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病毒和流行病的性质：冠状病毒
冠状病毒 (CoV) 是 RNA 病毒中基因组最大的病毒，在细胞质中复制时无需整合基因组即可存储大量信息。病毒的复制是一个连续的过程，而亚基因组 mRNA 的转录是一个不连续的过程，涉及模板转换，这类似于高频重组机制，可能有利于病毒基因组的变异。三种致命的人类冠状病毒 SARS-CoV、MERS-CoV 和 SARS-CoV-2 的起源是人畜共患事件。SARS-CoV-2 在其刺突蛋白中整合了一个呋喃蛋白酶水解位点，这有助于病毒在任何组织中被激活，使这种冠状病毒株具有高度的多变性和致病性。以 MERS-CoV 为模型，通过去除 E 蛋白基因（病毒形态形成所必需的基因，与毒力有关）和附属基因 3、4a、4b 和 5（负责拮抗先天免疫反应）来减毒病毒，从而生成了增殖缺陷型 RNA 复制子：MERS-CoV- Δ [3、4a、4b、5、E]。这种 RNA 复制子被强烈减毒，在用 MERS-CoV 受体转基因小鼠进行一次免疫后即可产生杀菌保护，使其成为该病毒的有希望的疫苗候选物，也是基于载体的疫苗开发的有趣平台。可以制定一种策略来设计针对其他人类致病冠状病毒的 RNA 复制子疫苗。
识别预后生物标志物和药物靶点...
摘要：结直肠癌是常见的消化道恶性肿瘤之一，发病率和死亡率较高。越来越多的证据表明，长链非编码RNA（lncRNA）和蛋白编码RNA通过竞争相同的微小RNA反应元件（MRE）相互作用，在多种肿瘤类型的基因表达调控中发挥重要作用。但lncRNA介导的竞争性内源性RNA网络在结肠癌中的调控机制和预后作用尚不清楚。从The Cancer Genome Atlas数据库下载了471例结肠癌和41例癌旁组织样本的mRNA、lncRNA和miRNA的表达谱，构建了结肠癌的lncRNA‑miRNA‑mRNA ceRNA网络，由17个枢纽lncRNA、87个枢纽miRNA和144个枢纽mRNA组成。分析了网络的拓扑特性，并使用随机游走算法识别与结肠癌显着相关的节点。使用 UALCAN 数据库进行的生存分析表明，17 个 lncRNA 中有 2 个被识别为[转移相关肺腺癌转录本 (MALAT1) 和母体表达基因 3 (MEG3)] 和
Na'，K+ -
摘要我们先前已经描述了在成年爪诺司纳布斯Laevis神经系统中仅表达的几个基因的分离，并在神经诱导后不久在胚胎中激活。这些cDNA的一个24-15的序列将相应的蛋白质识别为（Na'，K+-ATPase的3个亚基[ATP磷酸化水酶（Na+/ K+-transporting）; EC 3.6.1.37]。这种形式与先前所描述的（31个爪蟾亚基）不同，蛋白质序列比较表明它不是哺乳动物的青蛙同源物（82个亚基；因此，我们将24-15蛋白称为（na'，na'，k+-Atpase的33个亚基。抗血清针对（83个亚基融合蛋白检测到成人脑提取物中的蛋白质，其大小和特性是Na'，K+-ATPase（3个亚基。在Xenopus中（31和33个亚基表示为相似水平的母体mRNA；在胚胎发生期间快速积累（33个mRNA在第14阶段开始（早期神经拉拉），快速积累（31个mRNA在阶段开始，在23/24阶段。反义RNA探针与t骨脑切片的原位杂交表明（33个亚基在整个发育中的大脑中表达。我们建议（33是主要的Na'，K+-ATPase（在青蛙早期神经系统发育过程中存在8个亚基。
可编程的哺乳动物翻译调节剂通过CRISPR相关蛋白
摘要合成遗传回路的复杂性依赖于具有高正交性的生物电路的曲目。尽管依赖RNA结合蛋白（RBP）的转录后电路符合曲目的资格，但监管设备的有限库阻碍了网络网络模块化和可扩展性。在这里，我们建议将墨盒（CAS响应转化调节可集成到多样化的基因组工程中）以将CRISPR相关（CAS）蛋白作为转化调节剂重新利用。我们证明了一组CAS蛋白能够抑制（OFF）或激活（ON）5'-UTR中包含CAS结合RNA基序的mRNA翻译。我们设计了81种不同类型的翻译，并在开关上验证了它们的功能特征。其中许多功能充当有效的翻译调节剂，并在哺乳动物细胞中显示正交性。通过互连这些开关，我们设计和构建了人工电路，包括60个翻译和大门。此外，我们表明，可以重新使用各种与CRISPR相关的技术，包括抗Crispr和Split-Cas9平台，以控制翻译。我们的CAS介导的翻译调节与CAS蛋白的转录调节兼容，并增加了元素较少的合成回路的复杂性。弹药筒比以往任何时候都更加构建蛋白质响应的mRNA开关，并导致CAS介导的基因组编辑和翻译调节技术的发展。
