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人类疱疹病毒 6A 和 6B 基因组的全面注释揭示了新的和保守的基因组特征
摘要 人类疱疹病毒 6 (HHV-6) A 和 B 是普遍存在的β-疱疹病毒，感染了大多数人类。它们包含大型基因组，我们对它们的蛋白质编码潜力的了解还远未完成。在这里，我们采用核糖体分析和系统转录分析来实验性地定义 HHV-6 翻译产物。我们确定了数百个新的开放阅读框 (ORF)，包括上游 ORF (uORF) 和内部 ORF (iORF)，从而生成了完整的 HHV-6 蛋白质组无偏图谱。通过整合原型β-疱疹病毒人类巨细胞病毒的系统数据，我们发现了在β-疱疹病毒中保守的大量 uORF 和 iORF，并且我们表明 uORF 在晚期病毒基因中富集。我们鉴定出三种含量丰富的 HHV-6 编码长非编码 RNA，其中一种可产生非多聚腺苷酸化的稳定内含子，这似乎是 β 疱疹病毒的保守特征。总体而言，我们的研究揭示了 HHV-6 基因组的复杂性，并突出了 β 疱疹病毒之间保守的新特征，为未来的功能研究提供了丰富的资源。
基于 CRISPR/… 的大豆疫霉菌转化
大豆疫霉菌是研究植物病原菌卵菌的模式物种，早期利用大豆疫霉菌进行基因功能研究主要基于基因沉默技术，近年来，CRISPR/Cas9介导的基因组编辑技术在大豆疫霉菌中成功建立并广泛应用于卵菌中。本文介绍了基于CRISPR/Cas9的基因组编辑技术利用PEG介导的大豆疫霉菌原生质体稳定转化的操作步骤。将表达Cas9和单链指导RNA的pYF515以及候选基因的同源置换载体共转化大豆疫霉菌。最后将候选基因的ORF替换为整个潮霉素B磷酸转移酶基因（HPH）的ORF，实现精准敲除。
家族中的新型病毒Iflaviridae和Partitiviridae与公共东部萤火虫Photinus pyralis
A.pylalis iflavirus的序列信息的注释图1。该图的顶部代表10,561bp的基因组，每个KB在5'至3'方向上指示。显示了多蛋白的ORF的位置以及该动物酸序列的程度。该图的底部显示了核域和登录数，包括病毒外套蛋白，解旋酶和RNA依赖性RNA聚合酶。B.具有分支支持值的昆虫特异性iflavirus多蛋白氨基酸序列的系统发育。PPIV1以橙色显示。C. partiti样病毒的序列信息的注释图。分别显示了两个片段，以及分别为RDRP编码的ORF和每个段上的假设蛋白。在图的底部显示了Interpro域和登录号。
课程描述植物学
基因组学分类，原核基因组的结构和组织。细菌基因的转录调节剂。细菌基因组中的可转座遗传元素。细菌操纵子和操纵片化的演变。岛屿和致病性和抗性的片段。真核基因组的结构和组织。重复和转座元素及其对基因组的影响。染色体中的端粒和亚电体区域。CpG甲基化和基因沉默。 酵母 - 两种杂交系统。 cDNA微阵列。 线粒体基因组的进化和结构。 基因组测序：整个shot弹枪基因组测序。 测序技术：Sanger毛细血管测序，Roche 454（焦磷酸测序），Illumina/Solexa，固体系统。 测序技术的优缺点。 Maxam-Gilbert测序。 ORF和启动子预测。 内含子和外显子预测。 基因注释。 主要基因组数据库。CpG甲基化和基因沉默。酵母 - 两种杂交系统。cDNA微阵列。线粒体基因组的进化和结构。基因组测序：整个shot弹枪基因组测序。测序技术：Sanger毛细血管测序，Roche 454（焦磷酸测序），Illumina/Solexa，固体系统。测序技术的优缺点。Maxam-Gilbert测序。ORF和启动子预测。 内含子和外显子预测。 基因注释。 主要基因组数据库。ORF和启动子预测。内含子和外显子预测。基因注释。主要基因组数据库。
