新一代测序 (NGS) 及其提高的成本效率使得数百个基因 [1-4] 的快速面板检测以及肿瘤突变和靶向抗癌药物的选择成为可能 [5]。因此,NGS 在精准医疗和精准肿瘤学领域的临床应用正在增加 [1]。在韩国,报销的医疗体系从 2017 年开始覆盖 NGS 面板检测,这导致检测数量从 2017 年的 4,000 次增加到 2019 年的 10,000 次 [6]。NGS 临床使用的过程包括 (1) 从癌症患者中获取肿瘤组织,(2) 提取核酸(DNA 和/或 RNA)进行序列分析,(3) 确认肿瘤基因组改变并据此制定报告,以及 (4) 通过分子肿瘤委员会 (MTB) 决定进行循证个性化治疗或临床试验。
对国际健康的主要危害,结核分枝杆菌(MTB)是传染病,称为结核病(TB)。基于全球报告2020年的全球,印度尼西亚的结核病负担仅次于印度。国家数据报告说,估计的结核病病例数量在2022年和2021年保持稳定为969,000。然而,确认的结核病病例从2021年之间从443,235例增加到713,184 [1]。在印度尼西亚的东爪哇省,Soetomo医院博士担任转诊医院;另一方面,East Java是一个结核病区域,其发病率较高,尤其是萨拉巴亚市,2021年最高的结核病病例(4,475)[2]。在流行结核病区域中,患有慢性下呼吸道感染的肺结核患者具有重复感染(复发性结核病)[3]或来自环境中另一微生物的感染的危险因素。
3TC = 拉米夫定;ABC = 阿巴卡韦;ALT = 丙氨酸氨基转移酶;ART = 抗逆转录病毒疗法;AZT = 齐多夫定;CM = 隐球菌性脑膜炎;DR-TB = 耐药结核病;DST = 药物敏感性测试;DTG = 多替拉韦;ECG = 心电图;EDST = 扩展药物敏感性测试;EFV = 依法韦仑;EPTB = 肺外结核;EtO = 乙硫异烟胺;FBC = 全血细胞计数;FLQs = 氟喹诺酮类药物;Hb = 血红蛋白;HIV = 人类免疫缺陷病毒;INJ = 注射剂;K + = 钾;Mg 2+ = 镁;MGIT = 分枝杆菌生长指示管;MTB = 结核分枝杆菌;NCAC = 国家临床咨询委员会;NVP = 奈韦拉平; TB-NAAT = 结核病核酸扩增试验;PCAC = 省级临床咨询委员会;PI = 蛋白酶抑制剂;QTc = 校正 QT 间期;RR-TB = 利福平耐药结核病;TB = 结核病;TDF = 替诺福韦;TdP = 尖端扭转型室性心动过速;TEE = 替诺福韦 + 恩曲他滨 + 依法韦仑;TLD = 替诺福韦 + 拉米夫定 + 多替拉韦;VL = 病毒载量;XDR = 广泛耐药
海藻分枝杆菌(M. Marinum)是一种无结核分枝杆菌(NTM),可以在水生动物和人类中引起感染性疾病。基于培养的病原体检测是诊断NTM感染的金标准。但是,这种方法是耗时的,对于挑剔的生物来说,阳性率低。牛津纳米孔奴才测序是一种新兴的第三代测序技术,可以直接以培养的方式序列DNA或RNA,并提供快速的微生物识别。进一步的好处包括低成本,短时间的时间,读取长度和小设备尺寸。纳米孔测序在评估耐药性,微生物的临床鉴定和监测感染性疾病方面起着至关重要的作用。使用纳米孔测序的一些关于结核分枝杆菌(MTB)的报告已发表,但是,关于NTM的报告很少,例如M. Marinum。在这里,我们报告了使用纳米孔测序诊断纳米孔测序。
结果:从 MTB 中确定了 4 名具有 AR+ HRAS / PIK3CA 共突变 SDC 和临床随访数据的患者。从文献中确定了另外 9 名具有临床随访的患者。除了 AR 过表达和 HRAS 和 PIK3CA 变异之外,还确定了 PD-L1 表达和肿瘤突变负荷 > 每兆碱基 10 个突变作为其他潜在可靶向变异。在可评估的患者中,7 名患者开始接受雄激素剥夺疗法 (ADT)(1 名部分缓解 (PR)、2 名稳定疾病 (SD)、3 名进展性疾病 (PD)、2 名不可评估),6 名患者开始接受替比法尼治疗(1 名 PR、4 名 SD、1 名 PD)。各有一名患者接受了免疫检查点抑制(混合反应)以及替比法尼和 ADT(SD)以及阿哌沙布和 ADT(PR)的联合疗法治疗。
