ku905921 COI SERCI317-14 BOLD:ACO3861 Clymenella Torquata Gloucester县,美国弗吉尼亚州,美国KU906065 COI SERCI316-14 BOLD:ACO38611 Clymenella torquata粗体:ACO3861 Clymenella torquata Gloucester县,弗吉尼亚州,美国HQ024004 COI NBPOL064-08 BOLD:AAC7695 Clymenella Torquata St. Andrews St. Andrews,New Brunswick,New Brunswick,New Brunswick,加拿大加拿大HQ024009 COI NBPOL12121212121-NEACENELL:AAC769 aac76955 bold:AAC76995555加拿大不伦瑞克省HQ024010 COI NBPOL123-08 BOLD:AAC7695 Clymenella Torquata St. Andrews,New Brunswick,New Brunswick,加拿大HQ024006 COI NBPOL082-08 BOLD BOLD BOLD:AAC7695 NBPOL044-08 BOLD:AAC7695 Clymenella Torquata St. Andrews,新不伦瑞克省,加拿大加拿大HQ024008 COI NBPOL101-08 BOLD:AAC7695 Clymenella Torquata St. Andrews St. Andrews St. Torquata St. Andrews,加拿大新不伦瑞克省HQ024007 COI NBPOL088-08 BOLD:AAC7695 Clymenella Torquata St. Andrews St. Andrews,New Brunswick,加拿大Coi Invcl003-23 Bold:AAC7695
对植物物种的快速准确鉴定越来越多地寻求采用分子技术。ITS2区域在DNA条形码中高度评价,因为它的短长度和易于测序,使其成为物种识别的理想候选者。在这项研究中,通过对广泛植物分类群的底漆序列进行细致的分析和比较,我们策划了一系列具有证明普遍性的底漆,能够有效地扩大不同植物物种的ITS2区域。为了验证识别引物的普遍性,我们均采用了硅和体外方法。在计算机分析中涉及生物信息学工具,以评估公共数据库中可用的大量植物DNA序列的底漆结合位点。随后,使用从各种植物标本中提取的DNA样品进行了体外实验,以验证引物的扩增成功。通过这个全面的验证过程,我们确保了选定的引物用于DNA键编码目的的可靠性和适用性。我们发现的重要性在于使用ITS2区域建立了标准化的DNA栏编码方法,这有助于准确而有效的植物物种识别。通过为研究人员提供一组普遍适用的底漆,我们旨在简化底漆选择过程,从而减少实验设计所涉及的时间和精力。该标准化协议促进了DNA条形码研究中的一致性和可重复性,最终促进了我们对植物生物多样性的理解并有助于保护工作。
程序研究Bioteknologi,Fakultas Ilmu - Ilmu Kesehatan,ESA Unggul大学,JL。Arjuna Utara No.9,Jakarta *通讯作者:seprianto@esaunggul.ac.id抽象植物酸是一种抗营养物质,可以降低消化率,营养吸收和饲料利用率在牲畜中的效率。植物酶是一种能够将植酸水解为肌醇和磷酸的酶,因此它可以增加消化系统中养分的吸收。植物酶可以在微生物,例如霉菌,酵母和细菌中找到。杜鹃花粘膜菌是有可能产生植物酶酶的酵母之一。这项研究的目的是确定使用几对特定引物的杜鹃花粘膜粘膜胶质素Rg-PK20基因组检测植物酶基因的最佳退火温度。这项研究是通过在线网站https://www.ncbi.nlm.nih.gov设计的特定引物来启动的。使用星系(https://usegalaxy.org/)进行了比较序列分析。使用PCR方法优化了初级退火温度(TA)。在这项研究中设计了两对引物(FITAF/FITAR和FITASEF/FITASER),并在本研究中设计了两对引物(FITAF/FITAR和FITASER),而其他两对引物(PHY R/F和FI f/fi R)先前已进行了验证。Primers FITAF/FITAR和FITASEF/FITASER能够在所有测试温度(52、54、56、58和60°C)下检测杜鹃花粘膜粘膜粘膜RG-PK20上的植物基因,在指示的大小为±500 bp。但是,底漆FIF/FIR无法检测到特定的植酸酶靶基因。使用引物的检测Phyr/f显示出56、58和60°C的退火温度(TA)时的特异性大小为±1171 bp。关键词:植酸,植物酶基因,退火温度,底漆,R。Mucilaginosapk-S20抽象的饲料酸是一种抗生产物质,可以降低养分的吸收,养分的吸收和饲料利用率。fitase是一种能够将植酸酸水解为肌醇和磷酸的酶,从而增加消化系统中养分的吸收。fitase可以在微生物(例如霉菌,酵母和细菌)中找到。杜鹃花粘膜菌据报道是酵母菌的一种潜在产生含硫酸酶的酶。这项研究旨在确定几个特定主要对的最佳退火温度,以检测杜鹃花粘膜粘膜基因组基因组RG-PK20中的Fitasane Ellters。这项研究始于使用在线网站https://www.ncbi.nlm.nih.gov检测Fitase基因的特定主要设计。使用星系(https://usegalaxy.org/)进行了序列分析。主要退火(TA)温度优化是使用PCR方法进行的。使用的四对引物为Fitaf/Fitar,FititeF/Fititner,Phyr/F和Fif/fif。前两个主要对是这项研究的设计,最后两个引物是主要的,这已经从先前的研究结果中得到了验证。使用PHY R/F底漆检测也以FITAF/FITAR和FITITEF/FITITNER的主要对可以检测到杜鹃花粘蛋白糖Rg-PK20基因组上的植物基因,并在所有温度下具有最佳的放大(52、54、56、58和60°C),并由DNA带的形成DNA在<50000 bp上。
