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Illumina数据分析指南
Illumina在Imlumina平台上测序在Illumina平台上测序的cleanplex amplicon库工作流程设置建议建议使用Illumina的本地运行经理（LRM）DNA Amplicon分析模块进行分析。LRM DNA扩增子分析模块v2.1.0可在ISEQ（控制软件V1或V2），Miseq（MCS V3），NextSeq 500/550（NCS 4.0）和NextSeq 500DX（NCS 4.0）上获得。LRM DNA扩增子分析模块v3.0.0.14可在Miseq（MCS v4.0）上获得。这些说明是一个简单的摘要，描绘了如何为已经完成的运行设置分析，或设置新运行以包括分析。样品必须通过基因组进行分析以进行分析：如果在一个测序运行中存在不同的基因组，则只能设置新运行以用一个基因组进行运行分析。但是，这些样品可以在同一运行中进行测序，然后通过基因组分批分析。如果测序运行中的所有样本均来自同一基因组，则用户可以使用任何一种分析方法。此模块对齐扩增子读取针对清单文件中指定的参考，并要求变体针对目标区域。工作流程还产生了运行质量和覆盖信息的摘要报告。有用的提示和资源：●有关其他详细信息和故障排除，请参阅Illumina的最新本地运行经理DNA
Illumina，Inc 5200 Illumina Way San Diego CA 92122-4616 ...
1a。条款和条件：哥伦比亚大学和Illumina的条款和条件的共同政府，以及尊重哥伦比亚的冲突点条款和条件。1B。 定价从02/15/2024有效。 在此定价协议上列出产品并不构成当前可用性的保证。 Illumina应尽最大努力在任何价格变动之前30天通知哥伦比亚大学。 其他规模/定价折扣可以逐案提供。 特殊报价将用于特殊定价。 这些折扣是根据真诚的理解提供的，即客户将为客户提供采购订单，以及每月或季度的船只时间表，总计$ 4,000,000.00购买此报价中列出的产品（此类金额，“购买承诺”和2）和2）在此处的expiratation（S）之前（S）在此处送达。 客户的折扣始终在到期日期后进行审查和更改。 如果客户未能在到期日之前履行购买承诺，这可能会影响Illumina继续提供类似折扣的能力，而Illumina和客户应真诚地重新谈判客户的未来折扣。1B。定价从02/15/2024有效。在此定价协议上列出产品并不构成当前可用性的保证。Illumina应尽最大努力在任何价格变动之前30天通知哥伦比亚大学。其他规模/定价折扣可以逐案提供。特殊报价将用于特殊定价。这些折扣是根据真诚的理解提供的，即客户将为客户提供采购订单，以及每月或季度的船只时间表，总计$ 4,000,000.00购买此报价中列出的产品（此类金额，“购买承诺”和2）和2）在此处的expiratation（S）之前（S）在此处送达。客户的折扣始终在到期日期后进行审查和更改。如果客户未能在到期日之前履行购买承诺，这可能会影响Illumina继续提供类似折扣的能力，而Illumina和客户应真诚地重新谈判客户的未来折扣。
Illumina DNA无PCR PREP，标记データシート
图3：整个GC富含区域的读取覆盖范围的比较：与Truseq DNA无PCR和Truseq DNA Nano库Prep Kit相比，Illumina DNA PCR无是人类RNPEPL1基因
用Illumina甲基化的珠奇普测定法分析的人DNA甲基化的纵向变化和变化及其对法医年龄预测的影响
DNA甲基化是一种关键表观遗传学修饰，在调节基因表达中起着至关重要的作用，并且已知会随着年龄的增长而发生动态变化。本研究研究了使用Illumina Epic850k阵列在两个时间点（相距15年）的64个个体的表观基因组宽的甲基化谱。混合效应模型确定了2821年龄相关的差异甲基化CPG位置（ADMP），中位变化率每年为0.18％，与人类寿命期间的变化10-15％一致。在所有ADMP中观察到了相似年龄的个体之间的基线DNA甲基化水平的显着变化以及在各个个体之间随着时间的变化方向不一致的变化。2821个ADMP的23个先前已纳入法医年龄预测模型。与所有ADMP相比，这些标记随着年龄的增长而显示出更大的DNA甲基化变化，并且个体之间的变化更少。然而，法医ADMP在DNA甲基化变化方向上也显示出个体间的变化。Elovl2中仅CG16867657在被研究的个体中表现出与年龄相关的变化的统一方向，这支持当前的Elovl2中的CpG站点是年龄预测的最佳标记。
使用 Enrichment Dx 进行 Illumina DNA 制备
Illumina DNA Prep with Enrichment Dx 是一种文库制备和富集解决方案，符合欧盟 (EU) 关于体外诊断医疗器械的法规 2017/746，并受美国食品药品管理局 (FDA) 监管。它支持来自人体细胞和组织的各种基因组 DNA (gDNA) 的文库制备，包括从全血或福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 组织中提取的 gDNA（表 1）。作为下一代测序 (NGS) 工作流程的一部分，Illumina DNA Prep with Enrichment Dx 使临床实验室能够将有针对性的测序富集面板添加到其诊断应用程序中（图 1）。
Illumina DNA准备，外显子组2.5富集在Revvity Sciclone NGSX和IQ工作站上。
图1：具有外显子组2.5富集工作流程的Illumina®DNA准备以及完成每个步骤所需的时间。实心蓝色块表示甲板的孵化，白色块表示需要在Sciclone NGSX工作站上脱落热循环孵育的步骤。所有孵育均在Sciclone NGSX IQ Workstation上进行。手动完成（在固体绿色块中表示）。
Illumina DNA预备微生物菌落提取
本文档为Illumina Technology的应用程序提供了信息，该信息已在内部进行了演示，并可能引起了客户的关注。此信息是由IS提供的，不是Illumina产品，也不伴随任何权利或保证。使用或调整此信息的客户应获得授权供应商所需的任何许可和材料。此处提到的Illumina产品仅用于研究用途，除非另有标记。尽管欢迎客户反馈，但Illumina技术支持和现场应用科学家没有支持此应用程序。