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1 Revio SPRQ 测序板 - 1 rxn 部分列在客户价目表中,可通过标准采购流程和客户中心(电子商务)订购。2 Revio SPRQ 聚合酶试剂盒 + 清理珠捆绑包 PN 103-520-100 包括 Revio SPRQ 聚合酶试剂盒和 SMRTbell 清理珠。3 Revio SPRQ HiFi 制备试剂盒 96 捆绑包 PN 103-522-600 包括 Revio SPRQ 聚合酶试剂盒 96、HiFi 制备试剂盒 96、SMRTbell 清理珠和其他试剂,以支持高通量样品处理。
DreamPrep NGS Compact上的自动化工作流程在资格运行中测试的所有48口井中的平均图书馆准备收益率为28.2%(表1)。此外,库提供了高测序产率,其中99%的读取包含条形码(表2),并且在测序池中检测到了所有48个条形码。库准备和测序产率都与手动准备的库观察到的产量相当。HIFI读取长度分布与剪切输入DNA的尺寸较小和使用基于珠的尺寸选择一致(图3)。因此,由于SMRTBELL PREP KIT 3.0协议自动化,未观察到降解或性能权衡。将剪切输入DNA的平均大小增加到15-20 kb将增加读取长度N50和HIFI总碱基收率。
所有样本中都包含分析,并且提供了RAW HIFI读取数据,以供客户更喜欢进行自己的分析。PACBIO HIFI全长16S数据使用QIIME2和DADA2进行质量过滤,并“将”“变形”到高质量扩增子单个变体(ASV)。ASV分类采用两种方法:针对基因组分类学数据库(GTDB R207)的共识一致性分类(使用VSEARZERCH)高一致性,以及使用三个数据库的基于贝叶斯的基于机器学习的分类(DADA2),使用三个数据库:GTDB R207,SILVA R207,SILVA RRNA DATABASE(v138)由核糖体数据库项目(RDP)补充,以更好地分类低充足的ASV。
自2000年最初发行以来,人类参考基因组就可以对人分子生物学有重要的见解,但仅通过覆盖染色体的编码重型区域而保持不完整(国际人类基因组测序联盟,2001年)。现在,随着高度准确的长阅读测序的出现,端粒到tepelomere(T2T)联盟终于使用HIFI测序获得了完整的参考基因组,以生成无间隙组件,以全长所有染色体的长度,包括所有染色体(Nurk等,2022)(包括Y Chromosome,包括Y Chromosome(包括Rhie et al Rhie et al,20223)。这个历史性的里程碑标志着研究人类健康的转折点,因为鉴定疾病遗传驱动因素和潜在治疗靶标方面的所有进展取决于参考基因组的强度。具有非凡的准确性和HIFI测序提供的读取长度,这种新的参考基因组的质量确保了这些发现的卓越。
使用悬垂引物在PCR产物的末端添加悬垂序列来扩增感兴趣的序列。悬垂序列的长度取决于用于吉布森组件的商业套件。如果使用了来自新英格兰Biolabs(NEB)的HIFI组装主混合物,则足够的20个碱基对。
我们已为六倍体普通小麦品种“Fielder”建立了高质量的染色体水平基因组组装,Fielder 是美国软质白色糕点型小麦,于 1974 年推出,以易受农杆菌介导的转化和基因组编辑而闻名。使用 HiFi 方法的 PacBio 环状共识测序获得了准确的长读序列。使用 hifiasm 组装器组装的 16 个 SMRT 细胞的序列读数产生了 N50 大于 20 Mb 的组装体。我们使用 Omni-C 染色体构象捕获技术将重叠群排序为染色体水平组装体,得到 21 个伪分子,累计大小为 14.7,未锚定重叠群为 0.3 Gb。对含有已编辑的种子休眠基因 TaQsd1 的转基因小麦植物的已发表短读段进行定位,确定了转基因插入小麦染色体的四个位置。在伪分子中检测向导 RNA 序列为脱靶突变诱导提供了候选。这些结果证明了使用 PacBio HiFi 读段进行染色体规模组装的效率及其在小麦基因组编辑研究中的应用。
从长远阅读的PACBIO HIFI数据Sharmila Mande博士Sharmila Mande博士,Ayush杰出的科学家Ayush部,Ayush部长Sharmila Mande博士,揭示了粘液细菌和计算工作流的生物合成潜力; IIT-Gandhinagar,IIT-Kanpur和Iiser-Trivandrum的客座教授IIT-Gandhinagar; TCS研究顾问研究微生物组信息学:新德里贾瓦哈拉尔·尼赫鲁大学教授山地·艾哈迈德教授
•建立一个部门间工作组,以改善服务提供服务•温尼伯的协调访问和曼尼托巴省的住房应用程序•支持HIFI在曼尼托巴省的集成和扩展•开发沟通运动以解决污名•扩展住房的资金,为住房提供资金。