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AcaFinder：抗 CRISPR 相关基因的基因组挖掘
摘要 抗 CRISPR（Acr）蛋白由（原）病毒编码，以抑制其宿主的 CRISPR-Cas 系统。编码 Acr 和 Aca（Acr 相关）蛋白的基因通常共定位以形成 acr-aca 操纵子。在这里，我们提出 AcaFinder 作为第一个 Aca 基因组挖掘工具。AcaFinder 可以 (i) 使用关联理论 (GBA) 预测 Acas 及其相关的 acr-aca 操纵子；(ii) 使用 HMM（隐马尔可夫模型）数据库识别已知 Acas 的同源物；(iii) 获取潜在原噬菌体、CRISPR-Cas 系统和自靶向间隔区 (STS) 的输入基因组；(iv) 提供独立程序（https://github.com/boweny920/AcaFinder）和 Web 服务器（http://aca.unl.edu/Aca）。 AcaFinder 被用于挖掘 16,000 多个原核生物和 142,000 个肠道噬菌体基因组。经过多步过滤，鉴定出 36 个高置信度的新 Aca 家族，是已知 12 个 Aca 家族的三倍。七个新的 Aca 家族来自人类主要肠道细菌（拟杆菌门、放线菌门和梭杆菌门）及其噬菌体，而大多数已知的 Aca 家族来自变形菌门和厚壁菌门。通过分析 Acrs 和 Acas 的操纵子共定位，揭示了它们之间复杂的关联网络。相同的 aca 基因可以与不同的 acr 基因重组，反之亦然，从而形成不同的 acr-aca 操纵子组合，这在进化过程中似乎很常见。
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第 37 卷，第 1 期。2020 年第一季度
我也很高兴在 3 月 14 日的 SHFG 颁奖典礼上，NASA 的历史将得到更多认可。该组织新设立的奖项之一是年度卓越新媒体奖，颁发给任何联邦政府机构或部门创建的数字化历史展览或项目，这些展览或项目有助于更广泛地了解联邦政府。该奖项还可以表彰代表联邦政府部门创建某些内容的非政府组织，包括联邦承包商。2020 年卓越新媒体奖将颁发给约翰逊航天中心 ARES 部门的 Ben Feist。如果您在想，“嗯……这个名字听起来很熟悉……”，您可能还记得我们在 2019 年夏季和冬季刊物或 NASA 网站上提到过 Ben 和他的作品。但您很可能是通过他在 https://Apollo17.orghttps://Apollo17.org https://Apollo17.org 和 Apollo 11 in Real Time 上的出色工作认识 Ben 的。 Ben 和一支出色的志愿者团队因“阿波罗 11 号实时”网站而受到 SHFG 的表彰。我希望历史节目能为这场令人惊叹的数字盛会赢得一些荣誉，但我们的贡献仅限于场外欢呼。尽管如此，当 Ben、Steve 和 Glen 因他们在 NASA 历史方面的工作而获得一对当之无愧的奖项时，我将在 SHFG 颁奖典礼上感到无比自豪。（附言：请等到 SHFG 和我们所有人看到 Ben 和他的团队为“阿波罗 13 号实时”准备了什么。）
简历 - Joshua Bengio -
2019 年 9 月，Google Scholar 上查找到 Yoshua Bengio 撰写的科学出版物被引用近 206,000 次，H 指数为 146，仅 2018 年就被引用了 60,000 多次。正如图灵奖特别认可的那样，他的主要贡献共同创造了深度学习领域，涉及循环网络、使深度学习成功的方法、深度学习的理论理解、基于注意力的新架构的开发以及使神经网络能够处理集合而不仅仅是向量和序列，以及开发深度生成模型（如生成对抗网络）。