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健康与疾病中的乳酸化
乳酸是各种细胞生理功能中必不可少的物质，在能量代谢和信号转导的不同方面扮演调节作用。lactylation（KLA）是一种乳酸发挥其功能的关键途径，已被鉴定为一种新型的翻译后修饰（PTM）。研究表明，KLA是多种生物的基本平衡机制，并且通过不同的途径参与了许多关键的细胞生物过程。KLA与疾病的发展密切相关，代表了潜在且重要的新药靶标。 与现有报告一致，我们在组蛋白和非组蛋白上搜索了新发现的KLA位点。 reviewed the regulatory mechanisms of Kla (particularly focusing on the enzymes directly involved in the reversible regulation of Kla, including “writers” (modifying enzymes), “readers” (modification-binding enzymes), and “erasers” (demodifying enzymes); and summarized the crosstalk between different PTMs to help researchers better understand the widespread distribution of Kla and its各种功能 此外，考虑到KLA在生理和病理环境中的“双刃剑”作用，该评论突出了KLA在生理状态中的“有益”生物学功能（能量代谢，炎症反应，细胞命运，开发，发育等） 及其对病理过程的“有害”致病性或诱导作用，尤其是恶性肿瘤和复杂的非肿瘤疾病。 我们还阐明了健康和疾病中KLA的分子机制，并讨论了其作为治疗靶点的可行性。KLA与疾病的发展密切相关，代表了潜在且重要的新药靶标。与现有报告一致，我们在组蛋白和非组蛋白上搜索了新发现的KLA位点。 reviewed the regulatory mechanisms of Kla (particularly focusing on the enzymes directly involved in the reversible regulation of Kla, including “writers” (modifying enzymes), “readers” (modification-binding enzymes), and “erasers” (demodifying enzymes); and summarized the crosstalk between different PTMs to help researchers better understand the widespread distribution of Kla and its各种功能此外，考虑到KLA在生理和病理环境中的“双刃剑”作用，该评论突出了KLA在生理状态中的“有益”生物学功能（能量代谢，炎症反应，细胞命运，开发，发育等）及其对病理过程的“有害”致病性或诱导作用，尤其是恶性肿瘤和复杂的非肿瘤疾病。我们还阐明了健康和疾病中KLA的分子机制，并讨论了其作为治疗靶点的可行性。最后，我们描述了KLA的检测技术及其在诊断和临床环境中的潜在应用，旨在为治疗各种疾病的治疗提供新的见解，并加速从实验室研究到临床实践的翻译。
靶向疟原虫作为疟疾治疗的潜在靶标
疟疾是一种寄生疾病，代表了全球公共卫生问题。质子属的原生动物负责引起人类疟疾。 疟原虫具有复杂的生命周期，需要翻译后的修饰（PTMS）在时间和空间上控制细胞活性，并调节关键蛋白质的水平和细胞机制，以维持效率高的感染和免疫逃避。 sumoylation是由小型泛素样蛋白与蛋白质底物上赖氨酸残基的共价连接形成的PTM。 该PTM是可逆的，是由三种酶的顺序作用触发的：E1激活，E2-共轭和E3连接酶。 在另一端，酵母中的泛素样蛋白特异性蛋白酶和哺乳动物中的哨兵特异性蛋白酶负责处理SUMO肽和对sumoypy的部分偶联。 进一步的研究对于理解疟原虫中SUMO的分子机制和细胞功能是必要的。 抗药性疟疾寄生虫的出现促使通过新颖的作用机理发现了新靶标和抗疟药。 在这种情况下，由疟疾寄生虫中的Sumoylation调节的保守生物学过程，例如基因表达调节，氧化应激反应，泛素化和蛋白酶体途径，建议PF SUMO作为一种新的潜在药物靶标。负责引起人类疟疾。疟原虫具有复杂的生命周期，需要翻译后的修饰（PTMS）在时间和空间上控制细胞活性，并调节关键蛋白质的水平和细胞机制，以维持效率高的感染和免疫逃避。sumoylation是由小型泛素样蛋白与蛋白质底物上赖氨酸残基的共价连接形成的PTM。