XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemINDEL
EnGen 突变检测试剂盒 E3321 手册
EnGen 突变检测试剂盒提供用于检测靶向基因组编辑事件的试剂。第一步，使用 Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix 扩增基因组被靶向的细胞（即 CRISPR/Cas9、TALEN、锌指核酸酶）的目标区域。变性和重新退火后，当扩增子池中存在插入和缺失 (indel) 突变时，会形成异源双链。第二步，退火的 PCR 产物用 EnGen T7 核酸内切酶 I 消化，这是一种结构特异性酶，可识别大于 1 个碱基的错配。当存在错配时，DNA 的两条链都会被切断，从而形成较小的片段。对所得片段的分析可以估计基因组编辑实验的效率。
COVID-19疫苗对Delta变体的有效性（...
启动子。为了研究热诱导的indels是否是启动子特异性的，我们测试了三个常用的本构启动子35S，RPS5A和Zmubi以驱动Cas9表达[34-36]。我们筛选了每个启动子-CAS9组合的9-14独立分离T2种群，以两到四个不同的GRNA靶向PDS3。我们观察到3xHS处理后，PDS3表型的数量和/或严重程度增加了Zmubi-Cas9（6/9独立线），RPS5A-CAS9（14/14独立线），35S- Cas9（6/12独立线）和PCUBI-CAS9和PCUBI-CAS9（7/9 Independed Line Independent lineption;图S4）。尽管表型对于35S-CAS9线的表型相对温和，但我们的数据与其他报道相一致，即热应力会提高与驱动CAS9的启动子序列无关的ideel效率[17，18，26]。热休克提高了烟草中的基因组编辑效率
一个快速高效地设计多编辑工程的平台...
图 1：(A) Notch 的多重基因编辑平台使用属于 2 类 VA 型 CRISPR-Cas 家族的 MAD7 核酸酶，该核酸酶可识别富含胸腺嘧啶的 PAM ′YTTV′ 并产生双链交错断裂。(B) Notch 的符合 GMP 标准的 iPSC 系使用专有编辑协议针对临床相关基因进行批量编辑效率。我们的高通量 gRNA 筛选工作流程结合了通过 Synthego 的 CRISPR 编辑干扰 (ICE) 工具进行的可行性评估和插入缺失检测，然后通过靶向扩增子测序进行深入分析（左）。原代 T 细胞中敲除的表型验证（右）（C）与其他多重方法相比，我们的多重编辑方法实现了显着更高的编辑效率（左图）和显着降低的靶向易位率（中图）
奥尔堡大学高效基因编辑策略......
马铃薯 ( Solanum tuberosum ) 是一种高度多样化的四倍体作物。优良品种杂合性极强，品种内和品种间短片段多态性 (indel) 和单核苷酸多态性 (SNP) 的发生率很高，在 CRISPR/Cas 基因编辑策略和设计中必须考虑这些因素才能获得成功的基因编辑。在本研究中，对马铃薯品种 Saturna 和 Wotan 中葡聚糖水双激酶 (GWD)1 和抗霜霉病 6 (DMR6-1) 基因分别进行深入测序，结果显示与杂合二倍体 RH 基因组序列相比，四倍体与二倍体相比，存在 indel 和 1.3 – 2.8 的高 SNP 发生率。这使向导 RNA (gRNA) 和诊断性 PCR 设计变得复杂。细胞库（原生质体）水平的高编辑效率对于实现四倍体中的完全等位基因敲除以及减少下游繁琐而精细的植株再生至关重要。在这里，CRISPR/Cas 核糖核蛋白颗粒 (RNP) 通过聚乙二醇 (PEG) 介导的转化瞬时递送到原生质体中。对于 GWD1 和 DMR6-1 中的每一个，设计了 6 – 10 个 gRNA 来靶向包含两个基因的 5 ' 和 3 ' 端的区域。与包括多种生物体的其他研究类似，单个 RNP/gRNA 的编辑效率差异很大，并且一些产生了特定的插入/缺失模式。尽管与靶向 3′ 端相比，靶向 GWD1 5′ 端的 RNP 产生的编辑效率明显更高，但 DMR6-1 5′ 端和 3′ 端的编辑效率似乎有些相似。当仅靶向 GWD1 基因的 3′ 端时，同时用两个 RNP 靶向 5′ 端或 3′ 端（多路复用）对总体编辑产生了明显的正协同效应。与单个 RNP/gRNA 转化中获得的编辑效率相比，位于不同染色体上的两个基因的多路复用对单个 RNP/gRNA 编辑效率没有影响或略有负面影响。这些初步发现可能会引发更大规模的研究，以促进和优化植物的精准育种。
RMH200SOLID DNA NGS面板旨在覆盖基因...
