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基因敲除试剂盒 v2 - NET
图 1. 多引导 sgRNA 可实现高敲除效率。为三个基因（ ALPK3 、 JAK1 、 NUAK2 ）设计了三个单引导 RNA，并分别引入（sgRNA1、sgRNA2、sgRNA3）和一起引入（多引导）。平均而言，多引导 sgRNA 的表现分别比 ALPK3 、 JAK1 和 NUAK2 的单个引导 RNA 好 50.8%、32.1% 和 48.2%。通过核转染将核糖核蛋白 (RNP) 转染到 HEK293 细胞（针对 ALPK3 ）和 MCF7 细胞（针对 JAK1 和 NUAK2 ）。对每个靶标周围的区域进行 PCR 扩增、桑格测序，并使用 CRISPR 编辑推断 (ICE) 分析进行分析。敲除 (KO) 分数是指导致推定敲除（移码诱导插入/缺失和 21+ bp 片段缺失）的序列百分比。
汇总CRISPR筛选的CRISPR就绪细胞系
Number Cas9-expressing cell lines 1, ATCC: CCL-185 A549 , adherent 2, Coriell Institute GM12878 , suspension 3, ATCC: CCL-247 HCT116 , adherent 4, ATCC: CRL-1573 HEK293 , adherent 5, ATCC: CCL-2 HeLa , adherent 6, ATCC: HB-8065 Hep G2 , adherent 7, ATCC: TIB-152 Jurkat , suspension 8, ATCC: CCL-243 K562 , suspension 9, ATCC: HTB-22 MCF7 , adherent 10, ATCC: HTB-132 MDA-MB-468 , adherent 11, ATCC: CRL-5807 NCI-H358 , adherent 12, ATCC: CRL-5872 NCI-H1437，遵守13，ATCC：CRL-5887 NCI-H1693，ADHERENT 14，ATCC：CRL-2577 RKO，RKO，RKO，辅助15，ATCC：CRL-2137 SK-N-AS，sk-n-as，ASCCC：CCL-235 SW837，ATCC：ATCC：ATCC：TIB：TIB：TIB：TIB：TIB：TIB：TIB：TIB：TIB：TIB：TIB：TIB-202： U-2 OS，附着
splcoat™涂层ware_kor_
cho，cho-1，cho-k1（上皮，内皮，转染的融合蛋白） L929（成纤维细胞，转染）NIH/3T3，3T3（成纤维细胞）HFOB 1 .19，Mg63（成骨细胞细胞系）MM41（骨骼肌细胞，骨骼肌母细胞，转染，转染）RAW 264 .7（巨噬细胞）（巨噬细胞；骨晶体差异777） （淋巴细胞）U266（淋巴细胞）U937（单核细胞）乳腺癌细胞（已建立的细胞系）HEPG2（HEPATOCYTE）RTG-2（RAINBOW TROUT GONAD细胞）LNCAP LNCAP（前列腺癌细胞系）H1299（转染 - 非毛孔Lung carcly carcl lung carccinoma）（转染）CAC2C CARCACNOMA CAC2C CAC2C CAC2C CAC2C CAC299 MDA-MB-231 MDA-MB 435 PC-3，PC-12 SH-SY5Y SK-MEL-28
目录
