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热带农业科学 - Pertanika Journal
植物基因组数据库为遗传研究和植物育种计划提供了大量序列信息。许多具有经济价值的植物的基因组都已完全测序（Guo 等人，2021 年；Robbins 等人，2023 年；Wang 等人，2023 年）。基因组由编码特定蛋白质的基因和调节基因表达的基因间区域（启动子和终止子）组成。如果不对基因组中的单个基因进行功能表征，单独的基因组序列对任何育种计划都影响不大。功能表征旨在通过研究编码序列及其调控区域来揭示特定基因的功能。这样的研究通常涉及模型植物的转基因分析。拥有一个对单个基因进行充分表征的植物基因组数据库将有助于该植物的育种计划。
输入数据概述BUSCO UNI4000 -CDN
对于每个DiDail omni-c文库，将染色质与甲醛固定在原子核中，然后提取。用DNase I消化了固定的染色质，将染色质末端修复并连接到生物素化桥适配器，然后将含有末端的衔接子接近粘合。接近连接后，将交联后逆转并纯化了DNA。纯化的DNA以去除未结扎片段内部的生物素。使用NEBNEXT Ultra酶和Illumina兼容适配器生成测序文库。在每个文库富集之前，使用链霉亲和素珠分离含生物素的片段。库是在Illumina Hiseqx平台上测序的，以产生约30倍的序列覆盖率。然后Hirise使用MQ> 50读脚手架的读数（有关数字，请参见上面的“读取对”）。
使用Dreamprep®NGSCompact进行PACBIO®的自动DNA库准备。
DreamPrep NGS Compact上的自动化工作流程在资格运行中测试的所有48口井中的平均图书馆准备收益率为28.2％（表1）。此外，库提供了高测序产率，其中99％的读取包含条形码（表2），并且在测序池中检测到了所有48个条形码。库准备和测序产率都与手动准备的库观察到的产量相当。HIFI读取长度分布与剪切输入DNA的尺寸较小和使用基于珠的尺寸选择一致（图3）。因此，由于SMRTBELL PREP KIT 3.0协议自动化，未观察到降解或性能权衡。将剪切输入DNA的平均大小增加到15-20 kb将增加读取长度N50和HIFI总碱基收率。
卫生数字化和人工智能工作组
人工智能不应取代医护人员，但该职业无疑将发生演变。随着人工智能越来越多地进入医疗保健领域，良好的治理应确保医生减少行政工作，增加与患者打交道的时间。人类和机器应共同努力，改善患者治疗效果，加强卫生系统，推动全民健康覆盖 (UHC) 进程。人工智能还将在各个行业创造新的就业机会。然而，新的工作不一定会出现在旧工作被人工智能取代的同一专业领域或同一地区。因此，采取有序行动和制定政策时机至关重要，要采取措施确保劳动力中断的同时，伴随着适当的变革管理、社会安全网和专业再培训机会。
航天工业计划 从雄心到行动
到目前为止，我们为支持航天工业发展而采取的研发和监管方法已经催生了大量小型创新型公司。2 我们的目标是建立一个能够培养航天工业中各种规模的关键参与者的系统。该计划的驱动因素是我们需要更有效地利用资源，因此我们制定了有序且优先的行动计划，以使行业和政府有信心长期投资英国航天领域。除了商业驱动的吸引行业研发资金外，我们还希望在一组目标能力方面发出强烈的需求信号，我们希望英国在这些能力方面表现出色。然后，行业可以主动响应政府的明确需求，为英国的航天事业创造“良性循环” 3，实现政府与行业关系的现代化。
QIAGEN 推出全新文库制备试剂盒，助力多组学研究并推进精准医疗