核糖体引导粗线期 piRNA 在长基因间 piRNA 前体上形成
PIWI 相互作用 RNA (piRNA) 是一类对生育至关重要的小型非编码 RNA。在成年小鼠睾丸中，大多数 piRNA 源自缺乏注释开放阅读框 (ORF) 的长单链 RNA。在 piRNA 前体的切割过程中，piRNA 序列的定义机制仍然难以捉摸。在这里，我们展示了 80S 核糖体翻译 piRNA 前体的 5' 近端短 ORF (uORF)。然后，MOV10L1/Armitage RNA 解旋酶促进核糖体易位到 uORF 下游区域 (UDR)。核糖体结合的 UDR 是 piRNA 加工机制的靶标，经过加工的核糖体保护区成为 piRNA。核糖体和 piRNA 前体之间的双重相互作用模式决定了 uORF 上 piRNA 生物合成的不同要求
两种冠状病毒病‐19重组
严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 因其高致病性和侵袭性而对全球构成威胁，在过去 2 年中已导致全球数百万人死亡。时至今日，冠状病毒病 (COVID-19) 大流行仍在威胁生命并引起全球严重担忧。冠状病毒是球形的有包膜病毒，其基因组由约 30 kb 的单链正义 RNA (+ssRNA) 组成，具有 5' 帽和 3' 聚腺苷酸尾巴。典型 CoV 的基因组包含六个或更多开放阅读框 (ORF)。第一个 ORF（ORF1a/b）覆盖整个基因组的约 66%，编码 16 种非结构蛋白（nsp1 – 16），主要参与病毒复制。其余 ORF 覆盖 3' 末端附近基因组的三分之一，编码刺突 (S)、膜 (M)、包膜 (E) 和核衣壳 (N) 蛋白，这些蛋白是病毒形成及其传染性所必需的主要结构蛋白。1 S 糖蛋白的同源三聚体在病毒表面形成刺突，并负责与宿主细胞受体结合。病毒的高传染性是由于这种蛋白质对血管紧张素转换酶 2 (ACE-2) 受体具有高亲和力。2 M 蛋白含有三个跨膜结构域并覆盖核衣壳，形成病毒体的形状并支持膜曲率。E 蛋白参与病毒聚集和释放，也参与病毒致病机制。N 蛋白有两个与病毒基因组结合的结构域，它还能抵消干扰素 (INF) 的抗病毒作用。3
线虫Panagrellus redivivus
PAT 逆转录转座因子与其他逆转录因子的不同之处在于它们具有“分裂直接重复”结构，即发现内部 300bp 序列重复，每个因子末端约有一半重复。在带有 Northern 印迹的 Panagrellus redivivus 总 RNA 上检测到约 900nt 的非常丰富的转录本，其起始部分映射到 PAT 因子的优先删除部分。潜在对应的 ORF 编码具有羧基末端半胱氨酸基序的 265 个残基的蛋白质，据信这是逆转录因子中 GAG 蛋白的唯一特征。在 Northern 印迹上还检测到一个更暗淡的 1800nt 长的转录本，它位于第一个 ORF 的稍下游。该区域的预测蛋白质序列带有逆转录酶和 RNaseH 的典型基序，如在逆转录因子的 Pol 基因中发现的。肽基序与来自盘基网柄菌的DIRS-1元件最为相似。讨论了使用PAT元件作为秀丽隐杆线虫转座子标记系统的可能性。
创伤引起的急性肾脏损伤的进步
