Qidong Hu 1 *, Ying Zhao 1 *, Namir Shaabani 1 *, Xiaoxuan Lyu 1 *, Haotian Sun 1 , Vincent Cruz 1 , Yi Kao 1 , Jia Xu 1 , Amber Fossier 1 , Karen Stegman 1 , Zhihao Wang 1 , Zhenping Wang 1 , Yue Hu 1 , Yi Zheng 1 , Lilian Kyaw 1 , Cipriano Zuluaga 1 , Hua Wang 1 , Hong Pei 1 , Colin Powers 1 , Robert Allen 1 , Hui Xie 1 , Henry Ji 1 , Runqiang Chen 1#
SARS-CoV-2 在人类群体中的复制由突变体的分布来定义,这些突变体在受感染宿主中以不同的频率存在,并且可以通过超深度测序技术检测到。在本研究中,我们检查了来自疫苗突破患者的 5 个鼻咽分离株的刺突编码 (S 编码) 区域的扩增子的 SARS-CoV-2 突变谱。有趣的是,所有患者都感染了 Alpha 变体,但在常驻病毒的突变谱中存在与 Delta Plus、Iota 和 Omicron 变体相对应的氨基酸替换。对来自疫苗突破患者的 SARS-CoV-2 进行深度测序分析揭示了丰富的突变类型库,并且还可以识别出可以代表流行病学显性变体的耐受替换。
*应与之解决的对应:wjgytc14@gmail.com,akilpatr@ucsc.edu摘要背景:新病毒变体的出现,包括SARS-COV-2的Omicron变体(B.1.1.529),可以导致免疫逃生和疫苗有效性。中和抗体滴度可用于快速估计疫苗有效性(VE),因为它们可以在出现新病毒变体后轻松测量,并已证明是SARS-COV-2和其他病原体的保护相关的。然而,很少有研究检查了与多种病毒变体的VE抗体滴度关系,并且没有一个验证了免疫反射变体的关系。方法:我们利用疫苗和病毒变体之间的变化来估计54倍的抗体滴度关系,用于54倍的Covid-19端点的中和抗体滴度范围:症状性疾病和住院。我们预测了第一个中和抗体滴度三天后的Omicron VES。我们使用随后收集的观察性VE数据测试了这些预测。发现:对于两种mRNA疫苗(mRNA-1273,BNT162B2),拟合模型预测,与Delta变体相比,Omicron变体的感染将增加Omicron变体的感染。但是,预计第三次疫苗剂量可以恢复保护。样本验证数据表明,模型预测非常准确,所有预测都在观察到的VE估计值的10%以内,所有经验估计值都落在模型预测间隔内。解释:这些分析表明,使用中和抗体滴度的模型可以提供快速的VE估计值,从而可以为疫苗设计和选择提供信息。资助加利福尼亚州卫生局,国家科学基金会
国家卫生委员会的病原体系统生物学和克里斯托夫·梅里奥克斯实验室的主要实验室,中国医学科学与北京人中国医学科学与北京联合医学院的病原体生物学研究所,中华民国; Baihe细胞生态系统实验室,天津,中华民国; C呼吸道疾病病原体学的主要实验室,中国医学科学院,北京,中华民国; d器官移植中心,天津,天津,中华民国;肝癌分子和治疗实验室,中华民国天津的天津第一中心医院; f中华民国的北卡大学移植医学研究所; G中华民国四川大学西中国医院的呼吸道和重症监护医学系; h中国医学科学院牛津研究所,美国牛津大学医学系,英国牛津; I MRC人类免疫学部门,MRC Weatherall医学研究所,牛津大学,英国牛津大学; J HAIHE细胞生态系统实验室,国家血液学国家主要实验室,国家血液疾病临床研究中心,血液学与血液疾病研究所,中国医学科学与北京联合医学院,天津,中国人民共和国,中华民国天津的K天津卫生科学研究所; l重症监护室,北京第一中心医院紧急医学研究所,中华民国天津;中华民国天津的天津第一中心医院关键医学关键实验室
