XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemEscherichia
大肠杆菌旋转酶超涂料抑制测定
使用该酶的浓度。应在将使用的DMSO的最终浓度下进行酶的初始滴定（请参见上面的注1）。可以使用5-10％（v/v）DMSO（最终浓度），但这将导致活动巨大损失。在存在DMSO的情况下，需要添加更多酶，以允许其抑制作用。例如，如果酶在5％DMSO的存在下仅具有50％的活性，则是两倍（即2U）将需要添加以获得完整的超螺旋。在这种情况下，可能需要添加更多的抑制剂才能获得50％的抑制作用。4）稀释缓冲液含有高浓度的甘油，因此添加了总稀释缓冲液
数据夏滑金属蛋白酶抑制剂3（timp3）抗体
构建编码肠杆菌噬菌体T3（噬菌体T3）SSB蛋白蛋白（1-232AA）的质粒是表达重组型噬菌体T3（噬菌体T3）SSB蛋白蛋白的一般方法的第一步。然后将质粒转化为大肠杆菌细胞。阳性大肠杆菌细胞并培养，诱导蛋白质表达，并裂解细胞。蛋白质与N末端6XHIS-SUMO标签融合。然后通过亲和力纯化纯化所得的重组肠杆菌噬菌体T3（T3）SSB蛋白蛋白，并进行SDS-PAGE分析以验证并评估蛋白质的纯度。其纯度超过90％。
反刍生物过滤器的大肠杆菌中的合成甲烷植物
反刍动物的排放量负责导致全球变暖的人为温室气体的很大一部分。牛的甲烷排放量是弥漫性的，难以治疗，但是，已经提出了几种溶液，可以降低从牛发出的低（v/v）甲烷流，最高约30％。Wageningen大学和研究国际基因工程机竞赛提出的新型Cattlelyst生物滤器旨在通过引擎盖系统和两个在三层安全机制下收集和转化从牛发出的甲烷和氨和氨。目标是将大肠杆菌施加到合适的合成甲烷肉芽菌中。在本文中，试图在合适的甲肉营养菌株SM1或C1SAUX中表达合成甲烷营养。所得的产物是一个PSEVA2610-SMMO质粒，其中包含SMMO的亚基，并在MMOX基因中复制。无法实现其他伴侣的质粒，并且未显示SM1和C1SAUX菌株的甲基营养生长。最后，该假设既没有得到证实或拒绝。生物过滤器的合成甲烷植物正在成为一种越来越相关的技术来解决低浓度的甲烷，因为本文中探讨了多种技术进步。预计生物滤器设计的改进，例如在引擎盖中浓缩甲烷，多孔填料材料以及具有工程性的特定培养物，可以使生物过滤器成为实现全球甲烷承诺的有用工具。
大肠杆菌中鞭毛蛋白表达和运动的启动子驱动的调节
合成生物学为工程生物系统提供了强大的工具，用于不同的应用。然而，在实现现实世界应用（例如环境生物修复或用于靶向药物的治疗微型机器人）之类的实际应用之前，主要的挑战一直存在。这项研究旨在通过在大肠杆菌中使用工程启动子调节基因表达来精确控制细菌运动。我们专注于模型生物的大肠杆菌，并通过工程化鞭毛蛋白的表达来操纵其运动，这是一种至关重要的细菌运动蛋白。为了实现这一目标，采用了特定的遗传启动子来调节鞭毛蛋白的产生，从而决定了这些细菌的运动能力。启动子启用了针对鞭毛蛋白表达的有针对性的调整，这反过来允许增强或抑制细菌运动。有趣的是，启动子设计参数与基因表达水平之间的关系是非线性的，突出了复杂的基础动力学。最佳细菌运动发生在30°C，说明了环境因素的影响。我们的发现证明了使用基因工程策略有效调节运动型等复杂微生物表型的能力。结果不仅扩展了我们对细菌基因调节的理解，而且还强调了合成生物学在创建各种生物技术应用中创建功能和适应性的微生物表型方面的变革潜力。
大肠杆菌 SymE 是一种 DNA 结合蛋白，可以浓缩核苷
I 型毒素-抗毒素 (TA) 系统通常由嵌入内膜的蛋白质毒素和直接与毒素 mRNA 相互作用以抑制其翻译的 RNA 抗毒素组成。在大肠杆菌中，symE/symR 被注释为具有非典型毒素的 I 型 TA 系统。SymE 最初被认为是一种内切核糖核酸酶，但预测其结构与 DNA 结合蛋白相似。为了更好地了解 SymE 的功能，我们使用 RNA-seq 检查异位产生它的细胞。尽管 SymE 会驱动基因表达的重大变化，但我们没有发现内切核糖核酸酶活性的有力证据。相反，我们的生化和细胞生物学研究表明 SymE 会结合 DNA。我们证明 symE 过表达的毒性可能源于其能够驱动严重的类核缩合，从而破坏 DNA 和 RNA 合成并导致 DNA 损伤，类似于过量产生类核相关蛋白 H-NS 的影响。总之，我们的结果表明 SymE 代表了一类广泛分布于细菌中的新型类核相关蛋白。
