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World File Search SystemIllumina
单元格输出文件和单元数据分析
CellRanger MkFastq：Illumina Bcl2fastq的包装器，将Illumina BCl文件和Exultiplex取用到FastQS，如果您已经从FastQ文件开始，则可以跳过此步骤，然后直接继续运行CellRanger Count。
数据处理附录云服务和......
(m) 返还或销毁。在完成代表客户执行的职能并收到客户的书面请求后，Illumina 同意并应立即销毁或在收到客户的书面请求后将所有客户数据返还给客户，但返还和/或销毁此类客户数据在商业上不合理的情况除外。此类客户数据的返还或销毁应包括所有原件；但是，Illumina 可根据其保留要求或适用法律的其他要求保留存储在灾难恢复或其他归档系统上的副本。如果客户要求销毁客户数据，Illumina 应向客户提供书面证明，证明此类客户数据已被销毁。如果返还或销毁部分或全部此类客户数据在商业上不合理，Illumina 应 (i) 仅保留销毁在商业上不合理的客户数据 (ii) 将 Illumina 仍以任何形式保留的其余客户数据返还给客户或销毁； (iii) 只要 Illumina 保留客户数据，就继续将本安全协议和数据隐私协议的保护扩展到客户数据；以及 (iv) 将此类客户数据的进一步使用和披露限制在终止前适用的使返还或销毁客户数据在商业上不合理的目的范围内。
附件I-1：预算的示例2025声明
附件I-1：预算的示例2025声明此附件提供了有关预算2025声明中列出的示例的详细信息。（a）C节：推进我们的增长前沿Illumina Inc Illumina是一家领先的生物技术公司，也是DNA测序的全球领导者，为研究，临床和应用市场的客户提供服务。它的产品用于生命科学，肿瘤学，生殖健康，农业和其他新兴细分市场。Illumina在新加坡的制造和研发设施是Illumina全球业务的核心。作为该组织的亚太总部，Illumina Singapore参与了从研发到设计和生产的整个创新价值链。与当地企业（例如Venture Corporation和Sunningdale Tech）合作，该设施制造了Illumina的全部产品，例如Miniseq和Miseq I100基因组测序机器，以及操作它们所需的消耗品。这些伙伴关系帮助新加坡的当地企业在创新方面建立了新的能力，并扩展到了新的行业。Illumina还与当地合作伙伴在医疗保健研究中合作，例如与Precision Health Research，新加坡（“精确”）的战略合作伙伴关系，这是实施新加坡国家精密医学（“ NPM”）策略的中央实体。，他们的目标是作为SG100K项目的一部分对100,000个新加坡全基因组进行测序和分析，以创建东南亚最全面的同意人群研究，制定针对预防性护理和疾病治疗的有针对性策略，并最大程度地提高药物效率。Venture Corporation Limited Venture Corporation Limited总部位于新加坡，由全球30多家公司组成，在东南亚，东北亚，美国和欧洲的卓越中心。 Venture是技术服务，产品和解决方案的领先提供商，其既定能力涵盖了创新，设计和开发，产品和过程工程，可制造性的设计以及诸如生命科学，基因组学，网络和通信以及计算和成像技术等多元技术领域的供应链管理。 Venture在研发和Deep Manufacturing中的功能使它们成为许多跨国公司的首选合作伙伴。 Venture和Illumina在基因组测序产品开发方面的合作伙伴关系已有十年了。 在这段时间里，与Illumina的伙伴关系帮助冒险扩展了其现有领域，并加速了其在生命科学行业的增长。 它还允许Illumina在新的测序产品中看到突破。Venture Corporation Limited总部位于新加坡，由全球30多家公司组成，在东南亚，东北亚，美国和欧洲的卓越中心。Venture是技术服务，产品和解决方案的领先提供商，其既定能力涵盖了创新，设计和开发，产品和过程工程，可制造性的设计以及诸如生命科学，基因组学，网络和通信以及计算和成像技术等多元技术领域的供应链管理。Venture在研发和Deep Manufacturing中的功能使它们成为许多跨国公司的首选合作伙伴。Venture和Illumina在基因组测序产品开发方面的合作伙伴关系已有十年了。在这段时间里，与Illumina的伙伴关系帮助冒险扩展了其现有领域，并加速了其在生命科学行业的增长。它还允许Illumina在新的测序产品中看到突破。
人类粪便的宏基因组学采样，存储和测序方案
DNA准备（M）标记（鳕鱼20060059）准备参考指南，没有任何修改。这是完整的Illumina文档（https://emea.support.illumina.com/downloads/illumina-dna-prep-reference-guide-guide-1000000025416.html）的链接。填写Illumina DNA库准备清单可能很有用：https：//emea.support.illumina.com/downloads/illumina-dna-dna-prep-checklist- 100000000033561.html
20653医疗单
