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系统分析CRISPR/Cas9技术中提高同源直接修复（HDR）效率的因素
事实证明，CRISPR/Cas9 细菌系统是多种生物体中基因操作的有力工具，但同源直接修复 (HDR) 序列替换的效率远低于随机插入/缺失创建。许多研究集中于使用双 sgRNA、细胞同步化循环和合理设计的单链寡 DNA 核苷酸 (ssODN) 递送来提高 HDR 效率。在本研究中，我们评估了这三种方法在提高 HDR 效率方面的协同作用。我们选择了 TNF α 基因 (NM_000594) 进行测试，因为它在各种生物过程和疾病中起着至关重要的作用。我们的结果首次展示了使用两个具有不对称供体设计和三重转染事件如何显著提高 HDR 效率，从不可检测的 HDR 事件提高到 39% 的 HDR 效率，并提供了一种促进 CRISPR/Cas9 介导的人类基因组编辑的新策略。此外，我们证明了可以使用 CRISPR/Cas9 方法编辑 TNF α 基因座，这是一个在未来安全地纠正每位患者的特定突变的机会。
创造遗传多样性：释放蛋白质进化的潜力
摘要：遗传多样性是生物体进化复原力、适应潜力和旺盛生命力的基础，是生态系统健全和地球生命不断进化的基石。定向进化是一种受自然进化过程启发的强大生物技术工具，在产生遗传多样性的创新策略的推动下，定向进化格局发生了变革性的变化。这种转变受到多种因素的推动，包括使用 CRISPR-Cas 和碱基编辑器等先进工具包、对生物机制的理解加深、具有成本效益的定制寡核苷酸池合成以及人工智能与自动化的无缝集成。这篇全面的综述研究了用于构建体外和体内基因文库的各种方法，分为三大类：随机诱变、聚焦诱变和 DNA 重组。本综述的目的有三：首先，全景概述遗传多样性创造的最新进展；其次，激发遗传多样性生成的进一步创新新思路；第三，为进入定向进化领域的个人提供宝贵的资源。
有效的N型有机电化学晶体管和基于带有氟硒苯 - 乙烯 - 乙烯烯烃
n型有机电化学晶体管（OECT）和有机字段效应的晶体管（OFET）的发达较不如其P型对应物。在此中，据报道，含有新型氟乙烯烯酚 - 乙烯基 - 苯苯（FSVS）单位的聚二硫代二酰亚胺（PNDI）的共聚物是N型OECT和N型OTET的有效材料。与寡素（乙二醇）（EG7）侧链P（NDIEG7-FSVS）的PNDI聚合物，A效率为0.2 f cm-1 v-1 s-1的高μC*，超过了基准N-typ pg4ndi-t2和pgti-gti。- 4.63 eV的深层腔内p（ndieg7-fsvs）具有超低阈值电压为0.16 v。 MEV，在N型OFET中导致高高度电子迁移率高达0.32 cm 2 v-1 s-1。 这些结果表明，对于下一代效果N型有机电子产品，同时实现较低的Lumo和更紧密的分子堆积的巨大潜力。- 4.63 eV的深层腔内p（ndieg7-fsvs）具有超低阈值电压为0.16 v。 MEV，在N型OFET中导致高高度电子迁移率高达0.32 cm 2 v-1 s-1。这些结果表明，对于下一代效果N型有机电子产品，同时实现较低的Lumo和更紧密的分子堆积的巨大潜力。
可轻松合成糖化共轭聚合物-TIO2-X X-X的有机无机杂化杂交，用于有效的光催化氢进化
有机无机杂交光催化剂用于水分割的利用引起了显着的关注，因为它们能够结合两种材料的优势并产生协同效应。但是，由于对这两个组成部分之间的相互作用以及其准备过程的复杂性的相互作用有限，它们仍然远非实际应用。在此，通过将糖化的共轭聚合物与TIO 2-x介孔球相结合，以制备高效率杂种杂种光催化剂。与亲水性寡醇（乙二醇）侧链的共轭聚合物的功能不仅可以促进结合聚合物在水中的分散体，而且还可以促进与TIO 2 -X形成稳定的异质结纳米颗粒的相互作用。在35.7 mmol H-1 g-1的365 nm时，在PT共同催化剂存在下，氢的量子产率为53.3％，氢的演化速率为35.7 mmol H-1 g-1。基于飞秒瞬态吸收光谱和原位分析的高级光物理研究，XPS分析揭示了II型异质结接口处的电荷转移机制。这项工作表明了糖化聚合物在构建用于光催化氢生产的杂交异质结中的前景，并深入了解了这种异质结光催化剂的高光催化性能。
比色CRISPR生物传感器