疫苗还是基因疗法？安全监管问题
摘要：COVID-19 疫苗是在疫情造成的紧迫性下迅速开发和批准的。疫苗上市时没有具体的法规。因此，监管机构紧急调整了这些法规。现在疫情已经过去，是时候考虑与这种快速批准相关的安全问题了。COVID-19 mRNA 疫苗的作用方式应将其归类为基因治疗产品 (GTP)，但监管机构已将其排除在外。它们作为疫苗进行的一些测试在纯度、质量和批次均匀性方面产生了不合规的结果。由于 mRNA 及其蛋白质产品被归类为疫苗，因此其广泛而持久的生物分布尚未得到充分研究，这引发了安全问题。上市后研究表明，mRNA 会进入母乳，并可能对母乳喂养的婴儿产生不利影响。应根据药物警戒数据库中报告的不良事件研究长期表达、整合到基因组中、传播到生殖系、进入精子、胚胎/胎儿和围产期毒性、遗传毒性和致瘤性。还应评估潜在的水平传播（即脱落）。应进行深入的疫苗警戒。我们预计这些控制措施对于未来在疫情之外开发的 mRNA 疫苗是必需的。
基因组组装和人膜线虫的注释Mermis nigrescens
线虫的遗传研究已由秀丽隐杆线虫作为模型物种主导。缺乏基因组资源使遗传研究扩展到其他线虫群体。在这里，我们报告了Mermithid线虫Mermis Nigrescens的基因组组装草案。Mermithidae是昆虫寄生的线虫，带有宿主，包括各种陆地节肢动物。我们使用纳米长读数和10倍铬链路读取了nigrescens M. nigrescens的整个基因组。组件的尺寸为524 MB，由867个脚手架组成。N50值为2.42 MB，一半的组装中的一半在30个最长的脚手架中。来自真核生物数据库（Eukaryota_odb10）的组装BUSCO分数表明基因组为86.7％，而5.1％的基因组为5.1％。基因组具有高水平的杂合性（6.6％），重复含量为83.98％。mRNA-seq从不同尺寸的NEMA TOD（≤2cm，3.5–7 cm和> 7 cm的身体长度）中读取，代表不同的发育阶段，并用于基因组注释。使用AB的初始和基于证据的基因模型预测，注释了12,313个蛋白质编码基因和24,186个mRNA。这些基因组资源将有助于研究人员调查生物学和宿主 - 寄生虫的各个方面。
Siminar_selmi的Lazardine -MRM
2013年，Selmi博士从Modena和Reggio Emilia大学获得了分子和再生医学博士学位，重点是表征癌细胞系中TIS11蛋白家族在转录后调控的致癌mRNA。 2014年，Selmi博士移居英国剑桥大学，加入Michaela Frye的实验室，并在RNA修改的（重新）新兴领域工作。 在那里，Selmi博士的团队制作了全转录组的单核苷酸分辨率，依赖NSUN6依赖性5-甲基环肽（M5C），并研究了M5C和腺苷脱氨酸对转录倍率失误和密码元对人胚胎干细胞中人类胚胎干细胞中的影响（Selmi，Hussain Nar Nar 202222222222222222222222222222222222222222222222222122221222222222222EMTRICT和CODON deamination; 2019年，Selmi博士加入了Horizon Discovery在英国剑桥的创新团队，参与开发模块化CRISPR基础编辑器进行精确基因组编辑（Collantes JC，The CRISPR Journal 2021）。 2021年初，Selmi博士加入了Consiglio Nazionale Delle Ricerche（CNR）的生物医学技术研究所。 在Selmi实验室中，研究重点介绍了两个主要领域：RNA修饰的研究及其对mRNA翻译的影响以及CRISPR基础编辑者的技术发展。 实验室结合了先进的基因组编辑和测序技术，以探索癌症和干细胞细胞模型中的新调节机制。