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DNA 损伤反应相关蛋白具有预后作用...
摘要：恶性白血病细胞的存活依赖于 DNA 损伤修复 (DDR) 信号传导。使用来自 810 名成人和 500 名儿童急性髓性白血病 (AML) 患者的诊断样本组装了反相蛋白阵列 (RPPA) 数据集，并分别用 412 种和 296 种经过严格验证的抗体进行探测，其中包括检测直接参与 DDR 的蛋白质表达的抗体。无偏层次聚类确定了成人和儿童 AML 中强烈的复发性 DDR 蛋白表达模式。从整体上看，DDR 表达与基因突变状态相关，并且可预测包括总生存期 (OS)、复发率和缓解持续时间 (RD) 在内的结果。在成人患者中，七种 DDR 蛋白可单独预测 RD 或 OS。当将 DDR 蛋白与在不同细胞信号通路中运作的 DDR 相关蛋白一起分析时，这些扩展的分组也对 OS 具有高度的预后性。对接受常规化疗或维奈克拉联合低甲基化剂治疗的患者进行分析后发现，蛋白质簇对每个治疗组中的有利和不利预后存在差异预测。总之，这项研究深入了解了 AML 中不同的 DDR 通路激活情况，并可能有助于指导未来针对 AML 患者的个性化 DDR 靶向疗法。
ISWI1 复合蛋白促进基因组发育...
。CC-BY 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2023 年 8 月 9 日发布。；https://doi.org/10.1101/2023.08.09.552620 doi：bioRxiv 预印本
预测可用药蛋白质对人体组织的毒性
药物开发的一个关键步骤是评估治疗靶点的体内毒性，这是药物开发中人员流失的主要原因，占临床试验失败的 30% 1,2。此外，药物毒性是医院不良事件和伤害的重要原因，每年影响美国 200 万患者 3。例如，由于 EGFR 激活在正常组织中起着不可或缺的作用，因此在接受抗 EGFR 治疗的患者中经常观察到皮肤和胃肠道毒性 4,5。同样，抗逆转录病毒 HIV 治疗的肝毒性与肝脏中 PNP 和 PXR 等靶蛋白的重要作用有关 6,7。以前使用药物警戒数据来识别与副作用相关的蛋白质 8 的努力没有考虑到组织特异性。其他方法，包括计算机定量构效关系 (QSAR) 模型和细胞系体外筛选和器官芯片分析，仅评估单个组织中的毒性，例如肝毒性 9、10、肾毒性 11 或心脏毒性 12。这些方法可能成本高昂、耗时，并且准确性和可转化性通常有限 13。需要一种将靶点与体内组织毒性联系起来的有效系统方法。关键挑战之一是靶点蛋白和副作用之间的知识差距。我们对可用药蛋白质药理学的大部分知识在于它们的治疗潜力，而这些蛋白质与不良副作用之间的关系仍然是个谜 14。此外，由于难以推断靶点与组织特异性效应之间的因果关系，我们可以借鉴的已知例子很少，因此很难开发出系统的方法预测一般组织毒性 15。为了解决这一根本问题，我们引入了一个基于靶标的算法框架 TissueTox，用于预测组织毒性（图 1a）。使用来自 45 种人体组织和 10 种身体系统中的 548 种药物和 620 种副作用的数据（补充表 1），我们定义了一个靶标和组织毒性的参考数据集（在线方法）。我们使用此参考数据集为 10 个系统和 45 种组织中的每一个训练了一个监督模型。在 TissueTox 中，我们整合了四种类型的多组学特征，包括 mRNA 表达、对
植物非特异性脂质转移蛋白：概述
植物非特异性脂质转移蛋白（NSLTPS）通常被定义为小的碱性蛋白质，在所有较高植物的所有阶段中都有广泛的贡献。从结构上讲，NSLTPS包含八个半胱氨酸的保守基序，由四个二硫化物键连接，以及一个疏水腔，其中配体被容纳。这种结构赋予稳定性并增强结合和运输各种疏水分子的能力。它们高度保守的结构相似性，但低序列身份反映了它们可以携带的各种配体，以及它们与之相关的广泛生物学功能，例如膜稳定，细胞壁组织和信号转导。此外，它们还被描述为对生物和非生物胁迫，植物生长和发育，种子发育和发芽的抗性至关重要。因此，对这种蛋白质家族在植物发育中的关键作用以及许多未解决的问题，需要阐明其亚细胞定位，传递能力，表达能力，生物学功能和进化，对此蛋白质的关键作用越来越越来越越来越大。
