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药物机制自动优先排序知识网络的设计与应用
图 1：适应症来源和模型训练范式示意图 a) 适应症最初来自两个数据源，Wikidata 和 NCATS Inxight Drugs。Inxight Drugs 是一个数据聚合器，它汇编了来自多个来源的数据，包括 DrugBank 和 DrugCentral，从而产生了许多适应症。临床毒理基因组学数据库 (CTD) 包含超过 14,000 种适应症，全部来自文本挖掘，结果由人工确认。沿着化合物 - 治疗 - 疾病 - 逆子类 - 疾病路径的路径收缩总共产生 69,639 种适应症。b) 最初，20% 的已知适应症化合物被移除并放置在保留集中。剩余的 15% 的已知适应症化合物子集用于超参数调整和元路径选择。选定的 160 个元路径用于对不在保留集中的所有适应症进行模型训练，以验证模型。最后，所有迹象都被用来生成用于机械评估的最终模型。
第 58 届美国国立卫生研究院 (NIH) 会议 - ORWH
在场成员 Phyllis Sharps 博士 Garnet L. Anderson 博士 Melissa Simon 医学博士 Irene Aninye 博士 Kimberly J. Templeton 医学博士 Amanda Bruegl 医学博士 Stephen Higgins 博士 ORWH 领导层在场 Reshma Jagsi 医学博士，哲学博士 Janine Clayton 医学博士，FARVO，主任 Hendrée Jones 博士 Samia Noursi 博士，Alyson J. McGregor 医学博士科学政策、规划和分析副主任 Thelma Mielenz 博士 Xenia T. Tigno 博士 Alexandra Noël 博士职业副主任 Judy Regensteiner 博士 Michelle Robinson，牙科医学博士 其他 NIH 领导层在场 Yoel Sadovsky 医学博士 Joni L. Rutter 博士美国国家转化科学促进中心 (NCATS) 主任召集会议 ACRWH 执行秘书兼 ORWH 科学政策、规划和分析副主任 Samia Noursi 博士于上午 9:31 宣布虚拟会议开始 委员会成员进行了自我介绍并批准了 2022 年 10 月 18 日举行的第 57 次 ACRWH 会议的会议记录。
基于网络的综合蜂窝签名（LINCS）虚拟研讨会
AD Alzheimer's disease AE adverse event ALS amyotrophic lateral sclerosis API application programming interface AUD Alcohol Use Disorder CMap Connectivity Map DCIC Data Coordination and Integration Center DGE differential gene expression DIA data independent acquisition DToxS Drug Toxicity Signature Generation Center ECM extracellular matrix FAIR findable, accessible, interoperable, reusable FDA Food and Drug Administration GAN generative adversarial network GBM glioblastoma multiforme GCP global chromatin profiling GEO gene expression omnibus GR Growth Rate inhibition GREIN GEO RNA-seq Experiments Interactive Navigator (h)iPSC (human) induced pluripotent stem cell HMS Harvard Medical School KE knowledge environment LINCS Library of Integrated Network-based Cellular Signatures MEP Microenvironment Perturbagen MIT Massachusetts Institute of Technology ML Machine Learning MSDW Mount Sinai Data Warehouse NCATS National Center for Advancing Translational Sciences NIDDK National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases NIH National Institutes of Health OSC Office of Strategic Coordination PBMC peripheral blood mononuclear cell PTM post-translational modification PRISM Profiling Relative Inhibition Simultaneously in Mixtures R&D research and development SMA脊柱肌肉萎缩TAS转录活性评分WGS全基因组测序
致董事会的信clin2
亲爱的CIRM董事会在过去的18个月中，我们确保Clin2 Grant的努力遇到了反复的障碍。我们遇到的挑战，尤其是关于基因疗法缺乏专业知识和CIRM科学审查团队中罕见疾病的专业知识，危害患者和医学领域具有变革性潜力的关键计划。四年前，我建立的基金会提供了上下文Curespg50，首先提交了SPG50的SPG50。它被选为其科学严谨性和成功可能性的前八个计划之一。尽管这种认可，但由于其高级发展阶段而被取消资格。随后，我们被介绍给Creasey博士和Cirm博士，他们提到他们可以支持我们的计划，从而将SPG50恢复为BGTC/FNIH计划。这导致了Elpida的建立，Elpida是一家总部位于加利福尼亚的生物技术公司，是一项旨在推进SPG50和其他有前途的计划的合作。自2023年5月ELPIDA接受BGTC计划以来，我们与BGTC/FNIH/NCATS，CIRM和其他利益相关者紧密合作，以将SPG50向前发展。cirm本身已公开强调了我们的工作，包括在UCLA和罕见疾病会议上的演讲，以及2024年10月的CIRM博客文章，Terry和Cirm强调了CIRM资金用于创新疗法的至关重要（且至关重要的）作用，例如为稀有疾病社区提供这些疗法。尽管有这种目标和公众支持的一致性，但我们在赠款审查过程中反复遇到了毫无根据且差的障碍。值得注意的是：
