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BRC生物信息学Illumina基因分型QC和Imputaion Service Pipeline
来自Illumine基因分型微阵列的原始基因分型数据以图像格式（IDAT文件）上传到Genomestudio软件中。此软件通过基于荧光强度的相似性来确定样品的自动聚类来确定等位基因的身份。但是，由于异常强度模式，默认聚类算法可能无法识别有效的簇，也可以将错误的基因型分配给样品。可以通过手动审查和回忆SNP来解决数据的可靠性，信心和整体质量，从而使其成为非常关键的质量控制（QC）程序，然后再使用PLINK或遗传解释进一步QC。此过程可以按; - =几周，具体取决于项目的大小（SNP的数量）。GenomeStudio软件需要至少提供的VWW样品来准确地群集数据，并且如果样本超过= www，我们必须在批处理中进行，以便花费更多的时间。此外，更大的芯片也需要更多的时间，因此成本更高。
裂解靠近DNA片段的末端（线性化矢量）
应用Illumina的Nebnext Ulta DNA库准备套件包含酶和缓冲液，是将少量DNA输入转换为Illumina Platform（Illumina，Inc）上下一代测序的索引库的理想选择。Nebnext Ultra DNA库的工作流程的Illumina的Prep套件非常友好且快速，动手的时间很少。这些组件中的每一个都必须通过严格的质量控制标准，并且无论是单独还是作为一组试剂。
腺病毒2
该产品仅用于研究目的。该产品不打算用于人类或动物的治疗或诊断目的。产品和内容由新英格兰Biolabs，Inc（NEB）拥有或控制的一项或多项专利，商标和/或版权。商标符号的使用并不一定表明该名称在正在阅读的国家 /地区都有商标；它指示了最初开发内容的地方。请参阅www.neb.com/trademarks。使用这些产品可能要求您获得某些应用程序的其他第三方知识产权。有关更多信息，请发送电子邮件至busdev@neb.com。该产品已获得美国PAT下的Bio-Rad Laboratories，Inc。的研究和商业用途。nos。6,627,424，7,541,170，7,670,808，7,666,645，以及其他国家 /地区的相应专利。除下一代测序工作流程中的量化外，没有授予将产品用于数字PCR或实时PCR应用程序的权利。
评估SARS-COV-2整个基因组测序的微型Illumina DNA制备方案
由SARS-COV-2引起的全球大流行增加了对可扩展测序和诊断方法的需求，尤其是对于基因组监测。尽管下一代测序已经实现了大规模的基因组监测，但是在某些设置中对SARS-COV-2进行测序的能力受到测序套件的成本和测序库的耗时准备的限制。我们比较了使用标准Illumina DNA Prep Kit协议获得的测序结果，成本和转折时间与三个修改的协议，具有更少的清理步骤和不同的试剂量（全卷，半体积，第十卷）。，我们在每个协议下处理了47个样本的一次运行，并比较了产率和平均序列覆盖率。四种不同反应的顺序成功率和质量如下：完整反应为98.2％，第十个反应为98.0％，完整的快速反应为97.5％，半反应为97.1％。结果，序列质量的均匀性表明库不受协议变化的影响。测序的成本降低了大约七倍，准备图书馆所花费的时间从6.5小时减少到3小时。使用微型化体积获得的测序结果显示出与使用制造商所述的全容量获得的结果相比。该协议的适应性代表了SARS-COV-2测序的低成本，简化的方法，该方法可用于快速，更经济地生成基因组数据，尤其是在资源约束的设置中。
使用 Oxford Nanopore 和 Illumina 平台对亚麻品种 Atlant 进行基因组测序