内容实验细节图S1。使用0.15m钠（ - ） - dibenzoyl-l-tartrate的洗脱完成了L，L-1 4+和D，D，D，D-1 4+的对映体分离的示例。图S2。 使用阳离子 - 交换色谱法分辨出L，L -L -1 4+，D，D，D -1 4+和D，L -1 4+的圆形二色光谱。 表S1。 [D，D -1] Cl 4的晶体数据摘要。 表S2。 [L，L -1] Cl 4的晶体数据摘要。 图S3。 用于[D，D -1] Cl 4晶体结构图S4的阳离子的热椭圆形图。 用于[L，L -1]阳离子的热椭圆形图（PF 6）4晶体结构图S5。 在将DNA逐渐滴定到过量的情况下，涉及L，L -1 4+（5µm）的水缓冲液滴定的示例（25°C时PH7.0）。 顶部：在5mm Tris中添加CT-DNA，25mm NaCl。 底部：在添加人端粒序列时，HTS，（D [Ag 3（T 2 Ag 3）3]）在缓冲液中（10 mmKH 2 PO 4 /k 2 HPO 4，1MM k 2 EDTA在50–200 mm kCl中）。 用HTS（ - ）L，L -1 4+（5µm）的L，L -1 4+（5μm）的最大发光强度。 与CT -DNA（ - ）的等效滴定在实验误差中对于D，D -1相同。 显示了与HTS（ - ）的D，D -1（5µM）在等效滴定上获得的最大发射强度的示例。 箭头指示每个发射图S7的L最大值。 用L，L -1 4+（Lambda），D，D，D -1 4+（Delta）和D，L -1 4+（MESO）在MTT分析中获得的细胞活力数据示例。 图S8。 图S9。图S2。使用阳离子 - 交换色谱法分辨出L，L -L -1 4+，D，D，D -1 4+和D，L -1 4+的圆形二色光谱。表S1。 [D，D -1] Cl 4的晶体数据摘要。 表S2。 [L，L -1] Cl 4的晶体数据摘要。 图S3。 用于[D，D -1] Cl 4晶体结构图S4的阳离子的热椭圆形图。 用于[L，L -1]阳离子的热椭圆形图（PF 6）4晶体结构图S5。 在将DNA逐渐滴定到过量的情况下，涉及L，L -1 4+（5µm）的水缓冲液滴定的示例（25°C时PH7.0）。 顶部：在5mm Tris中添加CT-DNA，25mm NaCl。 底部：在添加人端粒序列时，HTS，（D [Ag 3（T 2 Ag 3）3]）在缓冲液中（10 mmKH 2 PO 4 /k 2 HPO 4，1MM k 2 EDTA在50–200 mm kCl中）。 用HTS（ - ）L，L -1 4+（5µm）的L，L -1 4+（5μm）的最大发光强度。 与CT -DNA（ - ）的等效滴定在实验误差中对于D，D -1相同。 显示了与HTS（ - ）的D，D -1（5µM）在等效滴定上获得的最大发射强度的示例。 箭头指示每个发射图S7的L最大值。 用L，L -1 4+（Lambda），D，D，D -1 4+（Delta）和D，L -1 4+（MESO）在MTT分析中获得的细胞活力数据示例。 图S8。 图S9。表S1。[D，D -1] Cl 4的晶体数据摘要。表S2。 [L，L -1] Cl 4的晶体数据摘要。 图S3。 用于[D，D -1] Cl 4晶体结构图S4的阳离子的热椭圆形图。 用于[L，L -1]阳离子的热椭圆形图（PF 6）4晶体结构图S5。 在将DNA逐渐滴定到过量的情况下，涉及L，L -1 4+（5µm）的水缓冲液滴定的示例（25°C时PH7.0）。 顶部：在5mm Tris中添加CT-DNA，25mm NaCl。 底部：在添加人端粒序列时，HTS，（D [Ag 3（T 2 Ag 3）3]）在缓冲液中（10 mmKH 2 PO 4 /k 2 HPO 4，1MM k 2 EDTA在50–200 mm kCl中）。 用HTS（ - ）L，L -1 4+（5µm）的L，L -1 4+（5μm）的最大发光强度。 与CT -DNA（ - ）的等效滴定在实验误差中对于D，D -1相同。 显示了与HTS（ - ）的D，D -1（5µM）在等效滴定上获得的最大发射强度的示例。 箭头指示每个发射图S7的L最大值。 用L，L -1 4+（Lambda），D，D，D -1 4+（Delta）和D，L -1 4+（MESO）在MTT分析中获得的细胞活力数据示例。 图S8。 图S9。表S2。[L，L -1] Cl 4的晶体数据摘要。 图S3。 用于[D，D -1] Cl 4晶体结构图S4的阳离子的热椭圆形图。 用于[L，L -1]阳离子的热椭圆形图（PF 6）4晶体结构图S5。 在将DNA逐渐滴定到过量的情况下，涉及L，L -1 4+（5µm）的水缓冲液滴定的示例（25°C时PH7.0）。 