CYP2D7 混合等位基因分型
CYP2D6 是一种非常重要的药物基因，因为它负责 20% 至 30% 临床使用药物的代谢或生物活化。然而，尽管它的长度相对较短（只有 4.4 kb），但由于与邻近假基因的高度相似性以及 CYP2D6-CYP2D7 杂交的频繁出现，它是基因分型最困难的药物基因之一。不幸的是，大多数当前的基因分型方法无法正确确定完整的 CYP2D6-CYP2D7 序列。因此，我们开发了一种基因分型检测方法，通过优化无 PCR 纳米孔 Cas9 靶向测序 (nCATS) 方法与自适应测序相结合，并开发了一种新的综合长读基因分型 (CoLoRGen) 流程，以生成复杂区域的完整等位基因特异性共识序列。 CoLoRGen 流程首先生成两个等位基因的一致序列，然后确定大结构变异和小变异，最终分配正确的星号等位基因。在参考样本中，我们的基因分型检测证实了 CYP2D6-CYP2D7 大结构变异、单核苷酸变异 (SNV) 以及小插入和缺失 (INDEL) 的存在，而这些是大多数当前检测无法检测到的。此外，我们的结果提供了直接证据，表明 NA12878 DNA 的 CYP2D6 基因型应更新为包括 CYP2D6-CYP2D7 * 68 杂交和与现有参考相比的几个额外的单核苷酸变异。最终，nCATS-CoLoRGen 基因分型检测还可以通过检测和分期从头突变以及已知的大结构变异和小变异，从而实现更准确的基因功能预测。
途径驱动的稀有种系变体与移植相关的血栓形成微型病变（TA-TMA）
这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章。通信：Matthias Kretzler，华纳 - 兰伯特/帕克戴维斯戴维斯教授，医学/肾脏科学和计算医学与生物信息学，密歇根大学，1560毫秒II，1150 W Medical Center DR-SPC5676，Ann Arbor，密歇根州Ann Arbor，密歇根州48109-5676，美国。kretzler@umich.edu。披露MK报告来自国立卫生研究院（NIH）的赠款；密歇根大学的非财务支持；通过密歇根大学的资金，来自Goldfinch Bio，Boehringer-Ingelheim，Certa，Travere和Maze Therapeutics的资金；以及通过密歇根大学（NIH）与NIH，Chan Zuckerberg计划，JDRF，Roche，Roche，Roche，Astrazeneca，Novo Nordisk，Moderna，Moderna，Chinook Innovication Medicine，Chinook，Angion Pharmaceuticals，Renalytixai，Eli Lilly Lilly，Regenern，Renderean，Jenansissen，Inioniss，Inioners和J.通过Astellas，Poxel，Janssen和Novo Nordisk的密歇根大学通过密歇根大学的咨询费用；并在NIH - 国际促进转化科学中心（NCATS）理事会和肾脏肾脏国际委员会任职。此外，MK和WJ还具有授权专利，PCT/EP2014/073413“生物标志物和用于进展预测的慢性肾脏病”。 HT报告肾脏策略有限责任公司的就业。他与Aclipse，Angion，Goldfinch Bio，Maze Therapeutics，Natera（Renasight），Otsuka（数据安全监测委员会[DSMB]儿科试验主席），Travere Therapeutics，Inc，Boehringer-ingelheim，eppepv和phasev和eppepv and phasev和walder;以及参加由Astellas和Reata组织的肾小球疾病板的荣誉症。他是DUPRO的指导委员会和科学顾问委员会（Duplex [Sparsentan研究，对主要局灶性节段性肾小球硬化症患者的研究{FSGS}]，并保护[Sparsentan对IGA Nephropathy试验患者治疗的Sparsentan对治疗的影响和安全性的研究）他是肾脏健康计划董事会成员；儿科肾病，肾小球疾病和肾脏360的编辑委员会成员；并担任Nephcure肾脏国际的合作伙伴，致力于促进小儿参与肾小球疾病（Pioneer）的临床试验。LB报告了NIH，国家糖尿病与消化研究所和肾脏疾病（NIDDK）和国家癌症研究所（NCI）的当前工作之外的赠款；来自Elsevier-DP4Kidney的特许权使用费/许可；来自Vertex，Protalix和Sangamo的咨询费；以及基于DL的多站点的多个二次分割的专利。 她还在国际肾小球疾病学会的指导和临床试验委员会中。 se报告与Novo Nordisk，Astrazeneca，Gilead Sciences Inc，Janssen Pharmaceuticals，Eli Lilly and Company，Travere Therapeutics，Certa，Boehringer Ingelheim，Angion，Angion，BioMedica，BioMedica，Regeneron，Roche和Chinook通过Michigan大学。 LBH报告了当前工作之外的NIH的资金。 WJ通过密歇根大学获得了欧洲委员会的资金； Travere Therapeutics的咨询费；国际肾脏病学会的旅行支持；并且是美国肾脏病学会的成员。 CG得到了NIDDK的资金来支持这项工作。LB报告了NIH，国家糖尿病与消化研究所和肾脏疾病（NIDDK）和国家癌症研究所（NCI）的当前工作之外的赠款；来自Elsevier-DP4Kidney的特许权使用费/许可；来自Vertex，Protalix和Sangamo的咨询费；以及基于DL的多站点的多个二次分割的专利。