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东非医学杂志卷。 100 2023年1月1日使用ITS2和RBCL标记的DNA条形码识别Kathryn Wanj
东非医学杂志卷。100号2023年1月1日，使用ITS2和RBCL标记物用于茄科种类识别的DNA条形码kathryn Wanjiku Nderitu，Nairobi大学科学与技术学院生物化学系，P。O.box 30197-00100肯尼亚，精灵阿格尔，科学技术学院，内罗毕大学科学技术学院，P。O。box 30197- 00100，肯尼亚，以西结·梅查（Ezekiel Mecha），内罗毕大学科学技术学院生物化学系框30197- 00100肯尼亚，阿顿nyachieo，灵长类动物研究所，Karen -Nairobi，P。O.框24481- 00502，肯尼亚。通讯作者：内罗毕大学生物化学系Kathryn Wanjiku Nderitu，P。O.框30197 -00100，肯尼亚内罗毕。电子邮件：knderitu276@gmail.com
PipSeq™V T10 3ʹ单细胞RNA试剂盒
1。简介4 1.1。协议正时4 1.2。PipSeq平台概述5 1.2.1。pipseq v t10 3ʹ捕获和条形码套件5 1.2.2。PIPSEQ V通用入门设备套件6 1.2.3。pipseq v t10 3ʹ捕获和条形码消耗品套件6 1.2.4。PIPSEQ V T10 3 capture＆Barcoding环境套件7 1.2.5。pipseq v t10 3ʹ捕获和条形码-20℃套件7 1.2.6。PIPSEQ V T10 3 capture＆Barcoding -80℃套件7 1.2.7。PIPSEQ V库准备套件8 1.2.8。PIPSEQ V库准备环境套件8 1.2.9。pipseq v库准备-20℃套件8 1.3。第三方试剂，设备和消耗量要求8 1.3.1所需的第三方试剂8 1.3.2所需的第三方消耗量9 1.3.3。所需的第三方设备10 1.3.4。PIPSEQ兼容替代RNase抑制剂10 1.4协议注释指南11 2。最佳实践11 2.1。使用RNA 11 2.2。使用PCR产品12 2.3。离心步骤12 2.4。热环状盖压力13 2.5。单元格载13 3.Pipseq设备准备13 3.1。PipSeq Vortexer操作13 3.2。Pipseq干浴操作14 3.2.1。Pipseq Dry Bath 14 3.2.2。Pipseq干浴盖设置和控制14 3.2.3。Pipseq Dry Bath Control 15 3.2.4。pipseq干浴协议16 4。样品制备17 4.1。细胞制备17 4.1.1与固定细胞一起工作19 4.2。核制剂20 4.2.1。核分离20 4.2.2。使用固定核21 4.2.3。核悬浮缓冲液制备21 5。PIPSEQ V T10协议22 5.1。捕获和裂解22
使用DNA条形码的水生生物研究
自成立以来，它是一种雄心勃勃的全球生物识别系统[1]，DNA条形码（使用标准化的基因片段作为物种识别的内部标签）已将自己确立为生物多样性科学中的重要方法，并发表了12,000多篇论文（Web of Science搜索“ DNA” DNA“ DNA”和“ Barodod*6月2021年）。Hebert和合作者的最初建议推荐了动物的线粒体细胞色素C氧化酶I（COI）标记。然而，对于植物和真菌，已经提出了其他更有效的标记物，例如Maturasek（MATK）和核糖二磷酸羧化酶大亚基（RBCL）胆固醇成形剂标记物用于流量的植物[2] [2]。已建议使用几种标记为硅藻的DNA条形码，例如，从5.8S + ITS-2 [3]到RBCL [4]，但对这些分类单元的研究受到限制。对于真菌，它已被广泛接受[5]；但是，它的实施也有几个问题，特别是在某些水生物种中[6]，尽管它很重要，但我们发现了六篇DNA条形码水生真菌的论文。DNA条形码已被反复证明是一种生物多样性测量方法的方法，显示了与传统分类法的高度率，例如，薄荷和鸟类和鸟类[7-10] [7-10]，而其作为生物差异科学的预测工具的能力也很快就变得显而易见，刺激了新的框架框架。在这里，已经观察到了一些引人注目的多样性示例[14，15]，并且在众多水生生态系统中已经描述了类似的趋势。目前，DNA条形码可以加速生物多样性库存，并帮助许多国家 /地区的分类学家数量减少。很早就确认了数据共享和协作研究潜力的重要性，从而创建了生命数据系统的条形码（BOLD）[16]。序列数据可以与详细的标本元数据和照片相关联，支持痕量文件，最重要的是博物馆收藏中的保证标本[16]。
手 - 培训计划提议由Mpeda-rgca进行
DNA序列分析（演示）。技术 - 电图，DNA序列编辑，反向补充，多个序列比对，FastA格式，NCBI中的BLAST搜索，DNA条形码和系统发育树的结构。
羊栖菜属植物的抗氧化和抗菌潜力...
