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DNA在牛津纳米孔上的条形码：多路复用多达24 x 96孔板
本协议描述了用于测序标准COI标记的实验室协议（即DNA条形码），多路复用多达2,280个标本（24 x 96井板，每个板的一个阴性对照孔），以在牛津纳米孔技术上运行，in 10.4.1在占用量序列仪上流动细胞。所有索引都是通过PCR使用标记的引物来完成的，这意味着图书馆准备仅在单个管中进行，所有2,280个PCR均得到了合并。这是通过不对称索引来完成的，其中带有96个唯一分子标识符（UMIS）的正向引物提供了映射到96孔板的孔，而带有24 UMIS的反向引物则将其映射到板上。
DNA条形码用于评估莫桑比克沿海海洋和沿海鱼类多样性
莫桑比克的鱼类学省份是全球鱼类分歧的热点。在这项研究中，我们应用了DNA条形码，以鉴定莫桑比克海岸的鱼类动物的组成。确定了143种属于104属，59个家庭和30个命令的物种。Species内COI序列的总体K2P距离范围为0.00％至1.51％，而种间距离范围为3.64％至24.49％。此外，根据IUCN红色的受威胁物种的红色清单，露出15种受威胁物种，其中弹性分支是最有代表性的群体。另外，该研究还发现了以前在该地理区域中未记录的四个新物种，包括Boleophthalmus dussumieri，Maculabatis Gerrardi，Hippocam-pus kelloggi和Miniatus。这项研究代表了利用分子参考来探索莫桑比克沿岸的鱼类动物区系的第一个实例。我们的结果表明，DNA条形码是对莫桑比克水域中鱼类鉴定和描述的可靠技术。本研究中建立的DNA条形码库将是促进对鱼类多样性和指导未来保护计划的理解的宝贵资产。
非洲商业木材品种的遗传特征：从基因组学到条形码
在过去的几十年里，非法砍伐对热带非洲森林生态系统的完整性和生物多样性保护构成了严重威胁。尽管已经实施了减少非法砍伐的国际条约和监管计划，但大部分木材都是从热带非洲森林地区非法砍伐和交易的。因此，开发和应用分析工具来提高木材和相关产品的可追溯性和识别性对于执行国际法规至关重要。在现有技术中，DNA 条形码是一种很有前途的植物物种分子鉴定方法。然而，虽然它已成功用于区分动物物种，但还没有一套可用于普遍识别植物物种的遗传标记。在这项工作中，我们首先使用基因组略读方法表征了 17 种非洲高价值木材物种的遗传多样性，这些物种来自五个属（Afzelia、Guibourtia、Leplea、Milicia、Tieghemella），分布在西非和中非的范围内，以便重建它们的叶绿体基因组和核糖体 DNA。接下来，我们确定了单核苷酸多态性 (SNP)，以区分近亲物种。通过这种方式，我们成功开发并测试了用于物种识别的新型物种特异性遗传条形码。
DNA条形码用于识别和认证药用鹿（Cervus sp。）产品
鹿产品 elaphus）被认为是真正的中国中药（TCM）材料。 鹿具有很高的经济和装饰价值，导致形成了特征性的鹿行业，以在中医，健康食品，宇宙和其他发展和利用领域的处方准备中形成。 由于对鹿生产的需求量很高，产品昂贵且生产有限，但合法使用鹿只限于两种Sika Deer和Red Deer；禁止其他野鹿狩猎，因此有许多伪造产品的混合和掺假案例等。 有很多报道说其他动物（猪，牛，绵羊等） 组织或器官通常用于掺假和混乱，导致鹿传统医学和鹿产品中贸易欺诈的功效不佳。 以快速有效的方式对鹿产物进行身份验证，该分析使用了22种鹿产品（鹿角，肉，骨骼，胎儿，阴茎，尾巴，皮肤和羊毛），它们是盲型样品的形式。 使用修饰方案的总DNA提取，成功地从盲样品中得出了对PCR有用的DNA。 通过BLAST和系统发育聚类分析评估了三个候选DNA条形码基因座，COX1，CYT B和RRN12的歧视强度。 在爆炸分析中，22个盲样品在经过测试的三个基因基因座中获得了100％匹配的身份。 日本和七个被认为起源于西卡鹿的盲样样本被确定为c。elaphus）被认为是真正的中国中药（TCM）材料。鹿具有很高的经济和装饰价值，导致形成了特征性的鹿行业，以在中医，健康食品，宇宙和其他发展和利用领域的处方准备中形成。由于对鹿生产的需求量很高，产品昂贵且生产有限，但合法使用鹿只限于两种Sika Deer和Red Deer；禁止其他野鹿狩猎，因此有许多伪造产品的混合和掺假案例等。