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研究入学考试（RET）的教学大纲...
第1节：研究方法显微镜技术：光，相比，荧光，共聚焦，扫描和传播电子显微镜，细胞测量法和流式细胞仪，固定和染色，荧光内杂交（FISH），GISH（GISH（GISH），基因组中的基因组合杂交）。使用分子方法访问微生物多样性，例如剥落梯度凝胶电泳（DGGE），温度梯度凝胶电泳（TGGE），扩增的RRNA限制分析，终末限制性片段长度多态性（T-RFLP），16S rdna测序，Metagenomics to BiioInmics and Intermins（Ww Ww Ww Ww） HTML, URLs, Netscape, Explorer, Google, PUBMED), database management system, database browsing, data retrieval, sequence and genome database, databases such as GenBank, EMBL, DDBJ, Swissprot, PIR, TIGR, TAIR, Searching for sequence database like FASTA and BLAST algorithm, multiple sequence alignment, phylogenetic analysis and detection of open reading帧（ORF）。
使用混合 ssDNA 修复模板和小分子混合物在原代细胞中进行高产基因组工程
✉ 通信和材料请求请发送至 Brian R. Shy 或 Alexander Marson.，Brian.Shy@ucsf.edu；Alexander.Marson@ucsf.edu。作者贡献 BRS、VSV、JHE 和 AM 设计了这项研究。BRS、VSV 和 AH 进行了 ssCTS 实验。BRS 和 VSV 进行了抑制剂实验。BRS 和 AH 进行了 ORF 替换实验。BRS 和 VSV 进行了符合 GMP 的制造实验。BRS、VSV、J.-YJC、AT、JE、JHE、TGM 和 JW 设计并进行了 BCMA-CAR 实验。DNN 进行了 HSC 实验。YYC 和 FB 进行了混合敲入实验。SV 和 MRM 进行了 γδT 细胞实验。LY 设计并协调了单链 DNA 修复模板的大规模生产和下游纯化过程。HL 监督了 ssDNA 的监管要求和质量控制方法。WGP 和 CEC 进行了 AFM 研究。 TLR、ES、RY 和 DW 执行并分析了扩增子测序、RNA 测序和 ATAC 测序研究。BRS、VSV 和 AM 在所有作者的帮助下撰写了手稿。
解脂耶氏酵母Γ-癸内酯代谢关键基因POX3特异性敲除优化策略
摘要：γ-癸内酯作为重要的香料原料，在食品工业中有着广泛的应用。6个过氧化物酶体酰基辅酶A氧化酶（POX）是解脂耶氏酵母中γ-癸内酯代谢的限速酶，但该家族各成员的功能均存在诸多未解决的问题，限制了γ-癸内酯的菌株优化和工业产能效率。本研究在对POX1~POX6的ORF及Flanking序列保守性分析的基础上，基于Cre/LoxP系统设计特异性较高的基因敲除验证引物，基于CRISPR/Cas9系统筛选出2个特异性较高的靶位，实现解脂耶氏酵母POX3基因的特异性敲除，旨在探究POX3的功能，进而细化γ-癸内酯的生产工艺。该研究结果为γ-癸内酯的微生物生产能力提供了新的基因工程设计思路，深入揭示POX基因家族的功能，有助于优化γ-癸内酯的生产效率，为工业化应用奠定理论基础。
等位基因多样性的探索揭示了一种新的 FAD2（油酸...