RMH200SOLID DNA NGS面板旨在涵盖NHSE测试目录中所需的基因和临床专家确定的其他靶标。RMH200SOLID面板覆盖了233个蛋白质编码基因的区域，TERT的启动子和5个用于拷贝数的基因。它还包括用于检测放大和缺失焦点的拷贝数探针，以及均匀分布的SNP探针，以帮助检测大型染色体增益/损失。也有20个用于质量控制目的的SNP。ngs文库是由从FFPE或FF肿瘤组织和血液中提取的DNA产生的。然后将这些库与寡核苷酸捕获面板杂交。杂交后，除去了非目标区域，并使用Illumina技术对剩余的库样品进行放大和测序。序列读取与人类基因组对齐（GRCH37）。体细胞单核苷酸变体（SNV）和结构变体（SVS）使用分子诊断信息管理系统v4.0来调用，该系统使用Illumina的Dragen v3.10和拷贝数变体（CNV）使用内部的生物信息信息素质工作流来调用。整体性能该面板在运行中表现出一致的性能和可重复性。对于复杂的结构变体，我们建议通过正交方法进行验证测试。CNV分析使用内部开发的呼叫者来调用肿瘤含量> 20％的样品中的焦点和全基因组拷贝数的收益和损失。可重复性SNV：> 99.5％[95％CI：99.4％-99.5％]可重复性Indel：> 95.0％[95％CI：93.7％-96.3％]可重复性SNV：> 99.6％[95％CI：99.6％-99.6％-99.7％]重复性INDEL：97％5％。 The sensitivity, specificity and accuracy of the panel is: Sensitivity of cancer small variant detection=> 99.20% [95%CI: 97.92%-99.6%] Specificity of cancer small variant detection=> 99.99% [95%CI 99.98-99.99%] Accuracy of cancer small variant detection=> 100% [95%CI: 94.08%-100%] Structural variant对ALK（融合）的敏感性为73％（如果> 5％变体等位基因频率）验证了分析。
法医学
•使用QIAAMP DNA FFPE组织试剂盒（Qiagen）进行DNA提取。•使用该套件的建议总DNA输入量（适用10 ng或100 ng）对五个样品进行了四种不同的处理，并进行了相关的模板量为1NG。•WGA使用GenomePlex®完整WGA试剂盒（Sigma-Aldrich），Illinea™Ready-Go™Genomiphi™V3（GE Healthcare Life Sciences），Repli-G FFPE Kit（Qiagen）进行。•根据制造商的协议，使用Infinium HD FFPE还原套件（Illumina）进行DNA修复。插入/删除（Indels）可以从福尔马林损坏（FD）样本中提供最有证明的信息，以实现人类识别（HID）目的。结果表明，FD样品的生产力方法可能是使用大量平行测序（MPS）技术利用Indel面板或SNP标记。
使用未修饰的 PCR 产物进行片段分析，采用高通量方法鉴定 CRISPR 产生的斑马鱼突变体
多年来，通过 CRISPR 技术，斑马鱼、果蝇和秀丽隐杆线虫的定向诱变技术得到了显著改进。通过在体内诱导小的靶向突变，CRISPR 使研究人员能够有效地检查细胞通路。虽然这些突变通常是随机插入或缺失 (indel)，但如果 CRISPR 组件设计得当，它们通常会导致靶基因的功能性破坏。但是，当前用于识别 CRISPR 生成的插入/缺失的协议通常需要大量劳动力、耗时或成本高昂。在这里，我们描述了一种直接、高通量的方法，用于通过使用片段分析仪平台来识别突变的存在，该平台允许通过高分辨率毛细管凝胶电泳进行 DNA 片段大小测定。按照该协议，可以快速可靠地识别小的插入/缺失（少至 2 个碱基对），从而可以对新生成的或稳定的突变系进行大规模基因分型。
DNA 和 RNA 基 NGS 检测的互补使用优化了临床相关易位的检测，从而实现了全面的基因组分析
定向肿瘤分析解决方案 Endeavor 由 Personal Genome Diagnostics (PGDx) elio™ 组织完整检测提供支持。该检测全面查询 505 个基因的单核苷酸变异 (SNV) 和插入/缺失 (indel)、23 个基因的易位、28 个基因的扩增以及微卫星不稳定性 (MSI) 和肿瘤突变负担 (TMB)。通过个性化重排末端分析 (PARE) 检测易位，这是一种由 PGDx 开发的专有方法，结合深度测序和生物信息学方法，以识别指示基因融合事件的配对末端测序。1 通过全面覆盖外显子和内含子区域，该检测能够捕获特征明确和新颖的融合事件，使其成为一种高度敏感、与融合伴侣无关的检测方法。• 使用 PathGroup 的实体肿瘤融合检测进行基于 RNA 的分子分析，
crispr/cas9介导了太平洋牡蛎中肌球蛋白必需轻链基因的高效敲除（
抽象的太平洋牡蛎（Crassostrea gigas）是世界上种植最广泛的贝类物种之一。由于其经济价值和复杂的生命周期，涉及从自由宽松的幼虫到无柄少年的急剧变化，因此C.Gigas被用作发展，环境和水产养殖研究的模型。但是，由于缺乏功能分析的遗传工具，与生物或经济特征相关的基因功能无法轻易确定。在这里，我们报告了CRISPR/CAS9技术在C.Gigas中成功应用肌球蛋白基本光链基因（CGMELC）。C.注入SGRNA/CAS9的GIGAS胚胎在目标部位包含广泛的indel突变。突变幼虫显示出缺陷的肌肉和运动降低。此外，CGMELC的敲除破坏了幼虫中肌球蛋白重链阳性肌纤维的表达和图案。一起，这些数据表明CGMELC参与牡蛎幼虫中的幼虫肌肉收缩和肌发生。
患者指南：与您的医生一起理解报告
FoundationOne®CDx (F1CDx) 是一种基于下一代测序的体外诊断设备，用于检测 324 个基因中的替换、插入和删除变异 (indel) 和拷贝数变异 (CNA) 以及选定的基因重排，以及基因组特征，包括微卫星不稳定性 (MSI) 和肿瘤突变负担 (TMB)，使用从福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤组织标本中分离的 DNA。该测试旨在作为伴随诊断，用于根据批准的治疗产品标签识别可能从表 1 中列出的靶向疗法中受益的患者。此外，F1CDx 旨在提供肿瘤突变分析，供合格的医疗保健专业人员根据肿瘤学专业指南针对实体恶性肿瘤患者使用。表 1 中未列出的基因组学发现并非任何特定治疗产品的标示用途的规定性或决定性发现。