自古以来，人们就种植亚麻 ( Linum usitatissimum L. ) 以获取种子和纤维 ( Vaisey-Genser 和 Morris，2003 年 )。纤维亚麻比亚麻籽高，仅在茎的上部有分枝。亚麻籽的分枝从茎的中部开始，这些植物会产生许多大种子 ( Diederichsen 和 Richards，2003 年 )。亚麻籽富含 omega-3 脂肪酸和木脂素，其健康益处已在许多研究中得到证实 ( Caligiuri 等人，2014 年；Goyal 等人，2014 年；Kezimana 等人，2018 年；Parikh 等人，2019 年 )。因此，亚麻籽被用于食品和制药工业、动物饲料以及环保涂料和复合材料的生产（Singh 等人，2011；Corino 等人，2014；Goyal 等人，2014；Campos 等人，2019；Fombuena 等人，2019）。亚麻纤维是主要由纤维素组成的空心管；它们具有高强度和耐久性，可用于生产高质量的纺织品（Vaisey-Genser 和 Morris，2003）。亚麻纤维由于表面的芯吸和水分移动而具有很高的吸水能力，可用于制作炎热气候下的布料、帆、帐篷和地毯（Atton，1989）。然而，只有从亚麻茎的没有分支的部分才能获得长纤维；因此，尽管亚麻纤维质量很高，但它在很大程度上已被合成纤维所取代 ( Muir 和 Westcott，2003 年)。然而，对生态问题的认识引起了人们对使用对地球更具可持续性的材料的关注，人们对亚麻纤维的兴趣正在重新燃起。此外，在过去几年中，亚麻纤维已被积极用作复合材料的组成部分，在汽车、航空航天和包装应用中具有良好的潜力，在这些应用中，纤维长度并不十分重要 ( Zhu 等人，2013 年；Mokhothu 和 John，2015 年；Wu 等人，2016 年；Dhakal 和 Sain，2019 年；Fombuena 等人，2019 年；Goudenhooft 等人，2019 年；Zhang 等人，2020 年 a)。 2012 年，亚麻品种 CDC Bethune 的基因组在 Illumina 平台上进行了测序，采用双端和配对文库。结果组装结果为 302 Mb，其中 scaffild N50 约为 700 kb，contig N50 约为 20 kb，亚麻基因组覆盖率估计为 370 Mb，为 81%（Wang et al., 2012）。15 对 CDC 染色体的染色体水平组装
Illumina DNA准备，外显子组2.5富集在Revvity Sciclone NGSX和IQ工作站上。
图1：具有外显子组2.5富集工作流程的Illumina®DNA准备以及完成每个步骤所需的时间。实心蓝色块表示甲板的孵化，白色块表示需要在Sciclone NGSX工作站上脱落热循环孵育的步骤。所有孵育均在Sciclone NGSX IQ Workstation上进行。手动完成（在固体绿色块中表示）。
Illumina DNA准备富集
Fiana Kaper 1，Jacquire Weir 2，Mitch Bekritsky 3，Ali Crawford 3 Qing Zhang 2，Vicki Thomson 2，Ines Vitoriano 2，Niall Gormley 2，Niall Gormley 2 1，Daniel Andrews 2，Daniel Andrews 2，Stephen Gaffney 2，Stephen Gaffney 2，Ritu Kundu 2，Ritu Kundu 2，Ritu Kundu 2，Ritu Kundu 2，Ritu Kundu 2，Gavin Parnaby Parnaby 1，Pascal 1，Passal 2 Ivana Armogida 2，Maya Bajracharya 2，Ningxin Ouyang 1，Cande Rogort 1，Rami Mehio 1，Louise Fraser 1
Illumina DNA无PCR PREP，标记データシート
图3：整个GC富含区域的读取覆盖范围的比较：与Truseq DNA无PCR和Truseq DNA Nano库Prep Kit相比，Illumina DNA PCR无是人类RNPEPL1基因
Illumina DNA无PCR PREP PREP PREP应用在Biomek Ngenius System App App模板版本1.0.0
Illumina* DNA无PCR PREP应用模板使库的生成与Illumina测序平台兼容。应用模板允许用户在单个批处理中生产4至24个库之间。用户可以利用基因组DNA（GDNA）作为起始材料。血液和唾液输入。此应用程序支持具有GDNA输入范围内的标准输入协议。在25-99 ng范围内的输入不受此标准输入应用程序的支持。用户可以选择指定起始材料的浓度以实现归一化以及洗涤后的珠干时间。80％乙醇洗涤量已从180 µL减少到100 µL。在协议末尾的自动池不支持。