ElenaFernándezTorres摘要结核病(TB)仍然是全球重大的健康挑战,由于多药耐药性结核分枝杆菌(MTB)的兴起而加剧。由于抗性机制而导致的现有药物的效率低下需要新颖的药物靶标和优化的药物输送系统。这项研究旨在使用CRISPR干扰(CRISPRI)筛查确定MTB中的必要药物靶标,并评估基于微晶纤维素(MCC)的配方效应以持续药物递送。使用DCAS9介导的转录抑制构建了一个基因组 - 宽CRISPRI文库,并使用qPCR和RNA测序(RNA-Seq)评估了基因敲低效率。使用肉汤稀释测定法和菌落形成单位(CFU)枚举评估了基因抑制对细菌存活和药物敏感性的影响。基于MCC的Isoniazid制剂是使用湿的颗粒方法开发的,并通过扫描电子显微镜(SEM),X射线衍射(XRD)和傅立叶变换红外光谱(FTIR)来表征。使用USP溶解设备II评估了体外药物释放曲线,并进行了统计分析,包括ANOVA和Pearson相关性,以确定重要的趋势。结果表明,高CRISPRI敲低效率与降低的细菌存活率相关(r = -0.78,p <0.0001),表明成功鉴定了基本基因。细菌存活与利福平MIC之间的正相关(r = 0.61)证实,敲低会影响药物敏感性。基于MCC的制剂显示在24小时内持续释放药物,在MCC药物释放和细菌存活之间存在很强的负相关(-0.68),证实了延长的抗菌活性。该研究得出结论,CRISPRI是结核病药物靶标识别的有力工具,而基于MCC的配方为持续药物递送提供了有希望的策略。未来的研究应在体内药代动力学,全基因组测序和先进的药物携带者中整合,以进一步优化结核病治疗策略。关键字:结核病,CRISPR干扰,结核分枝杆菌,基因敲低,细菌存活,微晶纤维素,耐药性,持续药物释放,药物释放,精确药物,精密医学引起的结核病(TB),由Mycobacterium witter(Mimabacterium witter)造成了1.超过100个全球的造成(Mimobacterium witter and Fresprim andim Million Millionb)(Mim Million Millionb),是一个1. Mimb)。每年死亡(Samukawa等,2022)[1]。耐多药(MDR-TB)和广泛的耐药性结核(XDR-TB)的出现增加了对新型治疗策略的迫切需求(Cheung等,2021)[3]。传统的药物发现方法由于细菌代谢,休眠机制和内在耐药性的复杂性而难以确定新的有效靶标(Rock等,2016)[2]。在响应中,CRISPR干扰(CRISPRI)技术已成为鉴定和验证细菌生存,耐药性和代谢脆弱性所需基因基因的革命性工具(Yan等,2022)4 []。CRISPRI利用催化死亡的CAS9(DCAS9)酶选择性地抑制基因表达而无需诱导双链断裂,从而在活细菌细胞中实现了高通量药物靶标筛查(McNeil等人,2021年)[3]。虽然CRISPRI已广泛用于癌症研究和细菌遗传学,但通过鉴定出新的可药物靶标和抗生素协同作用来增强结核病药物发现的潜力仍未得到充分激发(Choudhery等,2024)[5]。除了确定新药靶标外,改善药物输送系统对于增强治疗功效和患者依从性至关重要(Kalita等,2013)[6]。当前的结核病药物治疗方案很长(6-9个月),导致辍学率高,治疗不完全,
一名 4 个月大的女婴,最近 2 周出现呼吸窘迫和口服摄入量减少,SpO2 为 84%。开始静脉注射抗生素氨苄西林+氯唑西林和头孢噻肟,并给予补充氧气,使 SpO2 改善至 97%。全血细胞计数显示白细胞计数升高,胸部 X 线摄影显示 RTI 降低。免疫缺陷检查正常。MTB Gene Xpert 和真菌菌丝均为阴性。胸部 HRCT 显示右上叶前段和后段以及双侧下叶上段和基底段呈斑块状亚段/胸膜下肺不张改变。患者的基因研究测试已送往德国。第 21 天,血氧饱和度开始下降。第 38 天,基因研究报告提到 ABCA3 基因中存在纯合的可能致病变异,导致诊断为常染色体隐性 SMDP3。孩子于第45天死亡。
疟疾和结核病 (TB) 是中低收入国家十大死因之一,其中大多数位于撒哈拉以南国家 [1]。疟疾是一种由雌性按蚊传播的疟原虫感染 [2]。恶性疟原虫是人类疟疾的主要原因 [3]。2021 年,全球有 619,000 人死于疟疾,其中 95% 发生在撒哈拉以南非洲 [4]。恶性疟原虫适宜生存的环境 [5] 和医疗保健系统(例如,医院条件差、治疗方法差、药物管理不善)是造成疟疾流行的原因之一 [6]。相比之下,人类结核病是一种由结核分枝杆菌 (Mtb) 引起的空气传播疾病。结核病通过呼吸系统传播,遇到含有活性 Mtb 的空气飞沫时传播 [7]。在 COVID-19 之前,结核病感染是人类死亡的主要原因 [7]。人类结核病导致 1060 万病例和 160 万死亡,其中 90% 发生在撒哈拉以南非洲 [7]。目前,化学药物和疫苗用于控制疟疾 [8] 和结核病 [7]。然而,耐药菌株的发展使药物使用效率低下且成本高昂。疫苗是这些疾病最有效的选择,它们有助于防止耐药性的蔓延。