HBD 融合蛋白列表 - Picard 实验室 |
Picard, D. (2000)。通过与类固醇结合域融合实现蛋白质的翻译后调控。Methods Enzymol. 327 , 385-401。ER α HBD 融合在小鼠中的应用：Whitfield, J.、Littlewood, T.、Evan, GI 和 Soucek, L. (2015)。小鼠模型中的雌激素受体融合系统：可逆转换。Cold Spring Harb. Protoc. 2015 , 227-234。参考文献 1. Sablowski, RW 和 Meyerowitz, EM NO APICAL MERISTEM 的同源物是花同源基因 APETALA3/PISTILLATA 的直接靶标。Cell 92 , 93- 103 (1998)。 2. Thuerauf, DJ, Marcinko, M., Belmont, PJ 和 Glembotski, CC ATF6α 和 ATF6β 异构体特异性特征对内质网应激反应基因表达和细胞活力的影响。J. Biol. Chem. 282, 22865-22878 (2007)。3. Aoyama, T. 等人。拟南芥转录激活因子 Athb- 1 的异位表达改变了烟草叶细胞的命运。Plant Cell 7, 1773-1785 (1995)。4. Laumen, H., Nielsen, PJ 和 Wirth, T. BOB.1/OBF.1 辅激活因子对 B 细胞中八聚体依赖性转录至关重要。Eur. J. Immunol. 30, 458-469 (2000)。 5. Lu, J. 等人。用于转录激活和基因组编辑的多模式药物诱导 CRISPR/Cas9 装置。核酸研究。46，e25（2018）。6. Gomez-Ospina, N.、Tsuruta, F.、Barreto-Chang, O.、Hu, L. 和 Dolmetsch, R. L 型电压门控钙通道 ca(v)1.2 的 C 端编码转录因子。细胞 127，591-606（2006）。7. Umek, RM、Friedman, AD 和 McKnight, SL CCAAT 增强子结合蛋白：分化开关的组成部分。科学 251，288-292（1991）。 8. Müller, C., Kowenz-Leutz, E., Grieser-Ade, S., Graf, T. & Leutz, A. NF-M（鸡 C/EBP beta）诱导造血祖细胞系嗜酸性分化和凋亡。EMBO J. 14 , 6127-6135 (1995)。9. McDonald, MJ & Rosbash, M. 果蝇昼夜节律基因表达的微阵列分析和组织。Cell 107 , 567-578 (2001)。10. Simon, R., Igeno, MI & Coupland, G. 拟南芥花分生组织身份基因的激活。Nature 384 , 59-62 (1996)。 11. Picard, D., Salser, SJ & Yamamoto, KR 糖皮质激素受体类固醇结合域内可移动且可调节的失活功能。Cell 54 , 1073-1080 (1988)。12. Spitkovsky, D. 等人。腺病毒 E1A 在具有 E1A 依赖性条件性增殖的细胞系中对细胞周期蛋白基因表达的调节。J. Virol. 68 , 2206-2214 (1994)。13. Vigo, E. 等人。CDC25A 磷酸酶是 E2F 的靶标，是 E2F 有效诱导的 S 期所必需的。Mol. Cell. Biol. 19 , 6379-6395 (1999)。 