顶部：在5mm Tris中添加CT-DNA，25mm NaCl。 底部：在添加人端粒序列时，HTS，（D [Ag 3（T 2 Ag 3）3]）在缓冲液中（10 mmKH 2 PO 4 /k 2 HPO 4，1MM k 2 EDTA在50–200 mm kCl中）。 用HTS（ - ）L，L -1 4+（5µm）的L，L -1 4+（5μm）的最大发光强度。 与CT -DNA（ - ）的等效滴定在实验误差中对于D，D -1相同。 显示了与HTS（ - ）的D，D -1（5µM）在等效滴定上获得的最大发射强度的示例。 箭头指示每个发射图S7的L最大值。 用L，L -1 4+（Lambda），D，D，D -1 4+（Delta）和D，L -1 4+（MESO）在MTT分析中获得的细胞活力数据示例。 图S8。 图S9。[L，L -1] Cl 4的晶体数据摘要。图S3。用于[D，D -1] Cl 4晶体结构图S4的阳离子的热椭圆形图。用于[L，L -1]阳离子的热椭圆形图（PF 6）4晶体结构图S5。在将DNA逐渐滴定到过量的情况下，涉及L，L -1 4+（5µm）的水缓冲液滴定的示例（25°C时PH7.0）。顶部：在5mm Tris中添加CT-DNA，25mm NaCl。底部：在添加人端粒序列时，HTS，（D [Ag 3（T 2 Ag 3）3]）在缓冲液中（10 mmKH 2 PO 4 /k 2 HPO 4，1MM k 2 EDTA在50–200 mm kCl中）。用HTS（ - ）L，L -1 4+（5µm）的L，L -1 4+（5μm）的最大发光强度。与CT -DNA（ - ）的等效滴定在实验误差中对于D，D -1相同。显示了与HTS（ - ）的D，D -1（5µM）在等效滴定上获得的最大发射强度的示例。箭头指示每个发射图S7的L最大值。用L，L -1 4+（Lambda），D，D，D -1 4+（Delta）和D，L -1 4+（MESO）在MTT分析中获得的细胞活力数据示例。图S8。图S9。lambda堆叠实验显示了活的MCF -7细胞中A）D，D -1 4+和L -1 4+的发射曲线。MCF7细胞的CLSM图像使用两个单独的检测通道，分别为670-700 nm（红色）和630-640 nm（黄色），对于D，D，D -1 4+（TOP）和L，L，L -1 4+（底部）。
从已批准药物中鉴定 NUDT5 抑制剂
近来研究揭示了NUDT5在雌激素信号转导和乳腺癌中的重要作用，但相应的靶向治疗研究才刚刚起步。药物重定位策略可以有效减少药物研发所花费的时间和经济资源。为了寻找NUDT5的新型抑制剂，我们研究了之前确定的基于连接图的药物关联模型，找到了18种FDA批准的候选药物。进行了分子对接和分子动力学模拟，发现14种有机药物具有与NUDT5靶标结合的潜力。选择了8种代表性药物进行细胞系活力抑制分析，结果显示其中7种能够抑制MCF7乳腺癌细胞。两种药物诺米芬辛和异康唑的IC 50低于已知的抗雌激素雷洛昔芬和他莫昔芬，值得进一步进行药效学研究以测试其作为NUDT5抑制剂的可行性。
针对叶酸的载姜黄素囊泡用于位点……
摘要：乳腺癌是女性最常见的癌症，人们一直致力于开发基于纳米药物的新型乳腺癌治疗方法。在本研究中，我们研究了计算机模拟姜黄素 (Cur) 的特性，发现了 Cur 的一些重要缺点。为了增强 Cur 的癌症治疗效果，使用三种不同的非离子表面活性剂（跨度 20、60 和 80）来制备各种载有 Cur 的囊泡 (Nio-Cur)。然后，用叶酸 (FA) 和聚乙二醇 (PEG) 修饰制备的 Nio-Cur 以抑制乳腺癌。对于 PEG-FA@Nio-Cur，Bax 和 p53 的基因表达水平高于游离药物和 Nio-Cur。使用 PEG-FA 装饰的 Nio-Cur，Bcl2 的水平低于游离药物和 Nio-Cur。当研究 PEG-FA@Nio-Cur 和 Nio-Cur 的 MCF7 和 4T1 细胞摄取测试时，结果表明 PEG-FA 修饰的囊泡表现出最明显的内吞作用。体外实验表明，PEG-FA@Nio-Cur 是一种很有前途的乳腺癌治疗中 Cur 递送策略。乳腺癌细胞吸收了制备的纳米制剂并表现出持续的药物释放特性。
