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映射定量性状基因座
摘要现在可以使用完整的遗传连锁图来定位染色体区域上的主要定量性状基因座（QTL）。QTL映射的当前方法（例如，一次使用一对或两对侧翼标记时进行映射的间隔映射）可能会受到其他链接的QTL对染色体的影响，因为遗传背景不受控制。结果，QTL的映射可能是偏差的，并且映射的分辨率不是很高。理想情况下，当我们测试QTL标记间隔时，我们希望我们的测试统计量独立于染色体其他区域可能的QTL的影响，以便可以将QTL的效果分开。可以通过使用一对标记来定位测试位置，同时使用其他标记来通过多个回归分析来控制遗传背景。理论是在本文中开发的，旨在通过多元回归分析探讨条件测试的概念。研究了有关QTL图的多种回归分析的各种概述。理论分析表明，构建用于映射QTL的测试程序是有利的，并且这种测试可能会大大提高QTL映射的精度。
AAVS1 和 ROSA26 位点的 CRISPR 转基因敲入
pCas-Guide-scramble（SKU GE100003） AAVS1 供体载体（SKU GE100024、GE100035、GE100046、GE100048） 预先设计的 AAVS1 供体对照，具有不同的转基因和耐药标记组合（SKU GE100037、GE100039、GE100026、GE100063、GE100064、GE100065、GE100066、GE100068、GE100069、GE100070、GE100071、GE100072、GE100073） AAVS1 转基因敲入载体试剂盒（puro）（SKU GE100027） AAVS1 转基因敲入载体试剂盒（BSD）（SKU GE100036） AAVS1 转基因敲入载体试剂盒（EF1a-puro）（SKU GE100046） AAVS1 转基因敲入载体试剂盒（EF1a-BSD）（SKU GE100048） AAVS1 Cas9 插入载体试剂盒，Puro（SKU GE100038）和 BSD（SKU GE100040）
Milena Obolenska遗传多样性在...
The study of the Acteraceae species trotzkiana Claus is presented based on gene and tree– reconstructions from the chloroplast DNA (cpDNA) with the chloroplast marker oligonucleotide PCR based primers [ trnH-psbA , rpl32-trnL , rps16 intron , trnG intron ] was used to infer the phylogeny.这项工作的目的是研究卡萨克斯坦阿克托贝地区的三个人群（Akshatau，bestau，ishkaragantau）的cpDNA基因座的遗传多样性。实现了以下步骤以实现此目标：DNA提取，PCR测试，然后是凝胶电泳。使用Mega 11软件中应用的核苷酸序列进行了驱动序列的比对。使用NCBI GenBank的数据进行了最大– Likelihood Bootstrap系统发育分析。由于改善了分子标记技术的使用和简单方案DNA测序，基因组分析和系统发育分析变得可有利。
物理学的定量性状基因座和候选基因...
