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World File Search SystemIllumina
主实验室常规检查表 - Illumina
变更摘要................................................................................................................................5 了解 CAP 认证清单组成部分...............................................................................................................8 简介...................................................................................................................................................8 术语定义............................................................................................................................................8 质量管理......................................................................................................................................12 样本采集、处理和报告.........................................................................................................................23 样本采集说明....................................................................................................................................24 样本采集和标签....................................................................................................................................26 样本运输和跟踪....................................................................................................................................30 请求和样本接收/处理/加工....................................................................................................................33 结果报告和检测转介..................................................................................................................... 37 直接面向消费者
Illumina 无细胞 DNA 制备与富集
血浆中的循环游离DNA（cfDNA）已被证明是癌症、心血管疾病和器官移植中重要的非侵入性可检测生物标志物。在癌症研究领域，对液体活检样本中的 cfDNA 进行测序可以提供关于肿瘤异质性的宝贵见解，实现生物标志物分析，并且在组织不易获得时可作为组织活检样本的补充或替代。由于血浆样本通常含有少量来自目标细胞的cfDNA，因此需要可靠且灵敏的检测方法来检测罕见的体细胞变异。固定基因组可用于确定变异。然而，它们对于研究新目标和检测感兴趣基因的变化的作用有限。
Illumina和匹兹堡大学基因组学研讨会
在2024年10月9日（星期三）在匹兹堡大学大会上度过了激动人心的一天。Illumina和匹兹堡大学基因组学核心研讨会是一个极好的机会，您可以更多地了解基因组学和多层研究的最新进步，讨论方法和协议优化，以及基因组学社区中的网络。
富集
Illumina无细胞的DNA准备富集是一种基于连接的测定法，该测定法使用单个杂交步骤进行快速文库制备（图2）。富集的无细胞DNA制备与来自Illumina的用户富集寡核苷酸兼容。使用来自Illumina的免费在线DesignStudio™工具，基于您指定的目标基因列表的来源自定义丰富面板。Dive designStudio工具与单链DNA（ssDNA）富集探针和双链DNA（DSDNA）富集V2探针兼容。为了增强内容可移植性，可以将无细胞的DNA准备富集与综合DNA技术和Twist Bioscience的DSDNA探针一起使用。该套件可容纳55-2000 kb ssDNA和70-2000 kb dsdna面板含量，从而实现灵活的研究设计。在〜8.5–9.5小时内准备好的测序库，只有〜2.5–3小时的动手时间，使研究人员可以在一天内从提取的CFDNA转变为测序。为了最大程度地效率和灵活性，该试剂盒与使用基于市售柱或珠的纯化方法直接从外周血或等离子体中提取的CFDNA兼容。
序列准备库Illumina Technology
本文档描述了使用Illumina技术请求库排序时要遵循的过程。本指南中提供了准备工作，图书馆提交，运输要求以及任何其他信息的详细说明。要避免请求处理的任何延迟，必须仔细遵循本指南中提供的说明。请注意，库的处理延迟将根据项目的大小而有所不同。建议与客户管理办公室联系以获取有关处理时间的信息。本指南中提到的要求还适用于图书馆质量控制项目。绘制流动池上群集边界并进行基本调用的Illumina软件取决于末端的序列复杂性，尤其是在插入的任一端，尤其是第一个十二左右的碱基对。因此，必须正确识别在这些区域中表现出足够序列复杂性的任何类型的库，否则测序数据将不足以最佳。这包括但不限于：•扩增子•BD狂想曲单细胞库•减少了基因组表示方法，例如限制性与位点相关的DNA（RAD）标记库•具有较低核苷酸复杂性（如双硫酸盐）的库中的库。为了通过低复杂性库克服此问题，可以在车道的10-50％处将控制库（例如，由Illumina提供的控制PHIX174库）升入，具体取决于初始库的复杂性。将PHIX添加到车道中将导致感兴趣的库的读数较低。上述相同的核苷酸复杂性问题适用于多路复用库时的索引序列。为了获得最佳结果，在多路复用库时，每条车道应至少使用3个索引。将按原样提供测序结果。CES对与库的设计，质量或序列复杂性有关的问题负责。
