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近年来,将小分子“对接”到大分子靶标的内腔和结构中,并“评分”其与结合位点的预期互补性的计算方法通常用于命中识别和先导化合物优化。可以肯定的是,目前有多种药物的开发受到基于结构的设计和筛选技术的强烈影响或依赖该技术,例如 HIV 蛋白酶抑制剂 [1-6]。总而言之,根据当前的评分方案,这些方法的应用存在相当大的困难。从根本上讲,对接过程涉及预测靶向结合位点内的配体构象和方向(或姿势)。一般来说,对接研究有两个重要目标。第一个是准确的结构建模,另一个是准确预测活性。然而,识别负责特定生物识别及其应用的分子特征,或预测可用于增强能力的化合物的修饰/改变,通常会产生复杂的问题,这些问题通常非常棘手,难以轻松且频繁地理解 [7]。

选择性有机化合物与目标蛋白质的分子对接性能

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