她还在国际肾小球疾病学会的指导和临床试验委员会中。se报告与Novo Nordisk，Astrazeneca，Gilead Sciences Inc，Janssen Pharmaceuticals，Eli Lilly and Company，Travere Therapeutics，Certa，Boehringer Ingelheim，Angion，Angion，BioMedica，BioMedica，Regeneron，Roche和Chinook通过Michigan大学。LBH报告了当前工作之外的NIH的资金。WJ通过密歇根大学获得了欧洲委员会的资金； Travere Therapeutics的咨询费；国际肾脏病学会的旅行支持；并且是美国肾脏病学会的成员。CG得到了NIDDK的资金来支持这项工作。DSG报告了NIH的过去研究资金，疾病控制与预防中心，美国食品和药物管理局，Travere Therapeutics，Reata，Novartis和Boehringer Ingelheim；从Roche/Genentech和Vertex支付给密歇根大学的过去咨询费；过去参加DSMB的NIH；是肾脏研究网络协调中心的前任主任； and being the unpaid project colead of the National Kidney Foundation improving vaccination in the kidney disease community project, the past colead of the Kidney Health Initiative Pediatric IgA nephropathy project, the past member of the Kidney Health Initiative FSGS outcomes project, and the past planning committee member for the NephCure- and Kidney Health Initiative–sponsored workshop entitled Pathways to SGLT2i for renoprotection在小儿CKD中。JRS报告了NCAT，NIDDK和Nephcure Hidney International的资金，以支持这项工作，NIDDK，Calliditas，Niaid/Immuna Tolerance Network，Chinook和Chinook和Vertex在这项研究中。他已从赛诺菲获得了特许权使用费或许可费； Boehringer Ingelheim的咨询费；美国发行的专利美国/11,645,753，“使用肾脏活检全幻灯片图像进行基于深度学习的多站点的多站点，多个肾脏病理学的分割”，《发明披露》“用于APOL1相关的肾脏疾病和前宾夕法尼亚的转基因小鼠模型”；和主持肾脏X肾脏创新加速器的指导委员会。WRU已获得NIH和Boehringer Ingelheim International Gmbh/certa Therapeutics/Travere Therapeutics Inc的资助，并获得了NIH U01研究的共同评估者和2次R01研究，与本文无关。她是美国人类遗传学会和遗传咨询杂志编辑委员会委员会成员。lhm报告了NIDDK和NCAT的赠款，以支持本文，以及Boehringer-Intelheim，Travere Therapeutics和Reliant Glycosciences的Boehringer-Intelheim赠款，与密歇根大学与本研究无关。她曾在Reata Pharmaceuticals，Calliditas Therapeutics和Travere Therapeutics的顾问委员会任职；并以ASN ACP，Travere，Calliditas和Chinook Therapeutics为顾问委员会成员或相关演讲的Honoraria。在这项工作之外，她期望获得Vertex的咨询费；并且是NIDDK-KUH（肾脏，泌尿科和血液疾病的部门）COVID试验DSMB成员和美国肾脏学会的理事会成员。所有其他作者都不宣布竞争利益。
selectbio-酒店Nikko Narita Nov2024议程，更新于2024年10月21日
促进新方法方法（NAMS）的计划是21世纪的发展，这是一个加速技术进步的时期。新的和不断发展的方法，包括基因编辑，人工智能（AI），诱导的多能干细胞（IPSC）和先进的3D模型，从根本上改变了生物医学科学的方式。这些技术已经极大地启用了新方法方法（NAMS）的开发和应用。nams可以定义为任何体外，在化学或计算方法中（以硅的）方法的定义，当单独使用或与他人协同时，可以通过更相关的模型来改进化学和药物安全评估，因此可以有助于替换Vivo研究。虽然动物模型对于促进科学知识仍然至关重要，但在战略上或结合使用时，可以使研究人员能够回答以前的问题或无法解决的问题，尤其是在体内缺乏体内模型缺乏或持续不足的领域。最近通过《 FDA Modernation Act法》 2.0启用了药物注册的法律，而无需绝对要求在安全毒理学评估中使用动物，在此替代风险评估工具可用。NIH补充的实验动物研究（补体 - ARIE）工作组（WG）一直从事强大的战略规划活动和利益相关者的外展活动，专注于建立一个统一的愿景，以建立持续的E：ORTS开发，标准化，验证，验证和使用NAM，并使用与其他公司的创新和协调相关的机会。补体ARIE计划的总体目标是催化基于人类的NAM的发展，标准化，验证和使用，这将改变我们的基础，转化和临床科学的方式。计划目标包括：•更好的模型并了解各种人群的人类健康和疾病结果。•开发出对特定生物过程或疾病状态的洞察力。•验证成熟的NAM以支持监管使用和标准化。•补充传统模型，并使生物医学研究更加：高度和E：补体 - 将明显提高人们对人类疾病的人类健康和病因的理解，在机制阐明，精确医学，安全药理学，预测毒理学，E：ICACY评估候选治疗方法上，并为健康和标准化模型提供健康和疾病生物学的范围。会议主持人：Danilo Tagle博士，NCATS地点：Tsuru A
意外的葡萄糖肽肽1- ...
