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乙型肝炎病毒(HBV)全基因组测序(WGS)目前受到限制,因为许多临床样品的DNA病毒载荷(VL)低于使用当前测序方法产生完整基因组所需的阈值。我们使用基于探针的捕获和瓷砖放大器PCR(Hep-tile)开发了两种泛基因型病毒富集方法,用于HBV WGS。我们使用模拟样品证明了这两种富集方法都是泛基因型(基因型A-J)。使用临床样品,我们证明了HEP-TILE放大成功地放大了最低的HBV VL测试(30 IU/ mL)的完整基因组,并且可以使用纳米孔和Illumina平台对PCR产物进行测序。基于探针的捕获,具有Illumina测序需要VL> 300,000 IU/mL,以生成全长HBV基因组。捕获 - 紫罗兰和Hep-tile-nanopore管道在具有已知DNA序列的模拟样品中具有100%的共识测序精度。一起,这些方案将促进HBV序列数据的产生,从而使HBV分子流行病学的更准确,更具有代表性的描述,对持久性和发病机理进行启示,并增强对感染及其治疗结果的理解。
CORES ACTIVITY TECHNOLOGY / ACTIVITY Production Genomics Whole Genome Sequencing Illumina NovaSeq Exome / Targeted Capture Sequencing Illumina NovaSeq Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) Illumina NovaSeq RNA-Seq / miRNA-Seq Illumina NovaSeq ChIP-Seq, ChIPmentation, ATAC-Seq Illumina NovaSeq Expression Arrays / Genotyping Illumina iScan / Affymetrix Genetitan
在人DNA中,有4-6%的胞嘧啶是甲基化的,其中60-90%的甲基化胞嘧啶在CpG位点(1,2)。相比之下,微生物物种中CpG位点的甲基化很少见。NEBNEXT微生物组DNA富集试剂盒使用一种简单而快速的基于磁珠的方法来选择性结合和去除CpG-甲基化的宿主DNA。该方法使用MBD2-FC蛋白,该蛋白由甲基化的CpG特异性结合蛋白MBD2组成,该蛋白与人IgG的FC片段融合在一起。FC片段很容易与蛋白A结合,从而有效地附着在蛋白A结合的磁珠上。该蛋白质的MBD2结构域特异性结合与CpG甲基化DNA。磁场的应用然后拔出CpG-甲基化(真核)DNA,将非CPG-甲基化(微生物)DNA留在上清液中(3)。如果需要,可以洗脱在磁性珠粒中捕获的宿主DNA,并为此提供协议。
DNA,并将标本存储在-80°C下。DNAM分析是在杜克大学Yongmei Liu博士的实验室进行的。Bisulfite的转化。500ng的DNA。数据是在Illumina Infinium甲基化甲基甲基甲虫v1.0上产生的(CAT#WG317-1001,Illumina,Illumina,San Diego,CA,美国)。使用制造商方案将总共4 µL的硫酸硫酸硫酸含量转换为DNA与Illumina Beadchip杂交。样品被变性并放大过夜20-24小时。样品的碎片,沉淀和重悬于过夜孵化之后,然后与史诗般的珠奇普杂交16-24小时。然后洗涤珠奇普,以去除任何未脑的DNA,并用核苷酸标记以将引物扩展到DNA。按照Infinium HD甲基化协议,使用Illumina Iscan系统(Illumina,Illumina,San Diego,CA,USA)对珠奇普进行成像。
未显示。酶以粗体类型显示,并以常规类型显示具有两个限制位点的酶。所有NEB限制酶的位置位置可以在NEB网站上找到(选择技术参考> DNA序列和地图)。限制位点坐标是指每个识别序列中最高链上最高基数的位置。
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