内含子GGGGCC（G 4 C 2）在人C 9 ORF 72基因内的六核苷酸重复膨胀是家族性肌营养性侧面硬化症（ALS）和额叶临时痴呆（FTD）（FTD）的最常见原因（C 9 Als/FTD）。重复相关的非aug（RAN）翻译反复含量C 9 ORF 72 RNA导致神经毒性二肽重复蛋白（DPRS）的产生。在这里，我们开发了一个高通量药物筛选，用于鉴定DPR水平的正和负调节剂。我们发现HSP 90抑制剂Geldanamycin和醛固酮拮抗剂螺内乳酮通过分别通过蛋白酶体和自噬途径促进蛋白质降解，从而降低了DPR水平。令人惊讶的是，营地升高化合物增强蛋白激酶A（PKA）活性提高了DPR水平。 通过药理学和遗传方法抑制PKA活性，在C 9 ALS/FTD的果蝇模型中，细胞中的DPR水平降低并挽救了病理表型。 此外，敲低DPR的PKA催化亚基与降低的翻译效率相关，而PKA抑制剂H 89降低了C 9 ALS/FTD患者衍生的IPSC运动神经元的内源性DPR水平。 一起，我们的结果表明，在C 9 ALS/FTD中调节DPR水平的新途径。令人惊讶的是，营地升高化合物增强蛋白激酶A（PKA）活性提高了DPR水平。通过药理学和遗传方法抑制PKA活性，在C 9 ALS/FTD的果蝇模型中，细胞中的DPR水平降低并挽救了病理表型。此外，敲低DPR的PKA催化亚基与降低的翻译效率相关，而PKA抑制剂H 89降低了C 9 ALS/FTD患者衍生的IPSC运动神经元的内源性DPR水平。一起，我们的结果表明，在C 9 ALS/FTD中调节DPR水平的新途径。
对碳实体的影响
使用CO 2注入增强的石油回收（EOR）是有希望的，经济和环境益处是一种积极的气候变化方法。然而，CO 2注射的较低扫描效率仍然是一个挑战。CO 2 -FOAM注射已被提议作为一种补救措施，但其对特定储层的实验室筛查是昂贵且耗时的。在这项研究中，使用机器学习模型来预测CO 2-FOAM洪水期间的石油回收因子（ORF）。四个模型，包括通用回归神经网络（GRNN），具有Levenberg - Marquardt优化（CFNN-LM），具有贝叶斯正则化（CFNN-BR）（CFNN-BR）的级联向前神经网络的级联向前神经网络以及基于实验数据的实验数据，以贝叶斯正则化（CFNN-BR）（CFNN-BR）（CFNN-BR）（CFNN-BR）和极端梯度提升（XGBoost）。结果表明，GRNN模型的表现优于其他模型，总体平均绝对误差为0.059，R 2为0.9999。使用威廉姆斯图对GRNN Model的适用性域进行了验证，并对CO 2 -FOAM洪水项目进行了不确定性分析。这项研究的新颖性在于开发一种基于机器学习的方法，该方法在CO 2-FOAM实验中对ORF进行了准确且具有成本效益的预测。这种方法具有显着减少CO 2 -FOAM注入所需的筛查成本和时间的po态，从而使其成为更可行的碳利用和EOR策略。
探索性研究
在提供可能的适应性优势的意义上，从非编码DNA从非编码DNA中脱颖而出可能对细胞生理产生负面影响。在这里，我们采用了两种方法来研究人类细胞系中缺乏人类基因组同源物的随机序列和小鼠从头基因。我们表明，这两种AP都会导致细胞克隆的不同生长效应，取决于它们表达的序列。对于随机序列，在关节生长实验中，53％的克隆频率下降，频率增加约8％。降低了，频率增加了3个。单独分析时，每只小鼠基因基因都会触发人类细胞中独特的转录组反应，这主要指示特定的效应，而不是普遍的效应。从头基因开放式阅读框（ORF）的结构分析揭示了一系列内在的疾病得分和/或可折叠性在alpha-helices或beta板上，但这些范围与它们对细胞生长的影响无关。我们的结果表明，从头进化的ORF可以很容易地整合到细胞调节途径中，因为大多数与这些途径的组件相互作用，因此，如果一般条件允许，则可以直接受到正选择。