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合成进化揭示了中和抗体和SARS-COV-2
COVID-19大流行展示了人类免疫系统和SARS-COV-2之间的共同进化种族，反映了进化生物学的红皇后假设。免疫系统产生靶向SARS-COV-2峰值蛋白的受体结合结构域（RBD）的中和抗体，对于宿主细胞的浸润至关重要，而病毒会逃避抗体识别。在这里，我们建立了一个合成的协同进化系统，该系统结合了抗体和RBD变体库的高通量筛选与蛋白质诱变，表面显示和深层测序。此外，我们训练一种蛋白质语言机器学习模型，该模型可以预测抗体逃离RBD变体。合成进化揭示了中和抗体和SARS-COV-2变体的拮抗和补偿性突变轨迹，从而增强了对这种进化冲突的理解。
稳定的登革热病毒2包膜亚基疫苗重定向中和抗体1
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该预印本版本的版权持有人，该版本发布于2025年2月13日。 https://doi.org/10.1101/2024.07.18.604114 doi：biorxiv Preprint
评估SARS-COV-2中和抗体滴度的康复和接种母亲的母乳中和抗体滴度
摘要母乳中含有可以保护母乳喂养婴儿免受感染的抗体。在这项工作中，我们检查了母乳中的抗体是否可以中和来自疫苗接种的女性的84个母乳样本中的SARS-COV-2（Comirnaty，mRNA-1273或Chadox1），并感染了SARS-COV-2，或者均受到侵蚀和疫苗接种。使用携带wuhan-hu-1，delta或ba.1 Omicron Spike蛋白的拟型囊泡口腔炎病毒测试了这些血清的中和能力。我们发现自然感染导致更高的中和滴度，中和与母乳中的免疫球蛋白A水平正相关。此外，在基于mRNA的疫苗和腺病毒载体的Chadox1 Covid-19疫苗之间观察到产生中和抗体的能力的显着差异。过度，我们的结果表明，来自自然感染的妇女或以mRNA基疫苗接种的妇女的母乳中包含SARS-COV-2中和抗体，可以为母乳喂养的婴儿提供免受感染的保护。
蛋白质纳米颗粒疫苗可诱导针对 MERS-CoV 的强效中和抗体反应
中东呼吸综合征冠状病毒 (MERS-CoV) 是一种人畜共患的β冠状病毒，可导致人类严重且通常致命的呼吸道疾病。MERS-CoV 刺突 (S) 蛋白是病毒融合剂，也是中和抗体的靶标，因此一直是疫苗设计工作的重点。目前尚无针对 MERS-CoV 的获批疫苗，只有少数候选疫苗进入 I 期临床试验。我们利用计算设计的蛋白质纳米颗粒平台开发了 MERS-CoV 疫苗，该平台已生成针对各种包膜病毒的安全且具有免疫原性的疫苗，包括针对 SARS-CoV-2 的获批疫苗。展示 MERS-CoV S 衍生抗原的双组分蛋白质纳米颗粒可诱导强大的中和抗体反应，并保护小鼠免受小鼠适应性 MERS-CoV 的攻击。电子显微镜多克隆表位图谱和血清竞争试验揭示了由显示融合前稳定的 S-2P 三聚体、受体结合域 (RBD) 或 N 端域 (NTD) 的免疫原引起的主要抗体反应的特异性。RBD 纳米颗粒疫苗引发针对 RBD 中多个非重叠表位的抗体，而由基于 S-2P 和 NTD 的免疫原引发的抗 NTD 抗体则聚集在单个抗原位点上。我们的研究结果证明了双组分纳米颗粒候选疫苗对 MERS-CoV 的潜力，并表明该平台技术可广泛应用于 betacoronavirus 疫苗开发。
先前接触过提供 Spike 的亲本菌株可产生对 XBB 谱系的中和免疫力
引用这篇文章：Rahul K. Suryawanshi，Taha Y. Taha，Maria McCavitt-Malvido，Ines Silva，Mir M. Khalid，Abdullah M. Syed，Irene P. Chen，Prachi Saldhi OR-GONZALEZ，威尼斯·塞维利塔，阿米莉亚·格里瓦，珍妮·恩格扬，诺亚·库吉玛，特雷莎·阿雷拉诺，阿利亚·巴斯萨尼奇，维多利亚·赫斯，玛丽亚·赫克斯，玛丽亚·谢克拉，劳伦·洛佩兹NA，Lee Spraggon，Charles Y. Chiu＆Melanie Ott（2023）。
