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DNA元编码采样位置的优先级
环境DNA（EDNA）元法编码的进步彻底改变了我们评估生物多样性的能力，尤其是对于隐性或研究较少的生物，例如真菌，细菌和微依脊椎动物。尽管具有成本效益，但由于处理和分析EDNA样品所需的大量时间和资源，对抽样站点的空间选择仍然是一个关键的挑战。这项研究引入了生物多样性数字双胞胎原型，旨在优化EDNA采样位置的选择和优先级。利用可用的EDNA数据并集成用户定义的标准，该数字双胞胎在选择未来的采样站点时有助于明智的决策。通过开发相关的数据格式工具，我们还促进了DNA元编码数据的可访问性和实用性，以进行更广泛的保护工作。该原型将根据未来样本的估计互补性提供直观的界面来提供多个最终用户，从研究人员和监视计划到商业企业。该原型提供了可扩展的生物多样性采样方法。最终，该工具旨在通过有效的EDNA采样来完善我们对全球生物多样性模式的理解，并支持针对性的保护策略。
粪便DNA元法编码显示可靠的短期猎物检测，并解释了两个北极熊亚群的肠道微生物组的变化
摘要：这项研究开发并评估了DNA元法编码，以鉴定East Greenland（EG）（EG）和Southern Beaufort Sea（SB）Polars Polars Maritimus在2015年春季采样的pinniped和Cetacean Prey DNA的存在。在所有样品的一半（49/92）中检测到猎物DNA，并且在检测到响起的密封pusa hispida是主要的猎物，在Eg的100％（22/22）中鉴定出Eg的100％（22/22），SB北极熊样品的81％（22/27）鉴定出具有猎物DNA的SB北极熊样品。胡须的密封barbatus dna，检测到猎物DNA。猎物DNA检测频率和相对可怕的频率与SB北极熊子集的定量脂肪酸签名分析（QFASA）的估计进行了比较。环形密封和胡须密封是两种方法都确定的主要猎物，但Qfasa还鉴定出了猎物DNA未发现的2个鲸类猎物。DNA元法编码与QFASA结果的差异可能与每种方法捕获的不同饮食时间尺度有关，即短期与长期饮食。 猎物DNA检测，性别/年龄类别和亚群显着解释了北极熊肠道细菌相位的变化。 检测到的具有猎物DNA的北极熊样品与细菌类梭状芽胞杆菌和杆菌的丰富性较高以及否定性较低的含量有关。 因此，粪便DNA metabarcoding可用于识别北极熊的近期猎物，补充定量和可能的长期QFASA估计，并可能有助于了解北极熊肠肠肠微生物组的变化。短期与长期饮食。猎物DNA检测，性别/年龄类别和亚群显着解释了北极熊肠道细菌相位的变化。检测到的具有猎物DNA的北极熊样品与细菌类梭状芽胞杆菌和杆菌的丰富性较高以及否定性较低的含量有关。粪便DNA metabarcoding可用于识别北极熊的近期猎物，补充定量和可能的长期QFASA估计，并可能有助于了解北极熊肠肠肠微生物组的变化。关键词：饮食组成·DNA元法量·QFASA·脂肪酸特征·海洋哺乳动物·基因组学·北极海洋生态
调查迅速变化的欧洲北极地区的上层生物多样性和胶状浮游生物社区：EDNA METABARCODING调查
fi g u r e 2上升后生阿尔法和β多样性模式。（a）在每个深度区域和采样位置，海洋后生动物门的相对读取丰度。（b）香农多样性指数（H'）和（c）在所有四个深站组合的每个深度区域的SRS的物种丰富度标准化的Motus数据。Tukey的HSD成对比较与Tukey调整后的P值进行了比较。*表示<0.05的显着差异，****表示显着差异<0.001。（d）基于jaccard距离的Motus社区结构（K = 2）的非线性多维标度。颜色表示海洋区，点形表示站点，地块上显示的应力值。深度区域被定义为上皮（0-99 m），下层（100-200 m），中质质量（201-1000 m）和浴类质（> 1000 m）。