14.Jones, ME, Kondo, M. & Zhuang, Y. A tamoxifen inducible knock-in allele for investigation of E2A function. BMC Dev. Biol. 9 , 51 (2009). 15.Zhao, B. et al. RNAs induced by Epstein-Barr virus Nuclear Antigen 2 in Lymphoblastoid cell lines. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103 , 1900-1905 (2006). 16. Maruo,S. 等人。Epstein–Barr 病毒核蛋白 EBNA3C 是淋巴母细胞细胞周期进程和生长维持所必需的。美国国家科学院院刊 103，19500-19505（2006 年）。
人类抗体针对可变的疟疾蛋白
疟疾是一种由疟原虫属寄生虫引起的血液传播感染，仍然是全球健康威胁。在 2022 年的 2.49 亿疟疾病例中，超过 60 万例死亡（见 go.nature.com/48ummr6）。大多数疟疾死亡病例发生在撒哈拉以南非洲感染恶性疟原虫的儿童中。在第 182 页，Reyes 等人 1 深入了解了抗体如何靶向关键的寄生虫蛋白。与恶性疟原虫感染相关的严重疾病的一个标志是一种称为隔离的现象（图 1），其中寄生虫感染的红细胞粘附在小血管（微血管）上。这可以防止脾脏中这些血细胞被破坏。隔离会导致血流受阻、炎症、器官损伤和危及生命的并发症，例如一种称为脑型疟疾的临床病症。隔离是由多域寄生虫蛋白家族 PfEMP1 中的特定相互作用介导的，这些蛋白在受感染的红细胞表面表达。这些蛋白质与血管内皮细胞上的受体相互作用 2–4 。
DNA双链破裂修复蛋白的依赖性
DNA双链断裂通过多种途径修复，包括非同源最终连接（NHEJ）和微学介导的端连接（MMEJ）。这些途径的平衡取决于局部染色质的环境，但是对基本机制的理解很少。通过将敲除筛选与双重MMEJ：NHEJ报告基因插入在19种不同的染色质环境中，我们识别了数十种DNA修复蛋白，这些DNA修复蛋白调节途径取决于局部染色质状态。偏爱NHEJ的蛋白质主要与斑塑素协同作用，而有利于MMEJ的蛋白通常与不同类型的异染色质协同作用。前者的例子是BRCA2和民意调查，后者是幻想综合体和ATM。此外，在各种人类癌症类型中，其中几种蛋白质的丧失改变了杂染色质和全染色质之间途径特异性突变的分布。一起，这些结果发现了一个复杂的蛋白质网络，该蛋白质以染色质上下文与依赖性方式调节MMEJ：NHEJ平衡。
onscodesign Precision Medicine和Navigo蛋白GMBH
dijon（法国），2024年5月15日，6:00 pm Cest- odsigsign Precision Medicine（OPM）（ISIN：FR001400CM63； Mnemonic：Mnemonic：Alopm），一家专门用于治疗抗药性和转移性癌症的生物疗法（专门）的生物药物（HAL）gmby gmbh（专门研究基于Affilin®技术平台的精确医学应用程序的发现和开发，宣布了针对新的系统性放射线抑制剂的发现和开发的战略合作协议的签名。OPM运营着专门用于精密医学的三个技术平台。Oncosniper是一种使用AI的技术，可以选择和验证参与抗性和转移性癌症的新治疗靶标，尤其是在肿瘤细胞表面上专门表达的激酶和靶标。目的是根据其3 RD技术平台Promethe®的Nanocyclix®技术平台和新的放射性治疗剂发现和开发新的激酶抑制剂。放射性抑制剂的构建基于对癌细胞表面（表面抗原）的特定靶标的鉴定，以及小分子，肽，抗体或小蛋白（如affilin®）靶向分子的靶向分子，这些分子对已识别的靶标的高度特异性，可以驱动a，β+ - 或trigter和trigter和trigter trugter和trigter trugter和tryor。