这种观点的目的是强调使用胰高血糖素样肽-1受体激动剂（GLP-1RAS）在儿童和青少年中增加使用胰高血糖素样肽-1受体激动剂的潜在意外和不利后果。我们提出了一套特别适合NIH国家前进科学中心（NCATS）临床和转化科学奖（CTSA）中心网络，以减轻这些可能对儿科健康的威胁。我们的担心得到了加剧，因为最近的研究在儿童和青少年中证实了GLP-1RA在2型糖尿病治疗中的显着效果，并且作为饱足的药物，以前在成年人中已经证明的肥胖症。正如作者所指出的那样，在有影响力的新英格兰医学杂志[1，2]中发表了两项研究，这在很大程度上是因为目前被批准的针对儿科肥胖症和2型糖尿病的药物已被证明受到限制在其有效性上受到限制并受到不良事件的影响[3]。GLP-1RA的当前给药主要是肠胃外的，但是随着口服配方的发展进展[4]，它们在儿童和青少年中的使用增加，无监督和/或医学监督是不可避免的。在关键的生长和发展期间，这些药物对儿童和青少年的可能产生的意外后果或不利影响几乎没有关注（表1）。我们关注的一个主要要素是，在儿童和青少年中，GLP-1RA可以诱导热量（能量）摄入的不平衡和不适当的减少。儿童和青少年的能量不仅在体育锻炼上花费，而且与成年人不同。能量摄入和能量消耗的平衡会影响整个生命周期的生长和健康。例如，在青春期的适当运动和饮食水平的情况下，骨矿化增加了，骨质疏松症和病理性骨折的风险在很大程度上减少了[5]。几乎所有偏离健康的体育锻炼水平和饮食都会对分解代谢和合成代谢介质产生不利影响。看似不同的疾病，例如正常体重但身体不活跃的青少年[6]，那些在过度水平上运动的人以及肥胖的儿童和青少年[9] [9] [9] [9]，所有这些都表现出有害的生长模式，并且通常会升高与心血管疾病风险增加相关的炎症。快速开发GLP-1RA的口服 - 管理表述以及青少年在冒险中的倾向[10]为潜在的虐待带来了完美的风暴。青春期标志着一个特别脆弱的时期，以发展自尊心和满足自己的外表。从2010年开始，美国的终生患病率数据表明，有2.7％的青少年在其一生中表现出饮食失调，而女性的可能性是男性的两倍以上[11]。自愿性侵蚀和泻药或食欲抑制剂的使用在青年中并不少见[12]。近年来，社交媒体的迅速扩张导致比以往任何时候都更多的年轻人接触到身体形象的理想和饮食文化。社交媒体的年轻用户患饮食失调的风险更高[13]。与Covid-19大流行有关的关闭进一步增强了GLP-1RA滥用的可能性，这使小儿肥胖症的顽固性流行病和较差的心呼毒性超级代谢适应性加剧了，尤其是在少数儿童和青少年中。我们小组的轶事临床经验表明，在小儿人群中已经有广泛的知识，这些知识是关于GLP-1RA的有效性作为饱腹药的有效性，这是帮助体重减轻的，而没有在流行媒体中证明的显然广泛使用[14]。伪造药物爆炸造成的健康威胁已得到充分记录[15]，部分是由于通过互联网违法进入的一部分[16]。我们担心参加体重敏感活动的儿童和青少年，例如摔跤，健美运动，