一种新颖的岩石抑制剂：二甲双胍的脱靶效应
1。引言确定治疗疾病的药物目标和开发新化合物，这些化合物可以通过药物目标相互作用诱导所需的效果，这对研究人员来说是一个非常漫长而昂贵的过程。近年来，除了批准的药物分子的适应症之外，通过鉴定不同和新的靶分子来使用这些药物以不同的指示使用的方法已获得重要性。最近，在计算机模式匹配中，软件被广泛用于识别小分子的新目标。连接图（CMAP）程序是一个基于网络的库，由Broad Institute（美国马萨诸塞州剑桥市）生产。CMAP包括来自各种细胞系（A375，A549，HCC515，HEPG2，HT29，MCF7，PC3，HA1E，VCAP）的150万个基因表达谱，这些基因表达谱是用〜5000个小分子化合物处理的（Lamb等，2006）。该软件是一个目录，比较了小分子引起的基因表达水平的变化的相似性，并评分了相似性。在1996年，Rho激酶（岩石）被确定为Rho A的下游效应子，它介导了许多细胞内信号传导机制（Kimura等，1996; Nakagawa等，1996; Nakagawa等，1996; Ark等，2010;Özdemir
识别尿素蛋白 - II的新靶蛋白...
使用转录组数据的药物重新定位研究最近引起了人们的关注。In this study, we attempted to identify new target proteins of the urotensin-II receptor antagonist, KR-37524 (4-(3-bromo-4-(piperidin-4-yloxy)benzyl)- N -(3-(dimethylamino)phenyl)piperazine-1-carboxamide dihydrochloride), using a transcriptome-based drug repositioning approach.为此，我们获得了KR-37524诱导的基因表达分布在四种细胞系（A375，A549，MCF7和PC3）中的变化，并将其与鉴于lincs L1000数据库中可用的药物诱导的基因表达变化的变化进行了比较，以识别出批准的基因表达谱的识别基因表达谱的变化。此处，使用连接得分计算两个基因表达谱变化之间的相似性。然后，我们选择了在每种细胞系中连通性评分最高（总共12种药物）作为KR-37524的潜在靶标的最高连通性评分的最高连接性评分的蛋白质。使用体外结合测定法实验证实了七个潜在的靶蛋白。通过此分析，我们确定了神经学调节的5-羟色胺转运蛋白是KR-37524的新靶蛋白。这些结果表明，基于转录组的药物重新定位方法可用于识别给定化合物的新靶蛋白，我们提供了本研究中开发的独立软件，该软件将作为药物重新定位的有用工具。
SABCS 2024 BGB-43395的临床前表征，A ...
Preclinical characterization of BGB-43395, a potential best-in-class CDK4 selective inhibitor with potent pharmacodynamic and anti-tumor activity in HR+HER2- breast cancer models Authors: Hengrui Zhu, Hanzi Sun, Wenqing Xu, Jing Li, Xiaoxin Liu, Tingting Zhang, Xudong Luan, Jing Wang, Ying Ma, Mingchao Kang, Shuran Li, Yilu Zhang, Chi Guan, Xin Li, Jingjing Meng, Jiyuan Zhang, Yao Yao, Zhirong Shen, Xiaomin Song, Fan Wang, Sean Lin, Yu Shen, Zhiwei Wang, Xuesong Liu, Lai Wang, Ye Liu* ABSTRACT Cyclin-dependent kinase (CDK) 4/6抑制剂（Palbociclib，Ribociclib和Abemaciclib）与内分泌疗法结合使用已成为转移性激素受体阳性，HER2阴性乳腺癌（HR+HER2-BC）患者的护理标准。