2013年，Selmi博士从Modena和Reggio Emilia大学获得了分子和再生医学博士学位，重点是表征癌细胞系中TIS11蛋白家族在转录后调控的致癌mRNA。2014年，Selmi博士移居英国剑桥大学，加入Michaela Frye的实验室，并在RNA修改的（重新）新兴领域工作。 在那里，Selmi博士的团队制作了全转录组的单核苷酸分辨率，依赖NSUN6依赖性5-甲基环肽（M5C），并研究了M5C和腺苷脱氨酸对转录倍率失误和密码元对人胚胎干细胞中人类胚胎干细胞中的影响（Selmi，Hussain Nar Nar 202222222222222222222222222222222222222222222222222122221222222222222EMTRICT和CODON deamination; 2019年，Selmi博士加入了Horizon Discovery在英国剑桥的创新团队，参与开发模块化CRISPR基础编辑器进行精确基因组编辑（Collantes JC，The CRISPR Journal 2021）。 2021年初，Selmi博士加入了Consiglio Nazionale Delle Ricerche（CNR）的生物医学技术研究所。 在Selmi实验室中，研究重点介绍了两个主要领域：RNA修饰的研究及其对mRNA翻译的影响以及CRISPR基础编辑者的技术发展。 实验室结合了先进的基因组编辑和测序技术，以探索癌症和干细胞细胞模型中的新调节机制。2014年，Selmi博士移居英国剑桥大学，加入Michaela Frye的实验室，并在RNA修改的（重新）新兴领域工作。在那里，Selmi博士的团队制作了全转录组的单核苷酸分辨率，依赖NSUN6依赖性5-甲基环肽（M5C），并研究了M5C和腺苷脱氨酸对转录倍率失误和密码元对人胚胎干细胞中人类胚胎干细胞中的影响（Selmi，Hussain Nar Nar 202222222222222222222222222222222222222222222222222122221222222222222EMTRICT和CODON deamination;2019年，Selmi博士加入了Horizon Discovery在英国剑桥的创新团队，参与开发模块化CRISPR基础编辑器进行精确基因组编辑（Collantes JC，The CRISPR Journal 2021）。2021年初，Selmi博士加入了Consiglio Nazionale Delle Ricerche（CNR）的生物医学技术研究所。在Selmi实验室中，研究重点介绍了两个主要领域：RNA修饰的研究及其对mRNA翻译的影响以及CRISPR基础编辑者的技术发展。实验室结合了先进的基因组编辑和测序技术，以探索癌症和干细胞细胞模型中的新调节机制。
蛋白质纳米颗粒作为人类和人畜共患病毒的疫苗平台
摘要：疫苗是最有效的医疗干预措施之一，在治疗传染病中发挥着关键作用。尽管传统疫苗包含杀死、灭活或减毒活病原体，可产生保护性免疫反应，但人们已经充分认识到接种疫苗的负面后果。现代疫苗已发展为含有纯化的抗原亚单位、表位或抗原编码 mRNA，使其相对安全。然而，体液和细胞反应的降低对这些亚单位疫苗构成了重大挑战。近年来，基于蛋白质纳米颗粒 (PNP) 的疫苗因其能够呈现重复的抗原阵列以改善免疫原性和增强保护性反应的能力而引起了广泛关注。从各种生物体（例如细菌、古细菌、病毒、昆虫和真核生物）中发现和表征天然存在的 PNP，以及通过计算设计的结构和将抗原连接到 PNP 的方法，为疫苗技术领域的空前进步铺平了道路。在本综述中，我们重点介绍了一些广泛使用的天然存在且经过优化设计的 PNP，因为它们适合作为有前途的疫苗平台，用于展示来自人类病毒病原体的天然抗原，以产生保护性免疫反应。此类平台在对抗新出现和重新出现的传染性病毒疾病以及提高疫苗效力和安全性方面具有巨大前景。
审查Piggybac转座子在干细胞中基因组操纵的文章应用
