腺相关病毒(AAV)是基因治疗的强大载体;但是,使用AAV向量可能具有挑战性。每个构建体包含两个反向末端重复(ITR)序列,通常长145 bp,是感兴趣基因的侧面(图1)。ITR形成高度稳定的T形发夹,这对于病毒DNA 1的复制和封装至关重要。这些结构特征也会对传统克隆工作流造成严重破坏。自发缺失转移质粒的鼠疫DNA制剂,以及二级结构的形成确认性测序。因此,研究人员被双重打击:容易截断的AAV矢量,这些突变很难检测到。在这里,我们讨论了传播和验证AAV质粒的挑战,并展示了对工作流程的优化方法。
摘要:CRISPR-Cas 基因编辑技术提供了精确修改作物的潜力;然而,由于组织培养过程冗长且基因型特异性,体外植物转化和再生技术存在瓶颈。理想情况下,植物体内转化可以绕过组织培养,直接产生转化植物,但有效的植物体内传递和转化仍然是一个挑战。本研究探讨了有可能直接改变生殖系细胞的转化方法,从而消除了体外植物再生的挑战。最近的研究表明,装载质粒 DNA 的碳纳米管 (CNT) 可以扩散穿过植物细胞壁,促进外来遗传元件在植物组织中的瞬时表达。为了测试这种方法是否是植物体内转化的可行技术,利用带有报告基因的叶片和离体胚浸润,将 CNT 介导的质粒 DNA 传递到水稻组织中。定量和定性数据表明,CNT 有助于质粒 DNA 在水稻叶片和胚胎组织中的传递,从而导致 GFP、YFP 和 GUS 的瞬时表达。还利用靶向八氢番茄红素去饱和酶 (PDS) 基因的 CRISPR-Cas 载体开展实验,将 CNT 传递到成熟胚胎中,以创建可遗传的基因编辑。总体而言,结果表明,基于 CNT 的质粒 DNA 传递似乎有望用于植物体内转化,进一步优化可以实现高通量基因编辑,从而加速功能基因组学和作物改良活动。
DNA 可视化软件必须 1) 注释特征并以图形方式描述 DNA 特征,2) 模拟分子克隆技术,3) 生成具有视觉吸引力的图形输出。优秀的 DNA 可视化软件将意义赋予 DNA 碱基串。从根本上讲,这需要灵活的注释 - 将名称应用于区域,以及功能区域的可视化 - 应用图片来显示序列区域之间的空间关系。每一段 DNA 都应标注其生物学相关属性。此外,生物学家必须能够识别对特定重组技术有用的子序列,例如限制性酶识别序列、重组酶识别序列和重叠末端序列。优秀的 DNA 软件还提供对常见 DNA 操作(例如限制性消化或 Gibson 克隆)的强大计算机模拟。通过计算机操作 DNA,生物学家可以确保重组构建体包括功能完整的片段,这些片段具有顺序和框架内的 DNA。换句话说,优秀的软件允许研究人员综合工作计划。这可能是从所需产品开始在计算机上反向工作以确定所需的输入。相反,它允许研究人员从给定的一组可用质粒开始,并在虚拟实验室中工作以生成可能的产品。最后,可视化软件对于确定分析结果(DNA 序列、诊断 PCR 或限制性消化)是否产生了预期的产品非常有用。科学家可以使用该软件来比对序列或模拟每个步骤的凝胶以确认他们的工作。最后,好的 DNA 软件可以生成具有灵活细节级别的视觉上令人愉悦的输出。这种表示应该可以轻松地以开放且广泛使用的文本或图形格式导出。例如,文本输出可用于生成课堂报告、学生论文或供出版的手稿。同样,图形输出可用于生成会议海报或课堂报告或会议演示的幻灯片。
成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR) 和 CRISPR 相关蛋白 (Cas9) 系统是一种适应性免疫反应防御机制,古细菌和细菌利用该机制降解外来遗传物质 (4,6)。该机制可重新用于其他功能,包括哺乳动物系统的基因组工程,例如基因敲除 (KO) (1,2,3,5)。CRISPR/Cas9 KO 质粒产品利用来自 Broad 研究所张实验室开发的全基因组 CRISPR 敲除 (GeCKO) v2 库的向导 RNA (gRNA) 序列,能够识别和切割特定基因 (3,5)。