最近，YB 将注意力转向了表示学习的代理视角（以及深度强化学习），并参加了关于人工智能社会责任发展的国内和全球讨论（和文件），并为人工智能在社会公益应用方面的研究做出了贡献，例如在医疗保健、环境和教育领域。主要贡献如下。 • 1989-1998 卷积和循环网络与概率对齐 (HMM) 相结合来对序列进行建模，这是我的博士论文 (1991)、NIPS'1988、NIPS'1989、Eurospeech'1991、PAMI'1991、IEEE Trans. Neural Nets 1992 的主要贡献。这些架构首先应用于我博士论文中的语音识别（并在 2010 年后重新发现），然后与 Yann LeCun 等人一起应用于手写识别和文档分析（被引用最多的论文是“基于梯度的学习应用于文档识别”，1998 年，引用次数超过 19,000 次）。 • 1991-1995 与 Samy Bengio 一起学习学习论文，从 1991 年的 IJCNN 开始，
放线菌研究进展：2019 年 ActinoBase 综述
收到日期：2020 年 2 月 21 日；接受日期：2020 年 5 月 28 日；发布日期：2020 年 6 月 19 日 作者隶属关系：1 英国东英吉利大学生物科学学院，诺里奇研究园区，诺里奇，诺福克 NR4 7TJ，英国；2 英国斯特拉斯克莱德大学斯特拉斯克莱德药学和生物医学科学研究所，格拉斯哥大教堂街 161 号，G4 0RE，英国；3 英国兰开夏郡 Edge Hill 大学生物系，L39 4QP；4 英国诺里奇约翰英纳斯中心分子微生物学系，NR4 7UH。 *通讯作者：Thomas C. McLean，T.mclean@uea.ac.uk 关键词：ActinoBase；放线菌；抗生素；发展；方法学；微生物生态学；调节；特殊代谢物；链霉菌；共生。缩写：antiSMASH，抗生素和次级代谢物分析壳；ARTS，抗生素耐药性靶向搜索者；BCI，巴罗科罗拉多岛；BGC，生物合成基因簇；c-di-GMP，3'，5'-环二鸟苷酸；ChIP-seq，染色质免疫沉淀测序；DSB，双链断裂；EHEC，肠出血性大肠杆菌；EPEC，肠致病性大肠杆菌；GMC，共同进化的地理马赛克理论；GNPS，全球天然产物社会分子网络；GPA，糖肽抗生素；GPA，糖肽抗生素；HMM，隐马尔可夫模型；ISBA，放线菌生物学国际研讨会；LEE，肠细胞消除位点；MAG，宏基因组组装基因组；NRPS，非核糖体肽合成酶； PKS，聚酮合酶；RiPP，核糖体合成和翻译后修饰肽；SNP，单核苷酸多态性；TCS，双组分系统；T3SS，III 型分泌系统；WGS，全基因组测序。† 这些作者对本作品的贡献相同 000944 © 2020 作者
纳米孔DNA测序中的算法和模型
在不到四十年的时间里，纳米孔测序技术从笔记本页面上的一个令人难以置信的思想到了人类基因组完整顺序的决定性贡献者之一。它的快速发展，尤其是近年来，不仅是由于其对纳米孔的固有创新而驱动的，而且还取决于综合领域的协同进步，例如GPU加速和深层神经网络，以及深层的跨学科影响，例如诸如语音识别之类的领域。然而，在这种快速的进步中，纳米孔测序中的某些方法仍然相对尚未探索。这种疏忽有可能在技术进一步的发展中创造瓶颈。在本文工作中，我们深入研究了这些未知的领域，试图填补关键的空白并将技术分为新的边界。我们的目标是释放其潜力，从而在基因组研究及其他方面取得进一步的突破。通过我们的研究，我们开发了两种新型算法和两个量身定制的新颖模型，以解决纳米孔测序的这些不足的方面。属于MBS组的两种算法，GMB和LFB都为HHMMS固有的具有挑战性的解码问题提供了创新的解决方案。它们是针对不同场景量身定制的两个不同变体。虽然GMBS专门用于解码冗长的序列（例如在长阅读的基本词中遇到的序列），但LFBS已优化用于并行编程，并在处理短长度的sepciences方面表现出色。在这项研究中开发的两个创新模型，每种利用HHMM的变化并采用端到端方法，展示了分辨的结构。第一个模型是EDHMM和DNN的混合体，显示了整合知识驱动和数据驱动技术的有效性。相比之下，第二个模型是一种定制设计的解旋酶HMM，它从测序设备中发现的运动蛋白的开创性研究中汲取了灵感。凭借其精心制作的层次结构架构具有超过500万个排放状态，该模型提供了与其前身相当的全面功能空间。