简单的摘要：母体提供的mRNA和蛋白质（称为母体因素）由斑马鱼中的14,000多个编码基因产生。他们在控制卵母细胞的形成和早期胚胎的发展方面扮演着独家角色。这些母体因素还可以补偿其相应的二胞基因产物功能的丧失。因此，消除母体和二氏基因产物对于阐明超过一半的斑马鱼基因的功能至关重要。但是，灭活母体因素总是具有挑战性的，因为传统的遗传方法在技术上要求或耗时。我们最近的工作建立了一种快速的条件敲除方法，以产生一个鱼类中产生母体或母体和鸡叶突变体。在这里，我们进一步测试了这种方法的可行性，以同时淘汰具有功能性冗余的两个母体基因。作为原理的证明，我们第一次成功地为DVL2和DVL3A基因生成了双母体突变体胚胎。通过这种方法获得的突变胚胎中的细胞运动缺陷模仿了在先前报道的镶嵌策略之后进行了几个月耗时筛查后产生的真正突变胚胎。因此，该方法有可能加快寄生虫基因的功能研究。
站点定向→I RNA编辑为治疗工具
ADAR酶家族的腺苷脱氨酸是一个自然过程，它在通过Messenger RNA时编辑了遗传信息。 腺苷转化为mRNA中的inosine，该基碱在翻译过程中被解释为鸟苷。 意识到这项活动对治疗剂的潜力，许多研究人员开发了将ADAR活动重定向到新目标的系统，该系统通常未进行编辑。 These site-directed RNA editing (SDRE) systems can be broadly classified into two categories: ones that deliver an antisense RNA oligonucleotide to bind opposite a target adenosine, creating an editable structure that endogenously expressed ADARs recognize, and ones that tether the catalytic domain of recombinant ADAR to an antisense RNA oligonucleotide that serves as a targeting mechanism, much like with CRISPR-CAS或RNAi。 迄今为止，SDRE主要用于纠正遗传突变。 在这里，我们认为这些应用不是理想的SDRE，主要是因为RNA编辑是短暂的，遗传突变不是。 相反，我们建议可以使用SDRE来调整细胞生理，以实现治疗上有利的临时结果，尤其是在神经系统中。 这些包括操纵伤害性神经回路中的兴奋性，废除特定的磷酸化事件，以减少与神经变性相关的蛋白质聚集或减少神经性疤痕，从而抑制神经再生或增强G蛋白耦合受体信号的抑制，从而增加象征性障碍性和粘贴性的神经偶联受体信号。ADAR酶家族的腺苷脱氨酸是一个自然过程，它在通过Messenger RNA时编辑了遗传信息。腺苷转化为mRNA中的inosine，该基碱在翻译过程中被解释为鸟苷。意识到这项活动对治疗剂的潜力，许多研究人员开发了将ADAR活动重定向到新目标的系统，该系统通常未进行编辑。These site-directed RNA editing (SDRE) systems can be broadly classified into two categories: ones that deliver an antisense RNA oligonucleotide to bind opposite a target adenosine, creating an editable structure that endogenously expressed ADARs recognize, and ones that tether the catalytic domain of recombinant ADAR to an antisense RNA oligonucleotide that serves as a targeting mechanism, much like with CRISPR-CAS或RNAi。迄今为止，SDRE主要用于纠正遗传突变。在这里，我们认为这些应用不是理想的SDRE，主要是因为RNA编辑是短暂的，遗传突变不是。相反，我们建议可以使用SDRE来调整细胞生理，以实现治疗上有利的临时结果，尤其是在神经系统中。这些包括操纵伤害性神经回路中的兴奋性，废除特定的磷酸化事件，以减少与神经变性相关的蛋白质聚集或减少神经性疤痕，从而抑制神经再生或增强G蛋白耦合受体信号的抑制，从而增加象征性障碍性和粘贴性的神经偶联受体信号。