mRNA-1273 疫苗增强剂可减少 SARS-CoV-2 Omicron 逃脱中和抗体
1 美国国立卫生研究院国家过敏和感染性疾病研究所疫苗研究中心，马里兰州贝塞斯达 20892；2 杜克大学医学中心外科系，北卡罗来纳州达勒姆 27710；3 Moderna, Inc.，马萨诸塞州剑桥；4 贝勒医学院医学和分子病毒学与微生物学系，德克萨斯州休斯顿 77030；5 马里兰大学医学院人类病毒学研究所合作疫苗开发和全球卫生中心，马里兰州巴尔的摩 21201；6 美国国立卫生研究院国家过敏和感染性疾病研究所微生物学和感染性疾病分部，马里兰州贝塞斯达； 7 理论生物学和生物物理学，洛斯阿拉莫斯国家实验室，新墨西哥州洛斯阿拉莫斯 87545 * 通讯作者 摘要：SARS-CoV-2 的 Omicron 变体引发人们的担忧，因为它具有增强的传染性和降低抗体中和敏感性的可能性。为了评估该变体对现有疫苗的潜在风险，在两个不同的实验室中对 mRNA-1273 疫苗接种者的血清样本进行了针对 Omicron 的中和活性测试，并在假病毒测定中将其与针对 D614G 和 Beta 的中和滴度进行了比较。在使用 100 µg mRNA-1273 进行 2 次标准接种 4 周后获得的血清样本进行测定时，Omicron 对中和的敏感性比 D614G 低 49-84 倍，比 Beta 低 5.3-6.2 倍。50 µg 加强接种可提高 Omicron 中和滴度，并可显著降低有症状的疫苗突破性感染的风险。正文：在过去两年中，COVID-19 大流行产生了一波又一波令人担忧的 SARS-CoV-2 变异株 (VOC)，这些变异株比早期变异株更具竞争力，可以逃避治疗性抗体，并对自然感染和疫苗接种引起的中和抗体表现出部分耐药性。最早的变异株携带单个刺突突变 D614G，为传播提供了适应性优势，并在 2020 年 5 月之前迅速取代祖先病毒成为主要的大流行变异株 (1)。重要的是，在 Moderna mRNA-1273 疫苗在冠状病毒疗效 (COVE) 第 3 期试验中显示预防有症状的 COVID-19 的有效性为 94% (2, 3) 的那段时间内，D614G 占主导地位，这使得 D614G 刺突蛋白成为主要参考标准。D614G 刺突结合和中和抗体也与 COVE 研究中的疫苗效力相关 (4)，进一步加强了该刺突作为参考标准的实用性。值得注意的是，D614G 是迄今为止已知的最易中和的病毒变体之一 (5)。Alpha 变体在 2021 年初接近主导地位，很快被 Delta 变体超越，后者自 2021 年中期以来一直主导着疫情。Alpha 和 Delta 是适度的中和逃逸变体，与 D614G 相比，其对 mRNA-1273 疫苗诱导抗体的中和敏感性低 2-3 倍 (5)，对 mRNA-1273 疫苗效力影响不大 (6)。其他变体引起了短暂的区域性疫情，但
用mRNA编码的膜结合的HIV膜膜疫苗接种诱导动物模型中和中和抗体
。cc-by 4.0国际许可（未经Peer Review尚未获得认证）是作者/资助者，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2025年1月25日。 https://doi.org/10.1101/2025.01.24.634423 doi：Biorxiv Preprint
一种工程仿生 MPER 肽疫苗可在小鼠体内诱导弱 HIV 中和抗体
