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辐射，DNA损伤和RPA1中度过表达的细胞中的DNA修复
分子对遗传毒性应激的反应，例如电离辐射，复杂复杂，涉及数百个基因。靶向内源基因是否可以增强对电离辐射的阻力仍有待探索。在本研究中，我们利用CRISPR/DCAS9技术的优势中度过表达RPA1基因，该基因编码了复制蛋白A（RPA）的关键功能亚基。RPA是一种高度保守的异三个单链DNA结合蛋白复合物，参与了DNA复制，重组和修复。RPA1的功能障碍对细胞和生物有害，并且可能导致对许多应激因素的抗药性降低。我们证明，过表达RPA1的HEK293T细胞通过伽马辐射对细胞杀死的抗性增强。使用碱彗星测定法，我们显示出在RPA1过表达细胞中γ辐照后，DNA断裂的显着加速。然而，在RPA1过表达的情况下，DNA损伤的自发速率也更高，这表明由于RPA蛋白的活性升高而导致复制误差的处理改变。此外，对具有不同水平DNA损伤的细胞分布的分析显示了RPA1过表达与DNA修复动力学之间的联系，在差异损坏的细胞亚群中。我们的结果提供了有关DNA损伤应力反应的知识知识，并表明通过靶向改变单个基因表达来增强放射线的概念是可行的，但是应考虑和评估不希望的后果。
用于条件控制顶复门寄生虫基因表达的工具箱
本文已接受出版并经过完整的同行评审，但尚未经过文字编辑、排版、分页和校对过程，这可能会导致此版本与记录版本之间存在差异。请引用本文 doi: 10.1111/MMI.14821
改善MSC的治疗特征：细胞因子...
结果：我们的结果揭示了包括miRNA，PIRNA和TRNA在内的组中331个已知和441个新型SRNA的显着差异表达。值得注意的是，鉴定出SRNA表达模式的不同簇，特异性miRNA在HTLV-1和HTLV-2感染中显示出明显的上调或下调。基因本体分析表明，靶基因在转录调控和RNA结合过程中的显着参与，而KEGG途径分析突出了与癌症相关途径的富集以及Foxo，Ras和Mapk等信号级联的富集。网络分析确定关键miRNA，例如HSA-MIR-20B-5P和HSA-LET-7E-5P，是具有广泛相互作用的中央调节剂，这表明它们在HTLV感染的发病机理和免疫反应中的潜在作用。
关于研究主题的社论，基因表达，调节和表型差异的繁殖趋势：畜牧科学：全面的Rev
对有效动物的繁殖一直是生产者的主要重点，不仅旨在提高利用能力，而且旨在满足对可持续性的社会需求。在过去的几十年中，下一代测序的进步彻底改变了我们对与动物健康和生产有关的调节机制的理解。这些进步，再加上新的分析方法，有助于弥合基因组到球的间隙，从而对选择性育种产生积极影响（Clark等，2020）。此外，通过CRISPR-CAS9系统进行的基因组编辑是一个范式转移，为引入遗传变异的新机会具有最大化动物生产的潜力（Banerjee和Diniz，2024； Mueller和Van Eenennaam，2022年）。在当前的研究主题（RT）中，我们收集了专家的评论，案例报告和原始研究文章，强调了高通量技术的进步及其在牲畜科学上的应用。我们的目标是概述最近的基因组技术，并增强我们对基因调节，表观遗传学，基因组结构及其串扰的理解，并具有与动物生产，营养，生殖，健康和环境适应的基础表型变化的串扰。此RT包括五个科学文章，涵盖了从基因组到表观基因组的研究主题，包括各种物种中的营养素和代谢组学。Chen等人的文章。提供了研究基因组结构变体（SV）的技术，方法和应用的全面概述。作者他们讨论了SV形成的机制，并提出了检测结构变体的方法的演变。此外，他们回顾了跨多种物种（牛，水牛，马，绵羊和山羊）的研究，以阐明表型性状和与SV相关的自适应遗传机制的差异的遗传基础。
使用 transformers 根据 DNA 序列和转录后信息预测基因表达水平