这种治疗方法在治疗转移性前列腺癌（Pluvicto®； Novartis）和无法手术或转移性胃肠道神经内分泌肿瘤（Lutathera®; Novartis）方面已经得到了临床证明。OPM选择了Navigo Proteins GmbH的专有技术Affilins®作为生物靶向分子来支持其Promethe®平台。affilins®是源自人类泛素的小蛋白，这是一种天然存在于所有细胞中的蛋白质。大量的泛素变体在大型文库中可用，其中每个变体在其表面上以略有不同的方式修改，并且失去了其自然生物学功能，但可能与给定的靶标结构结合。噬菌体显示选择和筛选用于识别有选择性结合并高亲和力与靶向表面抗原（如抗体）结合的affilins®。Affilins®的分子量是改善药代动力学的抗体的1/15，尤其是消除的分布和途径，这主要是通过肾脏。与抗体不同，Affilins®对蛋白酶，酸和碱有抵抗力，并且可以高度恒温，从而促进其放射性标记。因为它们是人类衍生的，因此Affilins®的免疫原性风险低（注射后不需要的免疫反应）。分子没有像抗体那样的翻译后修饰，可以在简单的细菌系统中产生它们。affilins®具有高度的工程性，可以与其他功能元素结合使用，从而使分子的模块化设计适合于临床需求。由于所有这些原因，Affilin®分子非常适合用作放射线抑制分子。
启动在马铃薯领域种植鸡蛋蛋白
分子农民Maya Sapir-Mir（左）和Raya Liberman-Aloni正在接受全球烹饪的最爱，并将其转变为低成本生物反应器以生产卵子蛋白。他们在2022年建立了Polopo，以设计土豆植物以生产蛋清蛋白质，而无需昂贵的生物反应器。该公司位于以色列的内斯Ziona，已开始首次实地试验，种植了富含蛋白质的块茎。Ovalbumin是蛋清中的主要蛋白质，是食品制造商作为成分所追捧的，因为它有助于提高营养价值并延长包装产品的保质期。团队通过将整个卵蛋白DNA序列插入叶片，从而设计了马铃薯，因此，该序列包含了产生功能齐全的蛋白质的指令，该蛋白质在营养和化学上与鸡蛋中的蛋白质相同。将养分从叶子移到块茎的韧皮部运输了工程化的椭圆蛋白产品。遗传改性的polopo马铃薯看起来与原始的polopo相同，具有其优势，并将蛋白质储存在块茎中，实际上像迷你抗反应器一样有效地发挥作用。这些植物的生长快且廉价地培养，并且由于它们在遗传上与第一个
对心血管疾病中骨形态发生蛋白的见解
心血管疾病（CVD）仍然是全球死亡率和发病率的主要原因。在美国，中国，东欧和印度，CVD的死亡率特别高（Roth等，2020）。严重的CVD导致患者及其家人的重大经济损失以及身体和精神负担。通过生活方式干预和广泛使用新技术和药物的生存率显着提高了（Fegers-Wustrow等，2022）。然而，CVD的不良预后尚未得到改善，死亡率，发病率，残疾和复发率仍然很高（Bethel等，2018； Arnett等，2019）。骨形态发生蛋白（BMP）是1965年发现的，是一组进化保守的分泌蛋白，它们在生长和发育中起着重要作用（Bone，1965）。所有BMP均属于转化的生长因子-β（TGF-β）超家族（BMP-1）（Kawabata等，1998）。随着研究的进行，除了诱导骨骼和软骨形成外，BMP已被证明可以调节胚胎，肺，肾脏，胃肠道系统，牙齿和其他器官的发展（Zhang and Que，2020）。BMP的消融或过表达通常会导致显着的缺陷或严重的病理。许多研究表明，BMP与CVD密切相关，并且最近已经取得了研究进度。BMP激活通常会导致血管炎症，例如动脉粥样硬化和钙化，而BMP的例子包括先天性肾脏和尿道异常（Dudley等，1995; Luo等，1995; Miyazaki等，2000），嗜血症和微观噬菌体（Dudley等，1995，1995; Luo等，195; achondry and arthimose et aste et an andimi et ail an。 Shao等，2021），Barrett的食管（Palles等，2015）和贫血（Steinbicker等，2011）。