摘要 — 诱导针对人类免疫缺陷病毒 (HIV) 的广谱中和抗体 (bnAbs) 的疫苗将有助于控制该疾病。膜近端外部区域 (MPER) 肽是一种有吸引力的抗原候选物，因为它是保守的并且是几种人类 bnAbs 的靶标，例如 2F5。我们之前发现含有钴卟啉磷脂 (CoPoP) 的脂质体可以与带有 his 标记的 MPER 肽结合，从而在脂质双层上产生仿生抗原呈递。本研究生成了各种带有 his 标记的合成 MPER 片段，这些片段与含有 CoPoP 和合成单磷酰脂质 A (MPLA) 的脂质体结合，并评估了小鼠的免疫原性。与较短的 MPER 肽相比，氨基酸片段源自膜插入点且长度至少为 25 个氨基酸的 MPER 肽具有更高的 2F5 反应性并诱导更强的抗体反应。与 Alum 和 Montanide 佐剂相比，用脂质呈递的 MPER 免疫可引发更强的抗体反应，后者可识别含有 MPER 序列的重组 gp41 和 gp140 蛋白。诱导的抗体可中和对中和抗体 (W61D(TCLA)0.71) 敏感的 1A 级病毒，但不能中和另一级 1A 级或 2 级毒株。MPER 肽与无关疟疾蛋白抗原 (Pfs25) 共同配制，该抗原与含有 CoPoP 和 MPLA 的脂质体有效佐剂结合，可引发更高的 MPER 抗体水平，但不会改善中和，可能是由于干扰了膜中正确的肽呈递。产生了产生 MPER 抗体的鼠杂交瘤，但它们是非中和性的。这些结果并不
验证中和抗体滴度，用于估计Omicron SARS-COV-2变体的疫苗有效性，BA.1
*应与之解决的对应：wjgytc14@gmail.com，akilpatr@ucsc.edu摘要背景：新病毒变体的出现，包括SARS-COV-2的Omicron变体（B.1.1.529），可以导致免疫逃生和疫苗有效性。中和抗体滴度可用于快速估计疫苗有效性（VE），因为它们可以在出现新病毒变体后轻松测量，并已证明是SARS-COV-2和其他病原体的保护相关的。然而，很少有研究检查了与多种病毒变体的VE抗体滴度关系，并且没有一个验证了免疫反射变体的关系。方法：我们利用疫苗和病毒变体之间的变化来估计54倍的抗体滴度关系，用于54倍的Covid-19端点的中和抗体滴度范围：症状性疾病和住院。我们预测了第一个中和抗体滴度三天后的Omicron VES。我们使用随后收集的观察性VE数据测试了这些预测。发现：对于两种mRNA疫苗（mRNA-1273，BNT162B2），拟合模型预测，与Delta变体相比，Omicron变体的感染将增加Omicron变体的感染。但是，预计第三次疫苗剂量可以恢复保护。样本验证数据表明，模型预测非常准确，所有预测都在观察到的VE估计值的10％以内，所有经验估计值都落在模型预测间隔内。解释：这些分析表明，使用中和抗体滴度的模型可以提供快速的VE估计值，从而可以为疫苗设计和选择提供信息。资助加利福尼亚州卫生局，国家科学基金会
用二价疫苗免疫后中和抗体反应：对未来的见解
图1使用来自93位健康志愿者的血清样品，针对SARS -COV -2的不同变体的抗体中和反应进行了研究。（a）研究设计。来自16至84岁之间的巴西BARREIRAS，BA，巴西（31名男性和62名女性），他们接受了三到四剂的COVID -19-19剂量疫苗（n = 61）或用二价疫苗（n = 32）拍摄的助力疫苗（n = 61）。仅接受单价疫苗的组由43位女性组成，平均年龄为46±14.92岁，平均年龄为47±15.34岁。接受二价疫苗的组由19个女性组成，平均年龄为39±14.24岁，平均年龄为39±14.39岁。人口统计信息和血清样本。进行酶 - 连接的免疫吸附测定法（ELISA），以测量能够识别峰值（S）和核蛋白质（N）蛋白的抗体的血清水平。使用野生型SARS -COV -2，原始Omicron变体（BA.1）及其子变量Fe.1.2或BQ.1.1进行中和测定。此外，进行了免疫信息分析，以突出SARS -COV -2菌株（野生型，BA.1，BA.4，BA.4，BA.5和BQ.1.1）之间的独特和共享保守的中和表位（NAB）。（b）ELISA使用EIE Covid -19 Igg N/ S Kit（Bio -Manguinhos，fiocruz）进行验证，以验证志愿者在单价疫苗和接受beboster射击的抗体疫苗中抗病毒抗体水平之间的差异。统计显着性设置为p≤0.05。****p≤0.0001。做，光密度； NAB，中和抗体； SARS -COV -2，严重的急性呼吸综合征冠状病毒2。