遗传改进计划需要简单，快速和低成本的工具来筛选大量人群。近红外的反射光谱（NIR）已被证明是一种可靠的技术，可以预测D. alata山药物种中主要的块茎成分。9,10然而，由于光谱是由我们的样品而不是从原始样本产生的，因此该协议需要长时间的样本处理时间，并且仍然很难适用于大量基因型。标记辅助选择可能是促进育种工作的高通量方法。的确，随着新一代测序技术的发展，搜索与互动特征相关的基因组区域变得更加容易。已经对山药进行了一些研究，以阐明块茎质量相关特征的遗传决定论。通过在两个双阶层种群上使用定量性状基因座（QTL）映射方法，已经确定了与重要形态和农艺块茎质量性状相关的几个基因组区域。11在包括八种不同的二若氏种类（包括八种不同的二维体物种）上估算了DMC的遗传力。12在D. alata中进行了全基因组关联研究，可以鉴定与与DMC相关的一些单核苷酸多态性（SNP）标记。13
小麦抗锈病基因座全基因组图谱
摘要 锈病，包括叶锈病、条锈病/黄锈病和秆锈病，严重影响小麦 (Triticum aestivum L.) 的产量，每年造成巨大的经济损失。培育和推广具有遗传抗性的品种是控制这些疾病最有效和可持续的方法。小麦育种者用于选择抗锈病的遗传工具包已迅速扩展，利用最新的基因组学、作图和克隆策略鉴定了大量基因位点。本综述的目的是建立一个小麦基因组图谱，全面总结已报道的与抗锈病相关的基因位点。我们的图谱总结了过去二十年 170 篇出版物中针对三种锈病绘制的数量性状基因位点 (QTL) 和特征基因。根据最新的小麦参考基因组 (IWGSC RefSeq v2.1)，总共有 920 个 QTL 或抗性基因被定位在小麦的 21 条染色体上。有趣的是，26 个基因组区域包含多个锈病基因座，表明它们可能对两种或多种锈病具有多效性。我们讨论了一系列利用这些丰富的遗传信息来有效利用抗性来源的策略，包括利用基因组信息来堆叠理想的和多个 QTL，以开发具有增强的抗锈病小麦品种。
TN5标记并将寡核酸转移到单链DNA中，以进行链特异性RNA测序
哺乳动物细胞中的遗传筛选通常专注于功能丧失方法。为了评估额外基因拷贝的表型后果，我们使用了辐射杂种（RH）细胞的大量分离分析（BSA）。，我们构建了六个RH细胞池，每个池由约2500个独立克隆组成，并将池放置在带有或没有紫杉醇的培养基中。低通序测序鉴定859个生长基因座，38个紫杉醇基因座，62个相互作用基因座和3个基因座，用于跨基因组的明显限度，用于线粒体丰度。分辨率被测量为约30 kb，接近单基因。差异性特性，反驳了平衡假设。此外，在RH池中，人类丝粒的保留增强表明，这些染色体元素的功能解剖方法是一种新的方法。对RH细胞的合并分析显示出高功率和分辨率，应该是哺乳动物遗传工具包的有用补充。
翻译 GWAS 识别的心律基因座和……
一项全基因组关联研究 (GWAS) 的荟萃分析确定了八个与心率变异性 (HRV) 相关的基因座，但这些基因座中的候选基因仍未得到表征。我们开发了基于图像和 CRISPR/Cas9 的流程，系统地表征活斑马鱼胚胎中 HRV 的候选基因。在转基因表达平滑肌细胞 GFP 的斑马鱼 (Tg[ acta2:GFP ]) 的卵子中同时靶向六个人类候选基因的九个斑马鱼直系同源物，以使跳动的心脏可视化。在受精后 2 天和 5 天，对 381 个活的完整斑马鱼胚胎中的心房跳动进行 30 秒重复记录的自动分析突出显示了影响 HRV 的基因（ hcn4 和 si:dkey-65j6.2 [KIAA1755] ）；心率（ rgs6 和 hcn4 ）；以及窦房停顿和骤停风险（ hcn4 ）。暴露于 10 或 25 µM 伊伐布雷定（HCN 的开放通道阻断剂）24 小时后，在受精后 5 天，剂量依赖性地导致 HRV 升高和心率降低。因此，我们的筛选证实了已确定的心率和节律基因（RGS6 和 HCN4）的作用；表明伊伐布雷定可以降低斑马鱼胚胎的心率并增加 HRV，就像在人类中一样；并突出了一个在 HRV 中发挥作用的新基因（KIAA1755）。