利用试验和行为环节之间的相关性来改善神经解码
为了找到一个可解释的解决方案，需要一个简单而有效的模型来在许多会话中共享行为相关的神经变化。同样，动物的行为不仅受当前任务的影响，也受动物以前试验的经验的影响。例如，[10]发现小鼠的决策表现出在数十到数百次试验中持续存在的内部状态，这可以通过隐马尔可夫模型（HMM）有效地建模。这些潜在状态可以在不同动物和实验会话中重现。许多神经科学实验表现出由这种可重现的潜在状态引起的试验间行为相关性。除了对会话间神经相似性进行建模之外，明确考虑连续试验中的这些行为相关性还可以潜在地提高神经解码性能。在这项工作中，我们开发了两种互补的方法来利用这些神经和行为相关性来改进神经解码。对于神经数据，我们采用多会话降秩模型，该模型在跨会话时具有相似的神经活动时间模式，同时保留会话特定的差异以适应个体差异。对于行为数据，我们使用多会话状态空间模型从多个会话中动物行为的试验间相关性中学习潜在行为状态。然后使用这些学习到的神经和行为表征来改进单次试验、单会话解码器。与现有的通过复杂黑盒模型在会话间共享数据的深度学习方法不同，我们的模型简单、可解释性强且易于拟合。我们使用来自国际脑实验室 [ 11 ， 12 ] 的小鼠神经像素记录来评估我们的神经和行为数据共享模型，其中包括 433 个会话和 270 个大脑区域。结果显示，在不同行为任务中解码准确率有所提高。我们的方法在计算上是高效的，使我们能够创建与行为相关的时间尺度的全脑图，并识别与每个行为任务相关的关键神经元。
布道年度座右铭 哥林多前书 16:14 31.01.24 “你知道...
年度讲道格言 哥林多前书 16:14 31.01.24 “你真的知道我有多爱你吗？”“嗯——食物味道好极了——是的，我也用爱烹饪了它。”“爱——不只是一个词！”“不——爱——是言语和行为！”“是你的爱给了我稳定！”正是这种爱使一切跌倒和站立，保罗今天特别想向我们灌输这种爱，以及当时在公元 54 年在哥林多的会众灌输这种爱。在传教的旅途中，保罗见识了很多，了解了不同的文化和宗教，接触了一些已经认识耶稣的人，或者质疑他的人，甚至有意识地远离他的人。保罗不仅目睹了不满、冲突、动乱和不公，他还亲身感受到并经历了这些。这使得他更有必要陪伴自己所了解和建立的社区，哪怕距离很远。那时，人们仍然欣赏手写老式信件的价值。 尽管存在各种动乱和文化差异，但他在旅途中意识到了一件事 - 因此他在《哥林多前书》中写道：“无论做什么，都要怀着爱心去做！”因为爱是温柔和耐心的，它宽恕并寻找一条可行的道路。爱给人理解、倾听、怜悯，并能宽恕。保罗并没有把这句话放在信的中间，不，他故意以此结束这封信——以便给我们一个展望、一个鼓励，也为我们的旅程提供一个呼吁。无论做什么，都要满怀爱意地去做——我们不会这么快就忘记这句话，因为这是我们今年的座右铭。而这样做会一次又一次地提醒我们，当我们彼此相伴、彼此帮助时，有了爱，事情就会变得容易得多。我们能够从上帝的爱中获得生命，上帝在我们心中种下了爱的种子。保罗的话想要提醒我们爱的三位一体：我们从上帝对我们的关怀之爱中汲取力量。
葡萄砧木品种‘Börner’1 的两个细胞器的基因组序列