该PTM是可逆的，是由三种酶的顺序作用触发的：E1激活，E2-共轭和E3连接酶。在另一端，酵母中的泛素样蛋白特异性蛋白酶和哺乳动物中的哨兵特异性蛋白酶负责处理SUMO肽和对sumoypy的部分偶联。进一步的研究对于理解疟原虫中SUMO的分子机制和细胞功能是必要的。抗药性疟疾寄生虫的出现促使通过新颖的作用机理发现了新靶标和抗疟药。在这种情况下，由疟疾寄生虫中的Sumoylation调节的保守生物学过程，例如基因表达调节，氧化应激反应，泛素化和蛋白酶体途径，建议PF SUMO作为一种新的潜在药物靶标。这种微型审查的重点是当前对疟原虫协调的多步生命周期作用机理的理解，并将它们作为寄生虫特异性抑制剂的发展和对疟疾疾病的治疗干预的有吸引力的新靶蛋白进行了讨论。
14-1048 技术数据表
CUTANA™ChIC/CUT&RUN 试剂盒可简化组蛋白翻译后修饰 (PTM) 和染色质相关蛋白的染色质分析。CUT&RUN 试剂盒版本 5 (v5) 现在包含额外的对照抗体 (H3K27me3)。阳性 (H3K4me3 和 H3K27me3) 和阴性 (IgG) 对照抗体与 SNAP-CUTANA™spike-in 对照配对，用于优化测定和持续测定监测 (图 2)。包含大肠杆菌 DNA 以进行数据标准化。SPRI 磁珠用于 DNA 纯化，可在整个工作流程中实现无缝多通道移液，从而最大限度地提高通量和可重复性。该试剂盒与各种输入兼容，包括源自天然、冷冻保存或交联样本的细胞或细胞核。虽然建议从 500,000 个细胞开始，但只需 5,000 个细胞即可生成可比数据。纳入对照以及与多种目标类型、样本输入和低细胞数量的兼容性，使该试剂盒成为染色质映射实验的首选解决方案。
草图
我的研究重点是研究与年龄相关疾病的致病机制，例如癌症和神经退行性疾病。专注于前列腺癌和具有性偏见的癌症，以及脊柱骨骼肌肉萎缩和肌萎缩性侧面硬化症，我的研究有助于表明：1）翻译后修饰（PTM）：磷酸化和精氨酸甲基化的功能促进蛋白的功能和刺激性的毒性，使蛋白质的毒性具有启发性，并具有刺激性的毒性。因为这些PTM具有治疗潜力； 2）外围组织：我们有助于表明骨骼肌有助于体重减轻，能量不平衡和神经元变性，损害通常是主要的，并且不是神经元功能障碍和损失的继发性，而骨骼肌是一种有价值的治疗靶向靶向组织； 3）基因表达的表观遗传失调：我们表明，表观遗传作者是由作为转录因子的疾病蛋白招募的，并有助于与年龄相关的疾病的发病机理。基于我们的工作，将两种化合物，胰岛素样生长因子1和β-激动剂（clenbuterol）转化为SBMA的II期临床试验。
核小体中的DNA修复：来自组蛋白修饰和突变体的见解
摘要：DNA修复途径在基因组稳定性中起关键作用，但是在真核细胞中，它们必须在染色质的紧凑和纠结环境中进行修复DNA病变。先前的研究表明，将DNA包装到核小体中，构成了染色质的基本构件，对DNA修复具有深远的影响。在这篇综述中，我们讨论了有关染色质DNA修复的原理和机制。我们关注组蛋白翻译后修饰（PTM）在修复中的作用，以及组蛋白突变体影响细胞对DNA损伤剂和染色质修复活性的分子机制。重要的是，这些机制被认为会显着影响人类癌症的体细胞突变率，并有可能导致癌变和其他人类疾病。例如，许多主要在酵母中研究的组蛋白突变体已被确定为不同癌症中酒精酮突变的候选者。本综述强调了这些联系，并讨论了DNA修复在染色质中的潜在重要性。
深度蛋白质组分析促进食管鳞状细胞癌的全蛋白质组表征和药物发现
蛋白质是各种细胞过程的关键参与者。作为细胞过程的最终执行者，它们在连接基因型和表型方面发挥着至关重要的作用。蛋白质表达和翻译后修饰（PTM）异常与癌症的发生和发展密切相关，它们携带着基因组学和转录组学无法获得的生物学信息1。蛋白质组学补充了基因组和转录组数据，从而能够全面分析癌症的发病机制并加速生物医学研究2。由于蛋白质定量仪器和方法的局限性，蛋白质组学的发展大大落后于基因组学和转录组学。幸运的是，基于质谱的蛋白质组学技术的最新进展大大增加了可定量的蛋白质数量（高分辨率）和可在合理时间范围内分析的样本数量（高通量）3。因此，现在可以大规模地进行全蛋白质组定量，从而能够以更高的统计意义进行蛋白质组表征、鉴定蛋白质组亚型以及发现潜在药物。我们指的是高分辨率、高通量
科学期刊-IU Indianapolis Scholarworks
