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高效的敲入方法能够实现谱系追踪...
在这里，我们设计了一种无需克隆的 39 敲入策略，用于斑马鱼，使用 PCR 扩增的 dsDNA 供体，避免破坏目标基因。dsDNA 供体携带编码荧光蛋白和 Cre 重组酶的遗传盒，与内源基因同框，但被可自裂解的肽与其隔开。具有 59 AmC6 末端保护的引物产生了具有更高整合效率的 PCR 扩增子，这些扩增子与预组装的 Cas9/gRNA 核糖核蛋白复合物共注射以进行早期整合。我们针对四个基因位点（krt92、nkx6.1、krt4 和 id2a）并生成了 10 个敲入系，它们可作为内源基因表达的报告基因。敲入 iCre 或 CreERT2 的细胞系用于谱系追踪，结果表明 nkx6.1 + 细胞是多能性胰腺祖细胞，逐渐局限于双能性导管，而 id2a + 细胞在肝脏和胰腺中都是多能性细胞，逐渐局限于导管细胞。此外，肝脏 id2a +
hmces -dna- ...
保守的蛋白质HMCE交联至ssDNA中的abasic（AP）位点，以防止链分裂和复制过程中有毒dsDNA断裂的形成。在这里，我们报告了HMCES-DNA-蛋白交联（DPC）的非蛋白水解释放机制，该机制受DNA环境调节。在ssDNA和ssDNA-DSDNA连接处，HMCES-DPC稳定，可以有效保护AP位点免受自发切口或APE 1 endonucle-ase的裂解。相比之下，HMCES-DPC在DSDNA中释放，允许APE 1启动下游修复。从机械上讲，我们表明释放受两个组件的控制。首先，在HMCE的活性部位内，保守的谷物残留物催化了交叉链接的逆转。第二，与基础DNA结构的亲和力确定了HMCES是重新连接的或解离的。我们的研究表明，HMCES-DPC的保护作用涉及通过复制叉绕过途径释放的控制作用，这将DPC的形成限制为必要的最小值。
合成 CRISPR/Cas9 试剂促进基因组编辑...
CRISPR/Cas9 已成为斑马鱼基因组编辑的有力工具，它允许使用 DNA 模板和同源定向修复 (HDR) 快速产生功能丧失突变和特定等位基因的敲入。我们检查了合成的、化学修饰的 gRNA 的效率，并证明与重组 Cas9 蛋白结合可诱导插入缺失和大型基因组缺失。我们开发了一种体内遗传检测方法来测量 HDR 效率，并利用该检测方法来测试改变模板设计对 HDR 的影响。利用合成的 gRNA 和线性 dsDNA 模板，我们成功地在多个基因组位点进行了荧光团的敲入，并证明了以高效率通过种系传递。我们证明合成的 HDR 模板可用于敲入细菌硝基还原酶 (ntr)，以促进特定细胞类型的谱系消融。总的来说，我们的数据证明了结合合成 gRNA 和 dsDNA 模板在体内进行同源定向修复和基因组编辑的实用性。
Combi‐CRISPR：NHEJ 和 HDR 的结合提供了……
摘要 CRISPR-Cas9 广泛用于小鼠和大鼠的基因靶向。非同源末端连接 (NHEJ) 修复途径在受精卵中占主导地位，可有效诱导插入或缺失 (indel) 突变，从而在靶位点敲除基因，而通过同源定向修复 (HDR) 的基因敲入 (KI) 则难以产生。在本研究中，我们使用双链 DNA (dsDNA) 供体模板与 Cas9 和两个单向导 RNA，一个用于切割目标基因组序列，另一个用于切割 dsDNA 质粒的侧翼基因组区域和一个同源臂，在 G0 幼崽中产生 20-33% 的 KI 效率。 G0 KI 小鼠在一个靶位点携带 NHEJ 依赖的插入/缺失突变，该突变设计在内含子区域，而在另一个外显子位点携带 HDR 依赖的各种供体盒（例如 EGFP 、mCherry 、Cre 和感兴趣的基因）的精确 KI，这些供体盒的长度从 1 到 5 kbp 不等。这些发现表明，这种由 CRISPR-Cas9 系统介导的 NHEJ 和 HDR 组合方法有助于在小鼠和大鼠中高效、精确地 KI 质粒 DNA 盒。
Lab-7-Nupack-Simulation-for-DNA杂交。 ...