摘要：迫切需要实施一种敏感和特定的护理（POC）生物传感器，该生物传感器解决了在资源约束环境中面临的工具限制和制造挑战。在本文中，我们关注的是肠热，这是低收入和中等收入国家的一种高度传染性和普遍的感染。尽管易于治疗，但其模棱两可的症状与缺乏快速，准确且负担得起的诊断相结合会导致不正确的治疗，从而加剧了疾病负担，包括增加抗生素耐药性。在这项研究中，我们为CRISPR-CAS12A开发了一个读出模块，该模块会产生比色的输出，可见肉眼可见，并且可以在基于反式裂解的任何CRISPR分析中充当级联信号放大器。我们通过固定与β-半乳糖苷酶（LACZ）酶相关的寡聚来实现这一目标，该酶在存在DNA靶向激活的CRISPR-CAS12A的情况下被切割。裂解后，将比色酶释放出来，并将上清液转移到包含X-gal的环境中，产生强烈的蓝色。该方法能够检测扩增的细菌基因组DNA，并且在删除对昂贵设备的需求的同时，对标准荧光测定的检测下限（LOD）具有下限。此外，冻干后它仍然活跃，允许在没有冷链的情况下运输的可能性，从而大大降低了部署成本。
核酸研究
8％聚丙烯酰胺凝胶。cDNA（-0.5 tg）范围为550至1500个碱基对，通过电装饰回收。使用末端脱氧核苷酸转移酶（20）与脱氧残基一起扩展了20 ng等分试样，并用PST I裂解并用Deoxyg残基尾巴（20）将PBR322的100 ng退火100 ng。通过公开的程序（23），使用退火的混合物用于转化大肠杆菌K-12菌株294（22）。制备诱导和未诱导的32P-CDNA探针。5 Zg的12S mRNA与2个寡核酸（DT）12-18（协作研究）或每个合成引物池（FIB 1至FIB 6）的2 Ig合并，在10mm Tris-HCl（pH 8），1 mm EDTA中。将混合物煮沸3分钟，然后在冰上淬火。60 ul of 40 mM Tris-HCl (pH 8.3), 40 mM KCl, 16mM MgCl2, 60 mM o-mercaptoethanol, 1 mM dATP, dGTP, dTTP and 5 x 10 7M (Q-32P) dCTP (Amersham, 2,000 - 3,000 Ci/mmole) was added to each template-primer mix at OC.在添加100个AMV逆转录酶后，将反应在42％C下孵育30分钟，并通过超过10 ml Sephadex G-50列的通道纯化。产品用
PARG 敲除 MDA-MB-231 细胞系
描述 PARG 敲除 MDA-MB-231 细胞系是一种 MDA-MB-231 细胞系，其中人类 PARG（聚 ADP-核糖糖水解酶）长同工酶（PARG111、PARG102 和 PARG99）已使用 CRISPR/Cas9 基因组编辑从基因上去除，慢病毒编码 CRISPR/Cas9 基因和针对人类 PARG 的 sgRNA（单向导 RNA）。该细胞系已通过基因组测序和蛋白质印迹分析验证。背景聚（ADP-核糖）糖水解酶 (PARG) 是一种分解代谢酶，参与 PARylated 链的降解，释放 ADP-核糖和寡（ADP-核糖）链。 PAR（聚 ADP 核糖基化）稳态由 PAR 聚合酶 (PARP) 家族和 PARG 调节，以响应细胞应激条件，例如 DNA 损伤反应 (DDR)。PARG 活性与炎症、缺血、中风和癌症中的细胞反应有关。PARG 在乳腺癌中过度表达，与肿瘤生长和存活有关。PARG 活性降低可以增强当前癌症疗法（例如化疗和放疗）的效果，使 PARG 选择性抑制剂抑制成为癌症和免疫疗法中一种有前途的方法。MDA-MB-231 是一种源自乳腺腺癌的上皮细胞系，具有突变的 p53。它是 ER（雌激素受体）、HER2 和 E-钙粘蛋白阴性，用作晚期乳腺癌的模型。应用
lect。博士学位ÖmerFarukBay
lect。PhD ÖMER FARUK BAY Personal Information Email: omerfaruk.bay@agu.edu.tr Other Email: ob9@sanger.ac.uk Web: https://helminthgenomics.sanger.ac.uk International Researcher IDs ORCID: 0000-0002-1142-2204 Publons / Web Of Science ResearcherID: JMQ-0565-2023 Biography Ömer Faruk Bay拥有TürkiyeAtatürk大学的分子生物学和遗传学学位，并获得了他的系统生物学和生物信息学硕士学位，然后获得博士学位。来自英国曼彻斯特大学的生物信息学。他的博士研究重点是Trichuris Muris的代谢，在那里他开发了该寄生虫虫的第一个基因组级代谢模型的发展。