尽管尚未完全认证,但疟疾 RTS S/AS01 被推荐用于生活在高流行地区的 5 至 17 个月大儿童的试点疫苗接种 [9]。与疟疾不同,BCG 是唯一经过认证的结核病疫苗。RTS、S/AS01 [10] 和 BCG [11] 都有类似的局限性:它们提供保护,但仅限于年轻年龄组。撒哈拉以南非洲的临床试验测试了不同组疟疾候选疫苗。其中包括亚单位疫苗[12-16]、病毒样颗粒疫苗[17-20]和全减毒疫苗[21-23]。与疟疾候选疫苗一样,结核病候选疫苗包括亚单位疫苗[24-33]、灭活疫苗[34]和全减毒疫苗[11,35,36]。尽管如此,撒哈拉以南非洲地区疟疾和结核病疫苗研发的进展十分艰难,且常常被认为进展缓慢。本研究旨在阐明阻碍有效疟疾和结核病疫苗快速发展的障碍,特别强调撒哈拉以南非洲地区的免疫原性、有效性和安全性。
BMI : body mass index CHC : community health centre CDC : communicable disease control DMC : designated microscope centre DOT : direct observed treatment DST : drugs susceptibility testing EQA : ensure quality assurance ERM : external review mission GDF : global drugs facility GLC : green light committee GYTS : global youth tobacco survey IOM : International Organization for Migration TPT : Tuberculosis Preventive Therapy KOICA : Korean International Cooperation Agency LFU : lost to follow up LPA : line probes assay MDR-TB : multi drug resistance tuberculosis M&E : monitoring and evaluation MHS : municipality health services MHO : municipality health officer MTB/RIF : mycobacterial tuberculosis/rifampicin MTC : municipality TB coordinator MTU : municipality TB unit NTP : national tuberculosis programme NTRL : national tuberculosis reference laboratory OSE : onsite evaluation PLHIV : people living HIV PSF : Promotor Saude Familiar RS : regional supervisor SAMES : Servico Autonomo Medicamento Equipamento Saude SISCa : Servisu Integradu Saude Communitaria SLD : second-line drugs TB-CMU : tuberculosis central management unit UNHLM : United Nations High级会议
摘要临床样品中基于聚合酶链反应(PCR)的检测是基于结核分枝杆菌(M.结核病)复合物(M. toberculosis)复合物(MTC),是一种诊断临床微生物学实验室中结核病的第一线方法。在这项研究中,使用繁荣的3,156个分枝杆菌基因组的全基因组培养确定了CRISPR-CSM4基因作为MTB的特定。实时(RT)-PCR和CRISPR-CSM4的PCR序列,对20 MTC和5个无效的分枝杆菌进行了测试,并确认了20个MTC分离株,而未检测到5个无效的分离株。此外,有65个剩余的临床样本,包括25个GenExpert阳性和40个GenExpert阴性样品,用于评估在临床微生物实验室环境中CRISPR-CSM4-MTB分析的评估,在每种情况下都会产生预期的预期结果,从而进一步允许M. tonberculculsis M. tonbercijing Lineage。rt-PCR和CRISPR-CSM4的PCR序列可以植入临床微生物学实验室,以补充当前使用的测定法,并有可能增加负责结核病的MTC病原体的规范。