•熔化温度（TM）：DNA的熔化温度是指样品中50％DNA的温度已从双链DNA（DSDNA）变性为单链DNA（SSDNA）。对DNA样品熔融曲线的敏感测量可用于检测两个DNA样品之间的单核苷酸差异。
FANCD2 在丝状阵列中的 DNA 上
摘要 FANCI:FANCD2 单泛素化是范可尼贫血 (FA) DNA 修复途径稳定复制叉的关键事件。有人提出，在停滞的复制叉中，单泛素化的 FANCD2 可募集含有泛素结合基序的 DNA 修复蛋白。在这里，我们在体外重建了 FA 途径，以研究 FANCI:FANCD2 单泛素化的功能后果。我们报告称，单泛素化不会促进任何特定的外源蛋白质：蛋白质相互作用，而是稳定 dsDNA 上的 FANCI:FANCD2 异二聚体。这种夹紧只需要 FANCD2 亚基的单泛素化。我们进一步使用电子显微镜显示纯化的单泛素化 FANCI:FANCD2 在长 dsDNA 上形成丝状阵列。我们的研究结果揭示了单泛素化的 FANCI:FANCD2（在许多癌症类型和所有 FA 病例中存在缺陷）如何在 DNA 结合时被激活。
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主要特点： - 3 秒内完成 DNA、RNA 和蛋白质的定量分析 - 最宽的动态范围和最低的检测限（0.75 – 37500 ng/µL dsDNA） - 无需日常维护或重新校准 - 使用 0.5 – 1.0 µL 样品进行全光谱紫外可见光分析 - 可选择将仪器与比色皿分光光度计、荧光计或两种溶液集成在一起
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用途：EpiNext™ DNA 文库制备试剂盒 (Illumina) 适用于使用 Illumina 测序仪为下一代测序应用制备 DNA 文库，包括基因组 DNA 测序、ChIP 测序、MeDIP/hMeDIP 测序、亚硫酸盐测序和靶向重测序。该试剂盒的优化方案和组件允许快速构建非条形码 (单重) 和条形码 (多重) DNA 文库，并减少偏差。起始材料和输入量：起始材料可以包括从各种组织或细胞样本中分离的碎片 dsDNA、从 ChIP 反应、MeDIP/hMeDIP 反应或外显子捕获中富集的 dsDNA。DNA 应相对不含 RNA，因为大量的 RNA 会损害末端修复和 dA 尾部，从而降低连接能力。DNA 的输入量可以是 5 ng 到 1 ug。为了获得最佳制备效果，输入量应为 100 ng 到 200 ng。对于无扩增，需要 500 ng 或更多。注意事项：为避免交叉污染，请小心地将样品或溶液移入试管/小瓶中。使用气溶胶屏障移液器吸头，并在液体转移之间始终更换移液器吸头。整个过程中都要戴手套。如果手套和样品接触，请立即更换手套。
合成 DNA 与生物安全：预测致病性的细微差别以及筛选寡核苷酸的新计算方法的动力
DNA 合成技术推动了合成生物学领域的快速发展，该领域涉及新型生物成分的设计和制造。DNA 合成技术的巨大前景是毋庸置疑的，但它被故意或意外滥用的可能性也不容忽视。为了生物安全，美国卫生与公众服务部 (HHS) 于 2010 年发布了《合成双链 DNA 供应商筛查框架指南》，呼吁双链 DNA (dsDNA) 商业供应商自愿筛查所有订单。最值得注意的是，一组名为国际基因合成联盟 (IGSC) 的 dsDNA 合成公司已根据 HHS 指南实施了协调筛查协议 (HSP)。虽然 IGSC 所有成员并未使用单一的 DNA 筛查算法，但 DNA 筛查软件通常遵循 HSP 指南，将查询序列与相对较短的生物毒素列表进行比对，并选择药剂基因组、基因或蛋白质。我们在此描述了当前筛选过程中涉及的挑战、改进的想法，以及说明为什么克服当前的进步障碍如此关键的示例。
DNA聚合酶多样性揭示了线虫进化过程中波林顿的多次入侵
polintons/mavericks（以下称为polintons）被发现为双链DNA（dsDNA）转座子，它们编码B家族（PPOLB）（PPOLB）的自发性，蛋白质培养的DNA 2聚合酶（PPOLB）和逆转录病毒 - 元素（Int-Element-entempose（Int）（int-like Light）（polints）（polintons）（polintons）（polintons）（polintons）（horce）（horce）3个名称。到目前为止，主要在硅硅中鉴定和表征，Polinton是跨单细胞和多细胞真核生物广泛发现的4个较大的已知DNA转座子之一，范围从13-25千个酶对（KBP），具有100-1500碱基对（BP）碱基对（BP）终端倒流6（TIR）和5-8 bp tarts 1（tir）和5-8 bp dup dup dup dup dup dup dup duplic（tir）。除了PPOLB和INT外，Polintons 7通常还编码编码与病毒型形态发生的DsDNA病毒蛋白8的核心基因组合，例如腺病毒样成熟蛋白酶（Pro），基因组9包装ATPase，以及MAGID CAPSID蛋白，以及MCSID蛋白（MCPS和MCPS和MCPS）5-11。10 polinton通常占据其宿主基因组的一部分；然而，有基因组11的发生率要高得多，例如挖掘的阴道滴虫，波林顿12膨胀到占基因组3,12-18的30％以上。13