使用大肠杆菌作为宿主进行重组胰岛素生产的挑战
在马来西亚，糖尿病 (DM) 的患病率取决于性别、年龄和种族等因素，其中女性、老年人和印度族群的糖尿病患病率最高。在构成研究样本的 103,063 名参与者中，基于人群的研究中按性别划分的糖尿病患病率男性为 13.80%，女性为 14.54%，而糖尿病前期的患病率女性为 11.40%，男性为 10.98%（Akhtar 等人，2022 年）。就年龄而言，从本研究可以看出，随着年龄的增长，糖尿病的患病率呈明显上升趋势，从 20-29 岁年龄组的 3.16% 上升到 30-45 岁年龄组的 13.71%，46-59 岁年龄组的 25.66%，60 岁及以上年龄组的 33.45% (Akhtar et al., 2022)。种族和民族也会影响糖尿病的患病率。在所有种族中，印度人亚群的糖尿病患病率最高，为 25.10%，其次是马来人（15.25%）、华人（12.87%）、土著人（8.62%）和其他（6.91%）。马来西亚口服降糖药 (OHA) 市场规模在 2025 年达到 2.8222 亿美元，预测期内 (2025-2030) 的复合年增长率超过 3%。药物主要属于以下类别：双胍类、α-葡萄糖苷酶抑制剂、多巴胺-d2 受体激动剂、钠-葡萄糖协同转运体-2 (SGLT-2) 抑制剂、二肽基肽酶-4 (DPP-4) 抑制剂、磺酰脲类和格列奈类 (马来西亚口服抗糖尿病药物市场规模 | Mordor Intelligence，2025 年)。
Rudeus，一种用于研究DNA结合蛋白的机器学习分类系统
工程大肠杆菌菌株用于生产长的单链DNA Konlin Shen 1，Jake J.洪水2，Zhuizi Zhang 1，Alvin HA 4,5,6，Brian R. Shy 4,5,6，John E.美国加利福尼亚州伯克利的国家实验室4美国加利福尼亚大学旧金山分校，美国加利福尼亚州旧金山的实验室医学系。5 Gladstone-UCSF基因组免疫学研究所，美国加利福尼亚州旧金山。6加利福尼亚大学旧金山分校的医学系，美国加利福尼亚州旧金山。 对应证：shawn.douglas@ucsf.edu抽象的长单链DNA（SSDNA）是一种多功能分子试剂，其应用包括RNA引导的基因组工程和DNA纳米技术，但其生产通常是资源密集的。 我们采用了一种新的方法，利用工程化的大肠杆菌“助手”菌株和吞噬系统，将长ssDNA的产生简化为直接转化和纯化程序。 我们的方法通过将M13MP18基因直接整合到大肠杆菌染色体中，从而消除了对辅助质粒及其相关污染的需求。 ，我们实现了504至20,724个核苷酸的ssDNA长度，碱性赖氨酸溶液纯化后滴度最高为250 µg/l。 通过将其在原代T细胞基因组修饰和DNA折纸折叠中的应用中，我们的系统的功效得到了证实。6加利福尼亚大学旧金山分校的医学系，美国加利福尼亚州旧金山。对应证：shawn.douglas@ucsf.edu抽象的长单链DNA（SSDNA）是一种多功能分子试剂，其应用包括RNA引导的基因组工程和DNA纳米技术，但其生产通常是资源密集的。我们采用了一种新的方法，利用工程化的大肠杆菌“助手”菌株和吞噬系统，将长ssDNA的产生简化为直接转化和纯化程序。我们的方法通过将M13MP18基因直接整合到大肠杆菌染色体中，从而消除了对辅助质粒及其相关污染的需求。，我们实现了504至20,724个核苷酸的ssDNA长度，碱性赖氨酸溶液纯化后滴度最高为250 µg/l。通过将其在原代T细胞基因组修饰和DNA折纸折叠中的应用中，我们的系统的功效得到了证实。