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合成生物学的超高通量测序...
我们表明，从细菌菌落开始，在一次 Illumina NextSeq 2000 运行中可以对数千个质粒进行测序，并在第二天完成生物信息学分析。我们利用可扩展的模块化流程，包括菌落挑选、液体处理、DNA 测序和生物信息学分析。滚环扩增 (RCA) 或菌落直接 PCR 取代了传统的细菌培养和质粒纯化。集成自动标准化、一步式文库制备技术可在方便的 384 孔、可立即测定的配置（384 孔 x 16 板）中提供 6,144 个索引。我们与其他工作流程的基准比较表明，这种自动化流程将典型的合成生物学 DBTL 周期从几周缩短到几小时。
细菌免疫中调节细胞死亡的进化成功
细菌采用复杂的免疫机制来抵御噬菌体的攻击。最近的研究表明，这些免疫机制经常涉及对噬菌体感染的调节性细胞死亡。通过牺牲受感染的细胞，这种策略可以防止噬菌体在周围群体中传播。在这篇综述中，我们讨论了细菌防御中调节性细胞死亡的原理，并表明超过 70% 的测序原核生物采用这种策略作为其防御武器的一部分。我们强调了涉及调节性细胞死亡的防御系统的模块化，解释了噬菌体感应和细胞杀伤蛋白结构域之间的混洗如何主导它们的进化。其中一些防御系统是真核免疫关键组成部分的进化祖先，突出了它们在塑造整个生命之树上免疫系统进化轨迹方面的重要性。
技术说明全血样品的HIFI全基因组测序的高通量DNA剪切
库以相等的摩尔方式合并，并使用具有85 pm加载浓度的单个SMRT®细胞在续集®IIE系统上进行测序。QC和测序结果（图3-4，表2）表明1,400 rpm速度设置产生了最佳的HIFI读取长度轮廓。剪切240秒产生的平均HIFI读取长度为17,703 bp，而剪切480秒的平均读数为16,855 bp的平均读取长度。在240和480秒时，更快的1,800 rpm设置覆盖了DNA，导致平均HIFI读取长度分别为13,184 bp和11,658 bp。通常，当使用FastPrep-96剪切DNA时，较小的工作速度较小的时间将导致较大的平均片段长度。
表征了特定乳酸科属的抑制作用。在高度普遍的细菌
结果：对候选家政基因进行测序：β-肌动蛋白（肌动蛋白），伸长因子1α（EF1A），甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH），Armadillo（ARM），Armadillo（ARM），核糖体蛋白L32（核心蛋白L32），核心蛋白质（Rpl32），固定脱水酶（RPLLAINS）和SDHA酶（SDHA）ix HASE; - 小茶（浴缸）。在Allata（CA）和成年雌性D. punctata的卵巢中分析了这八个基因的表达。Genorm，以及Normfinder都将SDHA，EF1A和ARM的特征是在Allata Corpera Allata中表达最稳定的。在卵巢中，基因级计算显示浴缸，EF1A和RPL32是最稳定的，而Normfinder识别为浴缸，EF1A和ARM是最好的。在卵巢中，最不稳定的基因是肌动蛋白，挑战了其在归一化中的有用性。作为原理证明，在第一个促性腺营养循环中监测了卵泡细胞蛋白3C和CYP15A1的表达。
Zachary Beller，Darryl Wesener，Timothy Seebeck，Janaki Guruge，Alexandra Byrne等。
学习人类肠道细菌如何竞争并合作代谢营养是开发更多营养食品并促进更健康的肠道微生物群落的重要一步。人类肠道细菌是复杂的饮食多糖的主要消费者。在这里，我们描述了一种遗传体系，用于故意诱导肠道群落中目标生物的丰度减少。gnotobiotic小鼠被喂食人类饮食，并用定义的培养，基因组测序的，人类肠道细菌（包括多种菌囊科种类）定植。在既定社区中的不同菌孢子的“敲低”导致了其他生物体的特定增加，并揭示了它们如何动态地改变其优先级，以利用可用的多糖，同时保留了社区代谢碳水化合物的总体能力。
量化癌症患者临床可行性的扩展景观
摘要关于癌症患者比例的持续辩论，这些癌症患者的比例是从精确肿瘤学中出发的，部分原因是关于哪种分子改变在临床上可起作用的观点相互冲突。为了量化自2017年以来的临床可行性的扩展，我们使用了两个相隔5年的Oncokb知识库的两个时间不同版本的Oncokb知识库进行了47,271个实体瘤的注释。在2017年至2022年之间，我们观察到具有标准护理（1或2级）的肿瘤（1或2级）的肿瘤比例增加到31.6％，预测治疗反应的预测生物标志物几乎使携带非可行驱动因素的肿瘤减半（44.2％到22.8％）。在有限或没有临床可行性的肿瘤中，TP53（43.2％），KRAS（19.2％）和CDKN2A（12.2％）是最常见的基因。
系统网络研讨会摘要（2023 年 9 月）：2030 年愿景
• 该项目将围绕两个主要主题开展：（1）工作是低收入成人学生的必需品，大学必须设计考虑到这一现实的项目和支持；（2）时间是不可协商的，要求大学重新考虑政策和做法，以满足成人学习者的需求，这需要改变学术日历、课程提供时间以及其他政策和做法。 • 一个工作组正在制定一项计划，确定更好地支持在职学习者的行动、政策和做法，包括出勤核算修改以支持短期连续课程和计划、为先前学习授予学分提供资金激励、建立从非学分到学分的途径、提供公平的服务机会和其他问题。该工作组将从各学区学习可以扩展的做法，以改善结果和公平性。
孵化后预防性使用头孢噻呋对盲肠微生物群的影响类似于肉鸡饮食中添加血根碱
摘要 对刚孵出的雏鸡预防性使用头孢噻呋是世界各地一些孵化场的常见做法，以减轻由肠杆菌科细菌引起的早期胃肠道感染。尽管肠道微生物群对肉鸡健康起着至关重要的作用，但关于微生物组成如何影响这些信息仍然有限。我们研究了孵化后预防性使用头孢噻呋对饲喂常规或添加血根碱饮食的 14 日龄肉鸡盲肠微生物群的影响。从盲肠内容物中提取 DNA 样本，扩增微生物 16S rRNA 基因的 V3-V4 区，并在高通量测序平台（Illumina MiSeq）上进行测序。经过下游生物信息学和统计分析，我们的结果表明，头孢噻呋和血根碱治疗同样增加了
加速基因组分析：持续发展之路的入门指南
摘要 — 基因组分析从根本上始于一个称为读取映射的过程，其中将生物体基因组的测序片段与参考基因组进行比较。读取映射目前是整个基因组分析流程的主要瓶颈，因为最先进的基因组测序技术能够比用于分析基因组的计算技术更快地对基因组进行测序。我们描述了显著提高读取映射性能的持续历程。我们解释了最先进的算法方法和基于硬件的加速方法。算法方法利用基因组的结构以及底层硬件的结构。基于硬件的加速方法利用专门的微架构或各种执行范例（例如，在内存内部或附近处理）。我们最后指出了采用这些硬件加速读取映射器的挑战。