马尾藻是印度尼西亚古农基杜尔海岸最丰富、种类最多的大型藻类。尽管马尾藻具有抗氧化和抗菌特性，但在古农基杜尔，它作为化妆品成分的使用却有限。本研究旨在基于 DNA 条形码鉴别马尾藻并探索其抗氧化和抗菌特性。从古农基杜尔海岸收集了三种马尾藻，并通过针对核糖体内转录间隔区 2 (ITS2) 序列的 DNA 条形码进行鉴别。采用正庚烷/乙酸乙酯/乙腈/丁烷-1-醇/水溶剂的三相法进行提取。通过测试提取物对四种细菌的最低抑菌浓度 (MIC) 和其 IC 50 容量来评估提取物的生物活性。DNA 条形码鉴别出了三个确认的物种：S. oligocystum，与 S. aquifolium 密切相关；S. ilicifolium，与 S. yinggehaiense 密切相关；和 S. aquifolium ，与 S. oligocystum 和 S. megalocystum 密切相关。三相提取物的三个阶段分为：1（顶部）、2（中间）和 3（底部）。对四种微生物的 MIC 测试显示活性范围从无抑制到最小活性。使用 IC 50 对 S. ilicifolium 和 S. aquifolium 提取物进行抗氧化能力检查，得到的值范围从强到非常强。这些发现得到了 LC-MS 去重复的进一步支持，揭示了 sargachromanols A 和 Cystodione I 分子的存在。
引言 章鱼的分子鉴定...
蓝蛸是一种重要的全球渔业商品，栖息于印度-西太平洋地区的大片潮间带珊瑚礁中。它在渔业中发挥着重要作用，由于其营养含量高而被列为具有经济价值的物种。了解物种多样性对于管理章鱼资源至关重要，需要制定有效的渔业管理规划策略，特别是对于章鱼渔业。在本研究中，作为 DNA 条形码框架一部分使用的物种识别标准是细胞色素 c 氧化酶亚基 I (COI) 基因。该研究旨在根据对阿拉斯海峡 COI 线粒体 DNA 的系统发育分析来确定章鱼物种。章鱼采样于 2023 年 7 月进行，使用一根 10 米长、3 米高的章鱼钓竿，称为章鱼 pocong。样本采集自阿拉斯海峡的六个地点：Pringgabaya、Labuhan Haji、Tanjung Luar、Poto Tano、Labuhan Lalar 和 Benete。用无菌刀切开约 5 厘米的触手采集触手样本，然后放入 96% 乙醇中并贴上标签。这项研究确定了两种章鱼：Octopus laqueus 和 Octopus cyanea。在六个采集地点中，Octopus cyanea 是优势物种。使用引物 LCO1490/HCO2198 的 BLAST 条形码结果证明了它们适用于本研究中的章鱼识别。总体而言，这项研究强调了使用 COI 序列进行物种识别的可行性，为未来章鱼 DNA 条形码提供了初始数据集，尤其是在阿拉斯海峡的水域。
BBSRC研究经验安排夏季2024
Martin Baron - Live imaging of Notch signal responses to gain of function Notch mutants in Drosophila Matthew Birket - Investigating how the transcription factor HAND1 regulates human heart development Henry Birt - Use of molecular barcoding for identification of plant species Rok Krasovec - Mutagenesis and DNA repair in microbial communities Mato Lagator - Using molecular and synthetic研究细菌进化的生物学JianLu-脂质膜模型的制造RasmusPetersen-使用人工智能对动物行为进行研究HollyShiels- 2个可食用双壳类的太平洋牡蛎和蓝色的蓝色小贻贝的微塑料含量细胞色素P450酶的生物碱DongdaZhang-开发一种新型的数字双胞胎，用于可持续发酵过程预测建模
通过体外转录实现 DNA 条形码的原位读取和单碱基编辑
唯一识别单个细胞的分子条形码技术受到条形码测量限制的阻碍。通过测序读取不会保留组织中细胞的空间组织，而成像方法保留了空间结构，但对条形码序列不太敏感。在这里，我们介绍了一种基于图像读取短（20bp）DNA条形码的系统。在这个称为Zombie的系统中，噬菌体RNA聚合酶在固定细胞中转录工程条形码。随后通过荧光原位杂交检测所得RNA。使用竞争匹配和错配探针，Zombie可以准确区分条形码中的单核苷酸差异。该方法允许原位读取密集的组合条形码库和由CRISPR碱基编辑器产生的单碱基突变，而无需在活细胞中表达条形码。Zombie可在多种环境中发挥作用，包括细胞培养、鸡胚和成年小鼠脑组织。通过成像灵敏地读取紧凑和多样化的DNA条形码的能力将促进广泛的条形码和基因组记录策略。