摘要：印度芥菜（Brassica juncea）是印度食用油供应的重要来源。传统的印度芥菜品种在种子中含有高比例的 18C 多不饱和脂肪酸（亚油酸和亚麻酸）和大量的长链单不饱和脂肪酸，主要是芥酸。油酸去饱和酶 (FAD2) 调节细胞膜中 18C PUFA 和种子油中 TAG 的组成。本研究旨在深入了解印度芥菜中 FAD2 基因的等位基因多样性。对三个印度芥菜品种的克隆 FAD2 基因的分析发现了一个新的 FAD2 基因，由于插入和长度上的几个 SNP，该基因具有更长的 ORF（1167 bp），这与更普遍的天然 FAD2 基因有所区别。总体而言，印度芥菜品种拥有三种 FAD2 等位基因，但不同品种中每种 FAD2 类型的成员之间的核苷酸多样性有限，这表明所检查品种之间的遗传多样性较窄。
酵母杀伤毒素K2的信号序列赋予生产者的自我保护，并允许转换为模块化毒素 - 抗毒素系统
图1。N末端区域在K2免疫力中的重要性。 a）16个删除构建体的概述，每个删除构建体缺少K2 ORF内的区域（14-27密码子）（不绘制为刻度）。 将切除的段替换为编码Pro-Ala-Gly的框架内SBFI限制性位点，并将其放置在PRS423型载体上的GAL1半乳糖诱导启动子后面。 酵母转化后，在诱导含有1％半乳糖的培养基中培养了三种转化体，然后转移到补充10 A.U.的新鲜诱导培养基中。 K2毒素。 b）在24小时的过程中，在板块读取器中记录了毒素中的OD 600。 条形表示生物学三份的最终OD 600值的平均值，误差线表示±1标准偏差。 单个重复值显示为点。 wt：野生型K2，控制：空矢量。 c）该表提供了有关系统删除构建体的修改区域的第一个也是最后一个删除的密码子的信息。 请注意，第一个构造还省略了位置1的起始密码子。N末端区域在K2免疫力中的重要性。a）16个删除构建体的概述，每个删除构建体缺少K2 ORF内的区域（14-27密码子）（不绘制为刻度）。将切除的段替换为编码Pro-Ala-Gly的框架内SBFI限制性位点，并将其放置在PRS423型载体上的GAL1半乳糖诱导启动子后面。酵母转化后，在诱导含有1％半乳糖的培养基中培养了三种转化体，然后转移到补充10 A.U.的新鲜诱导培养基中。K2毒素。 b）在24小时的过程中，在板块读取器中记录了毒素中的OD 600。 条形表示生物学三份的最终OD 600值的平均值，误差线表示±1标准偏差。 单个重复值显示为点。 wt：野生型K2，控制：空矢量。 c）该表提供了有关系统删除构建体的修改区域的第一个也是最后一个删除的密码子的信息。 请注意，第一个构造还省略了位置1的起始密码子。K2毒素。b）在24小时的过程中，在板块读取器中记录了毒素中的OD 600。条形表示生物学三份的最终OD 600值的平均值，误差线表示±1标准偏差。单个重复值显示为点。wt：野生型K2，控制：空矢量。c）该表提供了有关系统删除构建体的修改区域的第一个也是最后一个删除的密码子的信息。请注意，第一个构造还省略了位置1的起始密码子。
评估共转录折叠模拟的质量
摘要 RNA 的结构变化是控制基因表达的重要因素，不仅在转录后阶段，而且在转录过程中也是如此。位于初级转录本 5' 区域的核糖开关和 RNA 温度计的子类通过提前终止转录来调节下游功能单元（通常是 ORF）。此类元素不仅自然存在，而且在合成生物学中也是颇具吸引力的装置。因此，设计此类核糖开关或 RNA 温度计的可能性具有相当大的实际意义。由于这些功能性 RNA 元素在转录过程中已经起作用，因此重要的是模拟和了解折叠的动力学，特别是与转录同时形成的中间结构。因此，在进行昂贵且劳动密集型的湿实验室实验之前，共转录折叠模拟是验证设计构造功能的重要步骤。对于 RNA，由于分子的大小和感兴趣的时间尺度，全面的分子动力学模拟远远超出了实际范围。即使在简化的二级结构级别，也需要进一步的近似。 BarMap 方法基于表示二级结构景观
在haloferax火山中的颜色荧光标记 - uts
收到2024年3月14日； 2024年4月26日接受；于2024年5月24日出版作者分支：1澳大利亚微生物学研究所，悉尼科技大学，新南威尔士州锡德尼大学，2007年，澳大利亚。*信件：Solenne Ithurbide，Solenne。Ithurbide@umontreal。CA; Iain G. Duggin，Iain。Duggin@uts。Edu。Au关键字：Archaea; cetz;克隆向量；细胞骨架；荧光蛋白； ftsz。缩写：BSW，缓冲盐水； CFP，青色荧光蛋白； FP，荧光蛋白； GFP，绿色荧光蛋白； MC，多个克隆网站； ORF，开放阅读框； SLG，S层糖蛋白； wt，野生型； YFP，黄色荧光蛋白。†目前的地址：départementde Microbiologie，Infectiologie et immunologie，蒙特利尔大学，蒙特利尔大学，蒙特利尔，QC，加拿大，加拿大，地址：目前的地址：亚利桑那州立大学，亚利桑那州立大学，美国亚利桑那州凤凰城。本文的在线版本提供了五个补充数据和两个补充表。001461©2024作者