但是，HR+HER2-BC主要取决于CDK4，而双重CDK4/6抑制剂抑制CDK6通常会导致限制剂量的中性粒细胞减少剂，这需要治疗节日或剂量减少，从而限制了CDK4抑制作用。因此，开发了CDK4选择性抑制剂BGB-43395通过避免CDK6来减少中性粒细胞减少，从而最大程度地提高CDK4抑制作用，以进一步改善临床好处。BGB-43395是一种高度有效的CDK4激酶抑制剂，在生化水平上，对CDK6和其他CDK家族激酶具有很高的选择性。此外，BGB-43395还表现出了针对其他200个激酶的小组的极高选择性。这些特性在非临床毒性研究中转化为理想的毒性，其中BGB-43395的耐受性很好，而没有中性粒细胞减少和胃肠道毒性问题。通过人类乳腺癌细胞系中的RB1磷酸化抑制，BGB-43395的效力进一步确定。与认可的CDK4/（6）抑制剂（Palbociclib，Ribociclib和Abemaciclib）和研究性CDK4 CDK4抑制剂PF-07220060相比，在生化测定中，BGB-43395对CDK4表现出优异的激酶抑制作用。与PF-072220060和批准的CDK4/6抑制剂相比，BGB-43395在CDK4依赖性的HR+HER2- BC细胞系中显示出对RB1磷酸化（PRB1-S780）的有效抑制作用。结果，BGB-43395在HR+HER2-BC细胞系以及包括前列腺，卵巢，子宫内膜和肺癌在内的其他癌细胞系中显示出更大的抗增殖活性。在CDK4依赖性肿瘤模型中进一步评估了BGB-43395的体内药效学和抗肿瘤活性。BGB-43395单药治疗表现出以MCL JEKO1和HR+HER2-MCF7小鼠异种移植肿瘤的剂量依赖性方式表现出重大抑制Rb1磷酸化。BGB-43395单药治疗在JEKO1异种移植模型中，临床相关剂量的肿瘤抑制作用比palbociclib具有更大的肿瘤抑制作用。BGB-43395与氟夫剂结合使用，与palbociclib相比，在HR+HER2-MCF7异种移植模型中，肿瘤生长抑制更大。总而言之，BGB-43395是一种潜在的一流CDK4抑制剂，对CDK6和其他激酶具有很高的效力和选择性，为实现HR+HER2-乳腺癌和其他CDK4依赖性依赖的HR+HER2-乳腺癌和其他CDK4抑制提供了机会，从而提供了实现高靶向CDK4抑制作用的机会。BGB-43395目前正在作为单一疗法进行临床研究，或与转移性HR+HER2- BC和其他晚期实体瘤患者的内分泌疗法（NCT06120283）相结合。
麦卢卡蜂蜜在临床前模型中抑制人类乳腺癌进展
摘要：麦卢卡蜂蜜 (MH) 在多种人类癌症的临床前模型中表现出潜在的抗肿瘤活性。体外用 0.3 至 5.0% (w/v) 浓度范围的 MH 进行处理可显著抑制人乳腺癌 MCF- 7 细胞的增殖，且这种抑制作用呈剂量依赖性，但 MH 在 MDA-MB-231 乳腺癌细胞中的抗增殖作用不太明显。在 2.5% w/v 浓度下，还对非恶性人乳腺上皮细胞 (HMEC) 进行了 MH 的影响测试，结果发现 MH 降低了 MCF-7 细胞的增殖，但没有降低 HMEC 的增殖。值得注意的是，MH 的抗肿瘤活性与用抗雌激素他莫昔芬治疗 MCF-7 细胞的活性范围相当。此外，MH 治疗在体外刺激了 MCF-7 细胞的凋亡，大多数细胞表现出与 PARP 激活相关的急性和显著水平的凋亡。另外，MH 的作用诱导了 AMPK 的激活和 AKT/mTOR 下游信号传导的抑制。用增加浓度的 MH 处理 MCF7 细胞以剂量依赖性方式诱导 AMPK 磷酸化，同时抑制 AKT 和 mTOR 下游效应蛋白 S6 的磷酸化。此外，MH 在体外降低了磷酸化的 STAT3 水平，这可能与 MH 和 AMPK 介导的抗炎特性相关。此外，在体内，单独施用 MH 显着抑制了裸鼠中已建立的 MCF-7 肿瘤的生长 84%，导致肿瘤体积明显减少。我们的研究结果强调需要进一步研究天然化合物（如 MH）的抗肿瘤功效和潜在的化学预防用途，并研究这些作用背后的分子途径。