成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR) 和 CRISPR 相关蛋白 (Cas9) 系统是一种适应性免疫反应防御机制,古细菌和细菌利用该机制降解外来遗传物质 (4,6)。该机制可重新用于其他功能,包括哺乳动物系统的基因组工程,例如基因敲除 (KO) (1,2,3,5)。CRISPR/Cas9 KO 质粒产品利用来自 Broad 研究所张实验室开发的全基因组 CRISPR 敲除 (GeCKO) v2 库的向导 RNA (gRNA) 序列,能够识别和切割特定基因 (3,5)。
慢病毒 (LV) 具有广泛的应用,常用于临床基因治疗以及 CAR-T 细胞工程。该过程可能繁琐而复杂,但慢病毒载体与传统逆转录病毒基因递送系统相比具有一系列独特优势。这五个步骤对于生产慢病毒以增强您的下游研究至关重要。
质粒DNA的产率和质量受质粒拷贝数,质粒大小,插入毒性,宿主应变,抗生素选择,生长培养基和培养条件的影响。对于大肠杆菌的标准克隆菌株,我们建议使用新鲜条纹的选择板中的单个菌落来接种标准的生长培养基,例如LB(Luria-Bertaini)培养基。培养物通常在37°C和200-250 rpm的血管中生长,该容器允许曝气(Erlenmeyer烧瓶或滚筒上的Erlenmeyer烧瓶或培养管),并在12-16小时后收获,因为培养物从对数生长到固定相的培养过渡。这是质粒DNA含量最高的时间。LB中的培养物通常在3-6之间的最终OD 600中饱和,但生长至饱和度通常会导致细胞裂解。结果,质粒的产量和质量降低,并增加不需要的宿主染色体DNA的可能性增加。使用丰富的培养基(例如2x YT或TB)在较短的时间内会产生更高的生物量。如果选择用于生长,则应对准备中使用的培养时间和细胞数量进行调整以纠正这些差异,并避免矩阵过载并降低DNA的产量和质量。
。 28031马德里。 Y Arag(INMA)的Y Materriael,Zaragoza的CSIC-USIC-usery,60009 Zaragoza,大学。 Lagot 7
荆瑞平,焦佩玲,陈建军,孟晓燕博士,吴晓,段永刚博士,尚凯,钱琳,孙杰教授 浙江大学医学院附属第一医院细胞生物学系和骨髓移植中心 杭州 310058,中国 电子邮件:sunj4@zju.edu.cn 荆瑞平,焦佩玲,陈建军,孟晓燕博士,吴晓,段永刚博士,尚凯,钱琳,孙杰教授 浙江大学血液学研究所 & 浙江省干细胞与免疫治疗工程实验室 杭州 310058,中国 荆瑞平,焦佩玲,陈建军,孟晓燕博士,吴晓,段永刚博士,尚凯,孙杰教授 浙江省系统与精准医学实验室 浙江大学医学中心 杭州 310058,中国 黄勇,高晓燕教授浙江省西湖大学生命科学学院杭州 310058 刘菁,尹文教授浙江大学生物医学工程与仪器科学学院生物医学工程教育部重点实验室杭州 310058
双镍酶质粒被视为“许可产品”,应按照www.scbt.com/limitedlicense上规定的有限许可使用。购买此产品向买方购买了不可转让的使用权的产品,以及仅用于购买者在其实验室中进行的研究目的的所有重复和衍生品(无论买方是学术还是营利性实体)。买方不能出售或以其他方式转移(a)本产品(b)使用此产品或其组件制成的材料或(c)将其组件或其组件制成的材料或以其他方式使用本产品,其组件或使用此产品或其组件制造的材料或材料出于商业目的。