有很多报道说其他动物（猪，牛，绵羊等）组织或器官通常用于掺假和混乱，导致鹿传统医学和鹿产品中贸易欺诈的功效不佳。以快速有效的方式对鹿产物进行身份验证，该分析使用了22种鹿产品（鹿角，肉，骨骼，胎儿，阴茎，尾巴，皮肤和羊毛），它们是盲型样品的形式。使用修饰方案的总DNA提取，成功地从盲样品中得出了对PCR有用的DNA。通过BLAST和系统发育聚类分析评估了三个候选DNA条形码基因座，COX1，CYT B和RRN12的歧视强度。在爆炸分析中，22个盲样品在经过测试的三个基因基因座中获得了100％匹配的身份。日本和七个被认为起源于西卡鹿的盲样样本被确定为c。据揭示了12个盲样样品的原始种类正确标记了，而三个被认为起源于红鹿的盲样样品被鉴定为c。Elaphus，Dama Dama和Rangifer Tarandus。DNA条形码分析表明，所有三个基因座都能够区分这两个脑物种并识别出掺假物质的存在。DNA条形码技术能够在识别鹿产物中的原点物种方面提供了一种有用的敏感方法。
策划和验证普遍适用的引物，以有效地基于ITS2的DNA条形码
对植物物种的快速准确鉴定越来越多地寻求采用分子技术。ITS2区域在DNA条形码中高度评价，因为它的短长度和易于测序，使其成为物种识别的理想候选者。在这项研究中，通过对广泛植物分类群的底漆序列进行细致的分析和比较，我们策划了一系列具有证明普遍性的底漆，能够有效地扩大不同植物物种的ITS2区域。为了验证识别引物的普遍性，我们均采用了硅和体外方法。在计算机分析中涉及生物信息学工具，以评估公共数据库中可用的大量植物DNA序列的底漆结合位点。随后，使用从各种植物标本中提取的DNA样品进行了体外实验，以验证引物的扩增成功。通过这个全面的验证过程，我们确保了选定的引物用于DNA键编码目的的可靠性和适用性。我们发现的重要性在于使用ITS2区域建立了标准化的DNA栏编码方法，这有助于准确而有效的植物物种识别。通过为研究人员提供一组普遍适用的底漆，我们旨在简化底漆选择过程，从而减少实验设计所涉及的时间和精力。该标准化协议促进了DNA条形码研究中的一致性和可重复性，最终促进了我们对植物生物多样性的理解并有助于保护工作。
DNA条形码用于物种鉴定和系统发育研究，采用五个遗传标记的cogulans
Withania Coagulans是印度的重要药用植物，从东地中海分散到南亚，但W. coagulans通常会被其他Withania物种误认为。准确地鉴定出具有药物重要的植物物种有助于其在医学中使用，并有助于保护全球受威胁或濒危植物的下降。目前的研究旨在使用五个在ICAR-ANAND的W. Coagulans的样本中使用五个遗传标记（RBCL，MATK，ITS，ITS，PSBA-TRNH和RPOB-TRNCGAR）为W. coagulans创建条形码。研究结果证实，PSBA和RBCL是研究W. ogulans的更好的条形码，即使改变地理位置，它也显示出100％的保护，而基因基因座RPOB，ITS和MATK帮助区分了Solanaceae家族的不同演变。它的GC含量最高，WCNB1的GC含量最高，WCNB2的GC含量为66.9％。与其他遗传标记相比，最大似然RPOB标记给出了最高的概率值（–889.38），其次是RBCL（–967.83）。研究结论将在药物领域使用，以开发基于DNA的W. cogulans植物的鉴定，以指出植物收集时的掺假。这项工作提供了对基于分子的识别和对W. ogulans的身份验证的见解。
对遗传上不同的恶性疟原虫菌株进行条形码编码，以比较评估其适应性和抗疟药物耐药性
摘要 恶性疟原虫对抗疟药物（包括目前最前沿的抗疟药物青蒿素）的耐药性不断出现，是疟疾控制的一个长期问题。下一代测序大大加速了耐药性相关基因多态性的鉴定，但也凸显了需要更灵敏、更准确的实验室工具来分析现在和未来的抗疟药物，并量化耐药性获得对寄生虫适应度的影响。适应度和药物反应之间的相互作用对于理解为什么特定的遗传背景更能推动自然种群中耐药性的进化至关重要，但寄生虫适应度状况对耐药性流行病学的影响通常很难在实验室中准确量化，因为检测的准确性和通量有限。这里我们提出了一种可扩展的方法来分析基因上不同的恶性疟原虫菌株的适应度和药物反应，这些菌株对几种抗疟药的敏感性有很好的描述。我们利用 CRISPR/Cas9 基因组编辑和条形码测序来追踪整合到非必需基因 (pfrh3) 中的独特条形码。我们在三种具有不同地理来源的菌株的多重竞争性生长测定中验证了这种方法。此外，我们证明这种方法可以成为一种追踪青蒿素反应的有力方法，因为它可以在多种寄生虫系混合物中识别出青蒿素抗性菌株，这表明了一种在条形码寄生虫系文库中扩展费力的环状阶段存活率测定的方法。总的来说，我们提出了一种新颖的高通量方法，用于多重竞争性生长测定来评估寄生虫的适应度和药物反应。