生命之树Edna metabarcoding揭示了类似的分类学丰富性，但在海港和海洋储量之间存在不同的进化谱系
fi g u r e 7在分类级别的海港和储备社区的比较。位点得分（左）和物种得分（右）图代表了由空间坐标来调节的两个第一个DBRDA轴，测试了栖息地对jaccard/bray -curtis距离的影响，在汇集重复和组合所有MOTU（从MOTU级别到订单的重要性）；Jaccard差异指数是在MOTU级别（a）计算的，而Bray -Curtis的差异基于MOTU的丰度用于家庭（B）和订单（C）水平。显示出促成约束轴的最高10％分类单元。中，只有那些具有高于97％的分配身份的人才能保持在MOTU级别。SMM，Saintes-Maries-de-la-Mer。
使用DNA条形码和Justicia Beddomei（C。B. Clarke）Bennet的分子鉴定和药物认知评估
Justicia Beddomei（C.B.clarke）Bennet已在传统的医疗系统中使用了多年。这项研究旨在促进J. Beddomei的识别（C.B.clarke）使用TRNH - PSBA DNA条形码区域，NCBI数据库以及植物部分的药物认知特征。基因组DNA，并进行了聚合酶链反应放大，并进行了DNA序列测定。使用相似性基本搜索方法BLASTN分析重叠群DNA序列319 bp。TRNH - 319 bp重叠群序列的PSBA条形码区域与J. Beddomei的标准序列100％相似，登录号MK347214.1来自NCBI数据库。 植物不同部分的微观研究有助于J. Beddomei与其形态相似和令人困惑的植物Justicia adhatoda L. justicia Beddomei的识别和分化，可以通过花和花序排列轻松识别。 其他鉴定特征是叶片的叶肉区域中存在囊状，以及粉末显微镜分析中有色含量和晶体的存在。 目前对J. Beddomei茎，叶和花的详细微观研究的结果在鉴定粉末状样品及其掺假剂方面具有很大价值。MK347214.1来自NCBI数据库。植物不同部分的微观研究有助于J. Beddomei与其形态相似和令人困惑的植物Justicia adhatoda L. justicia Beddomei的识别和分化，可以通过花和花序排列轻松识别。其他鉴定特征是叶片的叶肉区域中存在囊状，以及粉末显微镜分析中有色含量和晶体的存在。目前对J. Beddomei茎，叶和花的详细微观研究的结果在鉴定粉末状样品及其掺假剂方面具有很大价值。
超越粗体：使用DNA条形码来识别加拿大艾伯塔省南部的普鲁士鲤鱼（Carassius Gibelio Bloch，1782年）
Carassius Gibelio（普鲁士鲤鱼）是加拿大新鲜水域的最新入侵者，有报道称其在艾伯塔省和萨斯喀彻温省。与引入的Auratus（金鱼）和推出的（但可能被误认为）C。Carassius（Crucian Carp）的形态相似性使得在没有仔细检查的情况下很难区分这些物种。线粒体细胞色素C氧化酶I（COI）基因的DNA条形码是一种潜在的工具，可以识别Carassius个体，但公开序列的不正确注释可能会混淆物种鉴定的尝试。在这里，我们使用形态和DNA条形码来识别从艾伯塔省的两个地点收集的假定的C. gibelio标本，这些标本构成了该省的新记录。在形态上，标本与C. gibelio一致，但在C. gibelio和C. auratus的范围内。从遗传上讲，我们的样品无法鉴定为物种水平，与多种卡拉西修斯物种相匹配。单倍型网络与统计分析一致，支持艾伯塔鲤鱼为C. gibelio的识别。此外，艾伯塔省的单倍型与海鲜贸易报道的一条鱼有分享，这可能是进入艾伯塔省的可能来源。因此，尽管大胆的算法表明COI基因不是对Carassius物种物种水平鉴定的有力候选者，但单倍型网络方法和对单倍型之间可变性的统计检查可以用于对物种认同做出合理的推论。由于其在加拿大的生态影响预计，对卡拉西乌斯物种的早期发现和管理至关重要； DNA条形码是物种识别的重要工具，尤其是当标本在预期的多种物种的表型范围内时。