我们的方法的可靠性，可伸缩性和易度性有望解锁需要大量长ssDNA的新实验应用。引言单链DNA（ssDNA）在生物技术中起着至关重要的作用，尤其是在DNA纳米技术和基因编辑1,2中。长ssDNA的合成超过5000个核苷酸（NT）是具有挑战性的，并且明显的障碍可以阻止可扩展产生。通过磷酰胺化学的直接化学合成仅限于由于掺入误差和脱尿3的长度300-400 nt。为了获得更长的ssDNA链，电流实践采用双链DNA（dsDNA）作为模板。例如，不对称PCR可以在长度4中产生高达15,000 nt的ssDNA。其他方法包括使用差异修饰的引物进行PCR扩增：用于lambda外核酶消化5的磷酸化和未磷酸化，或生物素基化和非生物素化和非生物素化，用于链霉亲和素珠分离6-在孤立的Ssdna strands隔离时进行抗性。然而，这些技术通常每50-微晶（µL）反应产生小于1微克（µg）的ssDNA，从而使毫克的生产量成本昂贵，并且由于广泛的劳动力和高度试剂的消耗而效率低下，因此强调了更多可扩展和经济的SSDNA生产方法的必要性。
PKS+大肠杆菌（大肠杆菌）对结肠癌发生的贡献
摘要：结直肠癌（CRC）是全球重要的健康问题，在全球癌症中排名第二，在癌症中排名第二。虽然只有一小部分CRC病例才能归因于遗传基因突变，但由于体细胞突变，大多数出现。新兴证据表明，肠道菌群营养不良是一个因素，其中聚酮化合酶合酶阳性大肠杆菌（PKS+ E. coli）在CRC发病机理中起关键作用。pks+细菌产生共糖蛋白，这是一种遗传毒性蛋白，对宿主结肠细胞内的DNA产生有害作用。在这篇综述中，我们研究了肠道菌群在结肠癌发生中的作用，阐明了结肠癌产生细菌如何诱导DNA损伤，促进基因组不稳定性，破坏肠道上皮屏障，诱导粘膜炎症，调节宿主免疫反应并影响细胞周期细胞周期动力学。共同促进了有利于肿瘤开始和进展的微环境。了解PK+细菌介导的CRC发育的基础机制可能为大规模筛查，肿瘤的早期检测以及诸如微生物群调节，细菌靶向治疗，检查点抑制Colibactin生产和免疫调节途径等治疗策略铺平道路。
PKS+大肠杆菌（大肠杆菌）对结肠癌发生的贡献
摘要：结直肠癌（CRC）是全球重要的健康问题，在全球癌症中排名第二，在癌症中排名第二。虽然只有一小部分CRC病例才能归因于遗传基因突变，但由于体细胞突变，大多数出现。新兴证据表明，肠道菌群营养不良是一个因素，其中聚酮化合酶合酶阳性大肠杆菌（PKS+ E. coli）在CRC发病机理中起关键作用。pks+细菌产生共糖蛋白，这是一种遗传毒性蛋白，对宿主结肠细胞内的DNA产生有害作用。在这篇综述中，我们研究了肠道菌群在结肠癌发生中的作用，阐明了结肠癌产生细菌如何诱导DNA损伤，促进基因组不稳定性，破坏肠道上皮屏障，诱导粘膜炎症，调节宿主免疫反应并影响细胞周期细胞周期动力学。共同促进了有利于肿瘤开始和进展的微环境。了解PK+细菌介导的CRC发育的基础机制可能为大规模筛查，肿瘤的早期检测以及诸如微生物群调节，细菌靶向治疗，检查点抑制Colibactin生产和免疫调节途径等治疗策略铺平道路。
在两阶段培养的基因工程大肠杆菌中生产苯乙烯
摘要：苯乙烯是一种重要的工业化学化学物质。尽管有几项研究报告了微生物苯乙烯的产生，但可以增加批量培养物中产生的苯乙烯量。在这项研究中，使用基因设计的大肠杆菌产生了苯乙烯。首先，我们评估了拟南芥（Atpal）（Atpal）和Brachypodium distachyon（BDPAL）的五种类型的苯丙氨酸氨裂解酶（PAL），以产生反式甲酸（CIN），一种苯乙烯前体。ATPAL2-表达大肠杆菌的CIN大约700 mg/L，我们发现BDPAL可以将CIN转换为苯乙烯。为评估苯乙烯的产生，我们构建了一个大肠杆菌菌株，该菌株从酿酒酵母中表达ATPAL2和阿魏酸脱羧酶。在含油醇的双相培养后，葡萄糖的苯乙烯产生和产量分别为3.1 g/L和26.7％（mol/mol），据我们所知，这是分批种植中获得的最高价值。因此，该菌株可以应用于苯乙烯的大型工业生产。