背景与目标：近年来，由于基因表达水平的潜在临床应用，预测基因表达水平至关重要。在此背景下，Xpresso 和其他基于卷积神经网络和 Transformer 的方法首次被提出用于此目的。然而，所有这些方法都使用标准的独热编码算法嵌入数据，从而产生非常稀疏的矩阵。此外，该模型没有考虑基因表达过程中最重要的转录后调控过程。方法：本文提出了 Transformer DeepLncLoc，一种通过处理基因启动子序列来预测 mRNA 丰度（即基因表达水平）的新方法，将该问题作为回归任务进行管理。该模型利用基于 Transformer 的架构，引入 DeepLncLoc 方法执行数据嵌入。由于 DeepLncloc 基于 word2vec 算法，因此它避免了稀疏矩阵问题。结果：该模型包含了与 mRNA 稳定性和转录因子相关的转录后信息，与最先进的方法相比，其性能显著提高。Transformer DeepLncLoc 的 R 2 评估指标达到 0.76，而 Xpresso 的 R 2 评估指标为 0.74。结论：Transformer 方法中的多头注意力机制适用于对 DNA 位置之间的相互作用进行建模，从而克服了循环模型。最后，在管道中整合转录因子数据可显著提高预测能力。
microRNA表达与DNA甲基化之间的串扰驱动乳腺癌的激素依赖性表型
背景：观察到异常的DNA甲基化是乳腺癌发生的早期事件。但是，这种变化是如何出现的。microRNA（miRNA）在转录后水平调节基因表达，并在各种生物过程中起关键作用。在这里，我们整合了miRNA表达和CpGS的DNA甲基化，以研究miRNA如何影响乳腺癌甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基，以及DNA甲基化如何调节miRNA表达。方法：来自两个乳腺癌队列的miRNA表达和DNA甲基化数据（n = 297）和癌症基因组地图集（n = 439），通过一种相关方法整合，我们将miRNA-甲基化定量定量性状特征基因座（MIMQTL）分析。层次聚类用于鉴定miRNA和CPG的簇，这些聚类通过分析mRNA/蛋白质表达，临床病理学特征，在硅氧化液反应，染色质状态和可及性，转录因子结合和长期相互作用数据中进一步表征。
EU4Health公民社会联盟对公民限制表示关注
作为EU4Health公民社会联盟的代表，在欧洲收集了30多个健康民间社会组织（CSO），我们希望表达我们对CSO的限制的担忧，即CSO的关注环境和气候行动，并从欧盟生命计划下受益于赠款。根据2024年底传达的新准则，不再可用于制定和实施针对欧盟决策者的政策和倡导活动的生活资金。该计划为公民社会提供1550万欧元的赠款，但总预算为54亿欧元，包括2021年至2027年的自然保护项目。这样的发展可能会大大限制CSO在欧盟中的活动，并在其他政策领域的风险中产生高度关注的先例。
虚拟代理面部表达生成的扩散模型在动机访谈中
动机访谈（MI）是一种以客户为中心的咨询方式，可以解决（客户）用户的行为改变动机。在本文中，我们提出了一种针对社会互动剂（SIA）的行为产生模型，并将其应用于（MI）中的虚拟治疗师的SIA。mi为治疗师和客户定义了不同类型的对话行为。已经表明，治疗师通过调整口头和非语言行为来与客户建立融洽的关系。基于对人类MI数据集（Annomi）的分析，我们发现了治疗师和客户的面部表情与对话行为之间的共发生。此外，治疗师将其行为适应客户的行为，以偏爱融洽的关系。我们的行为产生模型嵌入了这些共发生以及这种行为适应。为此，我们建立了一个基于在Annomi语料库训练的条件扩散方法的观察框架。我们的模型学会生成以MI对话行为和客户的非语言行为为条件的虚拟Thera-pist的面部表情。我们旨在通过使用用户的行为来使SIA在类似治疗的互动中更有效（即对话行为和用户和代理的非语言行为）以推动SIA行为。
间充质干细胞线粒体向CD4+ T细胞的转移有助于通过下调T-bet表达
©作者2023。Open Access本文是根据Creative Commons Attribution 4.0 International许可获得许可的，该许可允许以任何媒介或格式使用，共享，适应，分发和复制，只要您对原始作者和来源提供适当的信誉，请提供与创意共享许可证的链接，并指出是否进行了更改。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创意共享许可中，除非在信用额度中另有说明。如果本文的创意共享许可中未包含材料，并且您的预期用途不受法定法规的允许或超过允许的用途，则您需要直接从版权所有者那里获得许可。要查看此许可证的副本，请访问http：//创建ivecommons。org/licen ses/by/4。0/。Creative Commons公共领域奉献豁免（http：//创建ivecommons。Org/publi cdoma in/Zero/1。0/1。0/）适用于本文中提供的数据，除非在数据信用额度中另有说明。