阿尔茨海默氏病（AD）是具有复杂起源的老年人中的主要痴呆症。尽管广泛研究了与AD相关的蛋白质编码基因，但非编码RNA（NCRNA）和转录后修饰（PTM）的参与尚不清楚。在这里，我们全面地描述了来自西奈山/ JJ山彼得斯·彼得斯医学中心大脑脑库研究和蛋黄酱的1460个大脑区域中NCRNA和PTM事件的景观，包括33,321个长NCRNAS，ncrnas，92,897 Enternative Enternation and Hancer rnas，53，763，763，763，763，763 3,763， A到I RNA编辑事件。我们还确定了25,351个异常表达的NCRNA，并改变了与AD性状相关的PTM事件，并进一步鉴定了相应的蛋白质编码基因来构建调节网络。此外，我们开发了一个用户友好的数据门户，Adatlas，促进用户探索我们的结果。我们的研究旨在为AD中的NCRNA和PTM建立一个综合数据平台，以推动相关研究。
引用本文：Joshi M，Dey P，DeA。针对性蛋白质敲低技术的最新进展 - 靶向治疗的范例。 explo
针对包括癌症在内的各种疾病的广义治疗策略是耗尽或灭活有害蛋白质靶标。各种形式的蛋白质或基因沉默分子，例如，小分子抑制剂，RNA干扰（RNAI）和microRNA（miRNA）已用于可药物测定靶标。在过去几年中，已开发出靶向蛋白质降解（TPD）方法来直接降解候选蛋白质。在TPD方法中，靶向嵌合体（Protac）的蛋白水解已成为通过泛素 - 蛋白酶体系统选择性消除蛋白质的最有希望的方法之一。protacs以外，具有潜在治疗用途的TPD方法包括内部介导的蛋白质敲低和三方基序21（TRIM-21）介导的Trim-Awa。在这篇综述中，总结了蛋白质敲低的方法，它们的作用方式以及它们比常规基因敲低方法的优势。在癌症中，与疾病相关的蛋白质功能通常通过特定的翻译后修饰（PTM）执行。 在靶蛋白的PTM形式的直接敲低中突出了修剪的作用。 此外，还讨论了各种疾病中TPD方法的应用挑战和前瞻性临床使用。在癌症中，与疾病相关的蛋白质功能通常通过特定的翻译后修饰（PTM）执行。在靶蛋白的PTM形式的直接敲低中突出了修剪的作用。此外，还讨论了各种疾病中TPD方法的应用挑战和前瞻性临床使用。
植物SUMO化对抗病毒的两面性
与大多数生物体一样，植物也具备复杂而精巧的分子机制来应对不断变化的环境。在翻译后修饰 (PTM) 中，小肽（如泛素或 SUMO（小泛素相关修饰物））的结合能够快速有效地适应各种非生物和生物胁迫条件。SUMO 化过程涉及使用类似于泛素化的分级多酶级联将 SUMO 共价附着到目标蛋白上（图 1）[ 1 ]。这种可逆修饰可导致构象变化、改变蛋白质相互作用并影响修饰蛋白质的整体功能，包括稳定性、亚细胞定位和转录调控。除了与目标蛋白结合之外，SUMO 还能够与许多含有 SUMO 相互作用基序 (SIM) 的蛋白质非共价相互作用。将相同或不同蛋白质中的 SUMO 化位点与 SIM 相结合，有助于形成蛋白质宏观结构，从而通过将其他 SUMO 靶标募集到有利于 SUMO 化的环境中来增强 SUMO 化 [1]。拟南芥基因组含有 8 个 SUMO 基因，但只有 4 个得到表达（AtSUMO1/2/3/5）。几乎相同的 AtSUMO1/2 是 SUMO 原型，因为它们是哺乳动物 SUMO2/3 的最近同源物。SUMO 蛋白在发育和防御过程中的时空表达和功能有所不同 [2]。植物通常表达高水平的高度保守的 SUMO 异构体（AtSUMO1/2）和至少一种弱表达的非保守异构体（AtSUMO3/5）。
特刊“表观遗传景观的氧化还原调控”“氧化应激介导的组蛋白翻译后修饰的改变”
2-HG：D-2-羟基戊二酸。4-HNE：4-羟基-2-壬烯醛。4-ONE：4-氧代-2-壬烯醛。BEAS-2B：用 Ad12-SV40 2B 转化的支气管上皮。CAF-1：染色质组装因子-1。CYP2E1：细胞色素 P450 家族 2 亚家族 E 成员 1。DDR：DNA 损伤反应。DSB：双链断裂。EMT：上皮间质转化。ER：雌激素受体。EWS：尤文氏肉瘤。GLO1：乙二醛酶 1。GSH：谷胱甘肽。GSNO：亚硝基谷胱甘肽。HAT：组蛋白乙酰转移酶。HDACi：组蛋白去乙酰化酶抑制剂。HDACs：组蛋白去乙酰化酶。HFD：组蛋白折叠域。 HIRA：组蛋白细胞周期调节剂。HMT：组蛋白甲基转移酶。HUVEC：人脐静脉内膜细胞。IDH：异柠檬酸脱氢酶。IL：白细胞介素。jmjCs：jumonji 蛋白。LOXL2：赖氨酰氧化酶样 2。LSD1：赖氨酸特异性脱甲基酶 1。LTQ：赖氨酸酪氨酸醌结构域。MGO：甲基乙二醛。MnSOD：锰超氧化物歧化酶。MS：质谱法。NAC：n-乙酰半胱氨酸。NSCLC：非小细胞肺癌。ONOO -：过氧亚硝酸盐。oxiPTMs：氧化翻译后修饰。PARP：聚 ADP 核糖聚合酶。PDXs：患者来源的异种移植。PTMs：翻译后修饰。 RNOS：活性氧和活性氮氧化物。ROS：活性氧。SAHF：衰老相关异染色质灶。SAM：S-腺苷甲硫氨酸。SLE：系统性红斑狼疮。TNBC：三阴性乳腺癌细胞。V/ST：伏立诺他/替莫唑胺。α-KG：α-酮戊二酸