通过DNA metabarcoding检测不可见的：胶状分类群在两个南极钥匙石鱼（notothioidei）饮食中的作用
资助信息国民局Antartico Antartico Instituto Argentino的国家局，赠款/奖励号：Picta 0100； Alfred Wegener Institute Helmholtz极地和海洋研究中心，授予/奖励号：VH-NG-1400； Deutsche Forschungsgemeinschaft，赠款/奖励号：HA 7627/3-1和LE 2323/11-1；科学和技术研究基金，赠款/奖励编号：PICT 2018-03310 Res.401/19
DNA条形码对生物多样性数据的贡献
昆虫是地球上种类最丰富的群体之一。它们构成了许多动物多样性，并在生态系统中起着至关重要的作用，包括授粉，害虫控制和分解。但是，仅描述了这种多样性的一部分。南非被认为是全球生物学上最多样化的国家之一，估计有44,000种昆虫物种。许多农作物依赖于昆虫传粉媒介，包括菜籽，苹果，橘子和向日葵。目前缺乏野生传粉媒介会威胁农作物的产量，但我们对南非昆虫多样性的了解却很少。相对于南非的生物多样性，几乎没有分类专家，用于昆虫识别的方法可能是耗时且昂贵的。DNA条形码为加速昆虫生物多样性研究提供了重要的研究工具。在这篇综述中，我们询问了公共DNA条形码粗体（生命数据系统的条形码）数据库中的“昆虫”记录，并返回了416 211个已发表的记录，分配给28239个独特的垃圾箱（条形码指数编号）。我们确定了五个分类订单，其垃圾箱比南部非洲已知的物种多（膜翅目，双翅目，thysanoptera，plecoptera和strepsiptera）。大多数条形码记录均来自豪登省，姆普马兰加和林波波的不适陷阱采样，而南非其他地区的采样仍然很差。我们建议需要进行全面的国家抽样努力，以及对分类专业知识的投资增加，以在物种遗失以灭绝之前生成有关昆虫生物多样性的关键基线数据。
饮食 DNA 条形码揭示了同域伊比利亚沙鸡和鸨之间的营养生态位划分
营养生态位划分研究对于理解群落结构和物种共存具有重要意义，特别是当这些物种受到威胁时。这里使用 DNA 元条形码评估四种濒危草原鸟类（两种鸨和两种沙鸡）的饮食，目的是更好地了解它们的饮食需求、营养相互作用和潜在威胁。结果显示，它们的植物饮食存在季节性和种间差异，秋季和冬季栽培植物的重要性（约占其饮食的 50%）高于春季。所有物种都经常食用旋花属和十字花科植物。在春天，罂粟（Papaver spp.）是它们饮食的重要组成部分，可以用作类胡萝卜素的来源或利用其抗寄生虫特性。此外，结果证明了物种之间的营养生态位划分，鸨物种之间存在明显的隔离，沙鸡物种之间存在较小的隔离。不同目物种之间的饮食相似性通常较高，
使用DNA metabarcoding识别存档的昆虫样品：使用长期Rothamsted昆虫调查的案例研究
Martius，C。，Zlinszky，A.将地球观测与高通量生物多样性数据联系起来。自然生态与进化，1（7），1-9。https：//doi。org/10. 1038/s4155 9-017-0176 Callahan，B.J.，McMurdie，P.J。，＆Holmes，S。P.（2017）。精确序列