与杂交肉牛受孕率相关的基因座
肉牛无法维持足月妊娠已成为牛肉行业的一个经济问题。畜群管理和营养改善减轻了环境对胚胎和胎儿损失的影响，但通过基因组选择还可以获得额外的收益。本研究的目的是确定杂交肉牛小母牛中与怀孕所需交配次数 (TBRD) 和小母牛首次交配受孕率 (HCR1) 相关的基因座和基因集。来自商业肉牛场的小母牛 (n = 709) 经过一轮人工授精，然后与公牛自然交配 50 天。在繁殖季节后 35 天通过超声波确定怀孕和受孕时间。使用 GeneSeek (Lin-coln, NE) Bovine GGP50K BeadChip 对小母牛进行基因分型，然后使用 EIGENSTRAT 类模型进行全基因组关联分析 (GWAA)，以确定与 TBRD 和 HCR1 相关的基因座 (P < 1 × 10 − 5)。一个基因座与 BTA19 上的 TBRD 相关 (P = 8.97 × 10 − 6)，包括位置候选基因 ASIC2（该基因在生育力分类小母牛的子宫内膜中存在差异表达）和位置候选基因 SPACA3。使用 SNP（GSEA-SNP）数据进行基因集富集分析，并确定了一个基因集，即氧化还原酶活性，作用于配对供体，通过 TBRD 富集（NES = 3.15）分子氧的掺入或还原，并包含九个有助于基因集富集的前沿基因。富集的基因集参与催化氧化还原反应，这与影响妊娠成功的氧化应激源有关。没有与 HCR1 相关的基因座或富集的基因集。识别富集生育力的基因座、位置候选基因、基因集和前沿基因有助于基因组选择，使生产者能够选择繁殖能力优良的牛，降低与不育相关的成本，并增加小牛产量百分比。
大豆抗豆象基因座的全基因组关联图谱
大豆是全球重要的工业、食品和经济作物。尽管大豆在现在和未来的经济中具有重要意义，但其生产却受到破坏性仓储害虫豆象 ( Callosobru- chus chinensis ) 的严重阻碍，造成了相当大的产量损失。因此，鉴定与大豆抗豆象相关的基因组区域和候选基因至关重要，因为它有助于育种者开发具有更高抗性和品质的大豆新品种。在本研究中，使用全基因组关联研究的 mrMLM 模型的 6 种多位点方法来剖析 100 种不同大豆基因型在 4 个性状上的豆象抗性的遗传结构：成年豆象羽化百分比 (PBE)、体重减轻百分比 (PWL)、中位发育期 (MDP) 和 Dobie 易感指数 (DSI)，使用 14,469 个单核苷酸多态性 (SNP) 标记进行基因分型。使用最佳线性无偏预测因子 (BLUP)，通过 mrMLM 模型鉴定了 13 个数量性状核苷酸 (QTN)，其中 rs16_14976250 与 1 个以上的抗豆象性状相关。因此，已鉴定的与抗性状相关的 QTN 可用于标记辅助育种，以准确快速地筛选抗豆象的大豆基因型。此外，对 Phytozome 大豆参考基因组进行的基因搜索鉴定了 27 个潜在候选基因，这些基因位于最可靠 QTN 上游和下游 478.45 kb 的窗口内。这些候选基因表现出与各种大豆抗性机制相关的分子和生物学功能，因此可以纳入农民偏爱的易受豆象侵害的大豆品种中。
表达数量性状基因座分析的简要指南
近几十年来，全基因组关联研究 (GWAS) 通过识别人类群体中存在的因果变异，增进了我们对疾病和复杂性状遗传基础的理解 ( Buniello 等人，2019 年；Visscher 等人，2017 年；Wang 等人，2022 年；)。为了揭示潜在机制并发现潜在的治疗靶点，人们越来越需要解释遗传变异的功能相关性 ( Cano-Gamez 和 Trynka，2020 年)。随着高通量测序技术的快速发展，越来越多的研究采用了综合方法，将遗传信息与各种分子表型相结合，例如基因表达、剪接、蛋白质丰度和染色质修饰/可及性。这些综合策略为分子数量性状基因座 (molQTL) 作图（ Aguet 等，2023）铺平了道路，这是一种强大的统计框架，可以识别与分子表型数量变异相关的基因座，从而深入了解遗传变异的功能后果。