lbcas12a介导的棉叶卷曲的抑制作用
begomovirus具有传染性，并且严重影响了商业上重要的食物和粮食作物。棉叶卷曲的木木病毒（Clcumuv）是巴基斯坦棉花病毒最主要的特征之一，是对棉花产量的主要限制。目前，植物基因组编辑领域正在通过CRISPR/CAS系统应用（例如基础编辑，主要编辑和基于CRISPR的基因驱动器）进行革命。CRISPR/CAS9系统已成功用于模型和作物植物中的概念概念研究，以针对生物和非生物植物应力。CRISPR/CAS12和CRISPR/CAS13最近已在植物科学中应用于基础和应用研究。在这项研究中，我们使用了一种新型的方法，基于CRRNA的CAS12A工具箱，同时在多个位点靶向Clcumuv基因组的不同ORF。这种方法成功地消除了烟熏本尼亚娜和烟草的症状。从Clcumuv基因组设计了三个单独的CRRNA，针对四个不同ORF（C1，V1和C2和C3重叠区）的特定位点。基于CAS12A的构建体Cas12a-MV是通过金门三向克隆设计的，用于精确编辑Clcumuv Genome。cas12a-MV构建体是通过使用引物UBI-Intron-F1和M13-R1的整个基因组测序来确认的。通过农业纤维化方法，在4周大的尼古蒂亚纳本田植物中进行了瞬态测定。sanger测序表明，CAS12A-MV构建体在病毒基因组的靶位点上产生了相当大的突变。此外，对Sanger测序结果的潮汐分析显示了CRRNA1（21.7％），CRRNA2（24.9％）和CRRNA3（55.6％）的编辑效率。此外，Cas12a-MV构建体通过叶盘方法稳定地转化为烟草Tabacum，以评估转基因植物对Clcumuv的潜力。进行转基因分析，对烟草的转基因植物的DNA进行了PCR，以扩大具有特定底漆的Cas12a基因。传染性克隆在感染性测定中的转基因和非转基因植物（对照）中被农民接种。与具有严重症状的对照植物相比，含有Cas12a-MV的转基因植物表现出少数症状，并且保持健康。与对照植物相比，含有CAS12A-MV的转基因植物显示出病毒积累的显着降低（0.05）（1.0）。结果表明，多重LBCAS12A系统的潜在用途在模型和作物植物中针对贝诺维病毒中发展病毒抗性。
开发基于Taqman-MGB探针的实时定量PCR，以快速检测Haneyi
摘要：马匹质质症（EP）是由Theileria Equi（T。Equi），Babesia Caballi（B。Caballi）和Theileria haneyi（T. Haneyi）引起的寄生疾病。这种疾病被世界动物健康组织（WOAH）认为是可报告的。实时定量PCR（QPCR）被认为是一种直接，快速和敏感的诊断方法，可检测病原体。但是，QPCR尚未用于Haneyi的各种流行病学研究中。在这项研究中，我们开发了一种新的QPCR方法来检测基于CHR1SCO（染色体1染色体单拷贝开放式阅读框（ORF））基因的Haneyi，该基因在T. equi或B. caballi中没有可检测到的直系同源物。用于开发QPCR分析的Taqman MGB探针。构建了含有CHR1SCO基因的质粒并用于建立标准曲线。 新型的QPCR技术证明了出色的特殊特异性，用于检测其他频繁的马传染病和敏感性，以检测稀释的标准质粒。 在分析96个临床样品中，通过与优化的嵌套PCR（NPCR）测定进行比较，进一步验证了该QPCR。 NPCR分析与已建立的QPCR分析之间的协议为85.42％。 新建立的方法可能有助于准确诊断马匹中的Haneyi感染。构建了含有CHR1SCO基因的质粒并用于建立标准曲线。新型的QPCR技术证明了出色的特殊特异性，用于检测其他频繁的马传染病和敏感性，以检测稀释的标准质粒。在分析96个临床样品中，通过与优化的嵌套PCR（NPCR）测定进行比较，进一步验证了该QPCR。NPCR分析与已建立的QPCR分析之间的协议为85.42％。新建立的方法可能有助于准确诊断马匹中的Haneyi感染。
双重编码基因SLC35A4可预防氧化应激
替代蛋白（AltProts）代表了一种新认识的生物活性蛋白，这些蛋白质是根据已经注释的基因中的替代开放式阅读框（ALTORF）编码的。这项研究的重点是SLC35A4基因，该基因编码参考蛋白SLC35A4和替代蛋白AltSLC35A4。结合了显微镜和生化分析，我们证实了内部线粒体膜中AltSLC35A4的存在，从而解决了先前的相互矛盾的报告。先前采用核糖体分析的研究表明，在砷钠诱导的氧化应激期间，SLC35A4的参考编码序列在所有细胞mRNA中的转化效率上的提高最大。我们的结果证实了这种翻译的上调，在氧化应激期间以上游ORF依赖性方式出现了SLC35A4蛋白同工型。值得注意的是，在氧化应激期间，AltSLC35A4的表达保持不变。敲出SLC35A4以可救出的方式增强对氧化应激的敏感性，表明对SLC35A4在应力抗性中的直接影响。总而言之，我们的研究为SLC35A4双重编码性质的功能意义提供了令人信服的证据，以抗氧化应激，并突出了在真核基因功能研究中考虑AltProts的重要性。