1。Forward primers: These primers bind to the 5' end of the target DNA sequence and are used to initiate DNA synthesis.2。Reverse primers: These primers bind to the 3' end of the target DNA sequence and are used to initiate DNA synthesis in the reverse direction.3。嵌套引物:这些引物用于嵌套的PCR反应,其中第二组引物用于放大初始PCR产物内的较小区域。4。退化引物:这些引物包含退化碱基,它们是可以与靶DNA序列中多个碱基结合的核苷酸。5。分子信标:这些引物旨在与特定序列结合并在结合后经历构象变化,可以使用荧光检测到。
PCR引物的长度通常在15-30个基础范围内,旨在侧面感兴趣的区域。引物应包含40–60%的GC,并避免可能产生内部二级结构的序列。底漆的3端不应是互补的,以避免产生底漆二聚体。引物二聚体不必要地从反应中去除底漆,并导致与所需反应竞争的不良聚合酶反应。避免在底漆的3末端连续三个G或C核苷酸,因为这可能导致非特异性底漆退火增加了不良反应产物的合成。理想情况下,两个引物的温度应几乎相同(T m),以便在大致相同的温度下使用变性模板DNA退火。
我们使用 All-in-one Cas9 构建体编辑了 HEK293 细胞中的 DNA (胞嘧啶-5-)-甲基转移酶 3 beta (DNMT3B) 基因,从编辑后的细胞中分离基因组 DNA,然后使用标准 (黄色曲线) 和 snapback 引物 (红色曲线,图 2A) 进行 CRISPY 测定以量化编辑成功率。我们还对从未编辑的细胞中分离的 DNA 进行了 CRISPY 测定,同样使用标准 (黄色曲线) 和 Snapback 引物 (红色曲线,图 2B)。正如预期的那样,标准引物在编辑和未编辑的 DNA 中均提供了强大的扩增,然而 snapback 引物仅在从编辑细胞中分离的 DNA 中提供了明显的扩增。标准和 snapback 引物之间的 ΔCt 可直接测量编辑成功率,而熔解曲线形状之间的差异表明编辑的 DNA 中存在缺失 (图 2C,方框区域)。
使用下面的引物模板(表 1),片段 2 可以通过 PCR 扩增(图 4A)。我们建议使用 gRNA NIA TLS1/2 作为 PCR 模板。“NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN”(表 1)代表应由 gRNA 靶序列替换的核苷酸。用于创建 NIA1 靶向片段 2 的引物列于下方作为示例(表 1)——这些引物用于创建 gRNA NIA TLS1/2。引物还在片段末端添加了 BsaI 切割位点(图 4A),这些位点与 gRNA 片段 1 TLS1/2 中的双 BsaI 位点兼容。
77个在前50名“顶级”期刊中的出版物:•BMJ(2),癌细胞(1),细胞(2),JAMA(1),J Clin Oncol(1),Lancet(3),Lancet Infect Dis(3),Lancet Neurol(30),Lancet Oncol(30),Lancet Oncol(1),性质(11),性质(2),性质(2)(2)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(1)(2 Rev Disaine Primers(1),Nature Rev Mat(1),Nature Rev Mol Cell Biol(1),NEJM(8),科学(1),世界精神病学(1)
本协议描述了用于测序标准COI标记的实验室协议(即DNA条形码),多路复用多达2,280个标本(24 x 96井板,每个板的一个阴性对照孔),以在牛津纳米孔技术上运行,in 10.4.1在占用量序列仪上流动细胞。所有索引都是通过PCR使用标记的引物来完成的,这意味着图书馆准备仅在单个管中进行,所有2,280个PCR均得到了合并。这是通过不对称索引来完成的,其中带有96个唯一分子标识符(UMIS)的正向引物提供了映射到96孔板的孔,而带有24 UMIS的反向引物则将其映射到板上。
†索引引物板(QUDI-96AA,QUDI-96BA,QUDI-96CA,QUDI-96DA QUDI-96EA,QUDI-96FA,QUDI-96FA,QUDI-96GA,QUDI-96HA);每个板包含96对样品指数引物加上通用引物,每个板均与一对UDI样品指数相对应。每个索引都是一次使用。