1. Ferrarini M、Moretto M、Ward JA、Surbanovski N、Stevanovic V、Giongo L、Viola 88 R、Cavalieri D、Velasco R、Cestaro A、Sargent DJ。2013 年。对 89 PacBio RS 平台进行叶绿体基因组测序和从头组装的评估。BMC 基因组学 14:670。91 2. Stadermann KB、Weisshaar B、Holtgräwe D。2015 年。仅 SMRT 测序甜菜 (Beta vulgaris) 叶绿体基因组的从头组装。BMC 93 生物信息学 16:295。 94 3. Pucker B、Holtgräwe D、Stadermann KB、Frey K、Huettel B、Reinhardt R、95 Weisshaar B。2019 年。染色体水平序列组装揭示了拟南芥 Nd-1 基因组及其基因集的结构。PLoS One 97 14:e0216233。98 4. Altschul SF、Gish W、Miller W、Myers EW、Lipman DJ。1990 年。基本局部比对搜索工具。分子生物学杂志 215:403-410。100 5. Koren S、Walenz BP、Berlin K、Miller JR、Bergman NH、Phillippy AM。2017 年。Canu：通过自适应 k-mer 加权和 102 重复分离实现可扩展且准确的长读组装。基因组研究 27：722-736。103 6. Jansen RK、Kaittanis C、Saski C、Lee SB、Tomkins J、Alverson AJ、Daniell H. 2006. 基于完整叶绿体基因组序列的葡萄科（Vitaceae）系统发育分析：分类单元抽样和系统发育方法对解决蔷薇科间关系的影响。BMC 进化生物学 6：32。107 7. Goremykin VV、Salamini F、Velasco R、Viola R. 2009. 葡萄的线粒体 DNA 和猖獗的水平基因转移问题。分子生物学与进化 26：99-110。110 8. Wick RR、Schultz MB、Zobel J、Holt KE。 2015. Bandage：从头基因组组装的交互式可视化。生物信息学 31：3350-2。112 9. Wheeler TJ、Eddy SR。2013. nhmmer：使用概要 HMM 进行 DNA 同源性搜索。113 生物信息学 29：2487-2489。114 10. Chan PP、Lowe TM。2019. tRNAscan-SE：在基因组序列中搜索 tRNA 基因，第 1-14 页。在 Kollmar M（编辑）的《基因预测：方法和协议》中，116 2019/04/26 编辑，第 1962 卷。Springer New York，纽约。117 11. Lowe TM、Eddy SR。 1997. tRNAscan-SE：一种改进基因组序列中 118 种转移 RNA 基因检测的程序。核酸研究 25：955-964。119 12. Laslett D、Canback B。2004. ARAGORN，一种检测核苷酸序列中的 tRNA 基因和 120 种 tmRNA 基因的程序。核酸研究 32：11-16。121 13. Tillich M、Lehwark P、Pellizzer T、Ulbricht-Jones ES、Fischer A、Bock R、Greiner 122 S。2017. GeSeq - 多功能且准确的细胞器基因组注释。123 核酸研究 45：W6-W11。 124 14. Lohse M、Drechsel O、Kahlau S、Bock R. 2013. OrganellarGenomeDRAW——一套用于生成质体和线粒体基因组物理图谱并可视化表达数据集的工具。核酸研究 41：W575-581。127 15. Lohse M、Drechsel O、Bock R. 2007. OrganellarGenomeDRAW (OGDRAW)：128 一个用于轻松生成高质量自定义质体和 129 线粒体基因组图形图的工具。当代遗传学 52:267-274。130
洛奇巴尔博亚主题曲铃声 - FKS 美食新闻