研究人员还可以使用 QIAseq 多模态 DNA/RNA 文库试剂盒生成仅含 DNA 或仅含 RNA 的文库。这是市场上第一款可兼容多种输入样本的 NGS 多模态试剂盒，包括血液、福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 样本和无细胞 DNA (cfDNA)。这在转化研究中尤其重要，例如在癌症研究中，可能会有不同类型的样本。该试剂盒灵敏度高，可检测 DNA 和 RNA 稀有变异。使用 QIAseq 多模态 DNA/RNA 文库试剂盒生成的 DNA 和 RNA 文库可直接与不同的测序平台兼容，例如 Illumina 仪器和 Element Aviti，并且可以通过增加转换步骤在其他测序仪上进行测序（Complete Genomics/MGI、Singular Genomics 和 Ultima Genomics）。
细菌免疫中调节细胞死亡的进化成功
细菌采用复杂的免疫机制武器库来防御噬菌体。最近的研究表明，这些免疫机制经常涉及响应噬菌体感染的细胞死亡。通过牺牲感染的细胞，该策略可防止噬菌体在周围人群中的传播。在这篇综述中，我们讨论了细菌防御中调节细胞死亡的原理，并表明超过70％的测序原核生物将这种策略用作其防御性武器库的一部分。我们强调了涉及调节细胞死亡的防御系统的模块化，并解释了噬菌体感应和杀细胞的蛋白质结构域之间的改组如何主导其进化。这些防御系统中的一些是真核免疫关键组成部分的进化祖先，强调了它们在整个生命树中免疫系统的进化轨迹中的重要性。
通过聚合酶链式反应生成单链 DNA 及其在 HLA-DQA 基因座直接测序中的应用
摘要 通过聚合酶链式反应，可以从基因组 DNA 中酶促扩增单拷贝序列。通过使用两种不同摩尔量的扩增引物，只需一个步骤即可扩增单拷贝基因并产生所选链的过量单链 DNA，用于直接测序或用作杂交探针。此外，可以使用等位基因特异性寡核苷酸在扩增反应中或作为测序引物直接测序杂合子中的单个等位基因。通过使用这些方法，我们研究了 HLA-DQA 基因座的等位基因多样性及其与血清学定义的 HLA-DR 和 -DQ 类型的关联。该分析揭示了总共八个等位基因和三个额外的单倍型。该方法在筛查人类基因突变方面具有广泛的应用，并有助于将基因的酶促扩增与自动测序联系起来。
肠道微生物的生物多样性在非洲cat鱼中
摘要。本文研究了在水产养殖条件下饲养的年轻和成人carlias gariepinus的肠道微生物组。基因组DNA是从大肠的大肠中分离出来的。该研究是使用16S宏基因组学方案进行的，并在Illumina Miseq上测序了库池。微生物群的特征是一组多种有氧和厌氧菌，其定性和定量组成对每个人来说都是个性化的。年轻cat鱼的微生物群主要由机会性革兰氏阴性细菌和革兰氏阴性厌氧菌细菌组成。在成年cat鱼中，较高的生物多样性和链球菌属的机会性革兰氏阳性细菌的出现被揭示出来。痤疮丙酸丙酸杆菌的物种也很常见。研究结果表明，随着时间的推移，carlias clarias gariepinus的肠道微生物组的多样性会增加。
西澳大利亚州的穆斯卡群岛种群缺乏对第一代抗凝啮齿动物的抗性的VKORC1突变：对保护和生物安全的影响
人类通常试图用抗凝啮齿动物（ARS）来管理害虫啮齿动物种群。我们需要有关对啮齿动物种群中ARS的抗性的信息，以便具有有效的根除计划，以最大程度地减少非目标物种的暴露。对VKORC1基因的突变已显示出在所有测试的欧洲种群中发现的小鼠比例高的啮齿动物的耐药性。我们通过对首都（珀斯）和一个偏远岛屿（浏览岛）的种群进行采样，筛选了西澳大利亚州穆斯库鲁斯的突变。这些是使用此方法筛选有电阻的第一个澳大利亚小鼠种群。此外，对房屋小鼠的线粒体D环进行了测序以探索种群遗传结构，确定西澳大利亚小鼠的起源，并阐明是否与某些单倍型有关。