印度尼西亚林博托湖芒格拜鱼 (Glossogobius aureus) 的 DNA 条形码、系统发育树和遗传距离
摘要 .芒格拜鱼（Glossogobius aureus）是林博托湖的一种具有经济价值的本地鱼类。随着湖泊生态系统的破坏，当地鱼类面临的压力也越来越大。芒格拜鱼种群的减少说明了这一点。总体而言，当地社区将芒格拜鱼视为特有鱼类。芒格拜鱼的保护工作需要从 DNA 角度进行分析。本研究旨在探索芒格拜鱼物种的身份，分析遗传距离并构建系统发育树。从林博托湖采集鱼样并运送到哥伦打洛州立大学渔业与海洋科学学院的实验室进行形态学和计数分析。对组织取样用 PCR 进行 DNA 条形码分析。DNA 测序基于 PCR。分析表明，从林博托湖采集的所有芒格拜鱼样本都属于同一个物种，即 G. aureus。 DNA 条形码结果得到了与参考序列 99-100% 的相似性测试、单个 manggabai 样本的系统发育树序列以及显示亲缘关系的单个参考鱼序列的支持。关键词：DNA 条形码、鱼类物种身份、林博托湖、相似性指数。简介。林博托湖是位于印度尼西亚哥伦打洛省的生态系统资源，覆盖哥伦打洛县和哥伦打洛市地区。从地理上看，林博托湖位于低地，周围环绕着石灰岩山丘，有 23 条支流作为入口，1 条支流作为出口。林博托湖对该地区至关重要，因为它具有多种生态、社会和经济功能。因此，政府已将林博托湖列为国家战略区。
利用 DNA 纳米结构对生化反应进行空间条形码编码，揭示了邻近标记中的主要接触机制
TurboID 和 APEX2 等邻近标记技术已成为研究蛋白质相互作用的空间组学研究的关键工具。然而，这些反应性物种介导的标记背后的生化机制，尤其是亚微米范围内标记方法的空间模式，仍然知之甚少。在这里，我们利用 DNA 纳米结构平台通过体外测定精确测量 TurboID 和 APEX2 的标记半径。我们的 DNA 纳米标尺设计能够在酶附近以纳米精度部署寡核苷酸条形码标记靶标。通过使用定量 PCR 量化标记产量并将其与目标距离进行映射，我们发现了标记机制的惊人见解。与流行的扩散标记模型相反，我们的结果表明 TurboID 主要通过接触依赖性标记进行操作。同样，APEX2 在其直接接触范围内显示出高标记效率。同时，它对更远的酚表现出低水平的扩散标记。这些发现重新定义了我们对邻近标记酶机制的理解，同时突出了 DNA 纳米技术在空间分析反应物种方面的潜力。
使用DNA条形码和Justicia Beddomei（C。B. Clarke）Bennet的分子鉴定和药物认知评估
Justicia Beddomei（C.B.clarke）Bennet已在传统的医疗系统中使用了多年。这项研究旨在促进J. Beddomei的识别（C.B.clarke）使用TRNH - PSBA DNA条形码区域，NCBI数据库以及植物部分的药物认知特征。基因组DNA，并进行了聚合酶链反应放大，并进行了DNA序列测定。使用相似性基本搜索方法BLASTN分析重叠群DNA序列319 bp。TRNH - 319 bp重叠群序列的PSBA条形码区域与J. Beddomei的标准序列100％相似，登录号MK347214.1来自NCBI数据库。 植物不同部分的微观研究有助于J. Beddomei与其形态相似和令人困惑的植物Justicia adhatoda L. justicia Beddomei的识别和分化，可以通过花和花序排列轻松识别。 其他鉴定特征是叶片的叶肉区域中存在囊状，以及粉末显微镜分析中有色含量和晶体的存在。 目前对J. Beddomei茎，叶和花的详细微观研究的结果在鉴定粉末状样品及其掺假剂方面具有很大价值。MK347214.1来自NCBI数据库。植物不同部分的微观研究有助于J. Beddomei与其形态相似和令人困惑的植物Justicia adhatoda L. justicia Beddomei的识别和分化，可以通过花和花序排列轻松识别。其他鉴定特征是叶片的叶肉区域中存在囊状，以及粉末显微镜分析中有色含量和晶体的存在。目前对J. Beddomei茎，叶和花的详细微观研究的结果在鉴定粉末状样品及其掺假剂方面具有很大价值。