1个微生物学单元,大罗马格纳地区集线器实验室,意大利塞塞纳47522; martina.brandolini@outlook.it(m.b。); giulia.gatti8@studio.unibo.it(G.G.); laura.grumiro@auslromagna.it(l.g。); silvia.zannoli@auslromagna.it(S.Z.); valentina.arfli@auslromagna.it(v.a.); monica.cricca3@unibo.it(M.C。); giorgio.dirani@auslromagna.it(G.D.); agnese.denicolo@auslromagna.it(a.d。); mariamichela.marino@auslromagna.it(m.m.m.m.); martina.manera@auslromagna.it(M.M.); andrea.mancini@auslromagna.it(a.m.); fra.taddei@hotmail.it(F.T。); simona.semprini@auslromagna.it(S.S.)2实验,诊断和特殊医学系(Dimes) - 阿尔玛母校Studiorum,博洛尼亚大学,40138 Bologna,意大利博洛尼亚 *通信:Vittorio.sambri@unibo.it†这些作者为这项工作提供了同等贡献。
结果:142名受试者平均年龄为43.1岁,其中53.5%为男性,90.8%在感染前接种过疫苗。接种疫苗患者与未接种疫苗患者相比,患者特征没有差异,但接种疫苗患者的达到目标周期阈值时间(TtCT)更短(接种疫苗vs.未接种疫苗,12.6±3.4天vs.14.8±4.7天,P=0.039)。异源疫苗与同源疫苗接种的TtCT没有差异。在同源疫苗接种的受试者中,43.1%接种了CoronaVac(科兴生命科学),47.2%接种了国药BBIBP-CorV,4.9%接种了国药WIBP,3.3%接种了康希诺生物,1.6%接种了智飞龙康。不同疫苗之间的TtCT无差异。将两剂初免与三剂加强免进行比较,我们也未发现TtCT有差异。
主要结果是与实验室确诊(通过聚合酶链反应或抗原检测试验)的 SARS-CoV-2 感染相关的 Covid-19 相关住院。使用记录芬兰所有住院患者数据的医疗保健登记册,我们将 Covid-19 相关住院定义为任何主要诊断为 Covid-19(国际疾病分类,第 10 修订版:U07.1、U07.2)、急性呼吸道感染(J00–J22、J46)或下呼吸道感染严重并发症(J80–84、J85.1、J86)的住院患者。如果阳性标本是在入院前 14 天或入院后 7 天内采集的,则认为住院与国家传染病登记册中记录的感染有关。
此外,一项建模研究表明,北京属于的地方的累积感染率超过90%(1),这与中国大陆疫苗覆盖率不一致。共有三种类型的共证疫苗,包括灭活的疫苗,腺病毒载体疫苗和重组蛋白疫苗。其中,超过90%的中国公民已经完成了2剂替代的替代疫苗,由Sinovac Biotech Ltd.和Sinopharm Group Co. Ltd.(2)完成。在2020年根据野生型SARS-COV-2开发,并且在三角洲变体波中的效果显着降低。在Omicron Ba.2变体波中,Wan等。 先前已经报道说,疫苗对冠状动脉疫苗感染的疫苗有效性在加强剂量后为19.8%,在2剂剂量后未观察到(3)。 毫无疑问,灭活的COVID-19疫苗对感染和症状是不可能的。 然而,了解何时失活的疫苗失去其有效性仍然具有未来疫苗开发和对Covid-19的反应的显着参考价值。在Omicron Ba.2变体波中,Wan等。先前已经报道说,疫苗对冠状动脉疫苗感染的疫苗有效性在加强剂量后为19.8%,在2剂剂量后未观察到(3)。毫无疑问,灭活的COVID-19疫苗对感染和症状是不可能的。然而,了解何时失活的疫苗失去其有效性仍然具有未来疫苗开发和对Covid-19的反应的显着参考价值。
还分析了总记忆B细胞中尖峰特异性内存B细胞的比例(图3C)。三剂量冠状动脉瘤受体的中位数为0.076%,0.048%,0.0555%和0.041%的记忆B细胞,分别针对祖先,BA.1,BA.2和BA.5,甚至在第三次加强疫苗接种后12个月。在T0处未接种疫苗的个体中,记忆B细胞不存在。BA.5突破性感染扩展了交叉反应性尖峰特异性记忆B细胞。在T1时,与未接种疫苗的对照相比,接种疫苗的个体表现出明显更高的记忆B细胞(0.17%vs. 0.26%),BA.5(0.25%vs. 0.43%),BA.1,BA.1(0.17%vs. 0.38%)和BA.2(0.18%VS. 0.18%VS.0.20%VS. <;3D)。在T2时,接种疫苗的个体仍然保持较高的尖峰特异性记忆B
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