该模型使他能够为更有效的治疗策略开发新颖的治疗靶标。然后，他加入了Lars Kuepfer的小组，成为一名博士后研究人员，他的主要重点围绕着基因组规模代谢模型的重建，用于合成小鼠肠道细菌群落的成员，称为Oligo小鼠Microbobiota 19（OMM19）。通过深入研究其代谢能力和相互作用，他的目的是增强我们对他们集体表型和对扰动的韧性的理解。目前隶属于Agü的讲师，Bay博士教生物信息学。教育信息博士学位，曼彻斯特大学生物学，医学与健康学院，感染，免疫和呼吸医学科，英格兰，2019年至2023年曼彻斯特大学生物学，医学与健康学院，生物信息学和系统生物学学院，英国生物学生物学，英格兰，2017年 - 2018年 - 2018年 - 2018年 - 2018年 - 2018年不熟悉 Biyoloji Ve Genetik, Turkey 2009 - 2013 Research Areas Biocomputing, Biological Modelling Academic Titles / Tasks Researcher, University of Cambridge, Cambridge Stem Cell Institute, 2024 - Continues Researcher, Rheinisch-Westfaelische Technische Hochschule Aachen, Uniklinik RWTH, Computational Biomedicine, 2022 - 2024 Courses Computational Biology,本科生，2024-2025
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通过样本（由ANS-Nº110定义的指南）解释和阐述对遗传分析报告（指南）的产前或产后检测，用于识别的染色体染色体变化，通过样品识别出鱼类，qpcr或其他技术，并通过样品进行了podital poidal podital podital nestant An an an an an ants-n：从整个基因组来确定通过CGH阵列或SNP阵列或其他技术通过克隆或寡聚使用的微观染色体变化，样本（带有ANS定义的指南 - Nº110））产前或生成后的生物后染色体验证，在基因组或其他技术或其他技术，其他技术或其他技术或其他技术或其他技术中检测到其他技术，基因座，按样本（由ANS -No. 110定义的指南）AML1 -ETO t（8.21）由PCR易位（由ANS -Nº110定义的指南）对遗传分析报告（指南）的产前或产后检测，用于识别的染色体染色体变化，通过样品识别出鱼类，qpcr或其他技术，并通过样品进行了podital poidal podital podital nestant An an an an an ants-n：从整个基因组来确定通过CGH阵列或SNP阵列或其他技术通过克隆或寡聚使用的微观染色体变化，样本（带有ANS定义的指南 - Nº110））产前或生成后的生物后染色体验证，在基因组或其他技术或其他技术，其他技术或其他技术或其他技术或其他技术中检测到其他技术，基因座，按样本（由ANS -No. 110定义的指南）AML1 -ETO t（8.21）由PCR易位（由ANS -Nº110定义的指南）
连接辅助同源重组通过部署 MMEJ 和 HDR 实现精确的基因组编辑
CRISPR / Cas12a 是一种单效应核酸酶，与 CRISPR / Cas9 一样，由于其能够产生靶向 DNA 双链断裂 (DSB) 而被用于基因组编辑。与 Cas9 产生的平端 DSB 不同，Cas12a 产生的粘性末端 DSB 可能有助于精确的基因组编辑，但这一独特功能迄今为止尚未得到充分利用。在当前的研究中，我们发现，短双链 DNA (dsDNA) 修复模板包含一个与 Cas12a 产生的 DSB 末端之一匹配的粘性末端和一个与 DSB 另一端相邻的基因组区域具有同源性的同源臂，能够精确修复 DSB 并引入所需的核苷酸替换。我们将这种策略称为“连接辅助同源重组”(LAHR)。与单链寡脱氧核糖核苷酸 (ssODN) 介导的同源定向修复 (HDR) 相比，LAHR 的编辑效率相对较高，这在报告基因和内源基因中均有体现。我们发现 HDR 和微同源介导的末端连接 (MMEJ) 机制都参与了 LAHR 过程。我们的 LAHR 基因组编辑策略扩展了基因组编辑技术的范围，并更广泛地了解了基因组编辑中涉及的 DNA 修复机制的类型和作用。