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COVID-19大流行展示了人类免疫系统和SARS-COV-2之间的共同进化种族，反映了进化生物学的红皇后假设。免疫系统产生靶向SARS-COV-2峰值蛋白的受体结合结构域（RBD）的中和抗体，对于宿主细胞的浸润至关重要，而病毒会逃避抗体识别。在这里，我们建立了一个合成的协同进化系统，该系统结合了抗体和RBD变体库的高通量筛选与蛋白质诱变，表面显示和深层测序。此外，我们训练一种蛋白质语言机器学习模型，该模型可以预测抗体逃离RBD变体。合成进化揭示了中和抗体和SARS-COV-2变体的拮抗和补偿性突变轨迹，从而增强了对这种进化冲突的理解。
合成进化揭示了中和抗体和SARS-COV-2
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