ILMN - Illumina 2024 年战略更新
本新闻稿可能包含涉及风险和不确定性的前瞻性陈述。我们业务所受的重要因素包括：(i) 我们实现收入和每股收益增长目标的能力；(ii) 我们所服务市场的增长率变化；(iii) 我们产品和服务的客户订单数量、时间和组合；(iv) 我们调整运营费用以符合收入预期的能力；(v) 我们生产坚固耐用的仪器和耗材的能力；(vi) 与我们自己的产品和服务竞争的产品和服务的成功；(vii) 开发、制造和推出新产品和服务所固有的挑战，包括扩大或修改制造运营以及对关键部件的第三方供应商的依赖；(viii) 最近推出或预先宣布的产品和服务对现有产品和服务的影响；(ix) 我们通过简化和改进研发流程、降低运营费用和最大化收入增长等行动实现预期收益的能力； (x) 部署新产品、服务和应用程序，以及拓展我们技术平台的市场；(xi) 我们获得第三方付款人批准以向患者报销我们产品的能力；(xii) 我们从政府机构获得我们产品监管许可的能力；(xiii) 我们与其他公司和组织成功合作开发新产品、拓展市场和发展我们业务的能力；(xiv) 不确定性或不利的经济和商业条件，包括经济增长放缓或不确定或者武装冲突造成的；(xv) 一般公认会计原则的应用，这些原则非常复杂，涉及许多主观假设、估计和判断；(xvi) 立法、监管和经济发展，以及我们提交给美国证券交易委员会的文件中详细说明的其他因素，包括我们最近提交的 10-K 和 10-Q 表，或在公开电话会议中披露的信息，其日期和时间已提前公布。我们不承担任何义务，也不打算更新这些前瞻性陈述、审查或确认分析师的预期，或提供本季度进展的中期报告或更新。
全基因组测序和分析 - Illumina
全基因组测序和分析 - 基于 Illumina Rhabdoid (RT) Illumina 基因组板的文库构建（350-450bp 插入大小）：将 96 孔格式的 2ug 基因组 DNA 通过 Covaris E210 超声处理 30 秒进行碎裂，使用 20% 的“占空比”和 5 的“强度”。双端测序文库是按照 BC 癌症机构基因组科学中心 96 孔基因组 ~350bp-450bp 插入 Illumina 文库构建协议在 Biomek FX 机器人（Beckman-Coulter，美国）上准备的。简单来说，DNA在96孔微量滴定板中用Ampure XP SPRI 珠子纯化（每60uL DNA 40-45uL 珠子），在单一反应中分别用T4 DNA聚合酶、Klenow DNA聚合酶和T4多核苷酸激酶进行末端修复和磷酸化，然后用Ampure XP SPRI 珠子进行清理，并用Klenow片段（3'到5'外显子减去）进行3' A加尾。用Ampure XP SPRI 珠子清理后，进行picogreen定量以确定下一步接头连接反应中使用的Illumina PE接头的数量。使用 Ampure XP SPRI 珠子纯化接头连接产物，然后使用 Illumina 的 PE 索引引物组，用 Phusion DNA 聚合酶（美国赛默飞世尔科技公司）进行 PCR 扩增，循环条件为：98˚C 30 秒，然后 6 个循环，98˚C 15 秒，62˚C 30 秒，72˚C 30 秒，最后在 72˚C 延伸 5 分钟。使用 Ampure XP SPRI 珠子纯化 PCR 产物，并使用高灵敏度分析（美国珀金埃尔默公司）用 Caliper LabChip GX 检查 DNA 样本。所需大小范围的 PCR 产物经过凝胶纯化（在内部定制机器人中使用 8% PAGE 或 1.5% Metaphor 琼脂糖），并使用 Agilent DNA 1000 系列 II 检测和 Quant-iT dsDNA HS 检测试剂盒使用 Qubit 荧光计（Invitrogen）评估和量化 DNA 质量，然后稀释至 8nM。在使用 v3 化学法在 Illumina HiSeq 2000/2500 平台上生成 100bp 配对末端读数之前，通过 Quant-iT dsDNA HS 检测确认最终浓度。全基因组亚硫酸盐-Seq 文库构建和测序：使用 1-5 mg Qubit（Life Technologies，加利福尼亚州卡尔斯巴德）定量基因组 DNA 进行文库构建，如所述（Gascard 等人，2015 年）。为了追踪亚硫酸盐转化的效率，将 1 ng 未甲基化的 lambda DNA (Promega) 掺入使用 Qubit 荧光法定量的 1 µg 基因组 DNA 中，并排列在 96 孔微量滴定板中。使用 Covaris 超声处理将 DNA 剪切至 300 bp 的目标大小，并使用 DNA 连接酶和 dNTP 在 30o C 下对片段进行末端修复 30 分钟。使用 2:1 AMPure XP 珠子与样品比例纯化修复后的 DNA，并在 40 µL 洗脱缓冲液中洗脱以准备 A 尾；这涉及使用 Klenow 片段和 dATP 将腺苷添加到 DNA 片段的 3' 端，然后在 37o C 下孵育 30 分钟。用磁珠清理反应后，将胞嘧啶甲基化双端接头（5'-AmCAmCTmCTTTmCmCmCTAmCAmCGAmCGmCTmCTTmCmCGATmCT-3' 和 3'-GAGmCmCGTAAGGAmCGAmCTTGGmCGAGAAGGmCTAG-5'）在 30oC 下连接到 DNA 20 分钟，并纯化接头两侧的 DNA 片段珠。在亚硫酸盐转化之前，用 10 个 PCR 循环扩增一份文库片段，并在 Agilent Bioanalyzer 高灵敏度 DNA 芯片上进行大小测定。扩增子的长度在 200-700 bp 之间。使用 EZ Methylation-Gold 试剂盒（Zymo Research）按照制造商的方案实现甲基化接头连接的 DNA 片段的亚硫酸盐转化。五次循环
Illumina如何设计基因序列
证明是在Poka-Yoke中：客户反馈在Miseq I100系列中工作的每个设计团队的潜在客户都为最终产品感到自豪，尤其是当他们听到其第一批客户的轶事有关他们喜欢的新功能时。“回头看研究并说，‘是的，我们将其确定为差异化的战略领域，” Settipani说。“这是一个很好的例子，说明，如果您尽早参与客户，您有时间嵌入这些想法，测试它们，并确保我们正在开发一种将受到好评的产品。”
Illumina单细胞3'RNA准备
Illumina单细胞3'RNA Prep使用基于涡旋混合器的简单方法，该方法可以有效地扩大研究量表。要处理更多的单元，您可以使用较大的管道管。这是一种满足广泛研究要求的解决方案，从先前的研究或细胞多样性项目到复杂的组织分析，通过广泛处理数十万到数十万个细胞。1当前提供的每个套件可以分析的每个样品的最大电池数为2,000 T2套件，10,000 T10套件，20,000 T20套件和100,000 T100套件。的增强细胞吞吐量可以增加找到稀有细胞类型的可能性（图5）。还支持96个唯一的双索引（UDI），因此您可以同时处理大量样品与样品多路复用（表2）。