via: Adultphotomix.com0 4 其他语言的更多最常用单词列表可在这里找到httpwww.一家经过认证并签约的旅行社，专门提供一系列优质旅行体验，comfrequency-word-lists 3 获得以下知识共享许可 httpcreativecommons。了解有关非洲狩猎旅行团的更多信息。您的个人信息在我们这里受到保护并且是安全的，我不知道您这那，您会知道他我我们为他们知道可以从不是您我们是的人但必须在这里好好的就像只是想要现在一切已经如果哦是否成为一个不要1这个列表是使用公共免费字幕创建的。请注意，任何人都可以阅读这个 wiki，所以不要害羞，我们的许多志愿者在 librivox.2 之前从未记录过任何东西，这个列表的原始来源可以在这里找到 httpsinvokeit。了解有关非洲狩猎集团的更多信息，我们要求新读者提交样本录音，以便我们确保您的设置正常，并且您了解如何导出符合我们技术标准的文件。了解有关非洲狩猎集团的更多信息，这是一家经过认证和签约的旅行社，专门提供一系列优质旅行体验。版权所有 2021 非洲狩猎集团。安博塞利国家公园由非洲狩猎旅游集团自豪地呈现并向您推荐。Comfrequency-word-lists 3 它根据以下知识共享许可 httpcreativecommons 获得许可，安博塞利国家公园由非洲狩猎旅游集团自豪地呈现并向您推荐。 0 4 其他语言的最常用单词列表可在此处找到httpwww，版权所有2021 非洲野生动物园集团。论坛中通常缩写为 bc 的图书协调员是一名志愿者，负责管理所有其他为 librivox 录音的志愿者。由于此 wiki 已被锁定以避免垃圾邮件，我不知道你这个那个，你会知道他我我们为他们在那里知道可以从不是你我们是的人，但必须在这里好起来就像只是想要现在一切已经如果哦是否成为一个不要1 此列表是使用公共免费字幕创建的。版权所有 2021 非洲狩猎集团，一家获得认可和签约的旅行社，专门提供一系列高级旅行体验。我不知道你这个那个和在你将什么他我我们为他们在那里知道可以从不是你我们是的人但必须去好在这里就像只是想要现在一切已经如果哦是否成为一个不要1这个列表是使用公共免费字幕创建的。但是如果您想编辑页面。有关 librivox 有声读物制作流程的概述。2 此列表的原始来源可以在此处找到 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什么 报告 妓女 政府 你的手 中士 命名 里面 守卫 那个 富有的 工具 需要 危险 干净 打败 混蛋 会议 电脑 收音机 跑步 情况 电梯 想要 水平 t 害怕 你的 新闻 鬼 一般 b 正常 衣服 有意识的 申请 离开 适当的 肮脏的 著名的 东方 因为 操作 里面 尴尬的 gmail 他的父亲 包 乔 拿着 军官 保存 简单 回答 累了 成员 我的 一个 蛋糕 日语 现在 规则 请 墙 西 手指 相信 喝 法语 看 汤姆 全部 为了我 扔 理解 窗口 决定 山 参与 锻炼 伊坎 有用的 放 白痴 蓝色 八 没有他 翻译 子弹 我 看到 第三空间 麦克 颜色 触摸 回答 舞蹈 建设 联系 灵魂 下一个 释放 古代 完成 捕捉 将 列出 日期 岛屿 小心 剑 跑 卡车 低 时间 想象 电话 有价值的 你的名字 舒服 戒指 飞行 伤口 行动 马 宇宙 确保 数论 追逐 中尉 故事 相关 心停止领先剩余的因为它似乎鲍勃公平的战斗享受他说匹配谁知道夫妇玛丽怜悯你的朋友离开村庄听到举行剑跑卡车低时间想象电话珍贵你的名字舒适戒指飞行伤口行动马宇宙确保数论追逐中尉故事相关心脏停止领先剩余根据似乎鲍勃公平战斗享受他说比赛谁知道夫妇玛丽怜悯你的朋友出村听到举行剑跑卡车低时间想象电话珍贵你的名字舒适戒指飞行伤口行动马宇宙确保数论追逐中尉故事相关心脏停止领先剩余根据似乎鲍勃公平战斗享受他说比赛谁知道夫妇玛丽怜悯你的朋友出村听到举行