Next Generation Sequencing: Manual Process Eppendorf Concentrator Plus ABI 7500 Fast Real-Time PCR System Thermal cycler Qubit Tapestation 2200 Tapestation 4200 Fluoroskan microplate fluorometer Illumina NextSeq 500 NGS platform Illumina NextSeq 550Dx NGS platform Illumina NovaSeq 6000 NGS platform GEN-SOP-212 GEN-SOP-213 GEN-SOP-214 Gen-SOP-169 Gen-SOP-144 Gen-SOP-164基因组DNA，CTDNA和RNA从列出的样本类型中提取的房屋中提取，并从外部来源收到的样品作为主要样品
Dovetail®Micro -C Kit用户指南 - 版本1.2
Dovetail®，DovetailGenomics®和Hirise®是美国和/或其他国家的Cantata Bio LLC的全资子公司Dovetail Genomics，LLC的商标。iLlumina®，HISEQ®，Miseq®，Miniseq®，ISEQ®，NextSeq®，NovaseQ®是Illumina，Inc。的注册商标。BeckmanCoulter™和Spriselect®是Beckman Coulter，Inc.Qubit®的商标或注册商标。Tapestation®和Bioanalyzer®系统是安捷伦技术的注册商标。Invitrogen®是Thermo Fisher Scientific Inc.的注册商标
映射病毒景观：印度中部的埃德斯蚊子的基因组监视
方法：使用CDC批准的BG-Sentinel版本2陷阱（Biogents AG，德国雷根斯堡）和来自印度博帕尔地区不同地点的电池经营的吸尘器收集蚊子。他们是根据属，性别，位置和收集日期进行分类的。从均质的蚊子池中提取RNA并进行反转录。互补的DNA（cDNA）使用独立于序列的单次放大（SISPA）扩增。此外，使用Illumina Novaseq 6000平台（Illumina，Inc.，CA，San Diego，CA）对聚合酶链反应（PCR）产物进行了测序。使用Trimmomatic进行读取的生物信息学分析（Bolger AM，Lohse M，Usadel B（2014）。 trimmomatic：用于光明序列数据（生物信息学，BTU170）的灵活修剪器，用于修剪低质量的原始读取。 后来，Kraken2和Bracken（马里兰州巴尔的摩的Johns Hopkins University）用于识别病毒序列。使用Trimmomatic进行读取的生物信息学分析（Bolger AM，Lohse M，Usadel B（2014）。trimmomatic：用于光明序列数据（生物信息学，BTU170）的灵活修剪器，用于修剪低质量的原始读取。后来，Kraken2和Bracken（马里兰州巴尔的摩的Johns Hopkins University）用于识别病毒序列。
Roseinatronobacter sp。完整的基因组序列。菌株S2，一种从pH 12蛇形化系统中分离出的化学硫代表营养
s2是从山的Ney Springs中分离出来的Shasta，加利福尼亚州，在最小培养基板上，其中包含20 mM多硫化物和10毫米乙酸盐（6）。S2在含有20 mm硫代硫酸盐和10 mm乙酸盐的液体最小培养基中进行有氧培养。详细的媒体说明可在此处找到：dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bqjgmujw。S2在室温下孵育5天，以实现由先前的生长曲线确定的近似最大浊度（6）。DNA，并使用量子荧光计（美国Thermofisher Scientific，USA）进行定量。所有测序均由单个DNA准备。纳米孔库在高智能模式（280 bp/s）下使用R10.4.4的流动池（FLO-MIN114）用天然条形码24 V14试剂盒（牛津纳米孔技术，英国牛津，英国）进行测序。用孔雀鱼V.6.4.6进行，删除了质量分数<7的读数（7）。 在Seqcenter LLC（美国匹兹堡，美国）进行了 Illumina库准备和测序。 简要地，使用Illumina DNA准备套件制备库，并用10 bp独特的双指数进行条形码，并在Illumina Novaseq（2×150个测序）上进行测序。 使用BCL-Convert（v.4.0.3）进行反复式，质量控制和适配器修剪。 纳米孔序列> 2,000 bp用菲尔隆（V.0.2.1）（8）过滤质量，并去除了最差的10％的读取碱基。 过滤的长读数与Flye组装（v.2.9.1）（9）。 进行了四轮抛光。 质量评估和基因组统计数据，删除了质量分数<7的读数（7）。Illumina库准备和测序。简要地，使用Illumina DNA准备套件制备库，并用10 bp独特的双指数进行条形码，并在Illumina Novaseq（2×150个测序）上进行测序。使用BCL-Convert（v.4.0.3）进行反复式，质量控制和适配器修剪。纳米孔序列> 2,000 bp用菲尔隆（V.0.2.1）（8）过滤质量，并去除了最差的10％的读取碱基。过滤的长读数与Flye组装（v.2.9.1）（9）。进行了四轮抛光。质量评估和基因组统计数据Illumina读取的质量是用FastQC（v.0.12.1）（10）过滤的，所有读取的质量得分> Q30。简短的读数与Burrows -wheeler对准器（V.0.7.17）（11）对齐，并用Pilon（V.1.24，-fix all）（12）抛光组件。
