdock在140种蛋白质配体复合物中的药理学结合亲和力估计的前5位方法中排名，证明了其在虚拟筛选中的学位表达的功效。可用性和实现源代码，数据和预训练的模型可在https://github.com/ bioinfaramefaraminelearning/flowdock上找到。
通过分子对接对罗红霉素抗 SARS-CoV-2 (COVID-19) 冠状病毒受体进行计算筛选
冠状病毒是造成严重影响的病毒之一，始于 2019 年；世界各地已记录了许多死亡病例。这种病毒会引起咳嗽、呼吸急促、高热和急性呼吸道综合征，随后呼吸困难和死亡。尽管已经研制出几种疫苗使我们能够控制冠状病毒，但我们仍然没有有效的药物来治疗它；我们的目标是利用分子对接找到一种对 COVID-19 具有良好活性的药物。在这项研究中，我们使用了 GOLD 程序（一种模拟程序），并检查了几种化合物与蛋白酶、婴儿蛋白酶等酶的结合程度。结果是罗红霉素可能对治疗冠状病毒非常有效，并且具有高结合率，化合物 TT 的结合率达到 97%。本研究以SARS-CoV-2的木瓜蛋白酶样蛋白酶和RNA依赖性RNA聚合酶为对照分子，估算了其结合亲和力，结果表明罗红霉素的结合亲和力最高。本研究得出结论，在对Mpro、PLpro和RdRp这3种酶进行分子对接后，罗红霉素显示出良好的对接结果。单独使用罗红霉素或与其他药物联合使用，对抗新冠病毒是可能的。
克罗地亚实验室中的葡萄糖抑制剂管
抽象的N- froocenylmethylanirine（FA）及其N-乙酰化衍生物（NFA）已被合成，并以各种物理化学技术（例如1 h和13 c NMR光谱法）进行了合成和充分的特征。通过环状伏安法（CV）和分子对接（MD）研究了FA和NFA与鸡血DNA的相互作用。获得的结果表明，FA和NFA都通过静电相互作用与双螺旋DNA的次要凹槽强烈结合。tES静电相互作用，例如CV的正式正式转移和离子强度效应。结果进一步表明，通过MD分析获得的结合常数和游离结合能与从CV获得的结合常数和自由结合能大致匹配。此外，从伏安数据数据中评估了结合位点的大小。